带土在战场上重新释放出十尾。十尾变成参天巨树，树木顶端结有一颗硕大的果实，当果实内眼中的瞳术映到月亮上时，无限月读便即完成。鸣人、佐助和初代火影带领众人对带土攻击，阻止无限月读。之后鸣人和佐助合力使用威装·须佐能乎与众人合力重创带土。之后鸣人与众人合力将尾兽从带土体内拉出，而带土也被鸣人感化，想要施展轮回天生之术救回在此战中死亡的人，但是，黑绝趁机控制住带土，使用轮回天生将宇智波斑复活。
黑绝开始控制带土准备与卡卡西和水门战斗，斑成功地摆脱了秽土转生的躯体，在吸收了初代仙术查克拉和取回右眼轮回眼后，从带土身体中通灵出外道魔像，将尾兽们轻易打倒，并一举从鸣人和比身体中把封印状态中的九尾、八尾抽出，连同其它尾兽拖入外道魔像封印，成为十尾人柱力。按照九喇嘛被抽出前嘱托，我爱罗带着奄奄一息的鸣人前往水门处移植九尾阴查克拉，途中带上小樱对鸣人施救，但小樱无力回天，鸣人心跳停摆，生命垂危。
为了维持鸣人的心跳，小樱给鸣人进行人工呼吸，并打开他的胸腔，用手握住心脏人工起搏。虽然小樱一行成功和水门会合，但黑绝从中作梗，封印失败，这时候，内心觉醒的带土偷袭了斑，抽走少量守鹤、牛鬼查克拉，和卡卡西同时使用神威，把小樱、鸣人和封印有九尾阴查克拉的黑绝带入时空间进行封印。
鸣人在精神世界中见到了六道仙人羽衣，六道仙人讲述了自己的两个儿子——天才、自负的因陀罗和废柴、自强的阿修罗对抗的经历，表示二人的查克拉并未消亡，一代代被传承了下来，其中阿修罗的查克拉就附在鸣人身上，而佐助身上则负有因陀罗的查克拉，两人的对立其实是在继续着先辈们无休止的轮回与对抗，六道仙人希望他能阻止已经不再是转生者的斑。就在此刻，守鹤、牛鬼的部分查克拉和九喇嘛的阴查克拉被带土成功封印，出现在精神世界里，尾兽全部聚齐，预言之子改变世界的时刻终于到来。
六道仙人询问鸣人想要做些什么，鸣人回答：“或许我和那个叫阿修罗的家伙真的很像，但和他不同，我又笨又小孩子气，而且还有很多事情不明白，但是我知道‘伙伴’应该是什么样的，我想要守护他们，仅此而已。”六道仙人将自己的仙术赋予鸣人，鸣人苏醒并返回现实空间，一击重创斑和斩断神树，救回全开八门遁甲而濒死的阿凯，同佐助一同挑战斑。卡卡西的写轮眼被斑夺去，鸣人使用六道仙术将其治好。
无限月读展开，鸣人急于拯救被幻术操控的同伴，欲冲出阻挡月读光照的须佐能乎，被佐助拦下。佐助诘难小樱和卡卡西此时对于解救众人毫无用处，激怒鸣人。突然，蛰伏已久的黑绝刺穿斑的胸口，并借助他的身体复活大筒木辉夜，鸣人佐助欲阻止，无奈不敌辉夜那强大的查克拉。黑绝趁着佐助的须佐能乎爆炸之际，控制住了两人的身体，道出连羽衣也不知道的一段黑暗历史，并声称一切都是为了母亲辉夜……盛怒之下的鸣人挣脱黑绝控制，准备与佐助联合发动封印术，封印辉夜。但辉夜用术将两人传送至不同世界，使六道仙人的阴阳查克拉无法同时发挥作用，而她自己单独对决鸣人。
为了和佐助汇合，鸣人一边制造影分身，一边用体术与辉夜大战，拖延时间。带土牺牲自己，用神威将佐助传送回来。鸣人、佐助、小樱与继承了带土写轮眼的卡卡西一同发起进攻，成功封印了辉夜。辉夜封印后，鸣人一众被六道仙人传送回正常空间，幷同父亲告别，六道仙人希望两人能同心协力，解开无限月读，但佐助却突然宣称自己要发动“革命”。小樱欲劝阻，被佐助施以幻术，鸣人、佐助重返终结之谷对决，经过一番大战之后，以两人各断一臂收场。佐助终于被一心挽留他的鸣人所感动，自愿承认败给鸣人。
忍界大战结束，卡卡西继承了火影之位，鸣人则前去与决心离开木叶周游世界的佐助道别。
若干年后，鸣人的梦想终于实现，他成为了木叶七代目火影，并和雏田组建了自己的家庭，有慕留人和向日葵两个孩子。但是，实现梦想并不是结束，而是起点；鸣人仍将继承历代火影和木叶忍者们所传承的火之意志，为了守护木叶和忍界的和平而努力。
