明代奸相严嵩父子专权，罪大恶极，当朝官员纷纷上疏揭发他们的罪行。但因严嵩得到嘉靖皇帝的信任，所以一时不但无法制止他们的恶行，反而使正派势力受到多次打击。如杨继盛、沈炼等人，都被迫害致死。
徐阶就在严嵩炙手可热的时候进入了内阁，他“肩随嵩者且十年”从不敢与严嵩平起平坐，只是追随在他的后边谨慎从事。同时他在嘉靖皇帝斋醮所用的青词上格外加意制作，以此亲近皇帝，讨其欢心。一方面防备严嵩对自己下手，另一方面伺机“倒严嵩”
嘉靖四十年——公元１５６１年，明世宗所居住的永寿宫发生了火灾，只得徙居别殿。徐阶劝帝重修永寿宫，第二年改名万寿宫。相比之下，皇帝对劝他居住南城——即明英宗在土木之变后回宫居住之地的严嵩，已有几分不悦。而这时徐阶又指使道士蓝道行借着扶乩来昭示严嵩的奸罪。嘉靖皇帝素来迷信方术，宠信道士，听了道士所言，不免心动。徐阶见此情况，认为时机趋于成熟，他就暗中支持御史邹应龙上疏弹劾严嵩父子的不法之事。等到邹应龙的奏疏呈给皇上之后，徐阶却特地到严嵩府中去拜谒严嵩，对他讲了许多安慰的话。严嵩听了以后，很是高兴，顿首拜谢徐阶，并且让严世蕃把全家妻儿老小都带到徐阶面前，托付给他。徐阶一回家，他的儿子就暗示他说：您平时被严嵩父子侮辱到极点，现在正是报仇雪耻的时候了。徐阶假意斥责他说：我不是因为严嵩家就不会有今天，亏负良心与他作对，别人会怎么看我。严嵩派亲信之人侦探徐阶的心意，见他说的话和以前是一样的，很是放心。此时皇上把严嵩罢免回乡，严嵩去后，徐阶仍是“书问不绝”
回到家乡江西宜春的严嵩，并没有吸取教训，毫无收敛，而他的儿子严世蕃被充军到广东，却也只在那里待了两个月，就悄悄逃回了原籍。在家乡，父子二人继续为恶不悛。袁州府推官郭谏臣因公事到严嵩府去，严嵩府恶仆正监督千余名工匠在修缮。他们不但戏弄郭谏臣，而且还用瓦块投掷他。郭谏臣一怒之下，就上疏给巡江御史林润，揭发严嵩府强暴侵占的罪行，告发他们聚众谋反。林润马上驰疏奏报朝廷。皇上立即命将严嵩、严世蕃等逮至京师。
到了这个时候，严世蕃还对前途毫不在乎，他说：任他燎原火，自有倒海水。他聚集其党私下谋划，自认为在自己的罪行中，行贿已经是无法掩盖的事实，但是那不是皇上所深恶的方面，而“聚众以通倭”的罪名大，必须设法删除。还补充填写杨继盛、沈炼之狱的事，这样既可激怒皇上，又可得到赦免。谋划好了以后，他又让他的党徒到处去宣扬。于是主持审理案件的刑部尚书黄光异、左都御史张永明、大理寺卿张守直听信了传言，草拟了这一内容的疏稿，准备进呈给皇帝。他们先将此疏稿带给徐阶过目。徐阶对一切都已心中有数，但是故作不知，问三人：疏稿在哪里？ 三人马上呈给徐阶看。徐阶看后，将他们带到内室，摒去左右，对他们说：你们认为严嵩父子是该死，还是该活呢？ 这个案子是想判他死罪呢？ 还是想判他生还呢？三人说：写上杨、沈之案正是要判他的死罪。而这时的徐阶却言：别自有说。于是讲出如果这样写，他们正是中了严世蕃之计。因为杨、沈之案实际上是嘉靖皇帝默许严世蕃搞的，替杨、沈翻案岂不是在指责皇帝的不是？到时惹得皇帝龙颜大怒，不但治不了严世蕃的罪，还可能惹火上身。
三人这才猛然醒悟。可是对于奏疏究竟如何写才能置严世蕃于死地，仍没有主意。他们一再请徐阶出主意修改。这时只见胸有成竹的徐阶马上自袖中取出一份早已写好的疏稿，说：拟议久矣。三人一见，喜出望外。于是一份置严世蕃于死地的奏疏，就这样在徐府产生了。疏中历数了严世蕃的种种滔天大罪，特别突出了他的“潜谋叛逆”揣摩透了皇上心理的徐阶知道，仅此一点，就足以治严世蕃死罪。果然不出他所料，疏上以后，皇上震怒，令三法司核实后奏闻。徐阶急忙带着圣旨出宫来，三法司官员齐集在宫门外候旨。徐阶只简略地问了他们几句话，就回家去草拟奏疏。在奏疏中他极力上言事已属实。就这样，严世蕃终于罪有应得地被判斩首，严嵩被黜为民，严嵩府被抄，人心大快。
人们都知道“伴君如伴虎”的道理，其实皇帝主要是凭借权力，喜怒无常，心计倒还不需要多用，同时人们也不是能够经常与皇帝打交道的。而与奸臣共事则更加要用心计，日日见面事事相商，因而在一定意义上可以说是“与狼共舞”不是更险更累吗？徐阶不愧为官场老手，他与大奸相相处竟能相安无事却又在摧毁大奸相中立有大功，关键时刻给老贼致命一击。
徐阶在这一场“倒严嵩”的政治斗争中，始终扮演着主角。他善于韬光养晦，表面上故意恭谨地对待严嵩，实际上内心深埋仇恨。他的表面文章做得很好。这样，一来可以保全自己的地位，二来也可以不露声色地伺机“倒严嵩”为了向严嵩表示好感，他特意在严嵩的原籍江西南昌建造府第，把户籍迁到江西去，并且把自己的孙女许配给严嵩的孙子、严世蕃之子，以此打消严嵩对自己的猜疑。而他的计谋是很见成效的。徐阶在严嵩罢相还乡以后，仍旧与他有书信往还，不时问候。 这样一来，使得老谋深算的严嵩也信以为真，而阴险狡诈的严世蕃竟也被他骗过，认为“徐老不会害我”而更肆意妄行起来。
