当时，时局动荡不安，民众对皇室已经心存不满，这些都有利于肃顺等人。京城为夷军所占，许多省份也饱受战乱之苦，此时人们都在期待更换统治者。毫无疑问，摄政大臣在处理各种国事上已经得心应手，颇富经验，若想得民心以主持大局，并非什么难事。然而，他们的对手慈禧虽然为女儿身，却气度不凡，处变不惊，加上荣禄及诸位忠臣相助，国家形势逐渐开始发生变化，出现了崭新的局面。
首先，慈禧任命曾国藩为兵部尚书，派其带兵平息叛乱。曾国藩前线捷报频传，不久便从叛军手中夺回安庆（位于安徽省），为慈禧成大事带来了好兆头，之后的形势对慈禧愈加有利。她凭借过人的勇气与高超的政治手腕将反对者一一击破，为自己争得了时间和盟友，肃顺等人此时已丝毫没有了胜算。都察院友人劝诫慈禧，若想垂帘听政，必然会受到大清王朝法制的阻碍，因为大清家规规定皇太后不得干涉朝政。虽然顺治及康熙两朝曾经出现过多位辅政大臣辅佐幼帝的先例，却从未出现过太后干预政事的例子。再反观历史，我们还可以发现前朝那些摄政大臣没有一个是得了善终的。比如康熙幼年时的几位摄政大臣在他掌权后不是被罢免了，就是被逼自行了断。也许，恭亲王策划并支持两宫政变的时候，并没有领略到慈禧的能力，自认为让女人摄政，最终的大权必然会掌握在自己手中。
有一位满人，曾随驾逃往热河。据他回忆，慈禧勇气过人、极具人格魅力，受到了皇家侍卫的拥护才最终获得了胜利。在危急时刻，她处变不惊，处处谨慎小心，以免矛盾恶化。例如，为避免逆谋者生疑，她从不与荣禄公开接触，而是由自己亲信太监安德海（之后对此人还有交代）作为传递信息的中间人。安德海每日传递密信给留守北京的恭亲王，向其通报热河政局状况。与此同时，叶赫那拉慈禧还假装对政事不理不问，漠不关心，又对怡亲王载垣毕恭毕敬，消除了逆谋者的疑心。
八月十一日，赞襄政务大臣开会，商讨时局。之后，他们以幼帝名义颁布了一道圣谕，勃然斥责御史董元醇所奏由两宫皇太后暂时权理朝政的建议，并拿出先帝临终颁布的任命自己为赞襄大臣的圣谕作为凭证。同时，他们又以幼帝之名宣布，先帝灵柩将于下月初二启程回京，这恰恰是慈禧日夜所盼之事。作为赞襄大臣，护送先帝灵柩自热河至京城的全程（约150英里）他们都需参与。先帝灵柩极重，由一百二十人抬着，一路上走的又都是崎岖的山路，回京的行程必然会因此放缓。沿路每隔十五英里设有一处休憩之地，供先皇遗体和护送官兵夜间留宿。由此计算的话，摄政王返京至少需要十天，若遇到刮风下雨，肯定还要耽搁几日。对两宫太后而言，送葬队伍回京路途所耗时间越久，自己越有优势，因为她们并不需要护送灵柩。如果乘坐快轿日夜兼程，五日之内她们便可抵达京城。清廷礼节规定，先帝灵柩出发前，新帝及先帝的皇后及嫔妃必须摆仪式祭酒，然后先行回京，抵达京城之后再次摆仪式祭酒来迎接送葬队伍。慈禧意识到自己即将拥有战略优势，能够抢在敌人之前赶回京城，先发制人，一举粉碎逆谋者的计划。慈禧立即送信告知恭亲王此事，并令其准备迎驾回宫，商讨之后的策略。
载垣及其同党明白，慈禧抢在自己前头返回北京，自己就会身处极其危险的境地，之后必然还会面临更多的困境和麻烦。因此，他们决定在慈禧与慈安回京的路途中将两人一并除掉。为了达到这个目的，他们坚持由自己的贴身护卫亲自护送两宫皇太后回京。如若不是荣禄听到了刺杀太后的风声，两宫太后必定无法活着回到京城。荣禄行事果断，于当夜即刻离开送葬队伍，带上自己的忠仆，快马加鞭赶去营救太后，并在她们到达古北口前赶上来了。古北口乃是平原与蒙古山道的分界地，这里就是肃顺打算除掉两宫太后的地方。
送葬队伍从热河启程后不久便大雨滂沱，道路泥泞无法前行，太后无奈，只好于峡谷中寻找避雨歇脚的地方，衣食与住宿也没有提前安排。此时，护送灵柩的队伍也因为下雨，行进迟缓，落后她们大约有十英里。慈禧此时依然不忘礼节，以两宫的名义，派了几个人返回梓宫歇脚处，询问皇帝灵柩是否安妥。紧接着，怡亲王及诸位赞襄大臣回复，称灵柩已经安全抵达第一个休息地。听到消息，慈禧从自己的俸禄中拿出一千金赏予搬运者，以示对他们辛劳的肯定和赞赏。怡亲王虽然清楚，只要太后活着，自己的危险便会时时刻刻增加，但他仍然不忘职责及大清礼仪，回奏太后，感谢她们对皇帝遗体的担忧挂念。慈禧也回赞其忠心耿耿，尽职尽责。就这样，在生与死的较量中，两方始终保持以礼相待。两者交换的信件在朝廷的官方文件中都有存档，从这些文件中我们可以看出不管是汉族还是满族，即使是在危急时刻，依然将形式与礼节看得无比重要。即使是在后来的义和团叛乱时期，依然如此。
雨停后，两宫继续赶路，在荣禄的保护下，她们安全通过山口，之后的路程没有了埋伏也就安全许多。九月二十九日她们抵达京城，比送葬队伍提前了整整三天。刚一抵京，她们立即召开秘密会议，与会者包括先帝的弟弟以及衷心耿耿的诸位尚书、大臣及皇族。他们密谈了很久，认为尽管圣母皇太后手握重要的印玺可以令颁布的圣谕生效，但反观前朝，从未出现过命令官兵在皇帝灵柩刚刚抵京就即刻擒拿护送梓宫的赞襄大臣的先例。这样做显得对先皇不敬，并且此时恰值新帝即位，这样做显然并不合适。最后，会议一致决定，所有事宜此时都应谨慎小心，不可操之过急。表面上，还是要遵循大清的礼节，皇帝灵柩一到，先罢免赞襄大臣的摄政大权，其余的从长计议。
先帝灵柩于十月初二一早自西北门进京，初一晚上，恭亲王已经派重兵驻扎于此，防止载垣同伙发动政变。幼帝由皇太后陪同，穿着孝服出来迎接梓宫归京。随同幼帝的还有咸丰帝的弟弟及一群朝中大臣。灵柩进门时，皇帝及其随从全部下跪行礼。灵柩前由天子仪仗开路，后面跟着大队的满族骑兵，浩浩荡荡进入北京城。怡亲王及诸位赞襄大臣已经履行了自己的职责将皇帝灵柩安全妥当地送回了京城，按照礼制，下一步他们需要亲自觐见并陈奏幼帝，如此之后才算真正完成了使命。为此，城门口搭起一个遮棚，供皇帝在此接见他们。当天在场的还有两宫皇太后，先帝的弟弟以及军机大臣桂良和周祖培。
慈禧一如往日，镇定自若，以西太后的至高身份对怡亲王说，自己与东太后对他及几位军机大臣能够尽职尽责完成护送一事深表满意与感激，现在既然梓宫已经安全返京，他们的监国使命已经完成，赞襄大臣的职位也没有必要，是时候罢免了。怡亲王听完脸色大变，称自己的赞襄大臣之职是由先皇授予，太后根本无权剥夺。况且现在新帝年纪小，太后没有经过赞襄大臣的允许，更没有权力在此面见朝臣。
“那我们走着瞧吧”，慈禧说着便令侍卫将三位赞襄大臣当场拿下，接着立即赶回皇宫在紫禁城的主门口准备妥当以迎接即将到来的梓宫。在中国，不管情形如何紧急，死者的事至关重要，甚至要放在活人事务之前办理。被罢免的几位赞襄大臣也默默地跟在后面。街道两旁排列的全部都是效忠于慈禧的侍卫，所以逃跑或是拼死抵抗此时都已经无济于事。慈禧遇事镇定，已经稳操胜券，她第一次尝到了最高权力的味道。
之后，两宫皇太后立即颁布圣谕，为确保圣谕的合法性，上面盖有皇帝发布圣谕必要的玉玺：
谕王公百官等：上年海疆不靖，京师戒严，总由在事之王大臣等筹划乖方所致。载垣等复不能尽心和议，徒以诱获英国使臣，以塞己责，以致失信于各国。淀园被扰，我皇考巡幸热河，实圣心万不得已之苦衷也。
嗣经总理各国事务衙门王大臣等，将各国应办事宜，妥为经理。都城内外，安谧如常。皇考屡召王大臣议回銮之旨，而载垣、端华、肃顺、朋比为奸，总以外国情形反覆，力排众论。
皇考宵旰焦劳，更兼口外严寒，以致圣体违和，竟于本年七月十七日，龙驭上宾。朕抢地呼天，五内如焚，追思载垣等从前蒙蔽之罪。非朕一人痛恨。实天下臣民所痛恨者也。朕御极之初。即欲重治其罪。惟思伊等系顾命之臣，故暂行宽免，以观后效。
孰意八月十一日，朕召见载垣等八人，因御史董元醇敬陈管见一摺，内称请皇太后暂时权理朝政，俟数年后，朕能亲裁庶务，再行归政；又请于亲王中，简派一二人，令其辅弼；又请在大臣中简派一二人，充朕师傅之任。以上三端，深合朕意。虽我朝向无皇太后垂帘之仪，朕受皇考大行皇帝付托之重，惟以国计民生为念，岂能拘守常例，此所谓事贵从权1。特面谕载垣等著照所请传旨。该王大臣奏对时，哓哓置辩，已无人臣之礼。拟旨时又阳奉阴违，擅自改写，作为朕旨颁行，是诚何心？且载垣等以不敢专擅为词，此非专擅之实迹乎？
总因朕冲龄，皇太后不能深悉国事，任伊等欺蒙，能尽欺天下乎？此皆伊等，辜负皇考深恩，朕若再事姑容。何以仰对在天之灵，又何以服天下公论。载垣、端华、肃顺著即解任。景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛著退出军机处。派恭亲王会同大学士六部九卿翰詹科道、将伊等应得之咎，分别轻重，按律秉公具奏。至皇太后应如何垂帘之仪， 著一并会议具奏。特谕。
两宫皇太后在东华门行礼之后，将梓宫暂时安置在皇宫的中心大殿内。
现在北京已经全权掌握在自己手中，且手下兵士皆对自己忠心耿耿，慈禧行动更加大胆果敢。她以自己及东宫皇太后的名义颁布了另一道圣谕，命令将三位主要的逆谋者送交宗人府严加查办，审办的事宜由恭亲王主管，最终判定将三人贵族封号及官职全部撤除。这份圣谕是慈禧这位未来的专制君主实行独裁统治的开端。圣谕内容如下：
兹于本日特旨召见恭亲王，乃载垣等肆言不应召见外臣，擅行拦阻。其肆无忌惮，何所底止。前旨仅予解任，实不足以蔽辜。
几位逆谋者中，慈禧对肃顺恨之入骨。尤其在热河期间，肃顺的福晋还曾经对她出言不逊。慈禧对此一直耿耿于怀，此时更是加紧报复。第二日一早，她特意针对肃顺又下一旨；
谕内阁，前因肃顺跋扈不臣，招权纳贿，种种悖谬，当经降旨将肃顺革职。派睿亲王仁寿醇郡王奕譞、将该革员拏交宗人府议罪。乃该革员于接奉谕旨之后，咆哮狂肆，目无君上，悖逆情形，实堪发指。且该革员恭送梓宫由热河回京，辄敢私带眷属行走？。尤为法纪所不容。所有肃顺家产，除热河私寓令春佑严密查抄外，其在京家产，著即派熙拉布前往查抄，毋令稍有隐匿。
肃顺的家产保守估计也有数百万英镑之多，慈禧太后将肃顺家产充公，不仅获得了战争所需要的银两物资，也大大地充实了国库，为她的统治打下了坚实的物质基础。前朝乾隆皇帝年间，曾有一位名叫和珅的军机大臣较肃顺更富一筹，最后和珅的家财同样被即位的新皇帝没收充公，充实了国库。
可是慈禧对逆谋者的怒气依然没能平息。次日她再下一谕，内容显现了她敛聚财富的野心，甚至还可以看出她作为妇人的节俭，敛财成为她一生的追求：
谕议政王军机大臣等，昨因肃顺跋扈不臣，已明降谕旨，革职拏问，并查抄家产矣。该革员于热河盖造房屋，年余尚未完工，所蓄赀财，谅必不少，著将该革员所有热河财产，密速查抄候旨。该革员身撄重罪，难保不于事前寄顿，并传谕将寄顿之处悉为指出，一律查抄。傥敢于扶同隐匿，不吐实情，将来别经发觉，定当重治其罪。
十月初六，恭亲王等人审完逆谋者后，上奏朝廷，请求处置。接着太后颁布了下面这道圣谕，定了三人的罪：
注释：①皇帝送葬队伍中私自携带家眷依照法律可判凌迟处死。
谕内阁、宗人府会同大学士六部九卿等，定拟载垣等罪名，请将载垣、端华、肃顺照大逆律淩迟处死等因一摺，载垣、端华、肃顺、朋比为奸，专擅跋扈，种种情形，均经明降谕旨，示知中外。
至载垣、端华、肃顺、于七月十七日皇考升遐，即以赞襄政务王大臣自居，实则我皇考弥留之际，但面谕载垣等立朕为皇太子，并无令其赞襄政务之谕。载垣等乃造作赞襄名目，诸事并不请旨，擅自主持。即两宫皇太后面谕之事，亦敢违阻不行。御史董元醇条奏皇太后垂帘等事宜，载垣等非独擅改谕旨，并于召对时，有伊等系赞襄朕躬，不能听命于皇太后。伊等请皇太后看摺，亦系多余之语。当面咆哮，目无君上情形不一而足。且每言亲王等不可召见，意存离闲。此载垣、端华、肃顺之罪状也。
肃顺擅坐御位，于进内廷当差时，出入自由，目无法纪，擅用行宫内御用器物。于传取应用物件，抗违不遵，并自请分见两宫皇太后于召对时。词气之闲，互有抑扬，意在构衅。此又肃顺之罪状也。
一切罪状，均经母后皇太后、圣母皇太后面谕议政正军机大臣，逐款开列，传知会议王大臣等知悉。兹据该王大臣等按律拟罪，请将载垣端华肃顺淩迟处死。当即召见众臣面询，以载垣等罪名有无一线可原。据该王大臣等佥称载垣、端华、肃顺跋扈不臣，均属罪大恶极，于国法无可宽宥，并无异辞。朕念载垣等均属宗支，遽以身罹重罪，悉应弃市，能无泪下。惟载垣等前后一切专擅跋扈情形，实属谋危社稷，是皆列祖列宗之罪人，非独欺陵朕躬为有罪也。在载垣等未尝不自恃为顾命大臣，纵使作恶多端，定邀宽宥，岂知赞襄政务，皇考并无此谕，若不重治其罪，何以仰副皇考付托之重，亦何以饬法纪而示万世。即照该王大臣等所拟，均即淩迟处死，实属情真罪当。惟国家本有议亲议贵之条，尚可量从末减，姑于万无可贷之中，免其肆市。载垣、端华均著加恩，赐令自尽。即派肃亲王华丰、刑部尚书绵森迅即前往宗人府空室，传旨令其自尽。此为国体起见，非朕之有私于载垣端华也。
至肃顺之悖逆狂谬，较载垣等尤甚，亟应淩迟处死，以申国法而快人心。惟朕心究有所未忍，肃顺著加恩改为斩立决，即派睿亲王仁寿刑部右侍郎载龄前往监视行刑，以为大逆不道者戒。
1861年咸丰帝宾天后，怡亲王与郑亲王等逆谋者摄政，所以他们的世袭称号被取消。1864年镇压太平天国叛乱频频报捷且清政府成功收复南京，两宫垂帘听政以此大赦天下，并下诏恢复了两家的世袭称号。诏书中慈禧回忆，称怡亲王的世袭爵位乃是1723年雍正赐予兄弟的，据当时君主所言，此爵位要长久传递下去，“直到泰山崩塌，黄河干涸”。提到载垣逆谋以及逆谋者的罪过，慈禧说道：
