1月底，麦克阿瑟得到情报说，随着盟军的步步逼近，山下奉文上将已无力把盟军战俘全部运回日本，他把幸存的战俘集中关押到马尼拉附近的几所战俘营里，他说：“不能让麦克阿瑟看到一个活着的巴丹老兵！”由于不堪忍受日军变本加厉的迫害，在即将得救的时候，许多战俘悲惨地死去了。对此，麦克阿瑟非常痛心，为了能救出他们，他制订了一个大胆的营救计划。
当盟军部队还在马尼拉以外100多公里时，麦克阿瑟就命令于2月1日刚刚登陆的骑兵第1师师长威恩·马奇，尽快组建一支“快速突击部队”，穿过被包围的日军，冲进马尼拉去解救战俘。由威廉·蔡斯准将指挥的这支几百人组成的特种部队，很快就乘坦克和机动车辆出发了。部队边走边打，快速向马尼拉穿插，在敌人还未来得及炸桥前就夺取了桥梁。2月3日下午7点，部队进入马尼拉市，这是盟军进入马尼拉的第一支部队。在菲律宾游击队的协助下，这支部队在大街上横冲直撞，冲散了三五成群惊慌失措的日本兵，到达了关押战俘的圣托马斯大学。坦克冲开了校园的前门，救出了3700名战俘。这支部队的另一部分占领了马拉卡南宫。第二天，2月4日，第37师的先头部队从老比利比德监狱救出了1500名盟军战俘，其中800名是被日军称为“好斗的巴丹杂种”的巴丹老兵。解放这5000余名战俘，是太平洋战争中最动人心弦的时刻之一。
2月7日，麦克阿瑟不顾手下人的劝阻，搭乘第37师的一辆坦克进入马尼拉。进城后他立即到圣托马斯和老比利比德监狱去看望被解救的战俘。后来麦克阿瑟写道：“尽管在我的一生中有许多令人心情激动的时候，却没有那一次比我访问圣托马斯集中营时那动人的情景，更让人心潮澎湃了。当我到达那里时，炮声依然隆隆地响着，那些可怜的饿得半死的战俘们激动地大声呼喊起来。我走到跟前时，数以千计情绪激动的人立即向我涌来，把我挤到墙边。他们衣衫破烂，污秽不堪，个个泪流满面。他们用仅有的一点力气挣扎着靠近我，跟我握手。有一个人张开双臂抱住我，一头扎在我的怀里，毫无顾忌地放声大哭起来。许多人歇斯底里地又哭又笑，都争先恐后地对我说‘谢谢您！’他们拉住我的衣服，紧紧地拥抱我、吻我，作为一个救命者，这一时刻对我来说是十分美好的，也是永远难忘的。”
到了老比利比德监狱，那些顽强的巴丹老兵，看到自己的总司令来了，尽管他们骨瘦如柴，站都站不稳了，他们还是以立正姿势站立起来，仿佛在接受检阅一样。看到这种情景，麦克阿瑟不觉泪流满面，他说：“我来晚了，但毕竟还是赶回来了。我将给你们所需的一切医疗照顾，身体养好后就送你们回国！”
在此期间，2月4日，艾克尔伯格亲自指挥的第11空降师，在距马尼拉4.8公里处的伊穆斯遇到日军的顽强阻击，因为缺少重武器，无法攻克敌人坚固的工事。待克鲁格派去重型火炮，才将敌人歼灭。随后克鲁格接过了第11空降师的指挥权，不幸运的艾克尔伯格，没有能首先进入马尼拉，只好沮丧地回到莱特岛继续指挥他的部队“肃清残敌”。
当2月7日麦克阿瑟进入马尼拉市区后，他立即迫不及待地发表了一份公报：“现在，我站在马尼拉街头宣告，我军已突入马尼拉市区。我军正在迅速肃清残敌，秩序很快就会得到恢复。菲律宾群岛彻底解放已指日可待了！”
全世界都为此感到振奋。罗斯福、丘吉尔、蒋介石甚至乔治·巴顿都发来了贺电。罗斯福在贺电中说：“由于这次战役行动迅速，用兵艺术高超，使我们对您的胜利更加表示赞赏。”
在马尼拉市被解放的那部分城区，“到处一片欢腾，人们走上街头，载歌载舞”。麦克阿瑟所到之处，人们都高呼“马布嗨”（“万岁”）。麦克阿瑟曾下令举行一次祝捷游行，可是当他得知盟军控制的地盘还很有限时，只得将游行取消。他意识到，在重返马尼拉的漫长道路上，“最后的几公里是最艰难的了”。
到2月12日，马尼拉的2万名日军已收缩到南海滨区，他们躲藏在老城区坚固的建筑物里拼死抵抗。他们储备有大量的武器、弹药、食物和水。他们铁了心要战斗到最后一人。
争夺马尼拉的战斗是极其残酷的。不经过殊死搏斗，日军决不肯放弃一寸土地。肯尼曾请求允许对守敌进行轰炸，为了减少平民伤亡，麦克阿瑟没有同意。他对肯尼说：“我们要用大量的重炮，在日军防线上打开突破口。不要着急，慢慢来，这样才能减少我们的伤亡。”话虽这么说，经过20多天的激烈战斗，马尼拉还是变成了一片废墟，马尼拉70万人口中，有10万平民在双方交战中丧生。
争夺马尼拉旅馆的战斗于2月21日打响，3年前麦克阿瑟一家人就住在那里。翌日，麦克阿瑟挂念着他的家具和藏书，未等战斗结束，就去看他的住宅了。后来他这样写道：“在两旁枪手的保护下，我登上了通向顶楼的楼梯，我们是一边打一边走上去的。我的住宅里除了灰烬之外，一切都荡然无存了。很显然，这里曾是一个指挥所。指挥所的上校被我们击毙在烧焦了的门旁。摆在门口的花瓶打碎了，这花瓶是1905年父亲出使日本时，天皇亲自送给他的，花瓶的碎片散落在那上校的身旁，成了他葬身之处的陪葬物。指挥这次搜索任务的那位年轻的中尉提着枪口还在冒烟的枪，脸上挂着胜利的微笑，对我大声喊道：‘干得很顺当，长官！’但是，对我来说，此刻并未体验到胜利的喜悦。我可爱的家被毁了，我正在品尝着这颗苦果。”（麦克阿瑟的银餐具，数千本图书，还有凯迪拉克牌轿车等，后来还是找回来了。）
到2月27日，马尼拉的战斗终于基本结束了。在这场历时23天的战斗中，日军有3000人逃掉了，其余1.7万人被击毙。盟军伤亡6600人，其中阵亡1000多人。
1945年2月27日这一天，麦克阿瑟在助手们的陪同下，来到在战火中奇迹般幸存下来的马拉卡南宫，参加恢复菲律宾立宪政府的仪式。奥斯默纳总统及全体内阁成员已在那等候他了。仪式正式开始后，麦克阿瑟身穿笔挺的军服，走到话筒前发表演讲，他滔滔不绝地讲民主、献身精神和自由。他讲到：“现在，总统先生，我代表我国政府庄严地宣告，把宪法规定的全部权力交还给共和国政府。这样，你们的国家又可以自立于光荣的自由民族大家庭中，由你们自己掌握自己的命运。你们的首都虽然遭受了严重的破坏，却会成为名符其实的东方民主堡垒。你们不屈不挠……”
此时，麦克阿瑟的声音哽咽了，大厅里鸦雀无声。后来麦克阿瑟写道：“对我来说，这是一个令我心痛如绞的时刻，几乎每一个幸存的菲律宾大人物都来了，可在我脑海里浮现的却是故人的亡灵：先父、奎松……”接着，奥斯默纳总统发表了热情洋溢的讲话，他高度评价了盟军为解放菲律宾所作出的牺牲，以及麦克阿瑟的杰出贡献。最后，他宣布：“为了感谢麦克阿瑟将军为我国人民的解放事业所作出的伟大贡献，为了表达对他在这场空前的战争中表现出的高超指挥艺术的敬意，我代表菲律宾人民、菲律宾政府，授予麦克阿瑟将军菲律宾‘荣誉公民’称号。”这时大厅里响起了热烈的掌声。
在克鲁格宣布马尼拉市区已被盟军占领后的第3天，琼带着小阿瑟于3月6日抵达马尼拉。麦克阿瑟同他们已有5个多月未见面了，这是一次欢乐的团聚。麦克阿瑟一家在前线团聚，招致一些爱挑刺的记者的批评。后来，总司令部不得不对外宣布，琼的到来主要是为了帮助照顾战俘。事实上也确是如此，她到马尼拉以后就积极地投入到工作中去，报上的批评自然减少了许多。
12光复巴丹
当马尼拉争夺战还在激烈进行的时候，麦克阿瑟已开始采取收复巴丹半岛和科雷吉多尔岛的行动。
科雷吉多尔岛控制着马尼拉湾，在夺回该岛之前，马尼拉湾的港口设施就不能安全地使用。除此之外，巴丹和科雷吉多尔还有着深刻的象征意义，在美国国旗飘扬在这些地方的上空之前，吕宋岛的战斗就谈不上结束。
由于很难获得日军的情报，盟军对日军的实力作出了错误的判断。有人认为，在巴丹坚固的阵地上有约6000至8000名日军在那坚守，而在科雷吉多尔岛只有约900名日军。
2月14日，解放巴丹和科雷吉多尔的战役开始了。威廉·蔡斯准将指挥的两个团沿东海岸迅速推进，出乎意料地只遇到轻微的抵抗。从奥隆加波登船的一个团，于2月15日在马里韦莱斯登陆，实际上未遇到任何抵抗。该团迅即向北运动，同向南而来的两个团会合。看来半岛上的日军远远少于估计的数字。
在此期间，肯尼的飞机和金凯德的海军舰只对科雷吉多尔进行了猛烈的轰炸和炮击。2月16日拂晓，第503空降团2000名伞兵，在民都洛岛分两批搭乘运输机在科雷吉多尔西部高地空降，因为行动突然，日军措手不及，没给伞兵造成什么伤亡。两小时后，来自马里韦莱斯的1000人的两栖部队登了陆，因完全出其不意，没有遇到抵抗。盟军部队很快在马林塔山建立了牢固的立足点，并开始向日军发动进攻，但遇到顽强的抵抗。很快他们就发现，岛上的日军有5000多人，而不是原来估计的900人。
麦克阿瑟对巴丹半岛上战斗进展情况非常关心。2月16日，他离开当时还在激烈争夺的马尼拉，率几个参谋人员乘两辆吉普车去巴丹。他兴致很高地沿半岛东海岸疾驶南下，很快便超过先头部队8公里多，如果不是一座断桥挡了路，他们可能走得更远。路上他的助手提醒他小心别被日军的狙击手打中，他却说：“这3年我的心已伤透了，再中一枪也算不了什么。”
肯尼的一小队P—38型战斗机在空中发现了这两辆吉普车，飞行员认为他们一定是日本人，便准备进行扫射。幸而小队长多个心眼，先用无线电同蔡斯进行查证。蔡斯知道麦克阿瑟准在这条路上的什么地方，因而未予批准，不然的话，后果就不堪设想了。
盟军在科雷吉多尔岛登陆后的10天中，同那里的日军进行了一场恶战。此时的日军已完全失去统一指挥，他们分散守卫在一条条地道中，互相不能协调支援，对外面的情况一无所知，他们往往采取炸毁地道，与盟军士兵同归于尽的方式以对天皇表示效忠。
到2月26日，大多数抵抗都停止了。盟军共击毙4500名日军，剩下的500人不是逃跑就是被活埋在坑道里了。盟军伤亡1000人，其中阵亡200多人。
麦克阿瑟一生都追求戏剧性和传奇性。这次重返科雷吉多尔岛的所有行动都是他精心导演的。3月2日，麦克阿瑟和他的“巴丹帮”，像当年逃离那样，这次他们又乘4艘鱼雷快艇回来了，他们是沿原路上岛的。麦克阿瑟称上岛那一刻为“戏剧性和浪漫的时刻”。他察看了马林塔地道和其他熟悉的地方，一切都变成了令人心寒的废墟。他然后前往“顶峰”参加一项仪式。在那已被破坏的石头营房前，第503空降团团长乔治·琼斯上校走上前来，向他敬礼并说道：“长官，我向您呈交科雷吉多尔要塞。”麦克阿瑟授予琼斯一枚服务优异十字勋章，并满怀激情地回答说：“我看见我们的旗杆还矗立在那里。命令你的士兵把国旗高高升起来吧！今后决不允许任何敌人再把它降下来！”
麦克阿瑟还在那里发表了热情的讲话，他的讲话以“巴丹的英雄主义和牺牲精神永存！”结尾。
马尼拉攻克不久，麦克阿瑟开始着手清剿据守在山区阵地上的17万日军。克鲁格原打算用11个师来完成这项艰难的任务，但因麦克阿瑟已下令艾克尔伯格去攻占巴拉望、宿务、棉兰老等南部诸岛，为加强力量，把克鲁格的两个主力师调给艾克尔伯格了，给克鲁格只留下9个疲惫不堪的师去清剿吕宋岛上的“残敌”，克鲁格要想完成任务变得更加困难了。
克鲁格在一个狭小的山区，面对的是太平洋战争中任何人都未曾面对的准备决一死战的日军集团，他们总兵力有17万之众，清剿任务之艰巨是难以想像的。与这样的敌人作战，夺取每一个阵地，每一条地道都必须付出沉重的代价。日军武藤将军后来这样写道：“美军占优势的炮火把丛林都炸光了，因为有推土机开路，坦克和大炮意想不到地出现在我们阵地的面前。我们的部队不怕流血牺牲，英勇地摧毁了他们的推土机、坦克和大炮，但敌人还是一寸一寸地向前推进。”
清剿行动进行了6个多月，克鲁格以巨大的伤亡为代价，击毙了10多万日军，但并没能把他们消灭干净，藏在高山据点里的日军6万多人，直到战争结束后，才陆续走下山来投降。
由艾克尔伯格指挥的解放菲律宾南方诸岛的战役进展迅速。参谋长联席会议认为菲律宾军队能完成解放南方诸岛的任务，只是时间迟早的问题，不同意动用美军去进攻那些岛屿。但由于麦克阿瑟强调对菲律宾人民的“责任和义务”，坚持自己的主张，华盛顿方面也就默认了。
艾克尔伯格在整个菲律宾战役中都不走运，这次是他最后的表现机会了。战役的进展和效果都是不同凡响的，事实证明他确实了不起。在42天里他总共实施了52次登陆作战，其中大多数进展顺利，但有一小部分——特别是宿务和棉兰老的战斗比较艰苦。棉兰老原是菲律宾战役的第一个进攻目标，结果成了最后一个被解放的岛屿。麦克阿瑟对艾克尔伯格指挥的战斗“感到十分满意”。
战后，一些历史学家对麦克阿瑟削弱克鲁格的部队，发动南菲律宾战役的决定进行了指责。
麦克阿瑟还向参谋长联席会议提出进一步南征的计划，建议由艾克尔伯格的第8集团军去攻取婆罗洲和爪哇。参谋长们有点勉强地同意了进攻婆罗洲，但不同意去攻打设防十分坚固的爪哇。进攻婆罗洲的任务后来交给澳大利亚军队去完成。到那时为止，他们一直在新几内亚和布干维尔忙于扫荡残敌。他们要求在战争中发挥更积极的作用。
5月1日和6月10日，澳大利亚将军布莱米指挥部队，分别在塔拉坝和文莱登陆。因日军正忙于本土防卫，已顾不到那里，因此战斗进展顺利，很快攻占了那里。在南征作战行动已接近尾声的时候，麦克阿瑟开始进行战场“大巡视”（艾克尔伯格语）。6月3日，麦克阿瑟、艾克尔伯格和随行人员在马尼拉登上“博伊斯”号巡洋舰启程。他们在民都洛稍事逗留后，继续前往棉兰老，这大致是当年麦克阿瑟乘鱼雷快艇从科雷吉多尔出逃时走过的路线。6月5日，他在棉兰老登岸，巡视过去常去的老地方，特别是德尔蒙特乡间俱乐部，他和“巴丹帮”就是在那里等候B—17飞机把他们送往澳大利亚的。
