杰斐逊是独立战争时期的有功之臣，同时还是一位才华横溢的思想家，他不只有着强烈的民主共和思想，并且还待人真诚友好，因此，拉菲特以及其他的一些高官时常出入他的府邸。赶来拜访杰斐逊的人，大部分都是一些不受旧传统束缚的青年人，他们中的很多人都有过留学欧洲的经历，回国后，这些人便积极地参与了国家政治，形成了人数众多、热情激进的爱国者党派。他们对政府的弊端进行了抨击，并提出了要采取对应的改革办法，给政府官员提供了很多可以学习的东西。这个党派把杰斐逊视为他们的权威，不断地要求他为政治改革运动提出更多指导性的意见。因此，尽管杰斐逊没能返回美国参加制宪大会，但是他的理论却通过这些人之口得到了实现。
杰斐逊同意了新宪法中的绝大部分，并且认为新宪法能够代表美国大多数公民的利益。三权分立的体制确实能够保证国家的稳定。选举方式采取投票的方式进行，令各个州的利益都能够得到照顾，这些全都是十分好的方面。让杰斐逊感觉到问题严重的地方是，新宪法里缺少一部用来保护公民自由、能与政府和司法机关相制约的权益法。此外，宪法还应当规定，国家应该通过法律的形式来取消在审理案件中陪审团的讯问制度。杰斐逊还反对总统连任，他在1788年5月写给华盛顿的信里坦率地说出了个人的这个观点。他忧心总统连任制会逐步导致总统终身制，这便成了君主制的变种。如果有一位高高在上的专制统治者存在的话，那么这个国家就不可能长久地保持民主与和平。不管如何说，杰斐逊对君主制都十分恐惧，他时常祈祷上苍，盼望上帝能够救救这些在君主制下生活的人民。杰斐逊对美国的政治十分关心，他认为美国当前就已经存在着君主化的倾向。他竭力反对将总统称为大人，认为一旦用“大人”、“阁下”这样的称呼，就必然会造成不平等现象的出现。
总统改选制实施后，华盛顿坐上了总统的宝座。杰斐逊对此并没有什么不满，他只是希望华盛顿在任期内不要改变总统改选制。他相信华盛顿的执政才能是世界一流的，凭借他的威望，华盛顿一定能够带领新一届美国政府快速地向前迈进。当时的杰斐逊正全身心投身于法国政治改革当中，他对爱国者党派十分感兴趣，他把他们的成功看成了是欧洲政治进步的新曙光。1789年2月3日，莫里斯因为私事前往了巴黎，他随身携带了华盛顿写给驻英、法、荷兰三国公使的亲笔信。信的内容很快便得到了上流社会的认可。莫里斯本人对于爱国者的政治改革持有反对意见，这方面他和杰斐逊非常不同，他曾经直言不讳地说杰斐逊是个“十足的政客”。
莫里斯在巴黎期间，给法国驻美公使写了一封信，在信里他说，法国当前正处于一个转折时期，结果可能会有两个，要么有一部基本大法，要么让意愿接着主宰法律。法国的贵族阶级、平民全部都看好大选，认为只有大选才能够将法兰西民族体内沉睡的巨大能量唤醒。法国民众共同要求法国国王召开三级会议，对改革方案进行。因此，杰斐逊成了三级会议的倡导者，他感觉那里是充满了进步和民主的地方，每个人都完全可以表达个人的意愿。杰斐逊结识的爱国者党派成员多数都来自于布列塔尼俱乐部。莫里斯评价当时的杰斐逊说：“我不敢苟同他的政治观点，但是这并不影响我对他本人的钦佩。每天他口里高喊的全部都是自由、民主与和平，同那些法国的爱国者领袖们是一样的。”
华盛顿以前的副官、著名的画家约翰·特朗布尔从欧洲返回了美国。康华利投降时的很多法国将领现在都成了杰斐逊家里的常客，他们是法国非常热心的鼓动家。待在法国的时候，特朗布尔不只为他们逐一画了肖像，同时还与拉菲特侯爵建立起了友情。法国大革命爆发期间，拉菲特侯爵曾经参与了多次活动，特朗布尔都在场。特朗布尔让人给华盛顿捎来了侯爵的口信，侯爵想让华盛顿尽快了解法国的情况，以及他自己从事活动的进展状态。依据侯爵的叙述，孔多塞侯爵、罗什富考尔公爵和和拉菲特及其他那些领袖人物的目的便是制定一部与英国类似的宪法。迄今为止，大不列颠政府都是十分完美的政府，这个事实不可否认；而要实现这一目的，就必须要削弱王权。拉菲特准备把国王依然作为宪法中的主体，但必须要对他的权力进行一定的限制。法国的贵族阶级已经不多了，拉菲特想要通过国王加封一些新的贵族的方式把权力夺回来。
拉菲特还期待着法国贵族阶级可以组成像大不列颠上院这样的机构，他们认为法国的三级立法机构的代表们可能会同意，但是他们的这些建议却遇到了拒绝。主要原因是奥尔良公爵的阻挠，他极可能因此而变成人民的罪人。法国不乏有识之士，每个城镇都可以找到有真才实学的人，因此，奥尔良公爵用他自己的钱财收买了很多有才能的人，他的目标便是置国王于死地，然后自己取而代之。当时的巴黎，到处都可以找到自称是“优秀爱国党人”的反叛分子，他们都希望天下大乱，梦想着能够从混乱当中捞取到一些好处。他们到处煽动工人和农民的不满情绪，以达到那些不可告人的目的。从某种程度上来说，这些人的做法和公爵用钱收买亡命徒去迫害百姓的做法如出一辙，他们都是人民的败类和国家的敌人。不只是这样，公爵还扇动激进的青年人去对大选进行破坏，他们打着热爱自由、热爱人民的幌子，力图把法国推向灾难的深渊。
特朗布尔和拉菲特结束了谈话之后，国民公会马上便把大选会场从凡尔赛迁到了巴黎。布列塔尼俱乐部也跟着来到了雅各宾修道院，很快便成为了人人皆知的雅各宾俱乐部。拉菲特自己不同意俱乐部的成立，他感觉此举会对民众造成太大的危害。
在听完了特朗布尔的汇报后，华盛顿的思想十分沉重。很快，他又得到了拉菲特侯爵和杰斐逊开始动身返回回美国的消息，或许此刻他们已经抵达了弗吉尼亚。根据这种情况，华盛顿马上写信给杰斐逊，邀请他来出任美国的国务卿。杰斐逊虽然接受了任命，可他需要过一段才能前往纽约赴任，在此之前他要先办理一些家务事。
1790年1月4日，国会再次举行了，但是直到8日，到会的两院议员才勉强超过了半数。华盛顿主持了开幕式并且进行了演讲。在演讲当中，华盛顿提请了国会需要审议的几个重要事项，其中有加强国防预算、压缩驻外机构开支、促进对外交往、外国侨民归化法、美国货币和度量衡统一法、注意发展邮政事业和邮路、促进商业和农业发展、促进科学和文学事业进步以及支持政府信用的多个事项。
在所有提请的事项当中，华盛顿尤其关心最后一项。经过了千辛万苦，新政府终于组建了起来，但政府的办事效率却还不尽人意。因此，要想恢复国家的名誉，不但要解决财政问题，还必须要提高政府官员的公信力。为了偿还贷款，政府希望13个独立的州出钱，但他们也可以不出。从某种程度上来说，当时的联邦政府还不是统领于其他各州政府之上的机构，甚至还位于这些州的下方，什么事情还都需要它们的帮忙。独立战争结束的时候，国家共欠外债4200万美元，由于没有掌控好各个海港的海关，这时的联邦政府基本无法偿还这笔巨额债务。不只是外债，联邦政府还需要解决独立战争期间给国内遗留下来的很多问题，当时许多人捐出的家产、国家强行征用的土地成为了这些国内问题中的老大难。由于国家长时间欠债不还，公债的公信力骤然下降到了最低点，实际价格已经不足票面价格的六分之一。到处流通的公债，在民众眼里早已成了无用的废纸，大家不再对国家怀有同情心。从法律的角度来说，政府一定要偿还这些债务，这是无法逃避的。除此之外，为了联邦政府各个州也欠下了高达2500万美元的债务，其中，南卡罗莱纳州和马萨诸塞州各欠500多万美元，弗吉尼亚州则欠了350多万美元。
在这样的一种形势下，杰斐逊在纽约就任了国务卿。杰斐逊十分反对君主制，他尤为不能容忍那些过着奢侈浪费生活的君主们。早在弗吉尼亚时他就听说过华盛顿的政府总是采取十分隆重的欢迎欢送仪式，不只这样，还有人说华盛顿喜欢大摆君主派头，经常擅自举行极为盛大的宫廷招待会；日常，华盛顿夫人也经常以皇后自居。听到如此的传言令杰斐逊感到十分恼火，抵达纽约之后，友人麦迪逊的一番谈话让他更加对此传言表示深信不疑。麦迪逊十分反对政府的奢靡之风，他认为，华盛顿之所以能够这样铺张，原因便是他身边具有那些阿谀奉承的人。杰斐逊抵达纽约之后，基本上是带着有色眼镜来看待所有这一切的。刚刚结束的战争和新政府的成立依然是大家议论的重点，那时的君主主义观点仍然十分盛行，在杰斐逊接触的众多客人当中，他发现很少有人为民主、为共和仗义执言。为了表明他们拥护新政府，大家经常说的一句话就是：当前的宪法虽然是好的开端，但它只能说是美国走向另一个君主制的跳板。
