不过，柳传志和马雪征的担心是多余的。吕、吴都是聪明人，识时务，经过两年来的一番挫折，早就明白他们在公司里已做不了什么，所以很容易地接受了柳传志的安排。他们辞去在公司的所有职务，仍保有自己的股权。两个人当初为了扩大股份借了公司的552.58万美元，也知道柳传志为此背着“黑锅”，所以愿意听凭柳传志的安排。柳说：“现在咱们的股票价格是最低潮，才三毛钱。但我相信联想的未来。我们就以股票价格回升到发行价1.33元的那一天为期，你们要么以股还债，要么留着股票另筹现金还清本息。”吕、吴二人签订协议，对于以往8年的是是非非也不纠缠。他们都在西方受过高等教育，又是在香港这样一个社会长大，养成西方人的典型风格：彼此能够合拍就在一起，彼此不能接受就转身离开。不过，两个人还是很动感情，吕谭平在听完柳传志宣布决定后当场痛哭，一边哭一边说：“我反正还是信任柳总，因为他把公司当成命。”柳传志心里一样难受，可毕竟闯过了最难的一关，不禁长出一口气。这消息传出来，股票又涨，到了1月29日，已经涨到1.15元。
这一天柳传志从香港回到北京，来到公司的时候仍然兴奋不已。“从香港回来，身上还带着浓烈的南方战场的硝烟味。形势很好，挺激动，大家看到我和董事长的脸都挺红，有点像一个职业军人马上要打大仗以前的那种兴奋的感觉。”柳传志得意地对他的员工说，“当初有人以30万元买了100万股，这几天就挣了70多万元。”事实证明柳传志的决定相当英明，4个月后联想股价已经回到发行价之上，公司也就很顺利地从吕谭平等人手里收回了借款。1997年2月3日，公司全体董事在北京联想总部大楼505室召开会议，当场拟定决议如下：—把北京联想和香港联想合并为中国联想。—具体做法是，把北京联想业务的主要部分通过资产评估，以该部分资产购买香港联想股票。—整合后的北京联想将成为香港联想的绝对大股东，所占股份将由原来的42%上升为60%以上。董事会将合并后的公司大权赋予柳传志。他成为中国联想董事局主席兼总经理、首席执行官。董事会中除了李勤和曾茂朝之外，还有杨元庆、马雪征和郭为。
对年轻人来说，这个位置意义重大，它强烈地预示着公司未来的权力格局。1997年7月1日零点，香港回归祖国。中英两国政府的政权交接仪式结束之后，查尔斯王子一分钟也没有多待，率领香港末代总督彭定康一行，乘坐英国皇家游轮“不列颠尼亚号”离岸，驶向漆黑的大海深处。与此同时，中国大陆35个大城市的中心广场灯火通明，亮如白昼，几亿中国人彻夜不眠。李勤在北京联想总部的白色大楼里对记者说：“香港和联想集团的历史渊源很深，今天对联想集团的发展也很有意义。我们将一如既往地扛起民族计算机工业的大旗。”香港那一边，柳传志的心情也不错。南方战场至此有了完满结局，人人皆大欢喜，都以为万事俱备，只欠东风。什么时候上级的批文下达，就将大功告成。谁也没有想到，他们等来的是上级的调查组。
调查组又来了
1997年7月，调查组第三次进入联想，还是针对柳传志而来。10位调查人员来自中国科学院、中纪委、国家审计署和监察部。了解内情的人都发现，这一次来头更大，有如中国科学院的新任院长路甬祥在调查组预备会上所说，“这次是根据朱基、罗干同志的批示，按监察部审计署的要求，科学院再组织一次调查，把事实彻底搞清，向中央写个报告。”中南海要“彻底搞清”的事情，按照路甬祥的解释，是因为“有几次人民来信反映，在运作香港联想的股权以及某些投资行为中有违纪行为，希望调查”。路甬祥不好意思说出“人民”是谁，其实谁都知道那是倪光南。原来就在柳传志为南北两线战事忙得焦头烂额的时候，倪光南仍在顽强地表达自己的意见。他显然不再信任中国科学院能够秉公处置他与柳传志的冲突，所以把举报信直接呈递中国证监会、国资局、监察部、中纪委和党中央。
朱基和罗干同时关注此案，让气氛一下子紧张起来。这两个人，前者一向有“铁面宰相”之称，尤其对国有经济领域中的化公为私无比痛恨。后者则是负责国家政法界的国务委员，他要是一发话，通常都会导致一场迅速严厉的追究行动。柳传志原本以为倪光南的麻烦早就了结，不料竟是越闹越大。过去这些年的很多事情证明，他不是个不能受委屈的人。当然他也承认，自己的“修炼还没有到最佳境界”，有时候也会失态，也会忍无可忍。记者刘韧在一篇文章中描述了他在接受调查时的反应：柳传志在房间里面走来走去，气急败坏：“一个调查没事了，又换了一个新内容调查，如果他老是瞎编，你们老要调查，我还干活不干？”倪光南不是玩弄阴谋的人，他把事情做得光明正大，按照党组织的原则，也不逾越公民的合法权利，告状信上全都写着自己的真实姓名。他指控柳传志的罪名并没有增加，但是曾茂朝却发现，因为南方战事顺利，反而给倪光南提供了新的炮弹。
比如“联想股票涨了，他就算出来，由于股权让给港商不少，所以国有资产又流失了几个亿”。“这就越来越严重了嘛，”曾茂朝对倪光南说。他在多年以后的回忆中表明，这是他最后一次试图以计算所老所长的身份劝说倪光南罢手：我对倪光南说，你不要这样子做，你这样子做，对这个企业一点好处也没有，而且事实不是那样。我还找了他的夫人，最后他们跟我说了非常过头的话。她说，陈希同都可以拉下来，柳传志为什么就拉不下来？后来我看没希望了，只好公事公办。曾茂朝似乎对自己的记忆坚信不疑，但是倪光南始终否认他说过要把柳传志送到监狱里去。对于当时发生的那些事情，曾、倪二人在一些关键细节上的回忆也不能一致。2004年3月，因特网上“中国思维论坛”发表一篇文章，以倪光南的立场详细记述事情过程，作者化名“敦科平”，同时宣称“在任何公众场所，包括到法院应诉时，都能以真实姓名讲述自己的观点和依据”。
倪光南则变得小心谨慎，不愿谈论往事。偶然有个人找他追问事情细节，他便声明联想的那些人都在说谎，然后推荐“敦科平”的文章，并且说：“值得一看，文章中的许多事实在其他地方不容易看到。”关于倪光南与曾茂朝的对话，“敦科平”有如下一段记载：在1994年上半年，倪光南发现负债持股问题后，按组织程序在内部反映。首先找的就是董事长曾茂朝。他鼓励倪光南上告。开始时，倪光南认为借钱给港商是损害联想利益，没有上纲上线的知识。1994年7月初，曾茂朝参加了院领导对柳传志的谈话后，就告诉倪光南说：院领导批评柳传志，说“倪光南告你挪用怎么办”？这样，书生气十足的倪光南才知道这种行为叫“挪用”，乃大是大非。由此看来，“把柳传志送进监狱”的原创应该归曾茂朝。调查组卷土重来，唐旭东首先应当知道原因。他是条法部的负责人（这个部门名称简化之后让人费解，实际上应该叫做“条约法规部”）。
假如公司有人违法乱纪，他是负有督察之责的，所以曾茂朝将事情经过向他通报。他看到了一些被列为保密的材料，还看到中南海的批示，不禁大惊。他一直觉得倪光南为人友善，“是一个谦谦君子、书生、很受人尊敬的高级知识分子，一点架子都没有，也非常关心年轻人。”倪光南和柳传志为了工作的分歧发生冲突，他也知道。“他有他的想法，柳总也有自己的想法，甚至有些激烈的争论，我们都不觉得奇怪。”但现在事情到了这个地步，让唐莫名其妙：“倪光南告的事情触到一个人的根本，不再是工作上的分歧，不再是战略上的分歧，而是对你的人格、人品的怀疑，是触犯刑律的问题了。我始终没有理解，他为什么这么做。”
然而以党纪国法的立场来度量，他知道此事非同小可，假如事情真闹到不可收拾的地步，那么柳传志难免负罪入狱，公司也将从此完蛋。他在惶惶不安当中过了一天。自从5年以前主持公司的法律事务，他的大部分时间都花在各种诉讼中，处理过至少10个违纪事件，开除十几个员工，把4个触犯刑律的员工送到法庭上，打过几十件合同纠纷的官司，但是还从来没有哪一次像现在这样，让他感觉到危机四伏。
