3月3日，即麦克阿瑟回到布里斯班的第二天，哈尔西也赶到这里和他讨论战略问题。然而，麦克阿瑟似乎对马奴斯岛的事弄得心神不宁。金上将想把马奴斯岛那极好的海湾和机场转到尼米兹的战区。麦克阿瑟坚定地告诉哈尔西，马奴斯岛是他的，并且他不打算放弃这个地方。麦克阿瑟正慷慨激昂地说着金、尼米兹和海军其他人——可能还包括哈尔西——想要削弱他的权力的阴谋时，哈尔西听得有些不耐心了。麦克阿瑟说，他是不会让你摆布的，他曾下令，只有金凯德的第七舰队和一些预期将在几周后到达西南太平洋战区的英国皇家海军舰队才能使用锡阿德勒港。哈尔西听后十分惊讶。“如果你坚持你的命令，”他反驳道，“你将会阻碍战争做出的努力！”麦克阿瑟的参谋们倒抽一口气，没人敢这样和将军说话！
他们争论的另一个争论话题是卡维恩。这里是日军在新爱尔兰岛北部军事势力很强的基地。麦克阿瑟几个月来一直给哈尔西施加压力要攻占卡维恩。但哈尔西始终予以拒绝，他更倾向于攻占卡维恩以北，军事势力较弱的埃米劳岛。尽管如此，麦克阿瑟告知他，一旦占领了埃米劳岛，他还是必须攻占卡维恩。只有攻占卡维恩才能完全孤立腊包尔。
麦克阿瑟对腊包尔进攻的兴趣在一周时间的消磨中多多少少有些减退。占领了马奴斯岛和洛斯内格罗斯后，他现在有了海军前沿基地，可以继续沿着新几内亚的北海岸线向西前行。
即使他没有获得制海权，腊包尔也不再是个威胁。2月下旬，尼米兹的航空母舰猛烈袭击了腊包尔和特鲁克，这是日本海军在太平洋中部的大型停泊处。这两处是最近才被列入重点关注的地方，几乎是由地面部队占领的。他们的空军和海军力量或是已经被美军歼灭或是向西撤退。没有了船舰和飞机，特鲁克和腊包尔上的部队便孤立无援了。麦克阿瑟如今感觉是，“让他们见鬼去吧。”
腊包尔和卡维恩问题的解决后，与会者将重点转向了汉萨海湾。这是塞道尔的天然港口，距离新几内亚北海岸线上的盟军最前沿阵地西北方向近200英里。汉萨海湾的内陆有部分是地面平整、排水良好的开阔地，是对军事计划制定者来说最需要的飞机场。在过去的四个月里，总司令部的参谋们一直在仔细研究汉萨海湾的地图和照片。他们想当然地认为麦克阿瑟将肯定要在某个时刻攻占汉萨海湾，在洛斯内格罗斯战役前，这个计划就基本上制定出来了。
然而，日本人猜想麦克阿瑟可能会进攻汉萨海湾，便派来了两个师以上的兵力去防守。1944年3月，岛上四万士兵严阵以待。日本军队把这变成了巨大的歼敌场。
幸运的是，中央局发现了汉萨海湾的庞大的增援部队。麦克阿瑟不得不寻找另一处地方让克鲁格的第六集团军登陆。其中一位军事行动指挥官邦纳·费勒斯准将提交了一份报告，强烈要求麦克阿瑟在霍兰迪亚发起攻势，那里有一座天然港口和三处飞机场。
初看起来，攻占霍兰迪亚似乎是不可能的。麦克阿瑟的部队已经沿新几内亚前进到塞道尔那么远的地方了。塞道尔离霍兰迪亚的距离为550英里。然而，截获的“厄尔特拉”情报表明，日本在塞道尔和霍兰迪亚之间的防守力量十分强大时，霍兰迪亚本身就容易攻击。日本军队指望距离来分散麦克阿瑟在霍兰迪亚的军事力量。
根据情报迅速行驶550英里的跃进，这个决定可能是正确的，也可能是错误的，这是一次赌博。此外，麦克阿瑟从不在没有陆基航空兵掩护的情况下，对他的目标发动进攻。如果他选择在霍兰迪亚登陆，他不得不依靠尼米兹提供空中掩护。他意识到，即使那天天气好，尼米兹和金上将也不太情愿这样做。海军的军事学说认为，从安全的机场出发的轰炸机拥有对舰载航母的优势，并在几小时，可能几分钟内就消灭航母。不管他得到什么样的空中掩护，几天后都会撤退。然而，麦克阿瑟预感到，尽管危机重重，他还是会取得霍兰迪亚进攻的成功。他打电报给参谋长联席会议，请求允许他于4月15日至24日派两个师在霍兰迪亚登陆，因为那段时间，海浪情况更适合白天进攻。
麦克阿瑟攻占霍兰迪亚的决定让那场关于太平洋战略讨论的进入了最关键时刻。金和尼米兹正试图重新划分西南太平洋战区的边界线，这样麦克阿瑟在深海的前沿基地将转交给海军管理。麦克阿瑟勃然大怒。他给五角大楼发了一份言辞愤怒的电报，表示该提议对他的名誉造成不利的影响；除非撤消该提议，否则他将返回美国要求会见总统。他强烈暗示道，如果总统决定站在海军那一边，他将辞去司令官的职务。马歇尔撤消了金的提议，但对于麦克阿瑟提出辞职一事感到恼怒和困惑。“我认为，改变你的战区的边界不能看做是对你领导能力的严厉斥责，”马歇尔是这样和麦克阿瑟说的。
这位总参谋长在此事上表现出几乎一点都不理解麦克阿瑟的想法。对于麦克阿瑟来说，这不仅仅是个事关职业名誉的问题——尽管他确是这样认为——但更重要的是，这关系到他个人荣誉。他反复、公开、激动地强调，他要返回菲律宾。姑且不论对错，他坚信将他的海上前进基地转移到美国海军的控制中会阻碍他实现他的承诺。如果那样，他还不如回家。但如果他确实返回美国，半途而废，那么，在他看来近乎神圣的战争就会以可耻的结局收场。马歇尔没有把战略问题和虔诚的情感联系在一起，或也不理解他的所作所为。
尽管海军撤消了他们的建议，金上将对于太平洋上任何事都施加更大的压力，拒绝考虑尼米兹的进攻。他希望中央太平洋全力进攻，如果参谋长联席会议批准，承诺海军将在六月拿下马里亚纳群岛。哈普·阿诺德突然发现自己成为了这场关于战略问题的争论中的关键人物。在所有人中硬是要来当这个角色，实在是五角大楼政治手段的小嘲讽。据阿诺德自己承认，他对于战略问题几乎一无所知，但他很清楚对这件事的自己的立场。
从资金方面来看，此次战争最大的项目不是花费了20亿美元的原子弹，而是B-29轰炸机，耗资将近23亿美元。事实上，阿诺德和整个美国空军，还有美国纳税人都下了大赌注在“超级堡垒”轰炸机的胜利上。阿诺德认为，轰炸日本投降是可能的，这样战争结束后，可以给空军带来独立。他所需要的是能在威胁日本的航程范围内为他的B-29轰炸机建造机场，而这正是马里亚纳群岛所能提供的。“超级堡垒”的航程范围足够从塞班出发去轰炸东京。海军应该向马里亚纳群岛运送足够的燃料和炸弹。毕竟要尽可能避免B-29轰炸机的损失。
一般来说，阿诺德在参谋长联席会议中是马歇尔忠诚的下属。然而，在1944年3月关于战略问题的辩论上，阿诺德自行其是。由于他大力支持金，使得马歇尔寡不敌众。尼米兹个人向参谋长联席会议提出了中太平洋大规模进军的提议。第二天，萨瑟兰向麦克阿瑟提出了一个备选方案，强烈建议进攻的主线应该沿新几内亚北海岸线至菲律宾。其实萨瑟兰还不如省点口舌。即使他和麦克阿瑟一样能言善辩，那也是白费力气。
3月12日参谋长联席会议起草了1944年余下时间的战略指令。麦克阿瑟建议登陆霍兰迪亚的提议被批准了。尼米兹将在6月占领马里亚纳群岛。麦克阿瑟应在11月的某个时间登陆菲律宾南边的棉兰老岛，但这所有准备都是为了1945年2月海军进攻台湾而进行的。
这项指令提出了在吕宋登陆的一点可能性，但即使作为辅助性军事行动，如果能证明这次行动应该比进攻台湾更优先。这是马歇尔代表麦克阿瑟从金那里索取的唯一让步。麦克阿瑟能想到的最好结果是，如果金能够理解，他去菲律宾是个象征性的返回，回到远离在马尼拉的某个地方——既不要看作是武力获得的胜利，也不是解放一个在贪婪的征服者铁蹄下的被占领的国家。
他带着一种几乎挑衅的情绪作出了答复，公开反复强调现代战争历史上最著名的使命声明。3月17日，澳大利亚总理约翰·柯廷举行国宴来庆祝麦克阿瑟到澳大利亚两年，并答谢他作出的事迹。麦克阿瑟以一篇简短的演讲，感谢澳大利亚政府，他这样说道，“这过去的两年对澳大利亚来说是意义重大的两年。你们经历了贵国历史上最为严峻的危险。尽管生命受到威胁，你们勇于面对，并战胜了挑战。在太平洋，战争的趋势就是在这里扭转的，也是这里将那些来势汹汹的侵略逐渐战胜。两年前，当我踏上你们的土地，我曾告诉菲律宾人民，‘我定会回来’。今晚，我重复这句话。我定会回来。我们最终一定会取得胜利，从敌人手中解放我们的土地。”
晚宴结束后，麦克阿瑟和柯廷以及他的国防部长弗雷德里克·谢登爵士进行了一次长谈。麦克阿瑟告诉他们，他将在近期攻占霍兰迪亚。而对于澳大利亚空军曾不断进攻的腊包尔，现在已经完全中立化，不会再受到任何攻击。
柯廷正准备前往华盛顿，与罗斯福首次会晤。他的政府有很多问题要向美国提出。在战争结束以后，如何处置从日本那夺回的岛屿？澳大利亚能否在与日本和平谈判中占有一席之地？联合国是个什么类型的组织：维和组织还是调停组织，还是两者皆是？澳大利亚已经开始担忧自己在战后的世界中的安全问题了。
麦克阿瑟给柯廷提出了一些如何表达澳大利亚的担忧的建议，但告诉他不要把罗斯福的承诺太当真。“不管他是否背信弃义……对他自己答应过的事也会推三阻四，只要对自己合适了，他就能自食其言。”然而，麦克阿瑟还说道，他将会竭尽全力与总统讨论有关问题。跟参谋长们商议没什么太大意义。他们在战后世界的维护和平和安全上几乎没有什么权利。但为防备万一柯廷被引荐给参谋长联席会议，麦克阿瑟做出了一些简要的介绍：“马歇尔见多识广，乐观开朗，但他确实没有战略思维。金上将个性强硬，呆板无聊，缺乏吸引力。”至于阿诺德，他是个无足轻重的人，最大的兴趣就是对于德国实施战略轰炸。他根本就不关心澳大利亚和西南太平洋战区的事。
柯廷问麦克阿瑟是否需要他在华盛顿为他太平洋战略做点什么。麦克阿瑟回应道，作为总理为此做出的任何帮助都可能被当作是军事事件的政治干预。他建议道，这场战役，最好还是让他独自战斗。
就在柯廷启程前往华盛顿后不久，尼米兹就抵达布里斯班与麦克阿瑟商讨如何实施参谋长联席会议的最新指令。他们讨论了进攻霍兰迪亚的空军掩护的有关问题，很明显这位海军上将还是很担忧。海军担心在此次行动展开后，会有200到300架敌军飞机保卫霍兰迪亚，这样会对他们的航空母舰造成极大的威胁。肯尼信心十足（他总是这样）安慰他，“我会在4月5日前把日军所有飞机都歼灭。”在场的所有人对这样轻率的承诺感到吃惊，除了麦克阿瑟。
双方还就攻占霍兰迪亚后的其他两个协同作战行动进行商讨。海军打算在9月15日左右攻占帕劳岛，海军的计划者希望知道，那时西南太平洋战区会做什么？西南太平洋总部的参谋们对此一片茫然。帕劳离新几内亚距离遥远，攻占它的原因之一是为麦克阿瑟11月登陆棉兰老岛扫清障碍。但从霍兰迪亚到棉兰老岛又是500英里。如果尼米兹在帕劳群岛停滞不前，麦克阿瑟就不能指望在舰载航空的空中掩护下进攻棉兰老岛的同时，还会有足够的攻击舰只。所以如果尼米兹确实能在9月中旬攻占帕劳的话，麦克阿瑟可能还是在远处望洋兴叹。
这对于麦克阿瑟和他的参谋们来说前景是发人深省的。当他们失望地这样想时，尼米兹无意中肯定了麦克阿瑟本来就害怕和怀疑的事。近日，他曾写信给约翰·卡伦·奥洛克林，信中说：“显然有了大家认同一致的计划要绕过菲律宾，”但直到现在，美国陆军部和海军的高级官员中都没有人证实这点。尼米兹表示，尽管他个人认为有必要登陆吕宋，但金上将打算利用马里亚纳群岛和帕劳群岛作为跳板，直接攻打台湾。
麦克阿瑟被激怒了。他谴责金的计划无论从战略上还是从战术上都不合理的。尽管军事考虑很重要，麦克阿瑟表示，“这么做是不道德的。这就意味着放弃所有日军在菲律宾扣留的美国战俘和1700万菲律宾人民，让他们听任敌人的摆布。”
在麦克阿瑟勃然大怒的背后，是他无尽而强烈的责任感。当然还有一些别的原因。他通过尼米兹给金带信说，不管参谋长联席会议的指令就1944年战略说了什么，这场辩论远没有结束。如果有什么的话，那这也才刚刚开始。
1943年3月，当乔治·肯尼在华盛顿请求更多的飞机，他受邀来到白宫，并与罗斯福进行了一次长谈。总统指出了西南太平洋战区存在的一系列的军事问题和种种可能性。但他同时也表达了对其他事的兴趣。他询问了麦克阿瑟的身体健康状况，他身体怎么样？
麦克阿瑟在美国的朋友间有些传闻，说他为了获得更多的人员和供给，不堪重负，身体受到严重的损伤，另一些则说他处于精神崩溃的边缘。显然，这些传闻已经传到了总统办公室。肯尼向罗斯福保证麦克阿瑟身体情况和精神状况都十分良好。
之后，总统先生询问道麦克阿瑟是否考虑要参加1944年的总统竞选。肯尼给出了明确的答复，“麦克阿瑟将军只有一个目标，那就是在进入东京后，从银座通过，要在游行队伍的最前方，而我也有一个目标，那就是坐在他旁边的车上。”
尽管肯尼一再保证，对麦克阿瑟政治野心的怀疑仍在继续。就在肯尼返回澳大利亚后不久，亨利·史汀生提醒记者，陆军条令规定，禁止任何职业军官成为他服役前没有担任过的任何政治职务的候选人。史汀生的声明在媒体和国会看来，目的是阻止一位军官，而且只有一位军官参加1944年的总统竞选，这个人就是麦克阿瑟。
多数共和党人反对罗斯福政权，因为他们剥夺了美国人民自由选举他们的总统候选人的权利。在那些支持麦克阿瑟有竞选权利的人中有密歇根州参议员阿瑟·范登堡。
