“上继往圣，下开来学”
在回国之前，冯友兰已被内定为中州大学的文科主任兼教授，一回开封就走马上任了。他正值风华正茂的年纪，渴望在事业和学术方面有所建树，当然不愿终老在院长职位上。在事业方面，冯友兰并没有很大野心，只想办一所很好的大学。1925年，中州大学校务主任（主管校内事务）离职，一时尚无合适的继任人。冯友兰就通过一位朋友向校长自荐，并且表明态度：如果事业不成，他惟有走学术一途，这就务必离开中州，到一个学术文化中心去。校长很赞赏他的开诚布公，但不打算委以重任。冯友兰就在暑假悄然离去，南下广州，任广东大学教授。他听信了于右任的话，以为“革命者可以去”广州，要去感受革命根据地的气氛，孰料满眼所见、充耳所闻的都是国共分裂和斗争。冯友兰仅待了一学期，就趁乱离开了。在到广东之前，他已和燕京大学一位朋友约好，要去燕京，一半时间在“哈佛——燕京”中国研究社做研究工作，一半时间讲一两门课。 燕京大学是教会学校，教育经费来源相对稳定，教师的收入比较有保障，不像很多学校那样拖欠工资。冯友兰的工作又是一边教学一边研究。这样的运气，在别人看来，是可遇不可求的。然而冯友兰心里却不是滋味，他很反感教会学校出来的人身上的那种“教会味”：酸溜溜的，言必称西方，话语里冷不防蹦出几个英文字，让地道的中国人听来，像吃饭老嚼着石子。有位朋友用英文写了一篇文章，批评教会学校，他极为叹赏其中的一句妙语：“有人说教会学校也出了些人才，我说这些人才并不是因为受了教会学校的教育而成为人才，而是虽然受了教会学校的教育也还是人才。”这句话翻成中文稍嫌累赘，英文原文是not because of but inspite of，妙趣天成。冯友兰给在广东大学做文科主任的傅斯年写信，说燕京不是我们的“安身立命之地”。
1928年，南京国民政府任命罗家伦为清华校长。罗家伦是冯友兰的北大同学，后来留美上了普林斯顿大学，两人过从甚密。罗家伦到北平后，开始组织领导班子，邀请冯友兰为哲学系教授兼校秘书长。冯友兰欣然应允。他终于找到可以大显身手的地方，从此一待就是二十多年。
冯友兰只做了半年秘书长，就辞职不干了，他又被任命为文学院院长。虽然他觉得行政工作麻烦，只做教授最舒坦，但事功之心始终不灭。他先是协助罗家伦完成了清华改制，正式成立国立清华大学。以前清华由外交部管辖，没有纳入中国教育系统，在清华校长之上，还有一个清华董事会和基金会，由美国驻华公使和一群腐朽的旧官僚充任成员，权力很大，积极作用很小。清华教授会通过罗家伦向南京政府据理力争，最后撤消了董事会和基金会，清华划归教育部管辖。不久罗家伦离职，清华校长之职几度易手，直到梅贻琦接任后才稳定下来。在过渡期内，冯友兰被推举为校务会议主席，维持日常校务，在这个风口浪尖上，他应付得很不错。
清华大学成立后，各系也随之建立起来，教授、学生纷纷归队。原来只有金岳霖一名教授上哲学课，这个时候哲学系又加聘冯友兰和邓以蛰为教授，冯兼系主任。这样，中国哲学界声名显赫的清华学派就逐步成形了。后来陈寅恪、张申府、沈有鼎、郑昕、张荫麟、张岱年等著名教授相继加盟，阵容蔚为壮观，人才于斯为盛。冯友兰和金岳霖是清华学派的核心人物，二人各有所长，相互影响。金岳霖说，他的特点是能把非常简单的事情说得格外复杂，冯先生的特点是能把复杂的事情说得简单。冯友兰对这种说法的解释是，金先生见识敏锐，能于常人看不出问题的地方发现问题，而他自己不善分析，思想失之笼统。
冯友兰归国后一直希望以传播介绍西方哲学为己任，然而一个偶然的机缘却使他转向中国哲学的研究。1927年，燕京大学给他一个任务，讲中国哲学史。从那时起，他开始一边研究，一边着手写两卷本的大书：《中国哲学史》。1931年，该书上卷问世，一鸣惊人，好评如潮；三年后下卷又脱稿，由商务印书馆出版。
在冯著哲学史之前，1919年胡适出版了他的《中国哲学史大纲》上卷，由蔡元培作序，一时名噪全国。胡适在史料的考据上确实下了很大工夫，也具备较为新颖的历史眼光，因此他的书读来让人耳目一新，精神为之一振。但是随着中国学术界哲学观念的更新，胡书在义理阐发上的欠缺就显露出来了，他的基本视角——实用主义——也使他对中国思想缺乏了解，因而金岳霖批评他为“美国人的成见”。而且《中国哲学史大纲》的下卷迟迟出不来，有头无尾，难免为人讥议。
冯友兰更多地是以哲学家的眼光而不是历史家的眼光来写《中国哲学史》的。他也反对胡适“疑古”的立场，而代之以“释古”的立场，同情地理解古人的学说，看到“言之成理、持之有故”的地方，就用西方思想与之相互阐发。陈寅恪在该书的《审查报告》中，盛赞他“取材谨严，持论精确”。李约瑟在二十世纪五十年代时说：“冯著是当今中国哲学史研究中最为博大精深的作品，必将长期受到西方世界的重视。”燕京大学的研究生、荷兰裔美国人卜德(DerkBodde)历时多年，将全书译成英文，由普林斯顿大学出版社于1952年出版。
1933年，冯友兰在清华做满了五年教授，获得一年假期出国考察。他在英国住了半年，到十来所大学做过关于中国哲学的讲演。又看了一些关于共产主义的书，有点相信唯物主义，但仅限于历史研究方面。第二年，冯友兰到巴黎住了一个月，后来又从巴黎到瑞士，从瑞士到德国，从德国到苏联。冯友兰不懂俄语，既不能和普通苏联人谈话，又不能读报，只能走马观花。他在《三松堂自序》中说他的观感：“苏联既不是人间地狱，也不是天国乐园。”但据《清华周刊·副刊》所载《在苏联所得之印象——摘录冯芝生先生在座谈会上之讲演》，编者按语说：“冯先生此次出国考察，以在俄印象最佳。听冯先生讲演‘在苏联所得之印象’后，足证苏联之进步，并非虚传。”冯友兰得出结论：社会主义社会“尚贤”，也就是尊重有学问有技术的人。这个结论对他后半生的影响实在是太大了。
回国后，冯友兰做了两次讲演，一次讲苏联见闻，一次讲《秦汉历史哲学》，其实是借题发挥，讲述他了解的唯物史观。听众都很吃惊，纷纷议论说：“冯先生变了。”约莫过了二十天，文学院办公室来了一个人，这个人一面对冯友兰说：“警察总监请你去说一句话。”一面暗中用手枪对着他。冯友兰来不及回家吃午饭，当时就和来人同去了。到警察局后，冯友兰独自在门房等了两个钟头，这才又来了一个人，那人手里拿着一张收条，上面写着：“收到冯友兰一名口。”随后冯友兰被拷上手铐，同十几名“囚犯”一起，被秘密押解到保定行营，当晚被迫写旅欧经过。冯家的人费尽力气，才打听到他的下落，忙着营救。冯夫人亲自去拜见北大校长蒋梦麟、文学院院长胡适，清华校长梅贻琦前去拜见北平行营主任黄郛，傅斯年在南京奔走求救。第二天上午，有人来对冯友兰说，“你写的上边已经看了”，又拿出军政部长何应钦的电报：“冯友兰如无重大嫌疑，着即释放。”那人陪冯友兰逛了一上午公园，中午请他进馆子吃饭，下午送他上了返京的火车，一天的牢狱之灾就此结束。
抗战爆发后，清华、北大和南开三校南迁，先在长沙合并成长沙临时大学。旋即武汉失守，长沙难保，三校又西迁至昆明，成立西南联合大学。联大文学院院长一职原拟由胡适担任，但因胡适出任中国驻美公使，改由冯友兰担任。
民族存亡绝续之秋，冯友兰虽然面对西南美景，也只觉得“江山半壁太凄凉”。当时日军经常空袭昆明，好在大家很快便摸清了空袭的规律，没有受到大的伤害。当时的生活非常艰苦，物价飞涨，教授的工资加到几百万，不到半个月就花得没影了。冯友兰也参加了教授们组织的卖文、卖字、卖图章的合作社，但是生意清淡。冯夫人在校内摆锅设点炸麻花，卖给学生们，大概比字画的销路稍好一些。颠沛流离的环境反而激发了冯友兰的创造力和创作力。在完成《中国哲学史》的著述后，他就转向哲学创作。用冯友兰的话说，研究哲学史是“照着讲”，阐释前人的理论见解；哲学创作是“接着讲”，以前人的理论见解为思想资料，别开生面，创立自己的学说。这一学思历程，概括起来就是：“上继往圣，下开来学。”1939年，《新理学》一书出版，阐明了冯友兰“新理学”哲学体系的一个总纲。随后几年，他的《新事论》（1940年）、《新世训》（1940年）、《新原人》（1943年）、《新原道》（1944年）和《新知言》（1946年）陆续出版，合称“贞元六书”，寄托了冯友兰对抗战必胜，民族必兴的希望和信念。
1945年底，昆明爆发了“一二·一”运动，联大学生罢课，要求撤换昆明警备司令关麟征。重庆政府非常恼火，下了最后通牒，要求学生必须先回课堂，否则就要以武力解散联大。冯友兰和训导长查良钊向教授会提议，由教授会出面向学生保证，于学生复课后十五天内调走关麟征。提议获得通过，学生也复课了，但关麟征却升官到东北做“接收大员”去了。学生不满意，觉得受骗了，“进步人士”认为冯友兰带头破坏运动。冯友兰很灰心，原想居间调停，保全联大这个“民主堡垒”，谁知两面不讨好。正好这时卜德来信，邀他赴美，他就趁机离开了昆明。
冯友兰在宾夕法尼亚大学当了一年客座教授，讲授中国哲学史，其余时间帮助卜德继续翻译《中国哲学史》下卷。他的英文讲稿汇集成《中国哲学小史》（中译本名为《中国哲学简史》），交由麦克米伦公司出版。这本书表面上是两卷本大史的缩编，实际上因为作者的哲学和哲学史思想都更加成熟老练，书中不时地冒出新颖独到的洞见，而且文笔流畅优美，确实是关于思想史的佳作。
