“火耗归公”的耗羡主要用于三方面：一是作充作官员的“养廉银”。火耗归公，在一定程度上等于是掐断了官员的财路通道。为了补偿官员的损失，不至于权力集团的内部矛盾过于激烈，雍正同意拿出部分耗羡作为制度内的灰色收入发放给官员。他同时要求官员在拿到“养廉银”后，就不要再跑到老百姓的地盘上去刮油水了。当时全国地方文职官员的养廉银总计是280余万两，这笔钱是朝廷在官员常额俸禄之外按规制发放的。
二是用作弥补地方亏空；三是用作地方官府的办公经费。耗羡的征收标准是按照地丁银的一定比例抽取，随地丁银的固定而固定，而各级官员的养廉银和地方官府的办公经费也有统一的标准，所谓“皆有定额”。
需要在这里特别指出的是，雍正火耗归公改革的一个重要原则就是火耗不能归入正项，而应保持它的“非制度性”。对此，雍正还曾经做过一个专门的说明。
雍正五年（1727年），他在对一奏折朱批时明确指出火耗归公改革的“公”指的是“地方之公用”，而“地方之公用，乃私用之公用，非国家之公用也。”为了使耗羡不致转成正项，雍正还作了真诚的努力。
雍正三年（1725年）二月，山西布政使高成龄奏陈按年度来报销省耗羡一折，雍正在朱批中说：“知道了。若遇上不肖上司，岂此一折奏报所能绳也。只要实行，不在此奏也”。在雍正看来，督抚年终对本省耗羡的报告只是一种形式而已。他有意将耗羡的提解、分配作为地方性事务，完全交给藩司与督抚全权处理。
雍正四年（1726），河南巡抚田文镜经雍正认可动用本省的耗羡银两制造河北镇各营盔甲。由于所涉款项巨大，为了谨慎起见，田文镜向工部专门打了报告。工部后来将田文镜的报告驳回，令其说明各项开支的具体情况。
雍正以工部堂官不分正项与火耗性质为理由，又将其交还工部察议，同时对田文镜进行了处分。由此可见，雍正在“火耗归公”之初对火耗不列入正项的态度是十分坚决的。对这一看似荒唐的政策，雍正自有他的一番道理，他认为如果将耗羡银两比照正项具题报销，担心时间久了，有不法官员将耗羡作为正项，然后在耗羡之外还要再设新的火耗项目。那样的话，“必至贻累人民，此风断不可长！”
雍正对耗羡归公引发新的更高的道德风险充满了警觉，其实他的这种担忧也并非他一人所有，他的父亲康熙也得过类似的忧虑症。康熙六十年，康熙曾经对身边的大臣说：“火耗一项，特以州县官用度不敷，故于正项之外量加些微，原是私事。朕曾谕陈瑸云，加一火耗，似尚可宽容。陈瑸奏云，此乃圣思宽大，但不可明谕，许其加添。朕思其言，深为有理。”也就是说，火耗本来只是州县官员入不敷出，所以在正式赋税之外又添加了一些，本来只是地方上的事。可是陈瑸却说，这是皇恩浩荡，地方上可以明着做，但是不要明着说。
从“不可明谕，许其加添”的这句话里，能够体会出康熙在“火耗”一事上所表现出来的纠结心态。一边是权力运行需要经费；一边是“火耗”合法化可能带来道德风险。身为一国之主的康、雍二帝对明显存在弊端的“火耗”问题所表现出来的纠结其实正是对“道德风险”的理智反应。他们既要政体的通畅运行，又不想因为“火耗归公”背上骂名。
雍正以一种近乎决绝的姿态来推行耗羡归公政策，这种做法势必会影响到官员的切身利益。在官员尚未理解的相当长的一段时间内，他们对雍正的改革是有所抱怨的，这种隐而未发的抱怨为改革的不彻底埋下了祸根。
在这场利益博弈中，几乎每一个社会阶层的主体都卷入其中，从皇帝、官吏到平民，这项改革动摇的是帝国的整条利益链。我们知道，封建王朝的权力框架属于典型的分层金字塔结构。这种结构最基本的特点是，每个层级都分布着诸多权力元素，同时各层级之间又形成利益勾连。
在这个权力结构中，只有皇帝一人占据塔尖的位置，其他各层都有多项权力元素并联交合，而每一层的元素个数与它所处的层级数成反比。也就是越往金字塔高层走，权力元素就会也少，越往底层来，权力元素就会越多。
政治学研究表明，权力系统如果按照分层组织布局，往往可以最大限度地提高政府的行政效率。清朝政体虽然走的还是权力集中的前朝老路子，但是在利益结构的划分上呈发散状，并且这种发散的趋势是越向下越明显。尤其表现在财政分级管理上。
那些失去财政自主权的地方权力机构连最起码的运行成本都捉襟见肘，更不用谈什么工作效率。身居其中的地方官员们在权力分肥中也是各显神通，通过另谋财路来弥补各级官府日常用度和官员薪俸之不足。
火耗是地方官府开辟的最重要的一条财路，虽然没有写进官家的正式章程里，却是各个利益集团信守的隐形公约。通过制度性的集权方式，清朝有效地防止了权柄旁落。但是过分集权也使皇帝愈发处于一种相对不利的位置。
皇帝作为一个人，就算他是古往今来“天字第一号”的明君圣主，让他一个人与成千上万负责具体事务的官员相比，也是一场力量悬殊的博弈态势。最起码在行政的有效信息方面，一个人与一个庞大的集团比拼实力，是不可同日而语的。
作为皇帝，很多时候看似一个人，可放在这场博弈格局中却不是一个人。形式上的个体，因为手中掌握了至高无上的权力，就有了千军万马的集聚效应。皇帝在权力的使用上，完全套用的是现代经济学理论中的“委托——代理模式”。我把它称之为企业分权模式，或者是老板——员工模式。
在这种“老板――员工”模式中，官员作为“员工”往往以皇帝这个“老板”的名义来承担和完成一些事情。官员通过完成他的工作来获得一定的报酬，更为关键的是，员工不必对他的行为结果负全部责任。这是因为他的行为决策除了会影响到自身利益外，更为关键的是他会影响到老板的切身利益。
老板之所以要雇佣大量的员工，是因为老板的时间、精力有限不能对应尽事务做到事必躬亲。在帝国体制下，以一己之身治理庞大帝国的皇帝是十分需要“员工”的。因此就有许多以维护皇帝家天下万世长存为目的的官僚为皇帝打点具体事务。
官僚集团通过向皇帝提供服务获得一定的地位与数量不等的金钱，但是他们并不对自己的行为后果负全部责任，而是由其幕后老板――皇帝来承担最终的政治后果。
