等到了元朝的时候，元军曾经大举攻打日本，在此之后没过多久，倭寇就开始对朝鲜进行有计划的侵扰，和以往不同的是，这一次的侵扰，不仅仅是冲着财物去的，可以说是奸淫掳掠无恶不作，很多平民百姓都因此而丧命，这让高丽国王感到很大的压力。可是高丽国的兵力根本就不足以和日本倭寇相抗衡，为了解决掉这个问题，高丽国王给忽必烈写了一封求救信，希望忽必烈能够派兵镇压，帮助高丽加强防卫。
到这个时候，倭寇已经初步形成了他们的规模和战斗作风，公元1307年，倭寇已经不再是简单的抢劫，他们还身兼另一种身份——日商，他们借着行商作为伪装，等到了目的地的时候，就开始露出本来面目。这也是最早倭寇和商人结合起来的事例。
直到公元1335年，日本武士和浪人也加入到了倭寇的队伍中去，因为在当时日本因为战事形成了南北对峙的局面，在这场战争当中，日本几大武士的势力有兴有衰，失去势力的武士命运很悲惨，要么贫瘠而死，要么被人追杀丧命。为了活命，也为了能够继续生活下去，他们义无反顾地加入到了倭寇的队伍当中。
倭寇的形成，大部分原因都和日本当时不太乐观的经济环境有关系，人数逐渐增加的倭寇们也不再满足于对朝鲜半岛的掠夺，于是他们将目光放到了更大更富强的中国。他们最早骚扰中国边境是在元末明初的时候，那时的元朝政府早已没有忽必烈率领的强大骑兵，长时间的安逸生活让这些骑兵失去了最基本的斗志，再加上朱元璋的明军日益崛起，元朝骑兵只好将全部的精力都放在剿灭明军的身上，倭寇之乱只是很小的一波涟漪，掀不起大风大浪。或许就是元朝统治者这种放任的态度让倭寇越发肆无忌惮起来，等到了朱元璋上台之后，倭寇之乱早就成了沿海地区的一大隐患。
朱元璋做了皇帝之后，作风依旧雷厉风行、硬派，对于边防非常重视，所以在朱元璋在位的时候，倭寇并未形成大患，而他颁布的“禁海令”在一定程度上减少了倭寇来袭的动机，来了也没东西可捞，所以在明初，倭寇问题不算什么。
明成祖朱棣既然敢于打开海上门户，他自然是需要做一番功课的，在公元1404年，也就是郑和下西洋的前一年，郑和还做过一件事情，那就是出使日本。《日本一鉴·穷河话海》中记载着：“永乐甲申，倭寇直隶、浙江地方，遣中官郑和往谕日本王。”而明朝的冯应京在《皇明经世实用编》中这样写道：“永乐二年，倭寇浙直，乃命太监郑和谕其国王源道义。”
既然倭寇并没有形成多么大的规模，对中国沿海城市的骚扰也屈指可数，为什么朱棣要让郑和出使日本呢？在明朝的几个皇帝中，朱棣的目光最为长远，他非常清楚，对于倭寇这个问题，明朝绝对有兵力、也有能力予以剿灭，可是这并不仅仅是中国人的事情，还关系到外国人，如果贸然剿灭了倭寇，那势必会影响到中日关系。别忘了，虽然日本国土少，但是离中国距离太近，如若他们突然来袭，对于中国的冲击，不可小视。出于这样的目的，郑和出使日本势在必行。而且这次的行程，也就权当给郑和下西洋练练手，让他熟悉熟悉海洋嘛！
郑和出使日本，并没有表现出一个大国的傲慢，相反，郑和对日本的统治者谦卑有礼，那一次，他们就商业贸易、倭寇问题达成了一个共识，并且签订了《永乐条约》。在朱棣执政的时期，倭寇问题似乎得到了长久的解决，可是在此之后的几个明朝皇帝，却越发的昏庸、懒惰起来，尤其是边防的松懈，则是给了倭寇一个“来抢我吧”的理由。
倭寇真正对明朝构成威胁是在嘉靖年间，到了这个时候，这台巨大的国家机器早已经是千疮百孔，需要整修了，可是嘉靖皇帝一门心思就是给自己父母正身，再加上明朝一贯“重文轻武”的政治方向，导致了国家军队出现了大量的问题——很多官兵都疏于操练，而且更严重的是，有一部分的军饷都被克扣了，将领们拿不到俸禄，自然就不愿意留在军队等候皇帝的调遣。据史料记载，嘉靖年间的军户逃逸现象非常严重。不要小看这个问题，军户是统计军队兵力的考量标准，如果有户而无人，那么一旦打起仗来，皇帝说出兵十万，可实际上的兵力只有八万，那战争如何能胜呢？同样是因为军队逃脱人数太多，很多卫所实际上早就没有了兵力，最夸张的，只剩下一个人做看守，就连滨海前线的辽东、山东、浙江、福建、广东卫所都只剩下30%的兵员。不要以为这些留下的兵力能够以一当十，这些当兵的，有很多甚至连马都不会骑，更不要提上阵打仗了，平时他们每天都浑浑噩噩地混日子。
公元1555年，发生了这样一件事，不仅震惊了嘉靖皇帝，也震惊了后人。在浙江绍兴，突然出现了一小股倭寇的踪迹，人数不多，也就几十人而已，就是这几十人，在短短数日之内，竟然“突犯会稽县，流劫杭州，突徽州歙县，至绩溪、旌德，屠掠过泾县，趋南陵，至芜湖。烧南岸，趋太平府，犯江宁镇，直趋南京。”倭寇所到之处，都有官兵去拦截，可是前面我们已经说了，当时的官兵能顶什么用？在这支倭寇队伍面前，官兵们就像是小孩办家家酒一样，毫无威胁。
为了剿灭这支倭寇，朝廷派出了许多官兵，尤其是弓箭手，他们想要依靠城池的优势，一举歼灭。我们可以想象一下金庸先生在《神雕侠侣》中的描写，郭靖大侠站在襄阳城的城墙之上，也是派弓箭手在城墙上候命，辽军在城墙下面不敢造次。可是，就在南陵县之外的城墙上，同样有众多弓箭手蓄势待发，几十名倭寇就在城墙下面。将领一声令下，弓箭手的数十支弓箭齐齐发出，可是，那些倭寇脚一蹬地、大手一挥，竟然将箭囊入手中。
如果这些倭寇在明朝去考仕途，肯定能够中个武状元回来，明朝的科举制度对于武官的武艺要求非常低，只有一个标准，考射箭，射十箭中了三箭就算合格。难怪这些将领们连一个由几十人组成的倭寇队伍都无法拿下呢！
一个数十人组成的队伍，已经连续破了四个省市，对于一个国家来说，这不能不算是一种侮辱。不过，这份侮辱并没有结束，因为这支倭寇队伍竟然开始攻打南京！
南京作为明朝最开始的首都，即便是后来朱棣迁都北京，南京这座城市也派重兵把守，而且能够在这里任职的将领也都是朝廷中数得上号的，算是军队中的三线人员，一线人员自然是要驻守北京，二线人员自然是驻守边疆，三线人员虽然不是什么重量级人物，可总比那些虾兵虾将来得可靠些。
但是历史就是历史，它总是能够带给我们惊讶、惊奇，到了南京城外，这几十名倭寇一没有乔装打扮，二没有挟持人质，反而是明目张胆、大张旗鼓地进攻起来。
南京城里最大的官员是兵部尚书张时彻，估计那时候还在睡梦之中，只听到外面吵嚷起来，大多数百姓都惊恐地大声喊道：“倭寇来了！”
这又是一个重大的失误，情报不准。
想那倭寇自从浙江绍兴登陆之后，一番大肆抢劫，距离如此之近的南京竟然半点风声都没有听到，又或者是南京的地方官员非常笃定，这些倭寇不会贸然来犯南京城。总之，对于倭寇这样的举动，南京城上上下下都处于极端的慌乱之中，甚至不知道该如何是好。张时彻还算是个见过世面的人，他下令关闭城门，任何人不得出入，于是南京城的百姓们就过上了守城的日子。
时任南京翰林院孔目的文人何良俊在笔记里愤愤不平地挖苦道：“贼才七十二人耳。南京兵与之相对两阵，杀二把总指挥，军士死者八九百，此七十二人不折一人而去。南京十三门紧闭，倾城百姓皆点上城，堂上诸老与各司属分守各门，虽贼退尚不敢解严。夫京城守备不可谓不密，平日诸勋贵骑从呵拥交驰于道，军卒月请粮八万，正为今日尔。今以七十二暴客扣门，即张皇如此，宁不大为朝廷之辱耶？”
在中国历史上，这算是一个耻辱，仅有几十人的倭寇，竟然敢于攻打南京城，而南京方面，竟然在短时间之内，慌了手脚，全然没有招架之力。如果说这股倭寇势力并不仅仅数十人，而是数千人，那南京又该陷入怎样的局面呢？
眼看着攻打南京是没有可能了，这支倭寇并不恋战，马上撤离了南京，想要到无锡和另一股倭寇会合，几十人毕竟势单力薄，再加上打了这么久，也是筋疲力尽，就想要抄近道。可是人生地不熟的，又看不懂当地的地图，想来想去他们选择了最简单的一个方法，抓两个百姓给他们带路。
这两个普通百姓在几百年前上演了一出“英雄王二小”的戏码，这两个人小心翼翼地在前面带路，他们故意带着倭寇走人比较多的地方，用地方方言通知路人，让路人去给官府报信，说倭寇现在已经是强弩之末，根本无力再和官兵打了，不如就趁此拿下他们，地点在苏州城外。路人一听，好事啊，就屁颠屁颠地去了。就这样，倭寇在苏州走进了官府设下的埋伏之中。
在苏州带兵的是苏松提督曹邦辅、副使王崇古率领检事董邦政、指挥张大纲、把总娄宇等人，曹邦辅是嘉靖年代素有“知兵”之名的大臣，后来还总督蓟辽等处军务，是个比较能够带兵打仗的人，他手底下的兵自然也都不是酒囊饭袋之辈。
这群倭寇还不知道怎么回事呢，只听得曹邦辅的一声令下：“士皆骨栗，殊死战”，就看到一队人马冲了过来，以迅雷不及掩耳之势包抄过来。霎时间，倭寇也慌了手脚，只剩下本能的逃跑了。苏州临水，湖面上自然停泊着许多船只，但是曹邦辅早有准备，命令手下的人守在船只旁边。
想走水路是没希望了，那就改成陆地吧，趁着混乱之际，其中有一些倭寇跨过了横泾前马桥，躲进了平民的家中。他们最初打算劫持人质，可民房里哪里还有人啊，早就跑光了。这也是曹邦辅设下的局，最终这群倭寇死在了火攻之下。
不管怎么说，区区几十个倭寇的翻江倒海，不论在当时还是在后世，一直使中国人深深警醒。这一小股倭寇如入无人之境的长驱直入，就好比一柄锋利的尖锥，刺进了明王朝这头臃肿懒散巨象的中枢神经。
夭折的大航海，这已然不再是郑和一人的遗憾，也是整个大明王朝留给后人的遗憾，摆在航海道路上的三个阻力——本钱、禁海令和倭寇横行，造成了在明朝中后期航海技术的失传，海上霸权就这样从我们手中溜走了。
当然，这并非是最遗憾的，更加遗憾的是，在明朝灭亡之后，清朝奉行的是绝对意义上的闭关锁国。如果说明朝的闭关是为了抵挡倭寇，那么这种闭关的程度是随着倭寇的气焰而有所调整，倭寇来了，我们关上门，倭寇走了，我们再打开门，至少还有打开的时候，可是清朝呢，不管有没有倭寇，我们都关着门，结果大家都知道，门，被倭寇撞开了。
农业文明的全面衰退
在前文中我们说到过，明朝的经济非常强大，在农业上也有所进步，但是那只是明朝初期，明太祖朱元璋为了休养生息而采取的措施，在那之后，直到张居正变法之前，这两百年左右的时间里，农业并没有太多的发展。
张居正的变法，让明朝的农业产量有了大幅度的提高，但是这种提高是建立在耕地数量增多的情况之下，并非是在农业技术本身寻求到了发展渠道。
纵观整个大明王朝，可以说是天灾不断，
中国古代的封建社会非常迷信，如果发生了点什么暴风骤雨、日食月食，都会和老天爷挂上关系，要说这老天爷也真是够忙的，动不动就是天要亡我。不过这句话用在明朝，却也合适。
在历史之中，明朝经历了一场“万年之寒”，当时整个中国的年平均气温都比现在要低，夏天大旱与大涝相继出现，冬天则奇寒无比，不光河北，连上海、江苏、福建、广东等地都狂降暴雪。历史上管这种现象叫做“小冰河时期”。
关于“冰河时期”，很多人都知道，至少看过《冰河世纪》之后都知道，那时候地球上气温骤降、冰雪覆盖，很多种类的生物全部灭绝。那么“小冰河时期”究竟冷到什么份儿上呢？我们可以来看看这样一组数据，整个“小冰河时期”最冷的时期应该算是公元1580年至公元1644年，这段日子里的气温要比现在冷上十多度，而最冷的时期就是公元1600年到公元1644年，恰好是明朝末年。如果要将先后一万年的气温画成抛物线，那么无疑这段时间则是抛物线的最低点。据说在“小冰河时期”，太阳黑子消失了长达七十年，在这一段时间内宇宙射线的流量降低，而同时气候变冷。
天气，有时候是人们最容易忽略的一个历史要素，很多人在说明朝灭亡原因的时候，往往都会说明朝内部腐朽啊、宦官危害啊、农民起义啊，但是却唯独忽略了自然条件对于一个王朝的限制。
一个国家的立国之本，农业是个不可或缺的条件和筹码，毕竟在广大的土地上，农民所占的比例是最多的，他们日复一日、年复一年地守在田地里，盼的就是有一个好收成。然而，在“小冰河时期”，这样的愿望都成了奢求。因为天气变得寒冷，刚刚播下的种子，还没等到长芽，就被冻死了；这些种子好不容易熬过了寒冷的春天，到了夏天却又遇到了干旱。这样的情况，不是一年两年，而是长达七十年。尽管在这期间，并不是连年如此，可是这样的寒冷却也让农民们吃不消。
或许，在明朝统治者心中，自然灾害只会降临到那些穷苦人家身上，但是他却忽略了非常重要的一点，当时的大明王朝已经没有什么银子了。天灾发生之后，如果想要有效地解决，最关键的一点，就是要赈灾，不管是给予一部分粮食，还是钱财，哪怕是有效的疏导，都能够让受灾的百姓从心中感到一种温暖和希望。可就在这样关键的时刻，明朝却拿不出银子赈灾。
没有钱赈灾，受灾的百姓就没有粮食，他们不能坐在那里等死，只能寻则依靠自己的身体，在最短的时间内找到粮食。在明朝末年，有大批的流民出现，这些流民多半都是因为天灾而离开了故土，朝廷又没有拿出一个有效的措施来安置他们。流民最终演变了反朝廷的暴民。
为了吃饭，年轻力壮的男丁决定拿起手中的武器，加入到农民起义的行列中去。
为了生存，没有武力的人，只好铤而走险，做起了小偷。
为了活命，没有任何本领的妇孺、老幼，只好选择卖儿卖女，或者干脆等死。
天灾过后，往往会伴随着疾病的传播，朝廷没有实施有效的赈灾，这些流民四处流浪，病菌也就是这样传播到更为广阔的领域。
俗话说“牵一发而动全身”，明朝末年的自然灾害带来的危害，并不仅仅是农民们吃不饱饭，还有更坏的影响。最直接的，就是物价上涨，因为灾害，长达几年时间，重灾区的地方都是连年颗粒无收，作为政府，自然是要给予一定的物资，可是明朝末年时期，国库之中已经没有太多的积蓄。粮食变得越来越珍贵，那自然的，钱就越来越不值钱。平民百姓们并不懂得，为什么现在一袋米会变得那么贵，他们只知道一条，就是自己快要活不下去了。
