顺治十八年（1661年）正月初四日，顺治帝身患“病痘”（即天花），卧床不起，高烧不止，昏迷不醒，生命危在旦夕。此时皇太后不能不考虑其子身后之事，便授意翰林院学士王熙起草遗诏。遗诏内容反映了她的思想和意向，突出表现在以下三点：
第一、明谕立嗣。皇太后接受太宗未立嗣的教训，避免继统斗争的重演，另外又考虑到顺治帝患“病痘”早逝，长子已死，次子福全未出痘，三子玄烨已出痘，于是遗诏曰：“朕子玄烨，年八岁，颖慧，克承宗桃，兹立为皇太子。”
第二、异姓辅政。皇太后想到新帝年幼，须有重臣辅政，可是又忆起顺治初年，宗室多尔衮辅政期间的种种弊病，故决定选择非宗室大臣辅政，以便控制，故遗诏“特命内大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅臣，伊等皆勋旧重臣，朕以腹心寄托，保护冲主，佐理政务”。
第三、安抚满贵。皇太后深知，清初开国之时，以策略用人，重用大批汉官，满族贵族不满。为了安抚他们，在遗诏十四条罪己状中，有三条是向满族贵族罪己的，诏曰：“满洲诸臣或历世竭忠，或累年效力，宜加倚托，尽厥酞为，朕不能信任，有才莫展。且明季失国，多由偏用文臣，朕不以为戒而委任汉官，即部院印信间亦令汉官掌管，以致满臣无心任事，精力懈弛，是罪一也。”以此来增强和巩固满族贵族内部的团结。
七日，顺治帝病逝，将遗诏“布告中外，咸使闻知”，使得顺康政权交接平稳过渡，玄烨即帝位，年号康熙，尊祖母为太皇太后。太皇太后对年仅八岁的康熙帝十分喜爱。她为了大清王朝的巩固与发展，培养孙子成为一代英主，一面加强教育，使他读书明理，提高以国事为重的个人素质，一面通过具体政务，增强他治国安邦的能力。康熙帝曾充满感激之情说：“忆自弱龄，早失依恃，趋承祖母膝下三十余年，鞠养教诲，以至有成，设无祖母太皇太后，断不能有今日成立，阁极之恩，毕生难报。”可见，太皇太后对康熙帝的影响是很深刻的。
顺治帝死后，太皇太后是清朝统治集团中德高望重、一言九鼎的人物，所以安徽桐城的秀才周南千里迢迢来到北京，请求太皇太后垂帘听政，遭到她的严词拒绝。但是她全力辅助康熙帝主政，教导康熙帝说：“祖宗骑射，武备不可弛。用人行政，务敬以承天，虚公裁决。”“太后不预政，朝廷有险，上多告而后行。”因此许多重大政务的处理与她的意旨是分不开的。
1、铲除鳌拜
孝庄曾对辅政大臣深为信任，放手使用，所以辅臣权力很大，加之没有监督和约束的机构，从而为个别人结党营私、擅权乱政提供了可能。由于历史的原因及某些政见不同，辅臣中两黄旗的索尼（正黄旗）、遏必隆、鳌拜（镶黄旗），与正白旗苏克萨哈的关系日渐紧张。另一方面，随着时间的逝去，鳌拜居功自傲，权力欲逐步滋长。他联合遏必隆，扩展镶黄旗实力，擅杀朝中与自己存有积怨的大臣，专横跋扈的作风愈来愈显著。四辅臣在辅政期间当然做了不少有益的事，然而对处理满汉关系，却采取保守、倒退方针。在恢复祖制、首崇满洲的旗号下，歧视汉民，使汉民的积极性受到严重挫伤。当时，反清复明的战火尚未完全息灭，经济凋敝，百废待兴。但满臣既缺乏治理经验，又不能与汉人切磋合作，大大妨碍了国家机器的正常运转。这便使得—些投机分子逐步取得辅臣信任，为非作歹，更加重了问题的严重性。玄烨亲政前夕，已是“学校废弛而文教日衰，风俗悟越而礼制日废”。地方、朝中各种机制都弊端丛生。
玄烨年龄还小，对此自然难以应付。但政治经验丰富的孝庄，却不露声色地密切注视事态发展，在继续任用辅臣的同时，采取了一些防患于未然的措施。
康熙四年（1665年）九月初八日，禀照孝庄的谕旨，十二岁的玄烨举行大婚典礼。索尼的儿子内大臣噶布喇之女赫舍里氏正位中官，遏必隆之女落选，成为皇妃。在为孙儿择立皇后时，孝庄舍去遏必隆之女，选中赫舍里氏，旨在防范鳌拜利用镶黄旗之女成为皇后之机，进一步扩大实力，同时也是针对主幼臣骄的情况，对清朝元老索尼及其家族予以荣宠的笼络措施。
孝庄此生还改变了皇太极和福临时期，皇后均出自蒙古博尔济吉特氏的惯例。这并不意味着忽视满蒙贵族联姻政策，而是从巩固皇权、安定政局的现实需要出发，反映出孝庄作为杰出政治家的战略眼光与灵活态度。
玄烨大婚标志少年皇帝正在步入青年，其亲理政事已为期不远。换言之，孝庄是以此为孙儿早日亲政制造舆论，打下基础。当鳌拜得知玄烨选后的结果时，因“希冀落空，心怀妒忌”，气恼万分，竟与遏必隆一起入宫“奏阻”。这恰恰证明孝庄这步棋的巧妙：既分化了四辅臣，使索尼同鳌拜之间出现芥蒂，又促使索尼更为效忠皇室，无形中增加了皇室的力量。不过，从其后的情况看，孝庄这时对鳌拜还未完全失去信任，仍希望他在辅臣任内能够善始善终。
康熙五年（1666年），发生换土地事件。鳌拜在索尼、遏必隆的支持下，将清朝入关初期圈占土地时分配给镶黄旗与正白旗的土地，强行互换，并再次圈占大量土地，致使广大农民流离失所，加剧了满汉民族矛盾。三辅臣还不顾玄烨的反对，矫诏将反对此举的大学士、管户部事务的苏纳诲（正白旗）等三名大臣处死，造成一大冤案。这一事件说明，鳌拜并未真正领会到孝庄的包容苦心，而是在擅权乱政路上愈走愈远。对此，孝庄也相应采取了进一步措施。
康熙六年（1667年）七月初七日，玄烨“躬亲大政”，但辅臣们“仍行佐理”。孝庄特为孙儿收权安排过渡阶段，以使他在实践中逐步提高；同时也让辅臣有个适应过程，将他们因交权而产生的失落感，减少到最低限度，从而保证此次权力交接稳妥进行。
树欲静而风不止。康熙六年六月索尼去世，鳌拜实际上成为了首席辅臣，遏必隆对他亦步亦趋，苏克萨哈更加孤立。玄烨亲政后，苏克萨哈立即请求“往守先帝陵寝”，以逼迫鳌拜、遏必隆辞去辅政。鳌拜为清除异己，独掌辅政大权，竟罗织苏克萨哈的“罪状”，企图将他置于死地。尽管玄烨坚决反对，但鳌拜等不肯罢休，一连七日强奏，竟将苏克萨哈及子孙全部处死，并没收家产。
苏克萨哈被除去后，鳌拜的权势进一步扩大，更为飞扬跋扈，欺君擅权。“文武各官尽出门下”，甚至在“御前呵叱部院大臣，拦截章奏”。玄烨去南苑狩猎时，让随行的鳌拜奏闻祖母，但鳌拜“乃不遵旨”，全然不把玄烨放在眼中。他的种种僭越行径，已构成对皇权的严重威胁。至此，孝庄终于做出决断，支持并指点孙儿拟定清除鳌拜集团的全盘计划。
此前，孝庄让玄烨广泛求言，制造舆论，通过各种举措，纠正辅臣政治上的失误与弊端。这使朝廷上下人心振奋，玄烨威望日增，鳌拜逐渐走向孤立。与之同时，玄烨在身边聚集起一批年轻的满族贵族成员。他们朝气勃勃，索额图即是其中的突出代表。索额图为索尼之子，孝庄选中他的侄女赫舍里氏做皇后，加深了索尼家族与清皇室的关系，也加强了正黄旗对皇室的向心力，并影响到镶黄旗。索额图对玄烨十分忠诚，在清除鳌拜集团的过程中，成为玄烨最得力的助手。
鳌拜集团附者甚众，盘根错节，已控制中央机构各要害部门。为最大限度地减少动荡和不必要损失，孝庄帮助玄烨制定了“擒贼先擒王”，迅速打击主要党羽，震慑其他成员，稳妥解决问题的基本策略。据此，玄烨命索额图秘密地组织起一支善于扑击的少年卫队，又在行动前，有意将鳌拜的部分党羽遣往外地，以分散其力量，同时，玄烨还采取了其他一些周密部署。
康熙八年（1669年）五月十六日，鳌拜奉召进宫，旋即被卫队擒拿，其主要党羽也先后被逮捕归案。考虑到鳌拜以往为清朝所做的贡献，玄烨对他予以宽大处理，免死，没收家产，终身监禁；对其众多追随者，也只处死最主要的数人，其余一律宽免；就连遏必隆也被免罪，仅革去太师，后又给还公爵，值宿内廷，恢复对他的信任从而团结了镶黄旗。
清除鳌拜集团，排除了威胁皇权的潜在危险，扫除了清朝向前发展的绊脚石后，玄烨真正掌握了清朝大权。他在“首推满洲”的原则下，努力改善满汉关系，祟儒重道，发挥汉族官员积极性，发展生产，恢复经济。在短短几年内，政局进一步稳定，得到汉族地主阶级更广泛的拥护，经济也开始有了起色，为其后平定三藩之乱，打下重要基础。进而为康乾盛世开好了局。
铲除鳌拜集团的这场惊心动魄的政治较量，是玄烨继位后，祖母对他的一次关键性指导与帮助。当时，玄烨年仅十六岁，还缺乏足够的智谋与经验。若无祖母的指教、授计，他很难在亲政后第三年，便一举粉碎这一把持朝政多年、势力颇大的宗派集团，稳妥、彻底，不留后患。显然，鳌拜集团存在的时间愈长，对清朝的危害愈大，势必积重难返；如果玄烨的治国方针受到阻挠，三藩之乱将更加旷日持久，康乾盛世的出现也会大大推迟。
另一方面，在对鳌拜集团的斗争过程中，孝庄、玄烨祖孙相互加深了解，感情更为深厚。其间，玄烨表现出他那一年龄少有的胆略和杰出的组织才能，使孝庄满意而欣慰；另一方面，玄烨也从祖母身上学到很多东西，除坚决、果敢的作风外，对他印象最深的，是祖母对人处事宽厚豁达的态度。正是在祖母的影响下，他处置鳌拜及其党羽时，运用宽严相济，打击面小，安抚、团结绝大多数朝臣的策略，收到人心安定、朝政稳固的效果。孝庄的言传身教使康熙逐步具备了一代名君所应有的宽阔心胸与气度。这不仅在此次斗争中显示出来，在他其后的漫长统治岁月里，无论是平息党派之争，还是处理二废太子事件，或采取其他重要举措，这种方针、策略依然完整地保留下来。足见孝庄的智慧、品德与作风，已经体现在孙儿身上，由他继承并发扬光大了。
另外，孝庄指导玄烨宽大处理鳌拜集团，也是对当年两黄旗大臣同心合力，拥立幼主（福临）的回报，表明她为保护幼孙，从清朝的长远统治计，而不得不清除对她效忠多年的老臣时，手下留情。作为一位政治家，孝庄的这种做法难能可贵。
2、平三藩
康熙十二年（1673年）底，以明朝降将吴三桂等人为首的三藩发生叛乱。是年十一月，吴三桂在云南“以所部兵反”；十二月二十一日，冒充“朱三太子”的杨起隆在京举事；翌年三月，耿精忠据福建反；十五年尚之信据广东反。与此同时，有些地方原已降清的明朝官员纷纷响应。叛军气势凶猛，很快控制了南方广大地区，并延伸至陕西、甘肃等地。孝庄和康熙都面临着严峻的考验。
此前，吴三桂等反叛之心已露端倪，政治嗅觉敏锐的孝庄有所预感。康熙十一年（1672年）十二月十六日，她提醒孙儿在天下太平之际，应不忘武备，居安思危；随后，又通过其他措施，如令儒臣翻译儒家经典，颁赐诸臣等，帮助孙儿加强统治，进一步搞好君臣关系。因此，当三藩之乱突然发生，清朝统治面临巨大威胁的时刻，祖孙二人都表现得异常镇静。
吴三桂叛音刚至，康熙十三年（1674年）元旦来临。清廷仍同以往，举行盛大朝贺与筵宴，以此向臣民显示最高决策层无所畏惧的气概，以及与叛军决战决胜的坚定信念，起到安定朝野，鼓舞士气的作用。
在祖母的鼓励下，玄烨料理军务井井有条，持心坚定。康熙十三年（1674年）九月，他恢复了一度因“政务繁忙”而中断的“每日进讲”，坚持学习儒家经典。他甚至每日出游景山骑射，对于“投贴于景山路旁”的谣言诽谤，一概“置若罔闻”。多年后，玄烨回忆道：“当时朕若稍有疑惧之心，则人心摇动，或致意外，结局则不可知也。”
康熙十四年（1675年）三月，蒙古察哈尔部布尔尼乘清廷集中力量对付三藩，无暇它顾之机，发动叛乱。因京城八旗精锐部分出征，部分肩负拱卫之责，前往平叛已无兵可调。正当玄烨苦思筹集兵源，及派谁充任领兵之人时，孝庄向他建议：“图海才略出众，可当其责”。玄烨“立召公，授以将印”。图海果然不负重托，率领数万名八旗家奴，迅即平定了布尔尼叛乱。这一事例表明，孝庄平时对文武重臣了如指掌，因而能在紧要关头，及时点拨玄烨，帮助他渡过难关。
平叛期间，每逢玄烨遇到棘手之事，孝庄便为之出谋划策，并凭借自己在朝中的崇高地位和威信，给予孙儿有力支持。举朝官员对此无不知之，一致认为：“吴三桂叛乱以来，太皇太后心甚忧劳。”玄烨为表示对祖母的感激与爱戴，于康熙十六年（1677年）四月，“亲撰太皇太后大德景福颂，书锦屏恭进”；同年十二月，恭进太皇太后锦衣，亲撰表文中将祖母比之为“宫中尧舜”；十八年（1679年）二月，孝庄六十七岁生日，玄烨再次亲撰表文诗篇，书“万寿无疆”恭进，诗中写道：“喜得万方同孝养，千秋福德井苍穹”，“宫中尧舜兼文母，恭捧南山万寿觞”。
因指挥得当，加之采取剿抚并用，重用汉人，孤立分化对方等一系列正确策略，平叛战争以清廷获得全胜而告结束。康熙二十年（1681年）十一月十四日，玄烨亲至太皇太后、皇太后宫报捷。整整八年，孝庄与孙儿一起，分担了无尽的焦虑与辛劳，当终于大功告成，普天同庆之时，他俩的内心感受，只有彼此最能理解，别人是难以真正体会到的。
孝庄在平定三藩之乱过程中起的作用，旁者是根本无以替代的，这一点举朝尽知。可当玄烨和大臣们请求按照朝中惯例，为她加上尊号时，她却表现了十分谦逊的作风，再三拒绝，并对奏请前来的大学士们说，八年以来，“皇帝焦心劳思，运奇制胜，故得寇盗削干，皇帝应受尊号，以答臣民之望。予处深宫之中，不与外事，受此尊号，于心未惬。”孝庄全力扶持康熙，想让孙儿的威望通过平定三藩更加扩大。为此，她尽量掩去自己的作用，将功劳一并归于爱孙。此举真是意味深远。
从孝庄作为玄烨政治导师和保护人的角度审视，随着玄烨不断成熟与孝庄的日渐衰迈，康熙二十年前后，他们的关系逐步过渡到一个新的时期。直至康熙二十六年（1687年）孝庄去世，尽管玄烨早已对各项政务应付自如，不再需要祖母的点拨，但还是将祖母视为顾问，“朝廷有黜陟，上多告而后行”；孝庄虽然精力不济，但也仍同以往，时刻关怀孙儿，处处予以支持。
