面对公众质疑，吴敬琏坚持己见。他一再强调，媒体曲解了自己的意思。他的本意是要维护农民工的利益。政府从车票上涨的收益中拿出一部分，发放给农民工等弱势群体。这样一来，既可打击黄牛党，规范春运市场，农民工又能得到切实的好处，多方受益。但因为媒体断章取义，忽略了后几层意思，才导致公众误解[ 2007年3月4日上午，全国政协十届五次会议经济界小组讨论会上，身为政协委员的吴敬琏提出春运涨价观点：“春运”票价不上浮，并不符合市场经济的原理，是价格扭曲。价格扭曲的结果使得资源配置造成了低效，而且并没有使得我们意图上希望得到好处的人得到好处，因为造成了人为的稀缺。针对政府角色定位，他还说，从市场经济的角度来看，所谓的“公正价格”完全是一种几百年前的概念。政府的一切工作是为了人民的利益，一切利益以人民为重，这个不能动摇，但是必须注意人民的利益有长远的、短期的，片面地强调眼前的、直接的利益，有时候会损害长远的、间接的利益。对于进城打工者，一年要回家一次，可以采取别的措施，比如说给全体打工者补贴，这是可以做到的，这个可能更加实际。
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从吴敬琏的观点可以清晰地分析出他的思路。一方面，坚持市场经济，以价值规律办事。另一方面，政府发挥公共职能，维护弱势群体的利益。政府和市场各行其是，互相配合。如果政府过多干预市场，不仅催生黄牛党、内部交易等灰色空间，也不利于底层民众分享改革成果。归根结底，要推行市场经济法治化，建立稳定健康的经济秩序。此外，这也与他一贯秉持的社会保障观点相一致。
中国独特的环境常常令事物丧失本来面目，衍生出诸多变相。众所周知，在一个充分竞争的市场当中，价格会随供给关系上下波动。但中国铁路属于国营，本不存在竞争，在供不应求的情况下，要满足低收入者的需求，只能动用政策调控，而不以市场手段解决，这使得中国的市场经济看起来有些似是而非。作为市场经济不遗余力的推行者，吴敬琏自然深知这其中的微妙，但正如李鸿章所言，一代人只能做一代人的事，吴敬琏无法突破的局限性，只能留待后人解决。
然而，一波未平一波又起，性格直率的吴敬琏很快又莫名其妙地陷入“间谍门”的旋涡当中。
危机的源头是一条手机短信：吴敬琏涉嫌出卖国家情报，已经被有关部门以间谍罪隔离审查。吴敬琏涉嫌将一些机密材料泄露给为某国服务的女性友人，这则消息最先在京城媒体人士中间四处流传，引起一番热闹。随着海外媒体的介入，这一消息引发热烈讨论和丰富联想。有媒体将此事与另一起财经事件联系在一起。8月19日，摩根大通中国区首席经济学家龚方雄忽然对外透露，中央政府正在研究“出资2 000亿~4 000亿元人民币刺激经济”。这一消息导致第二天上证股指大涨7.7%，摩根由此获利不菲。而坊间猜测，龚方龙消息的来源是吴敬琏。
处于风暴中心的吴敬琏对流言飞语早已习以为常。实际上，在他被“带走”的传言爆发之际，他刚参加完国务院信息化专家咨询委员会的办公会议，从外地赶回北京，对这则无中生有的谣言不屑一顾。
8月29日下午，吴敬琏任职的国务院发展研究中心在官方网站的首页刊出声明称：吴敬琏教授目前工作及生活一切正常，并将于2008年8月30日如期出席相关学术会议。第二天，吴敬琏出现在北京顺义的中国改革开放30年经济论坛上，他的主题发言是：中国改革向何处去：市场经济，还是重商主义？由此，平地生起的风波才逐渐平息。
沸沸扬扬的“间谍门”令尊敬吴敬琏的人为他捏了一把汗。有人认为，吴敬琏积极倡导市场经济，引起反对者不满。也有人认为，吴敬琏近年来大声指责权贵资本，为中小股民代言，触犯了一部分人的利益，因此遭此报复。对此，吴敬琏夫人周南说：“他说不能违背良心，说一些奉承、迎合的话，所以可能得罪了一些人，这种可能性是有的。”因此，有人善意地提醒他避一避风头，但这个倔犟的学者很快又出现在上海的一个经济论坛上，阐述对金融危机的系统性看法。
危机往往让现实变得越发清晰。尽管中国经济在2009年曲线反弹，但沉疴犹在，恶疾难除。效率低下、污染严重的粗放的发展模式和腐败蔓延、贫富悬殊的分配格局越发凸显。吴敬琏忧心忡忡地指出，要尽量保持大部分中小企业能够继续运转，但根本问题还是要实现经济增长方式的转变。
吴敬琏仍在不遗余力地呼唤“法治化”，这很容易让人们想起前几年的他，以及更远时空下的那个少年……
温和的斗士
林子里有两条路，朝着两个方向，而我——我走上一条更少人迹的路，于是带来了完全不同的一番景象。
——美国诗人佛罗斯特
人的一生总是面临选择。60多年前，当少年的吴敬琏跨入经济学的课堂时，恐怕不曾意识到，他这一无奈之选，就如多米诺骨牌一般，引发了此后一连串的选择。
很多时候，选择是沉重而残酷的。未来有多种可能，当下作出选择的同时，也就放弃了某些东西。而一旦这种选择超乎个人，上升至社会层面，更多人的生活将被牵扯进来，其重要性更甚一层。
自幼体弱多病的吴敬琏并不是思想上的弱者。他选择成为一名经济学者，与当初梦想成为一名工程师的原因一致，“这个学问和实业报国好像还有那么一点关系”。
然而，经济学并不是什么轻松的专业。关于经济学家，套用约瑟夫·普利策那句关于记者的名言，或许也可以这样说：“倘若一个国家是一条航行在大海上的船，经济学家就是船头的瞭望者，他要在一望无际的海面上观察一切，审视海上的不测风云和浅滩暗礁，及时发出警报。”
不过，现实的情况总令人存有遗憾。实际生活中，纷繁杂芜的景象常遮蔽视线，让判断和选择不那么轻松。
由于所受教育、所处环境的制约，吴敬琏曾经对计划经济深信不疑，甚至与人联合撰文反对对此存有异议的孙冶方。吴敬琏是一个倔犟但不固执的人，随着视野的拓展和认识的加深，当他摒弃激进，开始独立思考的时候，竟然又自觉地站到了计划经济的对立面，为市场经济摇旗呐喊。
由一个阵营投身另一个阵营，人们常因行为摇摆而质疑学者的操守和品行。但吴敬琏日后从未回避这段经历。在他看来，这并不是什么不光彩的“背叛”，而是发现真理之后的弃暗投明。
从外貌上看，吴敬琏身材纤瘦、面目清秀、脸庞圆润，一副文弱的知识分子形象，但这并不妨碍他追求真理。实际上，他骨子里始终洋溢着报国的热情，谦和温润的外表下，思想锋芒毕露。
作家苏小和曾在一个公开场合见识过吴敬琏的棱角：有人反复提到“三年自然灾害”这样的历史表述，一旁的吴先生绷不住了，他拿过话筒说：“自从有的电视台用三年自然灾害描述当时的三年大饥荒，我就再也不看那些所谓的节目了。关于三年大饥荒，刘少奇主席早就说过，那是三分天灾，七分人祸！”吴敬琏的坦率与大胆，由此可见一斑。
处于社会转型期的经济学家们注定面临诸多选择。从计划经济与市场经济、“冷热”之争，到调控与反调控、整体配套和单兵突进，再到股市之争和权贵现形，每一个改革的十字路口，都有吴敬琏的身影。
学者的固执表现在一旦认定某个真理就永不回头，而吴敬琏正是这样的人。自从倡议市场经济开始，他始终没有怀疑过这个选择。绝大多数时候，他总是以中立的姿态发言，提出建设性意见，修复改革的瑕疵，却常常招致不解和非议，而捍卫真理的决心使他有勇气面对无数次非难。
然而，随着改革的推进，市场经济本土化过程中暴露出来的种种迹象表明，瞭望者的队伍也开始分层衍化。
当今社会，已经很难再听到客观、公正，令人不怀疑动机的声音了。利益像血吸虫一般爬满社会的各个角落，每一种声音的背后，都有千丝万缕的关联，它们被包裹扭曲，就连发声者本身也常常难以分辨真伪。而经济学家们所处的位置，拥有的名誉、声望和发言权，使他们自然而然地成为利益集团争相拉拢的对象，而一旦拉拢不成，他们又常常陷入非常不利的窘境。
进入21世纪后，中国经济领域的每一次论争背后，都开始出现一个同样的疑问：经济学家究竟为谁代言？与此同时，社会上开始出现诸如“被豢养的经济学家”、“权贵代言人”之类的言论。看似偏激的言辞其实并非空穴来风。经济学家队伍变得良莠不齐早已是不争的事实。在现实的诱惑前，很少有人能耐得住寂寞。翻看他们的简历，很多人担任上市公司董事，个别经济学家的家族掌管数十家企业，不能不令人心生怀疑。
在财经作家吴晓波眼中，吴敬琏“从外貌到灵魂干干净净”。身居国务院发展研究中心研究员、中国人民政治协商会议全国委员会常务委员兼经济委员会副主任、国务院信息化专家咨询委员会副主任、国务院发展研究中心学术委员会副主任等“要职”的他，并不是什么公司的董事，他的子女也没有人从事商业经营。
作为“整体协调改革”方案的支持者，吴敬琏对改革过程中国企改革与社会保障领域的落后状况忧心忡忡。在他看来，这是前进的短板，必定会拖慢整体改革进程。因此推出《呼唤法治的市场经济》一书，痛陈权贵资本主义，呼吁全国上下切实推进改革，建立公正的经济制度。
随后几年，房地产热、股市泡沫、权力寻租、腐败盛行、分配不均、社保滞后等问题愈演愈烈，人们才充分认识到问题的严重性。不过，已经病入肌理的中国经济要走出困境，势必需要刮骨疗伤的勇气。
另一方面，既得利益者也不会放弃抵抗。而吴敬琏的锋芒，令一些人不快，常常为他招来麻烦。一生参与数十次激烈论战的吴敬琏并未替自己申辩，这位历经沧桑的老人异常镇静坦然，他甚至没有表态，仅有供职的单位进行文字回应。此时，人们不经意间想起不久前他在报纸上对记者说过的那番话：如果以经济学家的身份发表意见的时候是根据生意上的利益说话，不是按照事物的本来面貌说话，就失去了基本的职业操守。
温和与激进的性格在吴敬琏的身上如此契合。无论什么时候，秉持操守的他都是不可能为自己进行申辩的，一旦涉及自身，这个慷慨激昂的斗士就会忽然变成弱不禁风的少年，温文尔雅。
客观评价一个人是极其困难的一件事，尤其当他是一名公众人物的时候，外界的声音常常左右评价者的判断。回顾吴敬琏未竟的一生，他引起过争议，也激起攻讦，有人对他崇敬有加，也有人不以为然，肆意中伤陷害，这一切都与他的经济立场密切相关，是意料之中的事。但翻遍所有文章，不是流于赞扬的浅薄，就是沉湎于恶意的谩骂，似乎从来都没有出现统一的声音——他本来就是争议性的人物。
实际上，不光是吴敬琏，任何一名经济学家都有其自身的局限性。人们之所以对其作出截然不同的评价，是因为立场不同，观察的角度不尽相同。
站在时代高度来考察吴敬琏的价值，一方面，他推动了市场经济在中国的发展。这是改革开放特殊背景对经济学家的要求，如果没有吴敬琏，势必还有其他经济学家出现。另一方面，在市场化进程中，面对中国特殊国情，吴敬琏提出了许多本土化解决方案，譬如难能可贵的法治化。这对于素来缺乏规则、秩序和契约精神的中国，无疑是一项极大的挑战，以吴敬琏一人之力，一定很难取得成功。它有赖于社会的长足进步，是时代给这个古老农耕民族立下的永恒命题。
吴敬琏的贡献在于，他总是先人一步提出建设性意见，并以饱受争议的方式，打开窥视秘密的天窗。正如一家媒体对他的评价：“他的话常常引起波澜，而他的话又是经济发展中不能被忽略的声音。”无论支持他，抑或质疑他，人们心中都将埋下一颗种子，在未来生根发芽。
历史不会忘记任何个体的努力。2010年1月24日，吴敬琏迎来了他80岁的生日。满头白发的他，亲历中国经济的昏暗、探索、争论、迷茫和前进，仍以耄耋之身一次次向权贵资本发起挑战。
关于吴敬琏62年前的那次选择，美国诗人佛罗斯特在诗歌《一条未走的路》中描写的那一幕恰如其分：林子里有两条路，朝着两个方向，而我——我走上一条更少人迹的路，于是带来了完全不同的一番景象。
