道光以前，国家财政，中央主之。咸丰军兴以后，各省习惯，各自筹措，唯以造报为统一，故督师而不兼督抚，饷源尽仰他人，即不可恃。西征一举，督师虽兼督抚，而陕、甘贫瘠，仰外协者多。宗棠之受任，先理旧日西征军之原饷，并其所带军队之原饷，一一清其来源。唯指定为一事，实解又为一事，信用、威望、交情，缺一不可。宗棠之量出而后入，从无失败。其所分配邻省协饷，自较他人任此事者为有力。又恐欠解及缓不济急，乃用指协款借外债之策。斯时沈宝桢为台湾事借款之原在事者，故宗棠以同条件再借与商，而宝桢即奏阻之，略言：“举债之故不同。开矿、造路、挖河，以轻利博重利，故英、美等国，有国债而不失为富强。若以国用难支，姑为腾挪，后此且将借本以还息，岁额所入，尽付漏卮，此举债之故不同也。举债于本国之商，国虽病而富藏于民，有急尚可同患。若输息于外，一去不返，此所举之债不同也。台湾之役，本省罗掘一空，外省无丝毫协济，急何能择，出此下策。然日本贸然深入绝地，无可欠之资，坚与相持，情见势屈，照原议借六百万，则善后备举。煤矿、茶山所出，渐足馈军，一借断无须再借。嗣借过二百万，倭事已定，部令停止，臣即不敢再申前议。新疆广袤数万里，戈壁参半，回部本其土著，既无尽剿之理，又无乞抚之情，似非一二年间所能就绪。即使诸城尽复，与俄为邻，互市设防，重烦擘画，非放牛归马之时。洋人以巨款借我，恃有海关坐扣，海关仍待济于各省，各省协饷愆期而海关病，海关无可弥补，亏解部之款而部库病。虽日劾各省督抚藩司，亦坐待严谴而无如何！前届宗棠借洋款三百万，计息七十万，若以七十万供饷，未必无补。今以一千万照台湾成案，八厘起息，十年清还，计息约近六百万，几处虚一年之饷。若照除，则西征仅得四百余万实饷耳。前届三百万，至光绪四年始清。续借千万，今年即起息，明年即还本，海关应接不暇，而西陲之腾饱不及两年，涸可立待。进兵愈远，转运愈难，需饷亦愈巨。半途而废，势必不可；责各省还债外另筹解济，势又不能；将再借洋款，则海关无坐扣之资，呼亦不应。徒令中兴元老，困于绝域，事岂忍言！然谓西征可停，则又断断不可。我退则敌进，关、陇因而不靖，徒弃祖宗辛苦缔造之地，而列戍防秋，劳费亦等。臣等以为左宗棠此行，不当效霍去病扫穴犂庭，而当师赵充国养威负重，扼其冲要，坚壁清野，开水利，广屯田，考畜牧。关外多一分之产，即关内省一分之运。甘饷之巨，困于运耳。运省，则一年之饷可支两年。目前饬各省勉力筹济，臣请朝廷发旷代之德音，以内库为之倡。数不在多，足生疆吏同仇之感。并恳敕下部臣，熟权缓急，将有着之款，移稍缓者于最急之区，庶各省、关可以勉强从事。”
宝桢此奏，视西事为不易速了，不料宗棠兵事之神速也。又请发内帑以免借外债，此是正论，是以有拨库存四成洋税二百万之旨。夫四成洋税，本专为海防而设，时海防之任，在南、北洋大臣。宝桢为南洋大臣，自谓兵事非其所长，推之北洋大臣李鸿章，造报兴办海军。鸿章不能折孝钦奢欲，遂多移作颐和园经费。此为后数年孝贞后崩后之事。其时本可借用，同是向协饷归款，何必以息掷与洋商！宗棠以主兵之人，自不能指内库索饷，反嫌要挟而败事；宝桢径言之，则当时士大夫谋国之忠。后来新进言官，或间有戆直者，疆吏已无此风概矣。
宗棠既得饷，于是年五月粮运递达古城。闰五月，前敌总理行营营务处刘锦棠驻古城，宗棠调兵节节填防后路。锦棠侦踞乌垣者马人得，而白彦虎踞红庙子，土回马明踞古牧地。古牧为马垣、红庙藩篱，法当先取，而又当先据阜康，以遏贼西窜之路。六月，宗棠亲赴金顺所驻之吉木萨，约金顺屯阜康城。白彦虎闻大军至，亦自红庙移踞古牧，薙发易服，附于安夷，安夷亦遣缠回助战。是月二十三日，锦棠围古牧，安夷骑贼来援，败之。二十八日，克古牧，歼守贼六千。明日，趋乌垣，安夷、土回已宵遁，遂克迪化州及伪王城，城为妥明所筑。诸将分追贼到戈壁，乌垣旁近守贼皆遁，帕夏后遣援骑至距乌垣二百里之达板城，不敢进。新疆北路已略定。七月，宗棠咨金顺等分扼要隘，檄锦棠等进规南路。时帕夏踞托克逊（在吐鲁番南），筑三城自卫：北守达板，拒锦棠乌垣之兵；南守吐鲁番，拒张曜哈密之军；乌垣败党麇集达板。白彦虎踞南山小东沟，锦棠趋之，彦虎驱众并入托克逊。帕夏勒其众尽薤发易服，傍其三城以居。宗棠檄张曜、徐占彪攻吐鲁番。时北路回城尚有玛纳斯、南城未下，金顺攻之不克。八月，锦棠遣军助之。九月，克玛纳斯、南城，歼妥明余党。于是分屯北路要害。而冬令大雪封山，不能逾天山而南。帕夏遣白彦虎、马人得守吐鲁番，其子海古拉守托克逊，遣大通哈守达板，自居喀喇沙尔策应之。大通哈，安夷官名，犹大总管。是为二年岁杪相持未靖之局。
三年三月，锦棠自乌垣逾岭攻达板，张曜自哈密西进，与徐占彪会趋吐鲁番。初五日，集达板城下，城回发西洋枪炮下击，军颇有伤亡，不退。锦棠坐骑亦中枪，易马而进，饬各营筑垒掘濠困之，败托克逊来援之回，回骑皆反奔。次日，遂克达板。锦棠使人呼“缚异装者赏”，于是大小头目悉致麾下，所谓大通哈名爱伊德尔呼里，亦就擒。大通哈以下各酋，同声代帕夏乞款，愿缚白彦虎、献南八城。锦棠听其致书招帕夏，而释所俘南八城缠回及被胁之土尔扈特人数千，悉给衣粮纵归。十四日，锦棠遣军会徐占彪等军攻吐鲁番，马人得及缠回万余降。锦棠亦于是日克托克逊三城，海古拉先遁，降缠回三万余。自此南八城门户洞开，缠回降者缴马械即释不问。南八城回传相告语，思自效。帕夏日夜忧泣，四月于喀喇沙尔之库尔勒城饮药死，海古拉舁其尸西行，将达库车，为其兄伯克胡里所戕。伯克胡里非帕夏阿古柏所爱，本以海古拉为小帕夏，帕夏死而小帕夏为兄所戕，遂继其父保南八城，令白彦虎守库尔勒。彦虎自踞开都河西岸，觊入俄，而英人又与中国驻英使臣郭嵩焘再为安夷缓颊，事下宗棠。
嵩焘奏在帕夏死后，其言云“观英人意指，尤惧俄罗斯侵有其地，谋为印度增一屏幛[障]，是以护持尤力。西路军务情形，此间一无所闻。能乘阿古柏冥殛之时，席卷扫荡，当不出此数月之内。或尚有阻滞，及时议抚，亦可省兵力，以为消弭边患之计”云云。
宗棠奏言“安集延侵我回部，囗附英人，英人阴庇之十余年，明知为国家必讨之贼，从无一语及之。上年官军克复北路，乃为居间请许其降，而于缴回各城、缚献叛逆节目，一字不及。经总理衙门向其辩斥乃止。兹德尔比、威妥玛复以此絮聒于郭嵩焘，以护持安集延为词，以保护立国为义，其隐情则恐安集延之为俄有。臣维安集延系我喀什噶尔境外部落，英、俄均我与国，英护安集延以拒俄，我不必预闻；英欲护安集延而驻兵于安集延，我亦可不预闻。至保护立国，虽是西洋通法，然安集延非无立足处，何待别为立国？即别为立国，则割英地与之，或即割印度与之可也，何为索我腴地以市恩？虽奉中国以建置小国之权，实则侵占中国为蚕食之计。且喀什噶尔即古之疏勒，汉代已隶中华，固我旧土。喀什义为各色，噶尔义为砖房，因其地富庶多砖房故名。八城富庶，以喀什噶尔、和阗、叶尔羌为最，此中外所共知。英以保护安集延为词，图占我名城，直以为帕夏固有之地，其意何居？从前恃其船炮，横行海上，犹谓只索埠头，不取土地；今并索及疆土，彼为印度增一屏幛[障]，公然商我于回疆撤一屏幛[障]，此何可许！我愈示弱，彼愈逞强，势将伊于胡底！彼向总理衙门陈说，总理衙门不患无辞；来臣营陈说，臣亦有以折之。现在南路之师，与嵩焘片奏‘乘阿古柏冥殛之时，席卷扫荡’一语，尚无不合。惟[唯]迫于数月之内，转战三千余里，窃恐势有难能。臣前闻英有遣淑姓赴安集延之说，已驰告刘锦棠、张曜善为看待；如论及回疆事，则以‘奉令讨贼，复我疆土，别事不敢干预。如欲议论别事，请赴肃州大营’。臣于此次奉到谕旨，当加饬其体察情形，妥为经理，务期预为审量，以顾大局”云云。奏中于数月内扫荡，以为难能，不肯先作自满语。其实本年全疆悉平，距此不过六阅月耳。
据宗棠疏，郭嵩焘在外国所进言，自缘不知国内事实，且亦言“数月内果能扫荡，即无异说。倘有阻滞，则趁此议抚，亦省力之一法”。此尚不足深论。其时国内主弃南八城者，实为旗人，故知旗人以新疆为私擅之汤沐地，不得擅则颇欲割弃，盖不服其徒为汉人见长地也。时有库伦大臣志刚上言：“西事今昔不同，虑其阳不与我争而阴助之。宜于天山南北，安置兵勇，招徕农商，为深根固本之计。然后与两大从长计议，画定疆界，庶不至与接为构，进退维谷。”廷臣议者，亦皆谓“西征耗费过多，乌城、吐鲁番既得，有屯兵之处，当众建以为藩篱，借省兵力”。宗棠贻书总署争之；诏统筹全局，密速奏闻。宗棠乃合对俄对英，陈其利害。略言：“我朝定鼎燕都，蒙都环卫北方，而后畿甸宴然。盖削平准回，开新疆立军府之所贻也。重新疆，所以保蒙古；保蒙古，所以卫京师。新疆不固，则蒙部不安，匪特陕、甘、山西各边，防不胜防，即直北关山，亦将无晏眠之日。况今俄人拓境日广，由西而东万余里，与我北境相连，仅中段有蒙部遮阂。徙薪宜远，曲突宜先，不可不预为绸缪者此也。高宗平定新疆，拓地周二万里，一时不能无耗中事西之疑，圣意坚定不摇者，扩旧戍之瘠土，置新定之腴疆，边军仍旧，饷不外加，疆宇益增巩固，可为长久计耳。今北路已复，惟[唯]伊犁尚未收回；南路已复吐鲁番全境，只白彦虎偷息开都河西岸，喀什噶尔尚有叛弁逃军，终烦兵力。此外各城，如去虎口而投慈母之怀，自更无抗颜行者。新秋采运足供，余粮栖亩，鼓行而西，无难挈旧有之疆土还隶职方矣。英虑俄蚕食其地，有所不利，我收复旧疆，兵以义动，彼将何以难之？设有意外争辩，枝节横生，在我仗义执言，决无挠屈。新疆全境，向称水草丰饶、牲畜充牣者，北路除伊犁外，奇台、古城、济木萨（济木萨后改孚远县），商民散勇，土著民人，聚集开垦，收获甚饶，官军高价收取，足省运脚。余如经理得宜，地方有复元[原]之望。南路各处，以吐鲁番为腴区。八城除喀喇沙尔地多硗瘠，余虽广衍不及北路，饶沃过之。今已复乌鲁木齐、吐鲁番，虽有驻军之所，而所得腴地尚不及三之一。若全境收复，经画得人，军食可就地采运，饷需可就近取资，不至如前此之拮据靡措矣。地不可弃，兵不可停。饷事匮绝，非速复腴疆，无从着手。至为新疆画久安长治之策，纾朝廷西顾之忧，则设行省，改郡县，事不容已。恳敕户、兵两部，将咸丰初年陕、甘、新疆报销册，及新疆额征、俸薪、饷需、兵制各卷宗，由驿发交肃州，俾臣得稽考旧章，斟酌时势，以便从长计议。奏请定夺。”
奏入，议乃定。盖英人之无理要求，本尽出中国人情理之外，乃旗下亲贵自有此主张，而朝士或附和之，足为外人张目耳。时金顺又有“愿以本军，乘俄用兵土耳其，袭取伊犁”之议，宗棠则贻书总理衙门，谓“北路兵力未必足恃，即有把握，亦无容舍堂堂正正之旗，为乘间抵隙之计。纵目前因事就功，将来必更难了结”，乃止。于此知宗棠决不冒昧图功，非万全不力主其说也。
是年八月朔，锦棠遣军启行，趋开都河。白彦虎已壅河漫流百余里，阻官军，师行绕道百余里始达。九月朔，抵喀喇沙尔。城内缠回，已为白彦虎掠去，城中水深数尺，庐舍荡然，招回避乱之蒙古数百人，令迁幕至开都河东，以实后路。初三日，收复库尔勒城，城亦已空，掘窖粮得数千石，救食乏。侦贼知所向，待粮三日复进。及之，则步骑数万，以远镜瞭之，持械者才千余人，余悉老幼回民挽车牛杂沓以随。乃下令惟[唯]执械者斩。寇委难民去，追及，败之，遣军护难民还。初十日，再及贼，败之。次日，收库车。自库勒尔六日驰九百里，拔难回约十万，宗棠遣员随军设善后局，招耕收，筹籽种，治涂造船，以通商贾，缠回争思归附。白彦虎经拜城，与安夷夷目掠城外缠回，城内回闭关拒之。十五日，官军至，拜城回开城迎降。十六日，追及贼于上、下铜厂，连败之。十七日，度戈壁百四十里。十八日，薄阿克苏，城回十万出降。白彦虎见官军日近，乃与安夷分窜，冀各缓其死。安夷窜叶尔羌，彦虎窜乌什。锦棠不以寇分而自分其兵力，乃令数将缓安夷而专追彦虎。十九日，行戈壁八十里，俘其渠马有才等。二十日，再败之乌什城东，遂复乌什。彦虎仍由布鲁特边遁喀什噶尔，与安夷合。于是东四城皆下。东四城者，最西乌什，稍东阿克苏，迤东而库车，而喀喇沙尔是也。东四城距三千余里，以二十日取之。锦棠开西宁道缺，晋三品京卿秩，备大用，余诸将给奖有差。
