12月21日傍晚，当“■鱼”号潜艇上升到潜望镜深度，准备浮出水面向马尼拉驶去时，艇长在潜望镜里看到一缕缕黑烟。这是入侵日军的主力，舰船一字摆开，长约30多公里，浩浩荡荡向林加延湾驶来。然而，他不是去迎战敌舰，而是急忙逃避。当威克斯接到报告后，随即撤消了返航马尼拉的命令，并让艇长发起进攻。但艇长并未执行这个命令，连一枚鱼雷都未发射。日军舰队从他身边安然通过并进入林加延湾。事后，艇长被解除了指挥职务。
当接到“■鱼”号的报告后，威克斯向海湾入口处派出了6艘潜艇。潜艇艇长们受命潜入海湾进行攻击。可是，这时日军已在海湾口部署一道强大的由驱逐舰组成的警戒线，美军只有1艘老式“S”级潜艇钻了进去。艇长发起了一次真正勇敢的进攻，击沉1艘大型运兵船“早夫丸”号。在湾口外的潜艇向日军驱逐舰攻击，但一艘也未击沉。用潜艇保卫吕宋以失败告终，威克斯和法伊夫未能有效地守卫林加延湾，是不可宽恕的。他们本该被撤职查办的，但同麦克阿瑟情形相似，许多急迫的事情使调查工作无法进行。威克斯和法伊夫非但未受到惩处，反而被授予许多勋章，法伊夫还得到了晋升。
到了圣诞节，事情已很清楚了，日军控制了制空权，油库被炸，潜艇无法修理，对麦克阿瑟保卫菲律宾，海军是无能为力了。哈特海军上将乘潜艇到保卫爪哇岛海域的军舰上去了。潜艇一艘接一艘奉命离开马尼拉，向南驶去。12月底，威克斯、法伊夫也钻进潜艇扬长而去。
麦克阿瑟对海军、对潜艇的期望落空了，这使他感到非常愤怒，在发给华盛顿措词强硬的电报中，他尖锐地指责，海军没有打仗的意愿，海军将领缺乏迎击敌人的勇气，因此导致他和海军之间的关系十分冷淡。不管怎么说，他指望的海、空力量，已全部失效。
7退守科雷吉多尔
麦克阿瑟的陆军分散于整个菲律宾群岛，准备在滩头阻击日军。训练有素和最精锐的部队，大都部署在吕宋岛。麦克阿瑟的空军力量在12月初损失过半以后，他本该根据新的情况修改他制订的坚持战斗的作战计划，应该立即把部队撤到巴丹半岛和科雷吉多尔岛，然后在滩头与敌交战。这样就会有足够的时间在巴丹半岛贮备粮秣弹药和构筑防御阵地。但麦克阿瑟仍对潜艇和神奇的鱼雷抱有幻想，指望着能有什么奇迹出现，可是悲惨的结局很快就到来了。
12月22日，正阳保间中将指挥的日本第14集团军在马尼拉西北180公里的林加延湾东岸发起了进攻。北吕宋部队在乔纳森·温赖特少将的指挥下投入战斗。温赖特用2.8万人抵抗保间8万人的突击部队。
温赖特的部队在滩头与日军接火，几乎是一触即溃。训练不良、武器低劣的菲律宾师，抵挡不住保间将军富有作战经验的正规部队。他们向后撤退，狼狈不堪，惊恐万状。数以千计的菲律宾士兵丢掉手中的老式步枪，争先恐后地向山里逃窜。惟一进行顽强抵抗的部队，是菲律宾第26骑兵团。
南部的战况也是这样。12月24日，7000日军在马尼拉东南110公里的拉蒙湾登陆。小乔治·帕克准将指挥南部吕宋部队和1.6万民兵投入战斗。这些民兵根本不是日本人的对手，很快便溃退下来，使日本人得以迅速向马尼拉推进。
至此时，保间的意图已很清楚。他发起的两个钳形攻势，是要把麦克阿瑟的部队合国后歼灭。要避免被消灭，出路只有一条，那就是迅速向巴丹和科雷吉多尔撤退。
现在要执行这个计划，更加困难重重了。面对步步进逼的强大敌人，部队要撤离，勤务部队要向巴丹运送供部队几个月吃用的食物和弹药。这些任务都得在日军轰炸机的弹雨下急速完成。
这个计划的第一部分——撤离部队，竟获得惊人的成功。尽管敌人紧追不舍，在撤退中的损失还是很小。一共有8万美军和菲律宾部队撤到了巴丹半岛，还有2.6万菲律宾难民也撤到了那里。
当机立断地把部队撤到了巴丹，使日军制服这帮“顽固的巴丹杂种”的时间拖长了，打乱了日军的作战部署，使自己争得了一些主动权。军事历史学家认为这是一次“英明”的行动。麦克阿瑟后来在回忆录中掩盖了对实施这一计划的延误，只说：向巴丹撤退的决定是我作出的最重要、最关键的决策之一。
由于麦克阿瑟的司令部指挥失当，再加上奎松总统阻挠实施计划的第二部分——向巴丹运送粮秣和弹药，原本足够部队使用5年的稻谷被迫丢弃，结果巴丹守军到达时，发现那里只有很少的粮食、弹药和药品。1942年1月5日，麦克阿瑟不得不命令他的部队只发一半的口粮。
战争初期，麦克阿瑟、妻子琼和他们已经四岁的儿子阿瑟，继续住在马尼拉饭店里。这时，除保姆阿珠外，麦克阿瑟的助手锡德尼·赫夫陆军中校同他们住在一起，关系十分密切。在圣诞节之夜，当保间从南北两面合击马尼拉时，刚刚被提升为陆军上将的麦克阿瑟把赫夫叫来说：“锡德尼，带上琼和阿瑟，我们准备去科雷吉多尔。”赫夫找来一辆卡车，他们带上一点衣物和私人物品，急匆匆地奔向马尼拉港码头。麦克阿瑟的财产几乎都丢弃在楼顶房间里：家具、银器、瓷器、衣物和书房里的8000册书。他们乘客轮，横渡马尼拉湾，到达科雷吉多尔。奎松一家和他的政府官员，美国高级专员弗朗西斯·塞尔一家，也撤到了科雷吉多尔。
科雷吉多尔又叫岩石堡，是一个面积约7平方公里的岛屿。岛上山峦起伏，山峰高度在一二百米之间。岛上部署着42门大炮，马尼拉湾入口都在射程之内。地下通道纵横交错，与400多米长的马林塔主地道组成地下交通网。当时科雷吉多尔岛上有1万人，其中除2000人为老百姓外，其余都是军人。人们大多住在山洞里，或者住在岛西部高地“上坡”营房，或者住在码头附近低地的“下坡”营房里。
麦克阿瑟一家住在“上坡”营房的一套房子里。他们到达那里的第四天（12月29日），日本飞机空袭该岛，把“上坡”营房夷为平地。
据赫夫回忆，那天听到空袭警报后，琼抱起阿瑟就跑到住房附近的坚固掩体里去了。麦克阿瑟无所畏惧地呆在院子里，站在住房附近，数着日本飞机的架数。后来，麦克阿瑟一家搬到“下坡”的营房里去住，距马林塔地道入口约1.6公里，麦克阿瑟的司令部就设在那里。每遇空袭，琼和阿瑟都是用吉普车从住处接到防空地道躲避。
有一次，麦克阿瑟正在家中办公，日机又来空袭，子弹穿过窗户打到他身边的墙上。他的副官慌忙冲进来请他出去躲避。看到副官进来，他若无其事地问道：“有什么事？”副官惊魂未定，傻里傻气地说：“谢天谢地，将军，我还以为你已被打死了。”他回答说：“还没有打死，谢谢你进来看看。”
奎松总统得知此事，立即给他写了一封信，劝他要对人民和军队负责，不要冒不必要风险，以防不测。后来麦克阿瑟说：“在战争期间，必须与部下共同分担突然死亡的风险，这样才能在官兵之间结成患难与共的兄弟关系。”
后来，马歇尔将军建议用潜艇把琼和阿瑟从科雷吉多尔撤出。麦克阿瑟和琼商议此事，但她拒绝离开。于是他给马歇尔复电：“我和我的家庭将同守岛部队共命运。”不久之后，麦克阿瑟把一支只有巴掌大的小手枪拿给赫夫看，说这是他父亲在菲律宾时使用的手枪，但没有这种子弹了。赫夫费了很大的劲才找到两粒合适的子弹。“谢谢！”麦克阿瑟对他说，“锡德，这样他们就不能把我活捉了。”
开战一个月后，日本人的许多预定目标都达到了。他们把美国驻珍珠港的太平洋舰队打得损失惨重，基本失去战斗力，还占领了威克岛和关岛，击沉了英国在远东的主力舰“威克斯亲王”号和“反击”号。他们占领香港、马来西亚，迫使新加坡在数日内投降。日本人还摧毁了麦克阿瑟的空军，并于1942年1月2日攻占了马尼拉，使麦克阿瑟在巴丹半岛的地面部队处于孤立无援的境地，进而向东南亚其他岛屿入侵。
这时对巴丹半岛上被围困的部队，华盛顿发表的声明十分肯定地说，已经进行了积极的援助。高级专员塞尔在对菲律宾人民的广播讲话中说：“肯定援助正在到来，援助的力量是足够强大的，必须把侵略者从我们的国土上赶出去……”麦克阿瑟十分相信这些声明，他在1月6日巡视巴丹半岛时，对部队说：“援助肯定无疑地正在来到。我们必须坚持到援兵的到来。”
麦克阿瑟还蒙在鼓里，实际上美国军事决策者们已制订了先粉碎希特勒而后战胜日本的全球战略。因而，华盛顿紧盯着当时几乎被德国潜艇封锁所扼杀的欧洲和英国，以及非洲和中东。凡是可以调动的空军和海军力量，大都被集中到远离巴丹半岛的另一个半球去了。虽然对巴丹也采取了一些增援措施，但是效果是小得可怜的。事实上，华盛顿方面已经在思想上放弃了巴丹半岛上的守军。
1942年1月9日，日军第65旅向美军防线发动了进攻，但被美军炮火击退。另一个团企图从翼侧迂回到美军防线侧后方时，陷入热带丛林中不能自拔，被迫停止了进攻。次日，麦克阿瑟收到日军司令部的一封信：“你的末日将临，这你心中清楚。你们给养严重缺乏，不能坚持多久了。你的部队一直在英勇作战，我钦佩你本人和你的部下的斗志。你的声誉已经保住了。为了挽救你的部队，避免不必要的流血，我奉劝你投降。”
对这封劝降信，麦克阿瑟不予理睬。1月12日，保间将军大举进攻帕克的部队。残酷的战斗中，菲律宾民兵第51师土崩瓦解，停止了抵抗。一个星期以后，保间的部队以同样猛烈的攻势，攻打温赖特的防区，菲律宾部队的一个营被打得七零八落，但其他部队仍然在坚持战斗。到1月20日，萨瑟兰到前线视察时，巴丹半岛上的部队显然坚持不住了。他建议向半岛中部撤退。到1月26日，部队完成了这次艰难的行动。这条防线部署就绪后，麦克阿瑟打电报给马歇尔，表示他的部队将“奋力全歼进犯之敌”。
日本人虽然仍在向前推进，但其攻势减弱。保间原来大大地低估了美菲联军的实力和顽强的战斗意志。经过一个多月的紧张战斗，他们的部队已精疲力竭了，却还未能控制马尼拉湾。他的后勤供应也很困难，正准备要求东京派遣增援部队。战后，两位战场上的死对头见过面，保间对麦克阿瑟说，那时他正在考虑放弃战斗，避开巴丹半岛。
在其后的8个星期里，巴丹战场上呈现出异乎寻常的平静状态。麦克阿瑟又有点飘飘然，他兴高采烈地宣称，日本人的进攻被制止了。但他很快便发现，食物快要吃完了，毫无补充的希望。他的部队实际上都在挨饿。到2月中旬，只有约半数官兵还能参加作战，数千人因为得了疟疾、登革热等疾病而丧失了战斗力。
士气一落千丈。华盛顿答应的增援在哪里？麦克阿瑟跑到哪里去了？因为麦克阿瑟只到巴丹半岛视察过一次部队，官兵很久都见不到他的面，因此群情激愤，谣言四起。有人说他在科雷吉多尔过着王公贵族式的豪华生活，可是他的部下却在巴丹半岛上挨饿。对于这种说法，也不是完全没有道理的，因为巴丹半岛上的士兵食物定额只有科雷吉多尔的四分之一，麦克阿瑟还命令将巴丹半岛上贮备的一部分食品运往科雷吉多尔岛，以备最后死守要塞时供官兵食用。那时，在巴丹半岛守军中广为流传着一支关于麦克阿瑟的歌谣：
麦克阿瑟这老狗，
吃吃喝喝啥都有；
可怜士兵守巴丹，
饿死多少无人管。
麦克阿瑟对关于科雷吉多尔岛上的新闻报道严加控制。有关科雷吉多尔的消息常常是不真实的，他追求虚荣，极少把荣誉归于他人或部队。在1941年12月8日至1942年3月11日发布的142份公报中，有109份只提到一个人——麦克阿瑟，这显然是那些阿谀奉承的新闻发布官们干的。
身患肺病住在地道里的奎松总统，因失望而对罗斯福总统越来越感到气愤，他允诺的援助在哪里？如果注定是要失败的，还有什么必要为抵抗日军入侵而牺牲那么多同胞！他和他的内阁于2月8日起草并通过一个异乎寻常的文件：罗斯福应当立即承认菲律宾完全独立；实现菲律宾中立化；与日本达成协议，日本和美国的部队都从菲律宾撤走；菲律宾陆军予以解散。
麦克阿瑟收到文件后，同高级专员塞尔进行了磋商。塞尔所持的观点是，如果美国的援助“不能到达，或不能及时到达而发挥作用”，那么奎松的建议“是正确的解决途径”。麦克阿瑟把奎松的建议和塞尔的主张电告罗斯福，同时谈到巴丹—科雷吉多尔的严酷形势：
“由于我没有空军或海军的支援，我这个司令部随时都有可能被摧毁。你要尽快作出决定，是采纳奎松的权宜计划还是要我继续坚持战斗，来进一步执行阻击任务……”
这份电报在华盛顿引起了很大的惊恐。罗斯福立即电复麦克阿瑟和奎松，拒绝了这个方案，但是同意菲律宾部队在必要时可以投降。对麦克阿瑟，罗斯福命令他坚守誓言，只要还有可能抵抗，美国部队就不要投降。麦克阿瑟答复说，他根本没有投降的念头，他要和菲律宾人民一起战斗到底。
后来有人分析说，麦克阿瑟实际上是想通过转送奎松的电文，来逼迫华盛顿方面尽快运送必要的补给品。
这时一些迹象表明，华盛顿方面认为巴丹半岛上的形势已无希望，它的陷落只是个时间问题。第一个迹象是海军作战部长金海军上将接到了命令，要他解散有价值的“卡斯特”密码破译分队，拆除科雷吉多尔岛上的全部装备和机器。第二个迹象是华盛顿建议把军政领导人员（及其家属）都撤离科雷吉多尔。麦克阿瑟同意把奎松和塞尔以及他们的随员送走，但他自己拒绝离开。琼也不愿离开，也不愿把小阿瑟送走。麦克阿瑟给华盛顿发电报说：“我非常感激把我的家属也列入这个名单，但我们已经决定与守岛部队共存亡。”2月22日，罗斯福直接给他下达了撤离科雷吉多尔的命令。起初，麦克阿瑟曾想辞去他的职务，作为自愿兵加入“顽固的巴丹杂种”。但最后他还是服从了罗斯福的命令，这样以后还有希望得到援兵，然后重返巴丹半岛。
按计划规定，奎松偕同他的家人和副总统等人，于2月20日乘“旗鱼”号潜艇撤离。“旗鱼”号潜艇返回后，又将高级专员塞尔一家及随行人员送到澳大利亚。海军派“大鲹鱼”号潜艇去接麦克阿瑟一行，他却不愿乘潜艇，决定乘鱼雷快艇撤离。他的随员都吓坏了，想方设法说服他不要乘鱼雷快艇。可是，麦克阿瑟是个根本听不进劝说的人。
后来有人说，这是麦克阿瑟为使海军难堪而故意耍的花招：请看，我冲破日军封锁是多么容易！你们海军为什么就不能把补给品运进来呢？
