在占领斯图加特的当天，对奥地利战争的第三步计划也开始启动了。苏尔特元帅的第七军团的第七军团和贝纳多特的第一军团切断了因戈尔施塔特和慕尼黑的一切联系，并在随后展开了猛烈的进攻。
在法军的猛烈进攻下，因戈尔施塔特摇摇欲坠，随时都有被攻破的可能。接连来的失败，十几万奥军死伤或者被俘虏，已经严重的打击了奥军的士气。而奥军的最高指挥官费迪南大公现在也正在逃往慕尼黑的路上，根本就不可能对他的军队做出正确的指挥，只得各部各自为战。再一次给了法军个个击破的可能。
继因戈尔施塔特之后，位于奥格斯堡的奥军也没能及时的撤出，结果被缪拉元帅的骑兵军团和芒克中将的部队给围住，面对战力凶悍的骑兵，他们已经丧失了突围的可能。人的两条腿是无论如何也跑不过马的四条腿的。于是奥格斯堡两万守军只好依托城墙和有利的地形抵抗。而法军由于大多数都是骑兵，不适合这种攻坚作战，只有几千步兵，所以也只是保持这种包围的态势，等待后续部队到达以后在开始攻击。
10月13日，费迪南带领四万军队进入了慕尼黑城，接管军队的指挥权，开始构筑各种工事准备和法军顽抗，同时派人向奥皇求援。奥皇知道奥军在前线大败以后非常的震怒，但他不想输掉这场战争，所以还是从帝国的其他地方抽调了3万人，然后又从拱卫维也纳的十万军队中抽调5万人，日夜赶往慕尼黑，希望可以守住这帝国最后的屏障。要不然的话，法军就可以沿着多瑙河长驱直入，一直打到帝国的腹地。
此时费迪南和奥皇想的都是怎样坚持半个月，半个月后局势就可以逆转了。俄军的二十万人最多还有十天就可以赶到了，再经过几天的休整，就可以投入到对法军的战斗中去。虽然俄军使用的武器是欧洲各国中最落后的，只要是由于俄国的工业在欧洲来说，算的上是倒数的，所以俄军经常是常常两三个人使用一支步枪。甚至是在后世的卫国战争的时候这种情况也没有得到完全改变。曾经看过一不电影，苏联的新兵上战场的时候只发了一些子弹，步枪则需要士兵们自己去战场上缴获，这就更不用说一百多年前的俄军了。
但是费迪南他们指望的并不是俄军的步兵，而是其另一个强大的军种——哥萨克骑兵。号称世界上最强大的骑兵，他们凶残成性，烧杀抢掠，无恶不作。但他们同时也有着支撑他们众多恶行的实力。在陆地上，几乎没有人能够是他们的对手。哥萨克人在俄国是一个特殊的存在，他们对沙皇非常的忠心，他们不必向其他民族一样要缴纳沉重的赋税，他们只需要为沙皇打仗就可以了。这对于视生死于无物的哥萨克人来说，实在是一个非常不错的差事。他们也不像沙皇的其他军队一样有微薄的军饷，他们的军饷就是每次战争对敌国的抢掠，所以才会使得他们像蝗虫一样，对他们经过的地方总是全部抢的干干净净。土耳其人，波兰人，甚至是他们现在的盟友奥地利人，都吃过他们不小的亏。
而这次俄国为了对付法国，也出动了3万这种哥萨克骑兵，这确实给拿破伦带来了不小的压力，这也是为什么他急着收拾掉奥地利的原因，那样的话他就可以专心对付俄国人了。而这对于俄国的盟友们来说那确实是一个天大的好消息。
奥地利的另一个盟友普鲁士也快要完成动员了，最多十天以后，也同样会有二十万的普鲁士士兵开向战场，到时候在这么多军队的压迫下，就算法过人有天大的本事恐怕也无法扭转战争的结果了。
10月14日，经过斯图加特大战后的法军五个军团终于全部进入了慕尼黑战场。他们一出现，就以雷霆之势，向因戈尔施塔特和奥格斯堡的奥军发起了猛烈的进攻。他们可不希望在他们全力进攻慕尼黑的时候还有两颗钉子插在他们身后。在法军强大的攻势下，两处的奥军只坚持了一天后因为基本失去战斗力而不得不投降。而法军也终于肃清了除慕尼黑以外的所有奥地利军队。
经过多场大战以后，法军也是损失惨重，差不多两万多人战死，还有两万多人失去战斗力。现在拿破伦手里也就只有不到二十六万军队了。这些军队对付奥地利是完全足够了，可马上还要对付同样强大的俄国和普鲁士，说实话，他心里还真有点没底。而新组建的两个军团还没有形成战斗力，只得用他们把国内的第四军团和第八军团换来战场，可那样的话法国本土的威胁就大大的增加了。要是英国人渡海参战的话，法国境内除了一个战斗力同样不强的军团以外，将没人能够阻止英国人的进攻。
“先生们，现在已经到了最关键的时候了。俄国和普鲁士的各二十万大军在十天过后就有可能到达战场，形势对我们很不利。如果我们不能迅速的击败奥地利人，那么我们可能将会面临三个国家的围攻，到时候我们将没有任何的胜算。好在通过前期对奥地利的作战使我们已经消灭了对方二十万人了，现在我们对面只有不到十万人的残兵败将和八万正向这里赶来的奥军二线部队。我完全有理由相信我们会在五天内将他们完全的消灭，元帅们，将军们，告诉我你们能做到吗？”在对慕尼黑的军事会议上，拿破伦对他的元帅和将军们动员道。
“陛下，如您所愿，我们会将冒犯您的威严的奥地利人彻底的击败。”元帅和将军们齐声回答道。
拿破伦非常的满意的点了点头，然后说道：“现在开始宣布各军团的作战命令：10月15日，由第三军团和第六军团扫荡慕尼黑外围的各处据点。第五军团进攻慕尼黑北面一点五公里左右的那处高地，据情报那里有一万奥军驻守。近卫军团，第一军团和第二军团从东西北三面进攻慕尼黑。第七军团则从南面隔河驻守，必要的时候渡和参加到进攻中。骑兵军团则从明天开始沿因河向东推进，准备组长敌援军对慕尼黑的支援。”
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