当时，由于日本以同治十年琉球船在台湾遇难为借口，悍然发兵侵犯我国台湾。台湾民众奋起反抗，朝廷派船政大臣沈葆桢率军赴台增援，但出师不利，使民众遭受了战火的焦烤。为了不使宝岛生灵涂炭，十月，朝廷接受了英美法等国站在袒护日本立场上的“调停”，被迫与日本订立《台事专条》（即中日《北京专约》）。中国赔给日本白银五十万两，并承认琉球国是日本属国。这件事使朝廷实为震惊。一个刚刚起步学习西方的小小岛国居然也敢打上门来，这还了得？西太后坐不住了，责成军机大臣加强海域防务。
军机处强调筹办海防的必要性和紧迫性，给沿海各省督抚提出“练兵”、“简器”、“造船”、“筹饷”、“用人”、“持久”六条具体应变措施，请交各沿海省督抚讨论。江苏巡抚丁日昌呈请军机处，议创北洋、东洋、南洋三支海军，以期“三洋联为一气”，“意在整饬海防，力录实际”。军机处把丁日昌的条陈交给沿海江各省督抚、将军十五人，命其详细筹议，限一月内复奏。东南各省督抚和总理衙门、军机处，几乎都主张加强海防。而筹办海防“非有大宗款不能开办，非有不竭饷源不能持久。”
正在这时，左宗棠已将新疆被浩罕、沙俄入侵的情况调查清楚，详细分析了新疆的敌我双方形势后，奏请朝廷：
自乾隆年间戡定新疆，当时盈廷诸臣颇以为开边未已，耗资多为疑，而高宗不为所动，用意闳深。我国定都北京，蒙古环卫北方，百年来无烽燧之警，不仅前代的九边皆成腹地，即由科布多、乌里雅苏台以达张家口，亦皆分屯列戌，斥堠遥通，然后畿辅之地太平无事。盖祖宗、开新疆，立军府之所贻也。重新疆者，所以保蒙古，保蒙古者，所以卫京师。西北臂指相连，形势完整，自无隙可乘。反之，新疆不固，则蒙古不安，不仅陕西、甘肃、山西时虞侵轶，防不胜防，即直北关山亦无宴眠之日尔。
京城。皇宫。
左宗棠的奏折刚到军机处，便引起军机大臣们的高度重视。尤其是在军机大臣和总理各国事务衙门之间行走的大学士文祥最看重左宗棠的奏请。立即上奏西太后。
文祥，字博川，满洲正红旗人，他在同治光绪两朝一直是重臣，能以江山社稷为己任，他像当年的满人重臣肃顺一样，看出满洲的将帅不中用，平息内乱，收复疆土，还是要重用汉人，肃顺不就用了曾国藩，才平息了起事的太平军。文祥对左宗棠的才智很欣赏，故立马上奏，陈述收复新疆的重要性。
慈禧看完奏折，微眯着双眼，半晌，才问文祥：“你意如何？”
文祥答道：“收复新疆，刻不容缓。”
慈禧抬起眼皮，扫一眼文祥，说：“时下东边沿海，法、英、美、日跃跃欲试，自鸦片战争以来，战争多在沿海，东南海疆万余里，各国通商传教，一国生事，各国勾煽，一旦生衅，防不胜防，应该集中饷力，加强海防。”
文祥急道：“太后，左宗棠奏陈，新疆不复，日后必生大患，沙俄虎视眈眈，浩罕阿古柏受土耳其回部的封号，并与俄国两国立约通商，已与各大国勾结一气，一旦成气候，掠我新疆大片疆土，灭蒙古，消邻帮，长驱直入京城，那时候，可就……”
慈禧不语，长叹一口气，过了会儿，才说：“这事关大清安危，不论是‘塞防’，还是‘海防’，都不能轻视呀。但孰轻孰重，孰重孰缓，孰先孰后，还是二者并重，这是个大难题，当今国库空虚，不好办呵！”
文祥不语，他知道慈禧的举棋不定，是有别的原因。慈禧一贯主张要修复被烧毁的圆明园，国库里的那点积累，不想用在固国防务上，明知现在时势紧迫，但文祥不敢对国库的银子妄加论说，只好不吭气。
慈禧又说道：“这样吧，传懿旨，叫各省督抚奏疏建议，再定吧。”
文祥说了声：“遵旨。”便退下了。
没几天，左宗棠又上书，从政治、军事、经济、外交等各个角度全面地提出了规复新疆的步骤和方法：
俄人久踞伊犁之意，情见乎词……惟自古盛衰强弱之分，在理而亦在势。以见在情形言之，中国兵威且未能加于已定复判之回，更何能禁俄人之不乘机窃踞？虽泰西诸国亦知此为不韪，不敢遽肇兵端。然既旅馆焉思启，必将不夺不餍，恐非笔舌所能争也。荣候（指署伊犁将军荣全）深入无继，景都护（指乌鲁木齐都统景廉）兵力单，后路诸军久成迁延之役。兵数虽增，仍多缺额，且冗杂如常，并无斗志，望其克复要地，速赴戎机，实无把握，并虑徒增扰累，以后更苦无从箸手。甘、凉、肃及敦煌、玉门，向本广产料畜，自军兴以来，捐派频而民众耗，越站远而牲畜空。见在仅存之民，已皮骨俱尽；屯垦之地，大半荒芜，年复一年，何堪设想？宗棠所以有从内布置，从新筹度这请也。就兵事而言，欲杜俄人狡谋，必先定回部；欲收伊犁，必先克乌鲁木齐。如果乌城克复，我开威扬，兴屯政以为持久之谋，抚诸戎俾安其耕牧之旧，既不遽索伊犁，而已隐然不可犯矣。
乌城形势既固，然后则示以伊犁多之疆索，尽寸不可让人。遣使奉国书，与其国主明定要约……彼如知难而退，我又何求？即奸谋不战，先肇兵端，主管劳逸之攸分，我固立于不败之地。俄虽国大兵强，难与角力，然苟相安无事，固宜度外置之。至理喻势禁皆穷，自有不得已而用兵之日。如果整齐队伍，严明纪律，精求枪炮，统以能将，岂必不能转弱为强，制此劳师袭远之寇乎？就饷事而言，西征诸军，各有专饷，如肯撙节支用，无一浪费，无一冗食，或尚可支。今乃以拥多兵，为民，不战而坐食，惟知取资民力，竭泽而渔，不顾其后，往事之可睹者，已如斯矣！欲重新整理，非亟求实心任事之人，重其委寄，别筹实饷，于肃州设立总粮台，司其收发，并将各军专饷，归并为一，相其缓急，均其多寡应之不可；非核其寄存人数，汰其冗杂疲乏不可；非定采办价值、差徭款目不可；而尤非收回各军专奏成命不可。此亦宜及早绸缪者。要之，目前要务不在预筹处置俄人之方，而在精择出关之将；不在先索伊犁，而在急取乌鲁木齐。
同时，浙江巡抚杨昌浚上书认为：此时整饬海防各师，比江防为忧急。
两江总督李宗羲、湖广总督李瀚章、福建巡抚王凯泰、江西巡抚刘坤一以及沈葆桢等，也都复奏朝廷，强调海防为当前第一要务。要求优先筹办海防，刻不容缓，云云。
大殿上，满朝文武分列两旁，静听总理衙门和军机大臣转奏各省督抚们的折子。
李鸿章站在那里，弓着腰身，支棱着两耳，听着大多支持他“海防”的奏文，心里喜滋滋的，脸上却很平静，没有一丝得意神色在脸上晃动。他明白，越是这种时候，越要沉稳，不得有半点忘形。作为大学士、直隶总督，位居人极，他有他的一套遇事不惊，遇火不恼，遇悲不伤的纯表情表达方式，就是一脸庄重，叫人看了，觉得稳重，不轻不浮，这些都是李鸿章前些年在他的恩师曾国藩那里学到的。
湘军水师统领彭玉麟奏道：“长江上有荆湘，下讫海是澨。以南北论之，则天堑之险了；以东西论之，又建瓴之势也，据其要害，可以左顾右盼，雄视四方，整饬江防，则可为东海久远之计。”
又多出个“江防”。
湖南巡抚王文韶认为：“海疆之患，不能无因而至。其视成败以为动静者，则唯西陲军务。俄人攘我伊犁，殆有欠假不归之势，且大军出塞，而艰于馈远，深入为难。我师退一步，则俄人进一步……事机之争，莫此为甚。因此，宜以全力注重西征。俄人不能逞志于西北，各国必不致勾衅东南。”
开始有人支持“塞防”了。
山东巡抚丁宝桢、江苏巡抚吴元炳、漕运总督文彬等亦认为，海防固应筹办，但目前应全力注重塞防：
“各国之患，四肢之病，患远而轻；俄国人之患，心腹之疾，患近而重。”
各执已见，婆媳自圆其说，皆有道理。
这时，刚刚亲政的同治皇帝已听得不耐烦了，开口发话：“好了，好了，都是些没有多少实际意义的讨论，奏了这么多，也没有一个两全其美的办法来，你们能干什么？”
大臣们都低下头，不再吭气，听皇上的训斥。
同治话音刚落，慈禧用不满的语气说道：“直隶总督李鸿章来了没有？”
李鸿章赶紧往前走了一步，答道：“微臣在。”
慈禧说：“李爱卿，你可有奏？”
“臣有本。”李鸿章咽了口唾液，毕恭毕敬地说道。
“奏来。”
“喳！”
李鸿章奏道：
“新疆各城，自乾隆年间始归版图，无论开辟之难，即无事时，岁需兵费尚三百余万，徒收数千里之旷地，而增千百年之漏厄，已为不值；且其地北邻俄罗斯，西界土耳其、天方、波斯各回国，南近英属之印度，外日强大，内日侵削，今昔异势，即勉图恢复，将来断不能久守。屡阅外国新闻纸及西路探报，喀什噶尔回酋新受土耳期回部之封，并与俄、英两国立约通商，是已与各大邦勾结一气，不独伊犁久踞己也。揆度情形，俄先蚕食，英必行其利。皆不属于中国得志于西方。而论中国目前之力量，实不及专顾西域，师老财痛，尤虑别生他变。
曾国藩前有暂弃关外专清关内之议，殆老臣谋国之见。今虽令将出师，兵力饷力万不能逮。可否密谕西路各统帅，但严守现有边界，且屯且耕，不必急图进取。一而招抚伊犁、乌鲁木齐、喀什噶尔等回酋，准其自为部落，如云贵、粤、蜀之苗瑶土司，越南、朝鲜之略奉正朔可矣。两存之则两利。俄、英既免各怀兼并，中国亦不至屡烦兵力，似为经久之道。现新疆不复，于肢体之无气无伤；海疆不防，则腹心之大患愈棘；孰重孰轻，也有能辩之者。此议果定，则已经出塞及尚未出塞各军，似须略加核减，可撤则撤，可停则停。其停撤之饷，即匀作海防之饷。否则只此财力，既备东南万里之海疆，又备西北万里之饷运，有不因穷颠蹶者哉！”
李鸿章将重视海防的理由奏毕，用眼扫了一下帘子后面的西太后和正襟危坐的同治，又说了一名：“请太后、皇上定夺。”
慈禧和同治都不吭气。
大殿上一片静寂。
这时，文祥向前走了一大步，奏道：“太后、皇上，微臣以为，左宗棠秦陈不无道理，新疆之危，由来已久，早在我大清圣祖康熙年间，叛逆噶尔丹统占新疆，把兵锋指向了漠北草原。康熙三十年，噶尔丹亲率数万铁骑，越过杭爱山，向蒙古的喀尔喀发动突然袭击，取下喀什喀、车臣汗和扎萨克图汗，气焰非常嚣张，竟举兵东犯，打到距京只有数百里地的乌兰布通，狂称‘圣上君南方，我主北方’的逆言。康熙大帝圣明，亲征噶尔丹，将噶尔丹击败，圣祖三次亲征，并至宁夏坐镇指挥，将叛逆击溃，保我大清江山。现新疆被列强侵占，难保不会重蹈覆辙。左宗棠前次奏称，重新疆、保蒙古，保蒙古者，卫京师也，此乃目光长远，防患于未然。规复新疆，安我大清江山，是为大计。至于李中堂奏陈，严守现有边界则弃之不顾也，是为大患，而新疆自乾隆盛世归我大清，乃祖上之恩德，虽荒芜偏僻，但是大清疆土，如在我朝丢失，上对不起列祖列宗，下对不起黎民百姓，千古罪名担当不起呵！”
文祥一番言语，激起了一方大臣的赞同，或交头接耳，或私下议论，纷纷表示，新疆不能丢，不能成为千古罪人。
看着大臣们议论纷纷，同治坐不住了，说道：“文祥奏陈，确有道理，朕虽年幼，但对祖宗江山，绝无丢弃不顾之意。前几日，朕已与皇阿爸商定，新疆塞防，刻不容缓，一定要收复。朕绝不做对不起列祖列宗的罪人。”
大臣们即呼道：“我主圣明！”
欢呼声在大殿里回荡。
文祥等人喜形于色，斜眼李鸿章。
李鸿章脸上挂不住了，脸色一阵白一阵青，同治的一番话，像一把刀子插在了他的心上，把他的心刺痛了。但他脑子不笨，弄到这步境地，不得不低头了。
于是，李鸿章向前走了一步，奏道：“皇太后、皇上圣明，微臣绝对拥戴圣上的旨意。但微臣此举，也是考虑到近几年洋人在我海域横行霸道扰我安危，才出此下策，还望太后、皇上治罪微臣。”
李鸿章这么一说，西太后发话了：“李爱卿何必自责，你也是忠心为国，别无他意。至于海防，同等重要，卿家还要敬谨料理，早日筑起坚固防线，卫我大清。”
“遵旨。”李鸿章心里不满，但没有表露出来。
这时，同治说道：“李卿家，朕已降旨，将福州船局归上海船局督之，归你节制，你尽可与福州船局大臣沈葆桢商议，朕不撤他船局，要他尽快造出坚船利炮，对付洋人侵扰。”
李鸿章一听，心中暗喜，终于将左宗棠的船局弄过来了，这也算不小的收获。就连呼“圣上英明”。
