在拿破伦准备全力进攻查理大公的部队的时候，也不忘命令远在意大利的意大利总督欧仁•博阿尔内率领意大利方面军翻越阿尔卑斯山，从南面进攻奥地利，即使不能攻入奥地利，也要拖住对方的一部分兵力。
作为拿破伦的继子，欧仁•博阿尔内对拿破伦还是比较忠心的，原本他也有着继承皇位的想法，但在拿破伦确定萧杰作为他的继承人之后，欧仁•博阿尔内也就死心了，专心经营他的意大利。当然，他的经营和萧杰经营伊比利亚是完全不同的，萧杰是想把伊比利亚变得更强大，从而为自己的争霸事业提供帮助，而欧仁•博阿尔内在意大利的做法则不同，他是为了最大限度的压榨意大利的财富，为自己的将来做打算。在这种情况下，使得意大利各处动乱不断，必须依靠强硬的武力镇压才能够维持统治。因此，意大利方面军常年都保持着庞大的兵力，总兵力达到了7万余人，是法国除了萧杰的第88军团以外兵力最大的一支部队。但实际上，欧仁•博阿尔内对外则号称拥有15万的军队，其用意就不用说了，8万人的空饷每年也是一笔非常庞大的数目。在和平时期他这种做法还比较可行，但一遇到战争就比较麻烦了。这不？拿破伦一命令他率军从南面攻打奥地利，顿时就让他非常的发愁。原因是拿破伦让他至少出兵10万，剩下5万也足以保持意大利的稳定了，但欧仁•博阿尔内一共也就只有7万人，到哪儿去凑足10万人呢？不得已，欧仁•博阿尔内最后只得留下两万人驻守意大利，率领剩余的5万余人奔赴战场。但奥地利也早有准备，他们早就在普勒肯山口驻扎了重兵防守，欧仁•博阿尔内一连攻打了数日，都无法突破奥军的防御。想要翻越阿尔卑斯山脉进入奥地利，对于大军来说共有两个地方，一个是布伦纳内罗山口，一个就是普勒肯山口，如果从布伦纳内罗山口进攻的话，他们要绕一个大圈子，所以欧仁•博阿尔内只得硬着头皮继续进攻普勒肯山口，攻不下来不说，反到是损兵折将不少，连日的进攻，几乎损失了上万人。最终，没有办法，欧仁•博阿尔内还是选择了绕道进攻，只不过他这次没有选择翻越阿尔卑斯山了，而是从更南面，属于土耳其帝国的斯洛文尼亚“借道”进攻奥地利，虽然打了奥地利一个措手不及，但时间已经失去了（此时已经是5月11日了），后来又被奥地利的一个军团死死的拖在了南部，无法前进一步。更糟糕的是，在欧仁•博阿尔内的大军调走之后，意大利发生了反对法国统治的起义，起义迅速的席卷了整个意大利北部，欧仁•博阿尔内留下的两万军队根本就应付不了局面，被起义军围困在米兰、热那亚、都灵等几个大城市。得知这一情况的拿破伦大发雷霆，要不是法军现在已经取得了对奥地利战争的决定性的胜利，欧仁•博阿尔内又是约瑟芬唯一的儿子，拿破伦还真想把他送上军事法庭。最终拿破伦还是将摩顿的第13军团派去了意大利，这才稳定住了局势，直到两个月以后，起义也才被完全扑灭。但战后，为了避免出现类似的事，拿破伦加大了对意大利的控制，解除了欧仁•博阿尔内对意大利方面军的领导，使得欧仁•博阿尔内对拿破伦怀恨在心，以致于在后来拿破伦需要帮助的时候拒绝派兵支援。
当然，这些都是欧仁•博阿尔内在此次大战中的表现，回到4月的德意志战场。4月22日，希利尔的两个军团兵临慕尼黑城下，对苏尔特的第7军团展开了猛烈的进攻，双方展开了一场激烈的战斗，但第7军团占着地利和武器的优势，硬是挡住了希利尔的攻击。见此情况，为了早日拿下这里，北上夹击拿破伦的大军，希利尔调动了一个军团的预备队加入到围攻慕尼黑的队列中。奥军援军的加入，顿时让第7军团压力大增，险些顶不住了。其实以苏尔特的才能，加上第7军团又是法国众多军团中的主力，要想凭借坚固的慕尼黑挡住奥军三个军团一个星期的围攻也不是办不到的。但问题是此时的苏尔特根本就不在状态，他一直惦记着法军总参谋长的职务，在费尽心思把贝尔蒂埃赶下台之后，原本他以为他的愿望能够达成，但没想到却被克拉克捡了个便宜。这让苏尔特非常的生气，常常抱怨拿破伦偏心，对军队的指挥也不那么上心了。因此在这种情况下，在4月25日，慕尼黑在奥军付出了巨大的代价之后，终于被攻破了，第7军团伤亡过半，不得不向北方撤退。而奥军也因为损失了近3万人，部队又非常的疲惫，暂时无立追击，不得不停下了进行简短的休整。
在第7军团正和奥军在慕尼黑激战的时候，拿破伦的攻击也开始了。3个军团向查理大公的奥军主力发动了猛烈的进攻。其中，近卫军团进攻因戈尔施密特，第6军团进攻雷根斯陶夫，第8军团进攻施多万夫。查里大公的三个军团都布置在着附近，但查理大公低估了法军的战斗力，或者说他是把奥军的实力看得太高了，法军的3个军团中，除了第8军团要稍弱一点以外，其他两个军队无一不是身经百战的部队，其中近卫军团尤其厉害，虽然在上次战争中他们损失惨重，但经过补充之后，战斗力也没下降多少，和奥军进行一对一的大战，奥军显然不是法军的对手。在4月22日，达武的近卫军团击败了他的对手，沿着多瑙河向查里大公的指挥部所在——雷根斯堡进攻，但驻扎在雷根斯堡的也是奥地利最精锐的军队，他们居然挡住了近卫军团的进攻，但此时法军第6军团已经战胜了他们的敌人，也开始向雷根斯堡进发，战场的形势变得对奥军不利起来。查理大公急忙调派后方的作为预备队的3个军团加入战斗，他完全没有想到形势会逆转的这么快，在他的估计中，他的3个军团就是再不济，也应该可以撑到希利尔击败在慕尼黑的法军第7军团，但现实确实非常残酷的，之前的设想也完全是他的一相情愿而已。
在得知奥军援军即将到来之后，拿破伦果断的命令达武的第3军团沿多瑙河向东南方向挺进，务必把奥军的援军堵在半路上。而进攻雷根斯堡的任务则由第6军团和第8军团接手。达武出色的完成了拿破伦交给他的任务，在代根多夫，他利用有利的地形，以一敌三，硬是将奥军的3个军团的援军死死的挡在了那里，不能前进一步。但近卫军团为此付出的代价也非常的大，整整一万五千人战死在了这里，多瑙河的河水都被死去的士兵们的鲜血染红了。最终，奥军援军不得不进行分兵，留下两个军团牵制法军的近卫军团，另一个军团绕路赶往雷根斯保，但此时时间已经不在了。在近卫军团将奥军援军堵住的时候，拿破伦也集中兵力对雷根斯堡进行了猛烈的进攻。为了早日拿下雷根斯堡，拿破伦集中了手中的全部两百多门大炮（全是安德雷西兵工厂生产的75毫米野战炮），对雷根斯堡实行不计弹药的猛烈轰击，在4月25日下午，生生将雷根斯堡的城墙轰断很长一解。
查理大公在得知援军被堵在了半路上，如今雷根斯堡又被攻破，最终只得叹息一声，下令放弃雷根斯堡，带着不足5万残军逃往波西米亚山地。查理大公撤退了，但那个绕路而来援助他的那个军团则撞到了枪口上，被法军两个军团狠狠的蹂躏一翻，丢下上万具尸体过后，落荒而逃。此役，法军共损失了3万余人，而奥军却损失了8万人，可以说是大获全胜。初战告捷，拿破伦非常的高兴，在他看来，获得最终的胜利已经不远了。
4月26日晚上，拿破伦那股高兴劲还没缓过来，第7军团失败的消息就已经传来了。此时的第7军团的两万余人正在逃往因戈尔施密特的路上，而他们身后，是有9万余人的希利尔大军。此时的希利尔还不知道查理大公已经被击败了，还幻想着迅速北上，配合查理大公一起给法军以致命的一击。
得到这一消息的，拿破伦大怒，但还是派马塞纳的第8军团去接应苏尔特的残军，但马塞纳却因为和苏尔特有着矛盾，一路上故意拖延时间，致使苏尔特残军在4月28日中午被希利尔大军在因戈尔施密特追上，陷入重围中。
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