太子向东逃到湖县（今河南灵宝西），隐藏在泉鸠里。主人家境贫寒，经常织卖草鞋来奉养太子。太子有一位以前相识的人住在湖县，听说很富有，太子派人去叫他，于是消息泄露。八月辛亥（初八），地方官围捕太子。太子知道自己难以逃脱，便回到屋中自缢而死。主人与搜捕太子的人格斗而死，二位皇孙也一同遇害。
太子有三子一女，史书留名的是史皇孙刘进（即刘询之父），全部因巫蛊之乱而遇害，只留下一位孙子刘病已，后改名刘询，为汉宣帝。
巫蛊事件是汉武帝一朝一道挥之不去的阴影，几乎与武帝一生相伴。武帝朝遇到的第一件巫蛊事件是皇后陈阿娇由于不受宠幸，找来巫师咀咒那些受汉武帝宠幸的嫔妃们。此事败露之后，陈阿娇被废，汉武帝于是顺理成章立自己的新宠卫子夫为皇后。历史总是惊人的巧合，因巫蛊事件登上皇后宝座的卫子夫，在汉武帝晚年竟然也因巫蛊之祸，而被迫自杀，更重要的是卫子夫的儿子太子刘据，也因为这个巫蛊之祸与父亲汉武帝最后是兵戎相见，那么这个巫蛊之祸究竟是如何爆发的呢？巫蛊之祸的罪魁祸首是谁呢？太子刘据为什么不能够避免这次灾祸呢？
汉武帝在晚年的时候，由于生理和心理原因，脾气越来越坏，也难免犯起了多疑症。汉武帝一有小病，便疑心有人谋害自己，所以巫蛊的魔力在他的心中越来越大。汉武帝寝食难安，总怀疑是不是有人用巫蛊咒他，于是巫蛊的悲剧开始在朝廷上揭开了，首当其冲的竟然是公孙贺丞相，那么一直是谨小慎微的公孙贺怎么会陷入巫蛊之祸呢？可以看出晚年的汉武帝面对巫蛊是决不会手软的，哪怕是当朝高官，哪怕是自己的女儿。经过公孙贺这次巫蛊事件之后，汉武帝总觉得身体不适，精神恍惚，此时的他已经成了惊弓之鸟，汉武帝的宠臣江充从中看到了机遇，那么江充究竟从巫蛊中看出了什么门道呢？他究竟想借巫蛊实现什么不可告人的目的呢？
江充把巫蛊的矛头直指太子刘据，太子刘据被江充已经逼得忍无可忍，如果恶人江充先到汉武帝那里去告状，他就是跳到黄河也洗不清了，摆在太子刘据面前的只有两条路，一条是先向父皇去解释，要么就是先抓了江充再去向父皇说明情况，太子刘据在万般无奈的情况下，铤而走险，选择了先杀死江充，再向父皇解释的这条道路，但是由于小人的报告，太子刘据在还没来得及向父皇当面解释的时候，汉武帝就已经认定他谋反了。可以说，是误会与隔绝最终造成了这场父子交恶的千古悲剧。
汉武帝晚年杀戮太过，颇思悔悟。李广利伐匈奴不利，全军覆没，求神仙又不成，又因巫蛊之祸造成父子相残、太子刘据自杀，种种打击使武帝心灰意懒，对自己过去的所作所为颇有悔意。在登泰山、祀明堂之后，武帝在轮台宫殿（并非新疆轮台）里下《罪己诏》：《轮台罪己诏》“朕即位以来，所为狂悖，使天下愁苦，不可追悔。自今事有伤害百姓，糜费天下者，悉罢之！”以表示承认自己的错误。天下也因此又逐渐归于和谐，为昭宣中兴的盛世奠定了基础。
公元前88年，汉武帝叫画工画了一张“周公背成王朝诸侯图”送给霍光，意思是让霍光辅佐他的小儿子刘弗陵作皇帝。子幼母壮，为了防止太子的年轻母亲钩弋夫人重演吕后称制的局面，汉武帝狠下心找借口处死了她。公元前87年二月丁卯，汉武帝驾崩于五柞宫，享年七十岁。三月甲申葬于茂陵。
颁布轮台罪已诏，是汉武帝统治政策的重大变化。它表明汉武帝已决心不再主动对匈奴用兵，而要注重发展农业，提倡农耕以恢复生产。为实现这一政策，汉武帝不但下令不复出军，而且还在征和四年封丞相田千秋为富民侯，以明休息，思富养民也。同时，还任命赵过为搜粟校尉，推广代田法，并下诏重申：当今之务，在于力农。
汉武帝一生致力于加强中央集权，建立了巩固统一的西汉帝国，奠定了中华民族辽阔疆域的基础。但与此同时，在他统治期间，穷奢极欲，繁刑重敛，内侈宫室，外事四夷，信惑神怪，巡游无度，使百姓疲敝，起为盗贼，按司马光的评价，其所以异于秦始皇者无几矣。而西汉王朝所以有亡秦之失而免亡秦之祸，同汉武帝晚而改过，有十分密切的关系。
汉武帝还没有来得及全面推行其与民休息的政策，便于后元二年（公元前87年）去世了。其后继者昭帝和宣帝坚持执行武帝晚年制定的与民休息的政策，因而在西汉中期出现了被后世称颂的昭宣中兴局面。
征和四年（公元前89年），汉武帝向天下人昭告：自己给百姓造成了痛苦，从此不再穷兵黩武、劳民伤财，甚至表白内心悔意。这就是《轮台罪己诏》。这份诏书，是中国历史上第一份帝王罪己诏。敢于罪己，置自己过失于天下舆论中心，汉武帝无疑是第一人！至此，后代皇帝犯了大错，也会下“罪己诏”，公开认错，展示明君姿态。
公元前87年，汉武帝在立了刘弗陵为太子，任命了霍光等五个顾命大臣后，终于安心地走了。他七十年的人生尘埃落定。汉武帝在位的五十四年里，他罢黜百家、独尊儒术，他重用人才、招贤纳士，他严刑峻法、重用酷吏。汉武帝的一生在历史的长河中留下太多让人谈论的话题，关于他本人的历史评价，更是莫衷一是，当我们回过头来，再看这位神秘而复杂的皇帝时，我们做何评价？司马迁又是怎样评价汉武帝呢？
汉武帝晚年，因巫蛊之祸，太子刘据被逼自杀，一场血腥的宫廷斗争终于以太子之死收场了。事后仗义执言的壶关三老冒死上书，为太子喊冤，失去判断的汉武帝此时慢慢开始归于平静，意识到太子之死是个冤案。错杀爱子，这可能是汉武帝晚年最痛苦的事情。如何还太子一个清白，一言九鼎的汉武帝会低头认错吗？他将如何为太子善后呢？
看到壶关三老的上疏，汉武帝已经意识到自己错了，但是那个时候的汉武帝一是缺乏勇气，二他是转不过来弯子，六十多岁的一个老皇帝，你要叫他认错，总得给他搬个梯子叫他下台阶，正在这个时候，有一个叫田千秋的人，给了汉武帝一个很好的梯子，他给汉武帝写了一道关键性的奏章，让汉武帝大喜过望。于是汉武帝把当年帮他杀太子的人全都杀掉，并让江充全家灭族。
事后，汉武帝开始思考一个问题，就是为什么我做错了，什么原因导致我冤杀了太子，他由对这个问题的反思，联想到几十年来实行的政策有没有失误？汉武帝由此开始做了一系列内部的调整。并公开承认自己的错误。
唯我独尊的汉武帝，公开地向天下人昭告自己的过失，这是当皇帝的很难做到的。可以说此时的汉武帝平静了许多，也冷静了许多。但是太子已死，晚年的他还不得不面临一个立谁为太子的问题，那么在汉武帝的儿子中，他将会选择谁来当太子呢？这会不会又是一场新的宫闱之争呢？
在汉武帝的几个儿子中，幼子刘弗陵深得汉武帝的喜欢，可以说立他为太子没有任何悬念，但是一个柔弱的肩膀怎能堪负国家的重任，历史上不乏有少主执政，大权旁落的例子。而汉武帝已经一天天接近生命的终点，容他思考的时间已经不多了，赵钩弋死后第二年，汉武帝正式册立八岁的刘弗陵为太子。
汉武帝刚刚去世，对他的评价和争论就开始了。誉之者众多，毁之者也众多。班固在《汉书·武帝纪》最后的评论中间，对汉武帝下了一个非常有名的评语，这就是我们今天所熟知的“雄才大略”。我们一直用到今天，都认定班固这个评价很准确。但是班固在论述的时候，只讲汉武帝的文治，不提汉武帝的武功，而不提的本身就是一种委婉的批评。
到了司马光写《资治通鉴》的时候，司马光讲了一段非常有名的评价，穷奢极欲，繁刑重敛。内侈宫室，外事四夷。信惑神怪，巡游无度。司马光的评价几乎全部是负面的。基本上否定了汉武帝在内外政策上的许多方面。
当代史学家翦伯赞先生也有两句非常有名评价，他说汉武帝“用剑犹如用情，用情犹如用兵”。所以汉武帝这一生走完以后，在中国历史上，汉武帝成为一个争议最大的皇帝之一。
当我们今天用文治武功去衡量汉武帝时，首先在武功方面，王立群先生认为汉武帝武功方面的贡献是不容忽视的，汉武帝作为一代君主，他有干大事的魄力。一个帝王，每一代帝王上台以后，都有一些要做的事情，作为汉武帝来说，他所做的一个最大的事情就是他拓展中国的版图。
第二件事，汉武帝在继位第八年，就正式拉开了对匈奴作战的序幕，他抛弃了从高祖开始，行了将近七十多年的和亲政策，启用了新的政策，这也是一代帝王具有极大魄力的表现，没有魄力的人，是不敢变祖宗之法的。
