三论宗的祖师是陈、隋时期的吉藏，姓安，祖籍西域安息。所谓的三论，是《中论》、《百论》、《十二门论》，是这个宗派所根据的三部佛教经典，所以称为三论宗。三论由鸠摩罗什引入中国，吉藏加以精心注疏、阐发，使其理论更加系统化、条理化。这三论是印度佛教般若宗的经典，思想主旨是“性空幻有”，认为现象世界虚幻不实，本性是空。空并非空无一切，不是断灭空，而是指现象世界不真实，按僧肇的说法是“不真故空”。空的另外一层含义，是空去对现象世界的执著、贪取心，既然现象世界不真实，对之产生执著、贪取心就显得像猴子捞月一样愚蠢了。但事物的空性，只是人们用否定的方法来表达的事物的本性，“空”表达了现象世界的非实在性，以及人们对现象世界的执著心的虚妄。至于事物的真相，世界的本来面目到底是什么，般若宗认为是不可言说的。之所以不可言说，是因为事物的真相，世界的本来面目是人的一种无分别的般若智所呈现出来的清净世界（成佛境界），是人的一种生命体验，“如人饮水，冷暖自知”，是超言绝象的。虽然无法言传，但佛为了普度众生却必须传达，佛传达的办法，也就是否定的方法。否定的方法不直接描述对象，而是间接地，暗示性、启发性地指示对象，对于初学者来说是不可少的。要过河，就要舟楫；要上墙，就要梯子。这船和梯子，照佛学来说就是达到一种更高认识的环节。
三论宗对般若宗理论上的贡献就在于它提出了三种二谛义，第一种，有是俗谛，无是真谛；第二种，有无是俗谛，非有非无是真谛；第三种，讲二与不二是俗谛，讲非二非不二是真谛。关于三论宗的三种二谛义，冯友兰解释道：佛教把客观世界以及主观世界都看成无常的、虚幻的，可是一般人认为是实有。针对这种迷执，就要讲无、讲空。这就是第一种二谛即有是俗谛，无是真谛。但是，如果把空、无和有对立起来，认为于有之外，还有一个无，这也是迷执。针对这种迷执，就要讲不二中道。这就是第二种二谛即有无是俗谛，非有非无（不二中道）是真谛。但是，如果把不二与二对立起来，这又是一种迷执，这种迷执也是要破的，这就要讲第三种二谛即讲二与不二是俗谛，讲非二非不二是真谛。遣除又遣除，否定又否定，事物的真相就会不声不响地显露出来。冯友兰指出，这三种二谛都是用以引导众生体认佛教真理的否定性的言说方法。
依冯友兰之见，吉藏的三论宗还用了玄学的一些范畴，没有完全脱离“格义”阶段，实际上是“格义”和“教门”两个时期之间的过渡性宗派。到智頠创立天台宗后，中国佛学庞大、融贯的思想体系方才不傍他说、卓尔自立。
智頠是南朝人，十八岁上出家，后投拜慧思门下，苦修《法华经》。几年后，智頠奉师命前往南朝陈的都城金陵，住瓦官寺宏扬佛法。结果他甚孚人望，声名鹊起，朝野上下，供奉他的人不少。在浮名浮利中又沉浮了八年，智頠内心惶恐，决意隐居天台山。不过对那些信佛乃至佞佛的王公贵人来说，捧红佛教界的一颗明星，就如同看戏时想看名角、冶游时想陪名妓一样，是一种自然需要。所以智頠虽栖身大山，却也不至“云深不知处”，名声像警犬一样嗅踪而至。陈后主将他迎到金陵，尊为国师，并行五体投地大礼。陈亡后，隋炀帝请智頠为他传菩萨戒，同时宣称：“大师禅慧内融，应奉名为智者。”在乱世里，做大和尚实在比做大官有保障得多。当官的事二主，这辈子就任人骂去吧，虽然骂的人未见得能立牌坊。出家人原无家国之累，侍奉几朝皇帝，正显得自己心“空”，名利双至，善哉善哉！
天台宗以《法华经》为宗骨，也吸收了《大乘起信论》的一些思想。《大乘起信论》认为有一个真心实体存在，这与佛教的不执一切实有的观念（空的思想）相矛盾，而且《起信论》还给人造成一种错觉：好像成佛必须断除六道众生染法界（六道是指人、天、阿修罗、地狱、恶鬼、畜生等；染法界是指众生世间，与佛的清净世界相对应）。天台宗认为《起信论》所讲的真心不能当作实体来看待，否则的话也会产生执著心，而执著心是佛教的任何教派都反对的。天台宗认为，真心是一种清净的境界，这种清净的境界从道理上来讲是每个人都有的，因为每个人通过勤修佛法都可以获得清净境界。真心既然是一种清净境界，那么所谓的成佛就不必断除众生世间，也就是说，众生世间就是清净佛国，众生世间与清净佛国的差别只在于你能不能觉悟，悟则清净佛国，迷则众生世间。
天台宗的哲学非常烦琐。智頠所著的《法华玄义》，全称为《妙法莲华经玄义》，他单讲那个“妙”字，就讲了三十种妙，花了九十天，占了书的大部分卷数。唐朝法藏创立的华严宗，其理论之烦琐更甚于天台。牟宗三先生认为，华严宗的宗旨虽定在《华严经》，但其义理系统的支持点还在《大乘起信论》。法藏通过精心的理论设计，展现了他的一个基本取向——“圆融无碍”，就是要把宇宙万象统而为一，把天地万有融为一体，所谓“一即一切，一切即一”。法藏曾以殿前的金狮子为喻，向武则天宣讲佛理。照他说来，每一毫毛里边都蕴涵着整个狮子，整个狮子自然摄藏了每根毫毛。法藏把《大乘起信论》所说的“真心”称作“理”，真心表现在现象界则是“事”。他不仅主张“理事无碍”，即真心与每一事物相互含摄，还主张“事事无碍”，即具体的事物之间也互相含摄。这个道理，在“因陀罗网”的比喻中，得到非常形象的说明。因陀罗是印度神话中的天帝，传说他的宫殿里张着宝珠网，上面结了无数宝珠，每个宝珠就像一面镜子，映出其他宝珠的影子，甚至映出其他宝珠中含藏的无量数珠影。法藏认为，宇宙的纷纭万象，恰如因陀罗网的宝珠一样，重迭无尽地相互含摄着。
天台宗和华严宗都自命得了佛教的真传，实则与中国本土文化接榫极紧。公平地说，玄奘大师从天竺取回的经才是“真经”，唯识宗才堪称正宗的佛学，不仅在外貌上烙着天竺的印记，骨子里也渗透着天竺的精神。然而所谓“橘生淮北则为枳”，“假作真时真亦假”，这真正的印度佛教在中土传了几代就衰落了，直到近代居士佛学兴起，它才又激发起知识分子的强烈兴趣。
佛教各派都讲现象世界的虚幻性，但如何证明这一点，它们选择的理论切入点、侧重点却各有不同。印度唯识宗偏重于心理分析，涉及情绪、情感、意识等问题，运用了很高明的逻辑和思辨工夫，其理论深度和纯知兴趣，在佛教中是特出的。印度唯识宗由无著、世亲开创，在陈、隋期间传入中国，但由于翻译偏差的缘故，并没有反映印度唯识学的本来面目。唐朝的玄奘和尚有鉴于此，就于唐太宗贞观三年赴印度，至贞观十九年归长安，带回一批印度的佛学经典，并把它译成中文。他选取了当时在印度流行的一些佛学著作，把它们编译成一部书，叫做《成唯识论》。这是他在印度长时期留学的研究成果，也是他企图用以解决当时中国佛学中争论的问题的一部著作。他凭这部书以及他在当时的影响，宣扬他的唯识宗体系，并创立了中国的唯识宗。
