义和团的指示都是一群狂妄自大的农民假借天意发布的，这与太平天国运动类似。眼下，恐慌情绪大范围蔓延，人们认为与天意抗衡必死无疑，只能乖乖顺从天意。随着义和团运动的深入开展，北京的许多人也开始对此深信不疑。人们相信，只要一个义和团团员对着渣打银行（一家英国银行）伸手一指，熊熊烈火便会立刻燃起。
义和团运动的发起地山东，是各种矛盾的滋生地。据说，此次运动的兴起就与同样发起于山东的大刀会有关。大刀会是白莲教的支派，后来与义和团渐渐融为一体。据袁世凯所言，大刀会在1896年中期就在山东出现了。大刀会最初不仅将矛头指向在华外国人以及基督教信徒，还指向大清。随着大刀会的影响渐渐扩大，他们借鉴义和团经验，将口号变成了“扶清灭洋！”
虽然起先朝廷与义和团冲突不断，但与以前压制改良派不同，朝廷后来对义和团运动表示支持。
就在义和团运动开展的如火如荼时，黄河流域发生了一场洪灾。灾民成群，不法之徒四处游荡，社会秩序混乱不堪。因此，当地居民自发组织起来，成立了武装小队，专门对付那些四处游荡的不法之徒，维护社会治安。
与此同时，针对传教士和基督教信徒的攻击也迅速增多，关于抵制洋人的宣传海报四处可见。这些海报的措辞一致、格式一致，可见，这些行动都是有计划、有步骤、有组织地进行的。海报中对于洋人的指责仍然沿用老套路，例如谋杀中国儿童等，同时还指责洋人修铁路以及使用电报都是破坏风水的行为。以下是义和团发布的宣传海报：
“铁路的建设以及火车车厢在铁路上的运行都是对土龙？的打扰，也是对土地风水的破坏。从火车上掉下来的犹如血液般红色的液体（以及电报线掉下来的铁锈）是老天愤怒咆哮的表现。当这些红色液体在我们身旁滴落时，就意味着我们陷入了厄运之中，没有人能挽救我们。”
除山东，安徽、江苏骚乱也相当频繁。人们发现，每当洋人因而被义和团攻击而向朝庭提出赔付要求的，朝廷都会想方设法保护犯事者，即使朝廷无法给出保护犯事者的理由。
毓贤1899年春天被派往山东担任巡抚的时候，事态日益严重起来。6月，两名德国人遭受义和团攻击，德国认为有必要占领青岛以示报复。然而，毓贤却宁愿通过赔款了事。在回复了直隶总督的电报之后，迫于洋人的威胁，毓贤才组织军队准备对付这些秘密组织成员。
事态发展得越来越严重。1899年12月初，美国驻京公使收到一份美国
译者注：①土龙是一条比较喜欢安静的龙。传教士自山东发来的电报，电报中称义和团的反洋人运动已经到了白热化的程度，范围已经扩大到“十几个县。”因此，美国驻京公使请求总理衙门命毓贤对山东的美国人予以保护。但每当打击义和团，保护洋人的公告一贴，人们便会立即把它撕下来。在美国公使的强烈抗议下，清政府在12月26日时，卸掉毓贤山东巡抚一职，命他立即回京。在毓贤回京后，慈禧太后指派他为山西巡抚。
毓贤在山东的职位由袁世凯接任。在上任之初，就有一件棘手的事情摆在他面前：英国传教士布鲁克斯在泰安府被残忍杀害。袁世凯一方面气势汹汹地寻找元凶，一方面对义和团示好。
在西方列强的不断威胁恐吓下，慈禧太后对义和团的态度早就有所转变。1899年11月21日，当意大利向清政府强行租借三门湾的时候，慈禧太后向沿海各省总督和文武高官发了一道密诏，密诏中说：“洋人们如同一只只凶恶而贪婪的老虎，当他们张开血盆大口咬住中国时，每个人都努力地想要争取到最大一块肥肉。他们认为，中国既没钱，也没强大的军队，因此，中国不敢贸然与洋人开战。”密诏中还说，这些恶魔们认为，每当中国面临国际争端的时候，都会“友善解决”。中国官员们认为，没有什么比战争更可怕了，但“我们的官员口中不能出现‘和解’一词，甚至在此时，心中也不能有这样的念想……虽然没有一方会提出和解，但要让每个人知道要为保全自己国家的领土而努力奋斗，避免让我们的国家被侵略者夺去。”
密诏之后，慈禧太后又通过总理衙门向各省总督和巡抚发了一道指令：当洋人强行入侵时，各省不用通过电报向北京朝廷汇报，可以自行开展抵御洋人的活动。
我们不能说慈禧太后向各省官员发布的这些诏令是没有道理的。因为，在诏令中，她并没有对西方列强妄加指责，或者任意污蔑。但不幸的是，当她意识到局势已经相当危急的时候，却不能找到一个能够帮助她，帮助大清走出困境的、可以信赖的联军。
戊戌变法之后，以慈禧太后为代表的保守派对以康有为为代表的改良派进行了打压与报复，使得正在寻求改革的年青一代早已视慈禧太后为敌。 1899年7月，慈禧太后公开了她对改革的态度，在这一年年底，她任命李鸿章为两广总督以抓紧对康有为和其他逃亡的改良派人员的抓捕；而刘坤一则到江南去彻底肃清改良派；1900年3月9日，还发布了一道关于逮捕50名在北京的变法支持者的诏书。
在无法得到改良派支持的情况下，慈禧太后只有把希望放在保守派身上了。然而保守派中根本找不到一个能够担当重任的人。荣禄认为，李鸿章是最佳人选，而袁世凯、张之洞、刘坤一也可以纳入其中。但李鸿章却仍然建议慈禧太后投靠俄国，而后三者均为非常谨慎之人，他们不常与外国人交往，缺乏相关外交经验，对外国人也难以以平常心对待，特别是面对外国人侵略中国时。
唯一能够帮助慈禧太后开展反洋人斗争的只有义和团了。因此，慈禧开始转而支持义和团。从某种程度上说，义和团运动是在朝庭的推动下才得以蓬勃发展。虽然朝庭在其中确实起到了推动作用，但从义和团成立的原由来看，这种说法并不正确。慈禧太后这么做，也许并不是完全不明智的，因为这场运动始终都是一场中国人的爱国运动，即使这场运动的目的仍是保住封建君主制度。皇室宗亲会为了保全手中权利自然会把握一切机会。
向慈禧太后推荐义和团的人是端王载漪？，是道光皇帝五子奕誴次子，后来过继给嘉庆帝之子瑞敏郡王奕志。而端王正是因为此次推荐而得到了慈禧太后信任。由于被过继，端王生父的身份等级由高变低。在端王的成长过程中，他没有接触过外国人和外国事务。直到1900年6月慈禧太后任命他主持总理衙门时，他才开始接触外国事务。在端王主持总理衙门的一段时间里，大家可以明显看出，他是一个无知、暴力且野心勃勃的人。但在他刚刚进入慈禧太后视线时，这些特质并未显现出来。1899年秋天，慈禧允许端王招募一万名满族士兵，这些士兵就是后来我们熟知的“虎神”。不久之后，端王在朝中的势力飞快发展，影响力也与日俱增，端王渐渐成为慈禧太后的左右臂，也渐渐成为对慈禧太后影响最深的人之一。端王向慈禧太后提出，义和团是一个爱国组织，而义和团中发布的那些超自然的指令也足以让人信服。他因此请求慈禧太后允许他在家中接见义和团成员。
端王对义和团的高度赞扬得到一些皇室宗亲的支持，例如：庄亲王，同时，也得到了一些官员的支持，例如：毓贤和康义，这些人也同样深得慈禧太后青睐。后来，《字林西报》？刊登了慈禧太后与一名王姓官员的一次著名的谈话：
“慈禧太后向这位官员说道：‘对于义和团运动的目的，你作为地方人民的衣食父母，理应知晓。你对在直隶省的义和团怎样看待？难道你认为义和团会与清军共同对付洋人吗？’‘尊敬的陛下，我认为义和团一定会联合清军共同御敌。而且，义和团的教义中有忠君的思想，即：至死保注释：①端亲王，他常常自诩为学者，如果真是如此，那么他一定知道孟子曾经说过这样一句话：“长君之恶其罪小，逢君之恶其罪大。”②刊登日期为1900年5月10日。谈话的日期并不明确，估计在慈禧太后动身前往颐和园
之前
。卫天朝，消灭洋人。作为义和团成员，我深信他们会致力于消灭洋人，现在，义和团中，不管男女老少都在努力练习咒语，每一个人都想为保卫天朝，将洋人驱逐出境贡献自己的一份力量。如果我被赋予这样的力量，我将十分愿意带领义和团前往战争的前线，在此之前，我愿意协助组织和武装义和团。’慈禧太后点头以示赞成，经过反复思考，太后说道：‘原来义和团就是一个我们可以利用的团体！但朝廷从未有过带领类似于义和团这类民间团体进行斗争的经验，我担心在一切尚未准备好之前，义和团一些轻率的举动会给朝廷带来麻烦。’思索片刻之后，慈禧太后说：‘那就这样吧。但是直隶和山东必须派出专员对义和团运动进行监督与指导。’第二天一早，慈禧太后下了一道诏令，这名王姓官员被任命为北京巡抚。”
慈禧太后最终被各个官员说服，开始相信义和团对朝廷的反洋人运动极为有利，并决定公开支持义和团运动。外国公使却迫切希望颁布一道抵制义和团这类组织的诏书。1900年1月11日，慈禧太后发布了一道诏书，诏书指出，对待不同性质的民间团体应区别对待。慈禧太后说道：“面对外国入侵，热爱和平、遵纪守法的人便会为保护自己和家人开始练习兵器，或者和当地居民联合起来共同抵御外贼，这就印证了孟子的一句名言‘得道多助’。但地方政府并没有领会诏书精神，而是听信谣言，对所有民间团体均一棒子打，不分青红皂白的残酷屠杀。如此残酷的屠杀让所有人心中充满了疑惑和愤怒。这并不能说明这些人蔑视法律，只能说明地方政府的失责。”
慈禧太后的态度令在华的外国人十分不满，他们把这看做是给予“义和团的特许。”除了俄国，其他西方列强使臣决定要求清政府发布一道关于专门镇压义和团和大刀会的诏书。但一件事的发生使得他们的希望破灭。1月23日，《京报》刊登了一条关于几个主要亲王、内阁大臣和其他高官第二天在宫中集合的命令。这样的命令通常在国家面临重大危机时才会出现，例如皇上突然驾崩或者指定新的皇位继承人时。
人们对此议论纷纷，但第二天，又出现了一份以光绪帝名义发布的诏书，具体内容如下：
“在朕还是一个婴儿的时候，托同治帝之福，朕被选为皇位继承者，负担起了整个国家的责任。同治帝驾崩后，朕日夜找寻能够负担起责任的信念和能量。朕十分感激太后，是她教会朕刻苦勤勉，如果没有她，我们也难以拥有如今的美好生活。正如大家所知，当朕被挑选为皇位继承人的时候，就意味着朕也也要负担起延续皇族血脉的义务。但直到去年，朕一直身体抱恙，正因如此，在去年8月，慈禧太后才大度地同意了我冒昧的请求，重新回归朝政，开始训政。现在，一年已经过去了，朕的身体依然没有好转，朕深知，朕至今尚无子嗣，也无法指定皇位继承人，但为了大清和大清列祖列宗，现在有必要指定一个合法的皇位继承人，我再次请求慈禧太后，希望她能够帮助朕从皇家子嗣中挑选出一个适合的人选。最终，端王载漪之子溥儁脱颖而出。朕宣布，端王载漪之子溥儁被立为皇储。”
这一道诏书的颁布，其实也意味着光绪帝的退位。
这道诏书发布的原因是显而易见的。端王尽心尽力地帮助慈禧太后处理各项事宜，对抵御外国侵略者一事更是不遗余力，因此，慈禧太后将他九岁的儿子立为皇储作为回报。赫兰教授对慈禧太后的做法提出了质疑，他认为选择溥儁为皇储并非她真正意愿，但由于溥儁是极端保守分子的血脉，这将极有利于她对他的掌控。但从某种意义上来说，慈禧太后也是自愿把自己放在保守派的手中。
这一决定引起了全国上下的强烈抗议，尤其是国外已经受到保护的华人。上海电报局总办经元善向总理衙门发了一封一万两千多位维新人士和绅商署名的电报，希望慈禧太后能够收回成命。然而，慈禧太后无视一切反对声，坚持让溥儁入住西宫，并由她对溥儁进行训练。除此之外，她坚决支持端王的万人“神虎”营，承诺友善对待俄国。
但是慈禧太后对溥儁的悉心栽培似乎成效不大。他仍然是一个无礼、举止粗鲁的孩子，慈禧太后最终还是废掉了这个皇储。
1875年，光绪帝正式即位时，就已经进行过相关求子嗣的祭拜仪式，但是至今这个愿望还是没能实现。光绪帝没有子嗣被迷信者认为是老天对大清的惩罚。光绪帝是以咸丰帝的继子身份登基的，根据辈分关系，光绪帝的继承者应该是同治帝的后辈。立溥儁为皇储违备天意。
1900年，关于光绪帝病重的谣言再次兴起，由于担心光绪帝突然驾崩，皇位继承人的话题再次被提起。人们并没有怀疑光绪帝日渐消瘦，甚至还常常咳血这一消息的真实性。沿海外国人对此也深信不疑。
1901年2月中旬，光绪帝接受了外国使臣的觐见，他病容满面，看起来是真的生病了。3月初，太医被召到宫中为光绪帝看病，太医建议光绪帝搬至热河的宫殿中休养，自从咸丰帝逝世后，慈禧太后在那里新修的宫殿还从未使用过。3月底，有传闻称，光绪帝已经生命垂危，随时有可能驾崩，朝中文武百官为此已经开始订做丧服。
随着时间流逝，这些谣言不攻自破。必须承认的是支持光绪帝的一些人被慈禧太后杀害之后，慈禧太后对谣言的产生起到了推波助澜的作用。如果她对那些帮助光绪帝变法、被光绪帝视为朋友的人心怀仇恨，那么，她就不可能原谅光绪帝，人们依然非常担心光绪帝的安危。
北京的民众认为，慈禧太后决定立皇储，逼迫光绪帝退位后遭到的骂声一片会使她打消废帝的念头。1901年4月7日，朝中大臣向慈禧太后呈交了几份奏折，恳求她为了避免引起全国性的骚乱，不要将光绪帝送离北京城。
接着，关于慈禧太后给光绪帝下毒的传闻开始遍布京城。我们还听到了关于慈禧太后想要废掉溥儁的传闻。
还有一个插曲是这样的。据说，在溥儁学习时，一位太监带了一杯茶给他，说是慈禧太后赐予的。溥儁在喝茶之前赶紧谢恩，但实际上，慈禧太后对此一无所知。后来，人们发现这杯茶是被下了毒的，在经过一番调查询问之后，两名太监被斩首。但为什么这两位太监想将皇储置于死地我们已不得而知。
