北京的圣旨送到福州，康亲王杰书立刻急招浙江水师提督梁鼐前来议事，由于三路进击的大前提已经不可更改，因此三省水师提督只能就何时用兵进行了讨论。期间万正色和梁鼐力主利用北风，而身处最南线的傅魁则主张利用南风，不过傅魁势单力薄，最终三省议定于康熙二十七年十月齐攻东宁。
福州军事会议之后，清军开始了大规模的调动，十余万粤浙清军分水陆两路入闽，一时间战事近在咫尺的言论甚嚣尘上，其不加掩饰也无法掩饰的行动很快就传到了东宁。
“快速舰队已经全部换装完毕，目前共有二十四艘三千料的快帆炮船，八艘小型通报船；主力舰队目前也拥有四千料铁骨战船一艘，东宁各家船场还可以为主力舰队再提供三千料快帆炮船九艘、千料级通报船三艘，对了，主力舰队还有一艘修补后的八千料红夷战船。”
“也就是说除开通报船，本藩两大舰队拢总共有四十三艘各级别的夹板炮船，其中还有十艘以上的新船战力尚存疑问。”郑克臧目视着林升以降的水师众人。“以此弱兵应对清虏三省水师，诸卿尔等可有信心一胜。”
“臣等有信心。”林升还没有回话，麻英、巩天以下两大水师的年轻武官们却有志一声的俯首回应着。“臣等定不负主上所托将来犯之敌聚歼于闽海之上。”
郑克臧不为所动的追问道：“有信心是好事，但有具体的章法吗。”
“臣以为清军分三路进击，其号令必然不一，进军速度也必然有快有慢，本藩大可利用软帆夹板船的速度予以逐一迎击。”麻英朗声回应着，随着主力舰队的成军，他交卸了刚刚担任不久的快速舰队提督一职重新掌握了郑军最强的水上力量。“清虏战船虽然设有船首炮，但其战法老旧依然以跳帮为主，所载火炮却是止用作打散敌军队形，威力根本不能与本藩战船侧舷火炮相提并论，本藩以快船制慢船，以炮多胜炮少，其每击必胜。”
“若言浙省水师与闽粤水师之间相隔数百里水程或有脱节可先后击之，孤倒是认可，然铜山与南澳之敌毗邻，双方同时出击，未必会有差池。”郑克臧依旧挑刺着。“指望两省清军互不援助，岂是兵家论胜的道理。”
“主上，参军院已经考虑过两省清军或相互增援或靡集成团的可能。”林升抓住机会开口道。“但只要舰队不予清军跳帮的机会，此战的胜利必然属于本藩所有。”
“孤认可快速舰队所谓的群狼战法，但万一在南线耽搁时间过长，浙省水师直趋东宁怎么办。”郑克臧其实对海战的结果早就胸有成竹，这也是他为什么不把郑军水师真实实力过早暴露的原因，为的就是一击必杀，但是康熙为了解决部属争端的分兵之计却让他有些措手不及，甚至由此暴露出郑军水师兵力不足的根本问题。“卿等有什么法子解决吗。”
“参军院拟了两策。”林升报告道。“其一是暂缓鹿港队移镇。”鹿港队的一半原本是计划北上西归浦的，但现在生死攸关了，西归浦都督府以及虾夷地都督府的建设只能暂且搁置一下。“其二，臣等予以到六月时本藩两舰队的通报船将有十五艘之多，监控铜山、南澳等地毋须如此数目，可抽调出九至十艘对其实施迟滞。”
郑克臧眯起了眼睛，好半天后却话锋一转：“六月前新增十艘炮船，其战力如何保证。”
“根据主上宁可人等船炮，不可船炮等人的旨意，臣等早就对快速、主力两舰队官兵实施轮训，各部官兵无论有无分配船只都已熟练操船施炮之技法，故此只要拿新船后熟悉十几日便可以迎战与海上。”
听了巩天的话，郑克臧点点头：“甚好，不过还需加紧战前最后时日予以操训、合练才好战时不甚慌乱，尔等且不闻平时多流汗战时少流血的道理。”
一众臣子纷纷点头，此时郑克臧又追问道：“琼海一战清虏引入佛郎机人的大船，万一重拾故智怎么办？参军院和舰队方面可有应对的万全准备。”
“参军院以为现今唯有佛郎机夷和荷兰红夷可以襄助清虏，但前次佛郎机夷吃了大亏，这次或不可能再为清廷火中取栗，至于红夷。”林升顿了顿。“本藩六千料及七千料炮船入役之后已经具备与红夷单船直接对抗的能力，再加上即将下水的八千料炮船，虽说不是稳操胜券，但也足以遏止红夷的盲动。”
郑克臧摇了摇头，这是把希望寄托在荷兰人不大局来犯的前提下，实在是有些心存侥幸了，不过明郑的力量的确对抗荷兰人还有些困难，林升他们也是无可奈何才如此判断的。
“看起来还是要多造大船为上啊。”郑克臧轻轻的一声感叹刺得林升以下水师众人面色潮红，于是郑克臧也就不再深入下去，只是提出一个自己的建议。“静待清军来袭是不是过于消极，本藩是不是也能先发制人呢。”
在会安外海被郑军掳走的葡萄牙人的克拉克船因为损毁严重，所以拖入金兰湾之后便在海滩上搁浅，此时东宁派驻金兰湾船场修理工匠人数有限，再加上又要优先修理受损的飞星号和大排港号两船，因此迟迟未能对其进行修复任由其在海滩上风吹雨淋的。好不容易年后等两条炮船修理完毕了，金兰湾船场方面才开始着手将克拉克拖回内澳修理，但其失陷在金兰的消息也已经传了出去。
明永历四十二年、清康熙二十七年，公元1688年三月，葡萄牙方面向广南阮主施压，要求取回这条船并释放船上的幸存人员。在葡萄牙人撑腰下才能跟北河郑主实行对峙的广南方面不敢怠慢，新近继位的第六代广南君主、弘国公阮福溱勒令宾童龙王交出上述船只和人员。诏书由宾童龙人转到蔡通手中，蔡通立刻予以断然拒绝。
“贵藩可要想好了，惹怒朝廷的后果是什么。”广南使臣恫吓着。“朝廷大军一至，少不得玉石俱焚，到时候就休怪本官言之不预了。”
“本藩能从佛郎机人手中夺得此船，赫赫武功又岂是尔等小邦可比的。”蔡通回应道。“若是不怕死的尽管来好了，本藩在此不过八百守军，看尔等能有多少兵马填过来。”
内荏外厉的广南使臣见吓不倒蔡通便转而威吓宾童龙王收回租界地驱赶蔡通等人，此时宾童龙王虽然极力想摆脱广南的统治但羽翼未丰，不敢立刻跟广南翻脸只好派人向蔡通疏通。蔡通鉴于己方舰队已经悉数撤回东宁，成为孤军的金兰方面争斗下去也无必胜的把握，于是提出以五千广南适龄女子疏还克拉克船的建议。
提议传到顺化，葡萄牙商馆自然千肯万肯，但日后被追谥为义主、英宗的阮福溱却觉得失了宗主的颜面予以断然否决。阮福溱随后派出三千人以大将阮颜统兵直扑金兰，意在教训明郑方面的桀骜不驯，夺回克拉克船。
消息传出，蔡通下令调陈上川、杨彦迪、鄚玖三部入卫，但只有陈上川派遣一个百人队进入金兰，而杨彦迪、鄚玖两人都托词地方不靖并未派兵。至于宾童龙王更是派兵封锁了金兰与宾童龙之间的通道，断绝向郑军输送粮秣。至此，蔡通陷入了孤军奋战的境地。
四月初三，广南军开入金兰地区，配备有战象、火炮、火绳枪的阮颜自诩面对不足己方三分之一的郑军必然胜利，故此纵容部下对金兰百姓实施劫掠。然而蔡通早就实施坚壁清野的战术将所有屯户运至港外坎宾岛上暂居，劫掠不能的阮军只能放火焚烧民宅和金兰堡外船场、盐场建筑泄愤。
四月初五，阮颜指挥休整过的阮军攻打金兰堡，结果连攻三次，死伤惨重，不得不偃旗息鼓收军回营，蔡通遂趁机将五百军队调往城外隐蔽待命。
第二天阮军再攻金兰堡，又是撞得头破血流，阮颜见军心动荡战意消减，便只好重又收兵。正当阮军收兵回营之际，郑军伏兵杀出，一举将阮军击溃。阮军溃不成军，一路辗转向广南方向逃遁而回，郑军得势不饶人，一路掩杀，阮军尸横遍野，惨不可言，就连大将阮颜也在郑军的追击中堕入泥塘身陨。
蔡通的胜利惊动了宾童龙及杨彦迪、鄚玖两部，上述三地除了争相向蔡通输诚以外，宾童龙王婆争还顺势宣布不再承认广南的宗主权。
五月初一，陈上川、杨彦迪、鄚玖三人来到金兰堡向明郑政权的代表蔡通递交版籍文书，正式宣布效忠明郑政权，并接受蔡通代郑克臧授予的总兵一职，至此原本是松散的汉人联盟开始逐渐归隶于一个旗帜之下。
失败的阮福溱自然不肯善罢甘休，但葡萄牙人却劝他在清廷三省主力东征的结果出来后再行报复，阮福溱明智的予以采纳，于是这场小小的冲突便在突兀的开始之后又突兀的戛然而止了。
