崇德八年（1643年）八月九日，清太宗皇太极患脑溢血突然病故。因为他生前未立嗣子，所以“诸王兄弟，相争为乱，窥伺神器”。当时争夺皇位最激烈的是在睿亲王多尔衮（太宗之弟）和肃亲王豪格（太宗长子）叔侄之间。两白旗贝勒大臣支持多尔衮，两黄旗贝勒大臣拥戴豪格，双方剑拔弩张，大有火并之势。这时善于谋略的庄妃，虽然沉浸在年轻丧夫的悲痛之中，仍不忘国事，看到了满族贵族内部出现的继统危机，如果处理不好，必然影响清的前途。因此她为了清统治阶段的根本利益，把个人安危置之度外，挺身而出，干预此事，设法使自己的儿子福临继承皇位，以此来平衡协调多尔衮与豪格双方的争夺，从而制止了一场自相残杀的悲剧。当时她施展巧妙的政治手腕，笼络各方力量，特别是将多尔衮叫进宫来，施加压力，立其子福临。在崇政殿诸王商讨立嗣会议上，有人提出要立豪格，可是他对形势估计不足，却虚假地表示谦让，“固辞退去”，而立于殿外的两黄旗大臣举行武荐，要求“立帝之子”。大贝勒代善表示赞成，除了豪格以外，显然包括福临。多尔衮见此情景，虽然有人“劝睿亲王即帝位’，但是他看到面对的形势不利，而庄妃会前要求立福临，正是摆脱眼前困境的惟一办法，于是对自己“即帝位”，“犹豫未允”，采纳了庄妃的意见，表示同意“立帝之子”。既然豪格“固辞退去”，便提出要立年方六岁的福临为帝，所谓“八高山（即固山）军兵，吾与右真王（即济尔哈朗）分掌其半，左右辅政，年长之后，当即归政”。
这个折衷方案，既尊重“立帝之子”的要求，又便于日后对幼帝的控制，因此为双方贝勒大臣所接受。庄妃在这场继统斗争中取得了胜利，不仅阻止了满族贵族的内讧，而且使其子福临继承了皇位，成为清朝人关后的第一个皇帝，自己则被尊为皇太后。
顺治元年（1644年）清入关后，摄政王多尔衮的权势不断扩大，企图做皇帝的欲望也日益增加。为此他植党营私、打击异己、独专朝政，竟为自己建碑纪绩，命史官按帝王礼制记摄政王起居注，停止御前跪拜礼、私制御用服饰等等，根本不把顺治帝放在眼里，以皇帝自居。因此“大权在握，关内关外咸知仅有睿王一人”。皇太后见多尔衮所作所为，深知他随时都可能发动政变，夺取福临皇位。这必导致满族贵族内部混乱和斗争，不利于清初的统一，也不利于她们母子的命运。于是她为了对付这种危急的形势，粉粹多尔衮夺位阴谋，保住儿子福临的皇位，采取了以下策略：
一是韬晦之计。皇太后表面上对多尔衮准备夺位称帝的种种行径，皆无动于衷，置之不理。而幼帝福临在母后的授意下，“遨嬉胶桧，渔猎鄙事，无不为之”。因此多尔衮“安意无猜，得以善全”。这就起到了麻痹和延缓多尔衮政变的作用。
二是密切感情。关于太后下嫁之说，众说纷纭，不过蒙古族和满族有兄死则妻其嫂的传统习俗，后来虽经禁止，但影响仍存在。明遗臣张煌言在《建夷宫词》一诗中云：“上寿觞为合卺尊，慈宁宫里烂盈门，春宫昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。”似指太后下嫁，正史无记载。王佩环先生在《清宫后妃》一书中有叙述，也认为有此事。与多尔衮加强感情联系，以确保福临的地位和政局的稳定确是事实。（“下嫁”之谜详情见后。）三是宣称皇父。顺治五年（1648年）十一月，顺治帝“加皇叔父摄政王为皇父摄政王，凡进呈本章旨意，俱书皇父摄政王”，同时宣示中外，在给朝鲜国“咨文中有皇父摄政王之语”。这样就从形式上密切多尔衮与福临的关系，在表面上提高多尔衮的政治地位，以达到稳定、约束、限制多尔衮的作用。
以上策略收到了好的效果，多尔衮的皇帝梦始终未能实现。当他犯病时，曾无可奈何地感叹说：“若以我为君，以今上居储位，我何以有此病症。”
顺治七年（1650年）十一月十三日，时值寒冬，多尔衮心情不好，不顾身体有病，带领王公大臣往边外围猎，不慎从马上摔下受伤，经过简单治疗，又上马继续追猎，此时“度不自支”，才回到喀喇城。他见病情日益加重感到不久于人世，在弥留之际，秘召其兄“英王（阿济格）语后事，外莫得闻”。但是从阿济格事后种种诡秘行动分析，多尔衮是对摄政王权力的交接有所安排，因此他积极“计图摄政”。十二月九日，多尔衮病死。阿济格“即遣三百骑入京”企图逼宫夺权，制造动乱。但被随猎的大学士刚林发现，“知其意，立策马行日夜驰七百里，先入京”，将此情急报皇太后和顺治帝。皇太后得知多尔衮已死，阿济格派兵入京逼宫，她沉着应战，“闭九门，遍告宗王、固山等为备，俄三百骑至，皆铠甲，尽收诛之，英王未知也”。然后“派兵役监英王至京”，逮捕问罪，就这样粉碎了阿济格逼宫夺权的政变阴谋。
摄政王多尔衮死讯传到京城，满朝震惊，各有所思，人心浮动，谣言四起。皇太后为了稳住政局，特别要防止多尔衮的死党犯上作乱，授意顺治帝下诏“臣民易服举丧”，亲率诸王、贝勒、文武百官出东直门迎接灵柩，以“帝礼”厚葬，追尊“义皇帝，庙号成宗”。至此，多尔衮获得了最高的荣誉和地位，生前未能称君，死后却被尊为帝。这当然是个绝顶高明的策略，使多尔衮的死党放心，不会因为他专权欺君，而罪及己身，所以没有闹事。
顺治八年（1651年）二月，议政大臣苏克萨哈上疏告发多尔衮生前“阴谋篡逆”等罪行。于是皇太后认为时机已到，想彻底清算多尔衮的罪行，借此清除敌对势力。因此，顺治帝诏示中外，公布多尔衮的罪状，指出多尔衮“逆谋果真，神人共愤，谨告天地、太庙、社稷，将其母子并妻所得封典，悉行追夺”。同时把多尔衮扶植的心腹党羽一网打尽，有的处死，有的监禁，有的贬革，从而进一步巩固了福临的帝位。
多尔衮死后，解除了夺位的威胁，皇太后精心辅助其子福临主政。她首先要求顺治帝努力学习汉族文化，精通治国安邦之术，同时下令把许多汉籍译成满文，供满族贵族阅读，从中汲取汉族统治经验；其次为了加速清初统一全国的进程，积极团结汉族的文官武将，使他们成为为清王朝效力的工具。顺治十年（1653年），她把在桂林战死的平南王孔有德的女儿孔四贞，“育之宫中，赐白金万两，岁俸视郡主”。同年，又把皇太极的第十四女和硕格纯长公主嫁给平西王吴三桂之子吴应熊为妻。由于明末清初长期战争，社会生产遭到严重破坏，所以她提倡节俭，曾多次把宫中的节省银两赈济受灾民众，等等。这些都表现出她的深远谋略和政治才能，确实难能可贵。
顺治十六年（1659年），南明永历朝延平王郑成功率领十多万大军北伐，势如破竹，由舟山进人长江，攻占镇江，包围南京，占领江苏、安徽四府三州二十四县。江西、浙江等省州县也有举旗响应的，一时震动了清廷。顺治帝对江南地区突然骤变的形势惊惶失措，束手无策。一会儿要逃往关外，一会儿又要率军亲征，皆遭到母后的反对和斥责。据史书记载：“当这个噩耗传至北京，皇帝完全失去了他镇静的态度，而常常有逃回满洲之思想。可是皇太后向他加以叱责，她说：他怎么可以把他的祖先们以他们的勇敢所得来的江山，竟这么卑怯地放弃了呢？他一听皇太后这话，竟发起了狂暴的急怒。他拔出宝剑，并且宣称他决不变更的意志：要亲自去出征，或胜或死。为坚固他的言词，他竟然用剑把一座皇帝御座劈成碎块。”不过，顺治帝最终放弃亲征，遵照母后旨意，派兵南下，传旨驻守南京的江南总督郎廷佐坚守南京。最后清军取得南京之战的胜利，收复江南失地，时逼金、厦。所以顺治帝曾这样说：“朕自弱龄，即遇皇考太宗皇帝上宾，教训抚养，惟圣母皇太后慈育是依。”皇太后的精心辅佐，在很大程度上帮助其子顺治帝在清初复杂激烈的斗争中取得了重大胜利。
