由于无法扭转联邦党人控制国会通过那些法案的事实，杰斐逊派转向各州求援。弗吉尼亚和肯塔基两州最先响应了共和派的呼声。在举行群众活动大规模抗议《敌对外侨法》和《镇压叛乱法》的基础上，两个州的议会联合起来直接在法律层面上向联邦党人发起了挑战。
杰斐逊亲自替肯塔基议会起草的决议于1798年11月16日得到通过，宣布中央政府的两个法案违反了宪法附带的《权利法案》。杰斐逊在决议中宣称，各州“享有平等的权利，就违宪之处该自行做出判断”，并“采取适当的补救措施”。而对于一个违背了宪法原则的法律，最好的“补救措施”莫过于废止。也就是说，在肯塔基州境内宣布联邦违宪的法律无效。弗吉尼亚的决议则由麦迪逊起草并于同年12月通过，这个决议声称当中央政府威胁了人民的自由权利之时，各州“有权并且有义务倡导停止那些有害的行动”。以此作为开端，此后的美国历史上州政府或者领袖宣布废止联邦法律的情况时有发生（而其中最严重的一次，直接导致了美国内战）。
尽管《敌对外侨法》与《镇压叛乱法》引起了美国大众的普遍不满，但是肯塔基和弗吉尼亚的决议在其他各州基本未获得支持，不过在南方各州这两个法案也未被强制执行。由于联邦党人的我行我素和刚愎自用，他们“镇压叛乱”的希望实际上正在催生出叛乱的种子。在弗吉尼亚，民众集会要求在哈珀渡口（Harpers Ferry）建立兵工厂生产武器，使用自行生产的武器重新武装民兵。对于这些措施的资金来源，集会群众提出，可以为此增税——这是美国历史上破天荒的事情，竟然由民众倡导和主动提议进行征税。类似的事件在肯塔基也有发生。而在费城，联邦党人被迫增设治安员沿街巡逻，以保护政府官员或者公务员不被愤怒的民众袭击，甚至有人还看到亚当斯总统悄悄地把枪带进了官邸……
总之，到了1799年年初，由对法国的准战争和联邦党过激政策所引起的冲突，已经使这个国家濒临动乱的边缘。
为了保卫国家，联邦党人践踏了自由，越过了宪法，靠向了专制的边缘。而结果呢？联邦党人所努力避免的事情，而今正随着他们的努力逐渐转变成为现实。杰斐逊派的共和党人还清楚地记得，就在几年前联邦党人是以怎样的速度部署军队去镇压“威士忌暴动”的，而这些军队似乎就将被用来对付他们。国会被操纵在居于多数的联邦党人手中，如果国会通过了建立常备军的法案，并将这些军队置于联邦党人的控制之中，那么他们也只能听之任之，共和党人现在所能做的只不过是促使个别的州发表声明，拒绝执行联邦的法令而已。所有人都知道，在武装力量的直接威胁下，这种声明是空洞无物的。然而杰斐逊派的共和党人并未绝望，因为他们早就明白亚当斯和汉密尔顿并非同一类人。
是的，作为一个资深的革命者，作为《独立宣言》的起草人之一，约翰·亚当斯非常清楚在一个政治并不稳定的国家里维持常备军的风险。“该死的军队将使国家毁于一旦！”对于国防，他相信在美国这样的国家内，海军才是国家的第一道防线，而陆军往往会起反作用。当党内一些人开始提议建立常备陆军，并提议汉密尔顿担任军队总司令时，亚当斯感到了发自内心的深深恐惧，而他随后的行动在使联邦党人大为泄气的同时，也使得担心自己将沦为镇压对象的共和党人长舒一口气——亚当斯并未提名汉密尔顿来牵头组建美国陆军，而是只提名了少数几名不那么著名的军官。这意味着构建常备陆军的道路还很遥远，而且未来的陆军也不会被直接掌控在那些最狂热的联邦党人手中。
这使亚当斯那些狂热的同伴们很失望，而接下来总统要做的事情无疑会使他们认为亚当斯已经背叛了联邦党人。
1799年春天，总统的儿子约翰·昆西·亚当斯从欧洲归来，他带回了法国外交部长塔列朗的信件。这一次法国真的打算和美国谈判签署协议了。对身边正愈演愈烈的政治狂潮深感忧虑的亚当斯决定抓住这个机会。他对联邦党人解释道：“战争之后是和平，和平在召唤我。”由于担心和法国的战争最终会“损害国家”，亚当斯决定寻求和平。但是和法国谈判的立场却激怒了他的内阁，因为联邦党人的种种计划是建立在和法国的危机之上的。国务卿皮克林对总统派遣特使的命令不予理睬，而他随即被解职。之后，亚当斯自行安排了特使，起程赴法和谈。在1799年年底，美国和法国的外交人员终于达成协议，这份协议使美国和平地退出了1778年确立的美法联盟，并结束了之前和法国维持的“准战争”状态。
1799年年底，对于亚当斯而言，他认定自己能够获得连任的唯一机会在于建立一个超越党争之上的和平联盟，然而这只是他的一厢情愿。他将汉密尔顿和联邦党极端分子置于军权之外，他和法兰西的和解以及种种行为已经使汉密尔顿的追随者们将他视为叛徒。现在，在这个亚当斯宣布将争取连任的时候，这些人正在联合起来密谋使他失败。
权力移交
当合众国的第一任总统，无可替代的乔治·华盛顿在他的弗农山庄永远闭上眼睛的时候，这个国家即将迎来它建国之后最关键的时刻。
1800年，不论是对于联邦党还是共和派这都是关键的一年，合众国即将迎来它的第四个总统大选年。在之前的10年时光里，正如乔治·华盛顿在离任时所说的那样——政治分裂了，合众国诞生伊始就陷入了党争的漩涡，难以自拔。
在这关键的一年，联邦党人陷入了内乱，汉密尔顿派和现任总统亚当斯虽未公开决裂，但彼此的矛盾已经难以弥合。联邦党人白白浪费了从“XYZ事件”和“准战争”中获得的政治优势，当1800年到来的时候，他们既面临着内部的分裂和对抗，又面临共和派民众“违背宪法滥用联邦权力，镇压不同政见者，企图用联邦军队对付联邦人民”的严重指控。
随着大选的即将到来，费城的形势再度紧张起来。一名英国报纸的观察员在他的新闻邮件内这样写道：“纷争四起……普通的巡街人员已经无济于事，轻骑兵被召集起来维持秩序……城市里一片混乱，外出已经成为了非常危险的事情。成群结队、年轻好事的联邦党人在街上游行，他们头戴别有黑色徽章的帽子表示他们对英国的好感，这些人很快就和另外一批头戴蓝白红三色徽章的共和党人打成了一片。”
支持两派的群众已经在街头展开了如此热烈的“联谊”，而在远离街头斗殴地点的城区中心，在那里举行的群众集会和公开演讲亦是当时政治选举中两派交锋的一大舞台，双方的核心人物也将在此粉墨登场。联邦党政要费希尔埃·姆斯（Fisher Ames）攻击杰斐逊是一只“咄咄逼人的火蜥蜴”、“以毒为食的癞蛤蟆”，杰斐逊派也以同样的方式回敬。在西方的政治选举中不存在屁股干净的一方，除非有人想以马克·吐温《竞选州长》中那样的方式收场。
在1800年的竞选角逐中，没有折中道路可走。杰斐逊宣布：将以这次选举来重塑国民的品格。因为人们必须在“共和制度和贵族政治”中进行抉择。是的，虽然还有千千万万的年轻人戴上别着黑色徽章的帽子，但是决定自己的政治命运和参与游行并不一样，又有谁会愿意将自己的未来置于《镇压叛乱法》这种极端的监督之下呢？在表态的时候，人们可能会很轻易地对一切作出结论，但是当他们需要为自己接下来的生活方式作出选择之时，他们的行动无疑会慎重得多。
选举到来的日子曾导致举国弥漫着紧张气氛，然而想象中的政治大喷发并未发生。那些之前在政治游行中扭打成一片的人，正以一种“异乎寻常”的诚恳态度参加到了选举活动之中。
联邦党人可以控制新英格兰，这有两方面的原因。一是当地民众对亚当斯的个人忠诚，二是鉴于当地与英国密切的贸易往来，新英格兰的权贵们惧怕共和派将会从法国引来暴力革命。在中部的宾夕法尼亚和中南部的北卡罗来纳，共和与联邦两派相持不下。而在弗吉尼亚、肯塔基、田纳西、南卡罗来纳和佐治亚，共和派占据了绝对优势。
统计结果出来了，杰斐逊派取得了决定性的成功，属于共和派的两个总统候选人均得了73票，现任总统约翰·亚当斯获得了65票——虽然民众并未完全抛弃他，但是在权衡了建国第一个10年的风风雨雨之后，他们盼望能够生活在宽容之中。联邦党选择的道路也许适用于纷乱的欧洲，但注定将被美国所抛弃。
根据美国宪法规定，如果两个被选举人票数相等，那么就必须在众议院内决出胜负。曾经控制着参众两院的联邦党人别无选择，他们必须在两个共和派候选人中作出选择。最后，他们选择了杰斐逊，这个人更稳重一些，丰富的兴趣爱好和出于对美好生活的追求使他和激进倾向绝缘。1800年的大选对于美国有着非比寻常的意义，其意味着对政府的控制权第一次由一个政党转移到另一个政党手中，其过程虽然艰辛，但最终和平、合法地实现了。对此，杰斐逊评价道：“就一个政府的原则而言，1800年的变革是一场真正的革命，如同1776年对合众国政府的创建一样。”
托马斯·杰斐逊，美国的第三任总统，他的就职典礼并未在繁华的费城或者纽约举行。在万人的欢呼和簇拥之下，这个国家的首都已经迁到了当时还很荒凉的哥伦比亚特区之内。和纽约或费城相比，这里缺乏舒适的食宿条件，也没有通向繁华世界的四通八达的道路，这个后来被称为华盛顿的地方，当时还只是波多马克河北岸的一片空地。1801年3月4日接近中午时分，这位衣着简便的总统徒步从附近的寓所步行到了国会大厦，宣读起他简短的就职演说。一个坚定的联邦党人，刚刚被离任的亚当斯总统任命为联邦法院首席大法官的约翰·马歇尔为他主持了整个仪式。最后，一个民兵连鸣响了16响礼炮，宣布第三任合众国总统正式就职。
托马斯·杰斐逊宣称要开创合众国历史上的一个崭新的时代，一个政治和解的时代，一个自由的时代。所有人都不会怀疑他的这番决心，尽管这个合众国刚刚从暴力与混乱的阴影中走出来，然而我们也有理由相信他和共和派对于其政治信仰的诚挚追求。
所要叙述的远未言尽，让我们用一则简短的记录来结束本章。
“今天早上我有幸目睹了一个有趣的场景，政权的交接往往伴随着混乱、罪恶与血腥，但是，在我们这个幸福的国度，无序和不快都没有发生。”华盛顿当地的一位名叫塞缪尔的女士在写给她朋友的信里这样叙述。
末了，在信的末尾，她又加上了“哈利路亚”。
