郑克臧深知到统治的基础是经济，所以在武定朝初步稳定了在江南、浙江、福建、广东等地的统治后，他下令着手的第一件事便是清理土地和户口。当然，清理土地的目的并不是为了效仿当年在东宁执行的无偿授土政策，而是希望通过没收“汉奸。”家族的财产迅速积累起一大批直接掌握在明郑政权下的官田。
这数量惊人的官田一共三个用途。第一，是供奉给郑克臧作为内廷直接经济来源的王庄，日后郑氏开国，皇子皇女的爵田当由其中拨付。因此数目几乎占到了全部罚没土地的一半，并且郑克臧还不断下令将大量的山林充为王庄。
第二，是作为世爵的封地。郑克臧其实并不想在大陆范围内实施分封，但是目前海外殖民都督府并不成气候，若是仅直将功臣分封过去，那就不是褒奖而是流放了，故此他只能妥协的给予世代传承的永业田和永业林。又鉴于永业田和永业林是豁免田赋的，因此为了避免国家税收上的进一步损失，故而所有世爵的封地都不大，通常一位三等伯只有田千亩、山林三千亩，地位最高的一等侯也不过田百顷、山林千顷。
除了上述两部分的用途外，这批罚没的官田还将继续按东宁时期的政策分授给功民。所谓功民，自然就是指各个时期参加郑军的官兵，其中包括各个等级的显爵。不过由于罚没的大头已经被郑克臧自己拿走了，所以分配给这些功民的土地还包括官府原本掌握的荒地，这种荒地由于战乱的原因，数目颇多，自是不虞分配。当然为了体现功民与普通百姓的不同，鼓励投军，这些功民赐田在三十年内是免去田赋的。
由于郑藩一开始就免去了口赋人头税，现在又大量流失田赋，所以郑克臧只能脑筋打在工商业上。为此，他一方面以内廷亲自经营缫丝、织布、冶铁、瓷器、漆器、纸张、糖、酒等商品生产，另一方面为了鼓励民间发展工商业，郑藩还采取了降低了税率，取消境内所有的钞关，撤销江南三织造，默许大户兼并，禁止官方和买等政策。
海贸和关税收入更是明郑政权维持现阶段财政不破产的关键所在。
根据郑克臧的指示，在广东的廉州府划归广西之后，沿海各省分别拥有钦州、广州、厦门泉州、宁波、松江五个主要对外的贸易口岸，温州、兴化、澎湖、雷州等地也对泰西客商开放。此外郑克臧还开放了对日、朝的贸易，虽然专营权的失去使得内外藩库因此蒙受了不小的损失，但却促进了船只的销售和沿海经济的进一步繁荣武定四年二月，宁阳侯郑明过世，临死前，郑明请求郑克臧赦回避居日本的郑智等人，对此，基业已经稳固的郑克臧并没有拒绝。但是意外的事情发生了，前往日本召回郑智等人的使者并没有把他们带回来，来的反而是幕府的使臣。
鉴于郑藩在日本广泛销售阿芙蓉，造成相当一批中、高级武士萎靡不振和大量金银外流，幕府对此深恶痛绝。掌握幕政的柳泽吉保在断然宣布禁绝烟馆的同时下令没收“唐船。”所载的鸦片膏，不过鉴于中日贸易的重要性，日本不得不遣使来解释这一问题。此外，日方还提及降低丝价以及偿还到期借款等几项关西豪商极度关切的问题。对此，郑克臧尽管十分恼怒日方扣留郑智等人的作法，但在清廷尚未服输，中日贸易如火如荼的时候，也只能生生隐忍了。随即，总理蕃洋列国事务衙门奉命展开了旷日持久的对日谈判康熙三十五年四月，在得到朝鲜资助的第一批十万石稻米后，有了充足军粮的清军遂在多罗平郡王讷尔福的统领下，以二万五千旗兵越过鸭绿江，经义州直扑平壤。朝军猝不及防，接连失地，在短短半个多月的时间里，势如破竹的清军已经打到了汉江畔。
此时的朝鲜方面已经慌乱一团，朝王李焞先是逃亡江华岛，而后因为觉得不甚保险，转而逃亡庆州。留在汉城的议政府接连向清军遣使求饶，但清军置之不理，不得已，朝方只能召集各路兵马勤王。可是之前的大军已经解散，在春季农忙的时候根本无法立刻召回，而各地守牧面对气势汹汹的清军又底气不足，因此勤王大军迟迟不到。
眼见得清军要渡过汉江，朝鲜方面忙不迭的派使赶往济州岛，希图以彻底割让济州的代价换取郑藩出兵。不过，使臣还在路上，清军已经攻下了汉城，并在城内大肆奸淫掳掠，将近百年来朝鲜王室官府的积蓄悉数掠往北京。
听到清军出兵朝鲜，担心尚未完工的淮河防线防务的郑克臧终于松了一口气。
于是，郑克臧便利用这个空档期对现有的陆师体制再次做了微调。
根据新的体制，一个班为十一人；一个队为三十五人；每个哨辖步铳队两个、白兵队一个，另外还有一个火头军班，合计一百二十人；团一级这次也被压缩为只辖三个哨和一个缁兵队计四百二十五人；三个团及一个炮军哨组成旅，每旅一千四百五十人；以这样的三个旅并炮军团、缁兵团、中垒团各一，中军一部编组为师，如此，每师差不多六千人。
对于野战部队来说，改编后的各师兵力有所增加，自然是好事，更加强了团对哨一级的指挥，有利于战时的调度。而对于地方镇戎部队来说，多划分了一个指挥层次，也便于其安排地方驻军和就近调度。
除了进行了队伍的整编外，郑克臧还复员了至少三千名官阶在正八品修武副尉以下的东宁老兵和同等数目的闽省兵，这些除役老兵将连同历次战役的伤残者一起被作为功民分配到浙闽赣粤及江淮、直隶各地充当郑藩在地方上的中坚，以便郑藩代明之后维系地方安定。
部队调整当然需要时间，湖南等地的战事却没有因此停止。为了破坏敌方的经济基础，在四月间，洪拱柱、毛洪言两部多次沿沅江、资水发动小规模的袭扰，同时进入洞庭湖和荆江段的郑军水师长江舰队红单船也屡屡威胁澧州。
迫于郑军切断长江水运和闯入澧水后威胁，退居澧州的四格不得不继续退过长江。正是由于四格的退兵，桑额部便陷入了孤立无援的境地，恰好此时贵州巡抚噶尔图再度请求援兵入黔助剿反清义军，于是桑额便从玉屏一线撤入黔境，由是，湖南落入郑藩之手。
湖南虽然易手，但湘西、鄂西南的土司们尚未归顺，因此洪拱柱和毛洪言商定，以一部北上公安，控制荆南地区，与沙纳海、四格所部隔着长江对峙，主力则沅、辰休整，以压制苗彝各族，并窥视川东、黔北。
可毛洪言却没有想到，他在湘黔边境上顿兵不前却让本来已经如火如荼的贵州义军蒙受了极大的损失。从广西调回的清军连同桑格部在贵州大开杀戒，几乎把整个贵州杀成了白地。被清军暴行震慑的各路义军不得不撤向川东、川南，另有一部遁入滇省与当地义军会师，还有一些则冒险翻越大山投向郑军广西的易手惊动了升龙的郑主，已经直接跟明郑方面接壤的郑主忙不迭的派出使臣至南京朝觐。基于两国统治者拥有同一个姓氏的原因，安南北朝很希望能够得到郑克臧的支持，以便郑朝能统一整个安南。为此，年纪足以成为郑克臧叔叔的定南王郑根恬不知耻的在拜表上自称侄儿，希图以此博得郑克臧的欢心。
对于郑主的无耻，郑克臧却受之无愧，不过，区区称谓上的便宜并不足以让郑克臧付出大代价支援对方。于是，遵奉郑克臧旨意，总理蕃洋列国事务衙门向郑主的使者提出了援助的两个先决条件。第一个条件是割让包括日后命名为鸿基的海阳沿海地区，上述地区将直接并入廉州府内；第二的条件是郑朝需要免去中国商人来安南北部贸易时强迫支付的每船一千两的额外规费。而作为对郑主经济上损失的弥补，明郑政权可以用超低的价格向郑主出售鸟铳、红夷炮、虎蹲炮等火器及火药等物资。
考虑到郑军水师在东北亚地区的绝对霸权，再加上明郑方面又明确许诺可以在日后在郑主发动对阮主的战争中帮忙运输郑主军队绕过“长城。”防线，因此代表郑朝的使者觉得这样的代价可以接受。这就样，当年四月十一日，这位全权的郑朝使者便在南京签订了《丙子藩属条约》，由是，郑克臧攫取了一块巨大的宝藏。
其实《丙子条约》的意义还不单单在于到手了一处储量惊人的煤矿，更重要的是郑克臧由此获得了干预安南事务的权力，而且郑根没有意识到，正是因为他对郑克臧称侄，使得郑克臧拥有了干涉郑朝王位继承并进而兼并郑朝有了伦理上的基础。
等搞定了郑朝，朝鲜的局势也发生了新的变化。并不想直接统治朝鲜的康熙在获得了大笔金银物资之后，终于同意讷尔福接见朝鲜使者。在朝鲜使者指天发誓，认赌服输之后，清军便以朝鲜原本每年岁贡黄金百两、白银千两、白苎布二百匹、各色绵细二千匹、各色细麻布四百匹、各色细布万疋、米万包的基础上将岁贡的数目加码到黄金五百两、白银三万两、各色布匹五千疋、米二十万石。已经是砧板上的肉的朝鲜方面又如何拒绝得了，只能同意买单，至此，第二次“丙子胡乱。”终于落幕。
第二次“丙子胡乱。”的余波还未平息，清军尚未完全撤出朝鲜，一场大乱便在朝鲜拉开了帷幕。
