马云和杨致远相交已久。在雅虎刚进入中国的时候，马云就做了雅虎在中国的广告代理。按照马云的说法，那个时候，雅虎想进入中国，杨致远欲邀马云做雅虎中国的掌门，但被婉拒。几年之后，马云带领阿里巴巴在中国市场打败电子商务世界巨头eBay，此时正在全球和eBay竞争的杨致远想到了他。
2005年4月，杨致远回复马云6年前的一封邮件说：“阿里巴巴和淘宝做得很好，有机会想跟你谈谈互联网的走势。”3个月后，在双方共同的投资人软银孙正义的撮合下，双方最终达成了共识。
另一个接近当事人的说法是：一个起风的春日，马云和杨致远相约到美国著名的圆石滩高尔夫球场，在沿海滩步行时，双方达成了意向。
2005年8月11日，雅虎宣布计划用总计6.4亿美元现金、雅虎中国业务以及从软银购得的淘宝股份，交换阿里巴巴40%普通股（完全摊薄）。其中，雅虎首次支付现金2.5亿美元收购阿里巴巴2.016亿股普通股，另外3.9亿美元将在交易完成末期有条件支付。根据双方达成的协议，雅虎将斥资3.6亿美元从软银公司手中收购对方持有的淘宝股份，并把这部分股份转让给阿里巴巴管理层，从而使淘宝网成为阿里巴巴的全资子公司。在此次并入阿里巴巴的资产里，还包括了雅虎与新浪合资的“一拍”在线拍卖业务（www.1pai.com.cn）中雅虎的股权。而在周鸿祎时期，一拍网是和雅虎中国同级的。
雅虎向美国证监会（SEC）提交了一份包含5份附属协议的8-K文件。不难看出，雅虎3.6亿美元购淘宝股份、3.9亿美元购买阿里巴巴现有部分股东股份，资金受益人并不是阿里巴巴，而是出让阿里巴巴股份的股东。收购的股份比例为35%。从另一个层面上来说，雅虎所谓的“10亿美元”并不是直接注入阿里巴巴，其中牵扯到软银的套现、阿里巴巴管理层和某些股东的套现，真正落入阿里巴巴手中的真金白银也就2.5亿美元。
8月18日，阿里巴巴副总裁金杭建在声明中说，阿里巴巴未来的业务将集中于电子商务与搜索领域，阿里巴巴会把雅虎投入的2.5亿美元全部投入电子商务与搜索领域。这一说法无形中也验证了这笔交易最终落入阿里巴巴囊中的资金只有2.5亿美元。
其实，说白点，就是软银想把资金收回，所以找来了杨致远，因为Yahoo是美国上市公司，有足够的资金收购股份，而且是上市公司，毕竟可以给予Yahoo更多的利好消息，使得Yahoo在面对Google竞争中处于下风的态势得到些鼓舞，也使得Yahoo股东们有点希望。这样看来，如果阿里巴巴接下来能够发展成功，并且最终上市的话，软银、Yahoo、阿里巴巴都是成功的。
中国市场上90％的收购兼并是失败的，马云坦言自己不想成为其中的一员（注：从之后的事实来看，马云也没有逃离这一定律），但阿里巴巴和雅虎的整合难度相当大，大大超过马云想象的程度。
为了“示好”原雅虎中国的员工，马云把他们全部请到杭州，给大家立下军令状：不谈业务，只要“感情”。整个活动策划非常复杂，阿里巴巴为此开了专门的讨论会，甚至讨论雅虎中国员工从北京赶到杭州时，接待他们的早餐是包子还是面包。
2个月后，马云宣布整合第一阶段结束。新阿里巴巴帝国里，旗下4个公司各扮演不同的角色。马云描绘说，老大是阿里巴巴。当初为了防止eBay进入老大的B2B领域来抢地盘，就搞了老二“淘宝”；为了解决支付手段和市场诚信，就做了老三“支付宝”；后来发现老大还需要一个得力帮手，就找了雅虎中国做搜索。
马云说：“雅虎就是搜索，搜索就是雅虎”。2005年11月9日，雅虎摒弃了门户概念，把首页变成与Google很像的搜索栏。与此同时，马云对雅虎中国进行了大刀阔斧式的改革，停止无线、广告等盈利业务，甚至连仅创立1年即实现盈利的“一搜”也被强制叫停。此举从事后来看有些托大，当时网络广告和无线业务每月都分别有几百万元的收入，马云给雅虎中国带来不小损失。负责无线业务的团队则全部投入到奇虎。周鸿祎对此戏言，要感谢马云源源不断将优秀的人才向奇虎输送。
或许马云的做法已经超过了美国总部的容忍程度，2006年2月，马云飞往美国硅谷。未经证实的消息称，当时杨致远对马云下达的第一条指示是，立刻把改掉的雅虎中国首页恢复过来，之后要求马云恢复被砍掉的盈利部门。事实是，2006年3月31日，雅虎中国再次以门户页面出现在中国广大网民面前。不久，马云把冰封的3721网络实名也重新开放，不再意气用事。
即使如此，马云并没有把雅虎中国门户的人气做起来。2006年8月15日，雅虎中国在和奇虎的口水仗期间又宣布改版，媒体戏称这个页面几乎创造了国内网站首页大调整的纪录。从庞杂的门户到简捷的搜索数次变身，此次又提出“搜索”加“编辑”的复杂概念；同时，雅虎还发布了一个几乎跟百度一模一样的搜索页面。
2006年9月9日，当着杨致远的面，马云坦陈他对雅虎中国发展方向的迷茫。“如果说自己已经完全想清楚，那是在说谎。”不过他表示，他认为雅虎必须要有创新，不是传统的门户，也不是纯粹的搜索，至于具体是什么，还要看发展。按照马云为雅虎中国制订的3年整合目标，第1年是“求存”，第2年健康运营，第3年则发展强劲。“去年（2005年）是最艰难的一年……我们计划用3年时间让雅虎中国重返第一梯队。”
2008年6月4日，在雅虎中国重返第一梯队无望后，马云宣布，将雅虎中国与其和夫人张瑛投资阿里巴巴老员工李治国所创办的分类信息网口碑网进行合并，雅虎中国彻底告别门户之争。马云“用3年时间重返第一梯队”的狂言也成为一句笑谈。
看上去，马云在雅虎中国可以轻易拷贝淘宝的成功。2005年10月，雅虎中国和阿里巴巴的合并案从性质上接近淘宝的个案，即给予马云足够多的管理权限，而且都有孙正义在后面做资本推手。马云也轻车熟路地用了诸多在淘宝上的招数来推动雅虎中国，希望提升雅虎中国在中国搜索引擎市场上的份额。
比如，马云赞助了中央电视台二套经济频道主办的“赢在中国”节目，这是一档针对创业者的选秀节目，马云成为首季的三个评委之一，也是最出彩的那个。不同的是，这一次，马云虽然继续有名，但大家并没有由此而上其大力推动的雅虎中国，大家记住的是阿里巴巴的马云。归根到底，马云的气质和雅虎中国并不一致。更何况，大家还没有搞清楚雅巴（雅虎和阿里巴巴，简称雅巴）之间到底是谁合并谁。
在雅虎中国，马云的娱乐营销的招数用到极致，他用造星运动的方式来推雅虎中国的搜索引擎。雅虎中国先是以8000万元人民币的价格夺取了CCTV新闻联播后5秒广告的播放权，没过多久又斥资3000万元人民币邀请冯小刚、陈凯歌、张纪中三位当红导演为其拍摄广告片，之后又在全国范围内为广告片寻找主角“雅虎搜星”。但这种做法并没有换来雅虎中国的用户提升。
说到底，搜索的业态和拍卖不一样，用星搜索这样的方式来推没有多大的效果；搜索的用户更多的是普通网民，即便为马云式的创业故事所感染，也不会和网商一样蜂拥到淘宝上，网民用搜索更多的是一种日常应用，而不是商业应用，当然也不是娱乐应用。
更致命的问题在于，雅虎中国不同于淘宝，其同样受到雅虎全球的管理和制约，并不能由马云为所欲为。按照马云的如意算盘，马云希望雅虎中国能成为一个纯搜索的公司，这样的话，将提升整个阿里系在产业链条上整体布局。但事实上，雅虎虽然一直在搜索引擎上有投入和积累，但其商业模式一直是媒体定位，并不是一个纯搜索引擎公司。甚至可以这么说，如果雅虎没有那么重的媒体情结，聚焦搜索引擎并建立壁垒的话，那么，也许就没有Google什么事情了。
这也足以理解，为什么马云把雅虎中国的首页改成了类似百度一样的首页，这正是马云想要的。但也可以理解，为什么很快又改回来，因为这是雅虎全球所不愿意面对的。如此反复，来回摇摆，雅虎中国继续混沌和震荡。
马云的对手除了雅虎总部外，还有一个是前雅虎中国区总裁周鸿祎。关于马云和周鸿祎之间的故事，其实可以追溯到2002年的西湖论剑，马云邀请当时率先盈利的周鸿祎参加他的第三次西湖论剑活动，也就是在这次聚会上的某个私下场合，马云向周鸿祎提出收购3721的建议，出价7000万美元。这个时候的马云和周鸿祎，还是谈笑风生，相敬如宾。
也许是马云出价太低，也许是周鸿祎本身想独立发展，周鸿祎没有选择马云，由此两人错过。不过，这并不影响两个人的友情，在周鸿祎最喜欢带友聚会的大觉寺下，周鸿祎甚至曾经请马云就着白兰花香喝上一杯清茶。
不过，或许周鸿祎在雅虎中国的种种不愉快，特别是其并没有拿到剩下的3000万美元（注：按照最开始的并购约定，雅虎中国要付给3721的股东1.2亿美元，但最后只付了9000万美元，剩下3000万美元周鸿祎被迫放弃，之所以说被迫，因为3000万美元是笔不小的数字，但凡可能，周鸿祎应该都会要的），或者说，周鸿祎看到最后的尾款无法从雅虎中国拿到，从不吃亏的周鸿祎开始有了小九九，他开始筹划着他的下一步，并由此造成了部分人员的流失，这无疑是接手者马云不愿意看到和直接面对的。
而在阿里巴巴与雅虎中国的合并大会上，不请自到的周鸿祎在会上主动发言，虽然帮周鸿祎挣了不少肯为下属出头的印象分，也让马云有了些许的难堪和不快，这符合江湖道义，但不太符合商业准则，也没有给足马云面子。
马云上台后对于周鸿祎任上的一些做法表示出缺乏理智的全盘否定，多少也不让人理解，特别是对一些盈利部门的放弃，诸如无线，诸如一搜，这让这些人不可避免地倒向了周鸿祎，同时也让雅虎的决策层大为光火，毕竟，谁也不应该与盈利过不去。马云式的整风运动可以在阿里巴巴大行其道，这与马云在这个团队里多年形成的权威有关，但在雅虎中国，马云只是个外来者，即便是老板，也只是老板之一，这种看似微小但其实巨大的身份差别让马云不小心栽了个大跟头。
《环球企业家》杂志记者张亮的评价颇为中肯：虽然同为中国网络业最早的创业者，且均在业内富有争议，但周鸿祎系工程师出身，从3721时代起即积累着搜索引擎领域的know how，马云则是个更纯粹的商人，对搜索领域的理解显然颇有不如。马云接手雅虎后，迅速将一搜业务叫停，而3721业务也经历着工程师流失、品牌变化等阵痛。这让雅虎中国在搜索领域的市场份额持续衰减。
而最具破坏力的，还是周鸿祎本人在2006年6月推出的“360安全卫士”。无论事后如何解释，这款以杀除“流氓插件”而一举成名的产品，毫不掩饰周对前雇主的复杂情感，它首当其冲将3721的插件送上了断头台。对于，已经风雨飘零的雅虎中国来说，这无疑是悬崖边的最后一推，万劫不复。
在阿里巴巴一手操办的首届网商节上，马云终于有了一个独辩的机会。在谈及收编雅虎中国时，马云打了个比方说，雅虎中国就像是一个重病的病人，需要推上手术台做大手术，而他是主治医生。但是，问题是雅虎中国真的是一个重病患者吗？如果是，它的病灶在哪里？主治医生马云的针石施治到位吗？
首先，雅虎中国在转手马云时，很难讲它是一个重病患者。当时雅虎中国旗下涵盖网络实名、无线和广告等互联网公认赚钱的业务。根据媒体的报道，仅网络实名一项业务，就可确保雅虎中国每年稳赚1～2亿；同时马云也承认，当时的无线业务每月稳进800万元，这样算下来，来自无线业务的收入每年可达9600万。此外，由于原雅虎中国一直走门户路线，其广告收入也应该有相当积累。综合算下来，雅虎中国即使不进行手术，找个管家保持现状，每年保守收入也在3～4亿。因此，从一个商业公司赢利能力判断标准来看，雅虎中国不仅不是病人，而且还是一个处于青春期的“壮小伙”。但处于上升期的雅虎中国被马云直斥为“重病的病人”，马云在给雅虎中国诊脉中似乎没有实事求是。
其次，如果说雅虎中国没有一点缺陷也不公道和公正。雅虎作为全球最伟大的互联网品牌，其原子公司雅虎中国在中国一直徘徊在二流门户上。因此，如果非要给雅虎中国扣上一顶“病汉”帽的话，那只能说雅虎在中国的品牌美誉度与知名度被严重打折。究其原因，这和国家政策以及早期雅虎中国的保守有密切关系。但是，按照马云接手时的雅虎中国现状，只要方针不变，继续前行，加上马云擅长的炒作推广，假以时日雅虎中国的品牌提升空间依旧是很大的。
