——他在海上拼搏几十年，演出独具特色的三部曲：当海盗，兼营海商，亦商亦盗；最后由盗而官，亦商亦官。而像他这样一身商、盗、官三种名分与经历的人，在中国历史上也实不多见。
1604年，郑芝龙出生在南安石井一个小官吏家庭，原名一官，字飞黄，后改芝龙。石井为闽南渔村，郑芝龙“少落魄”，从小习海事。《台湾外记》中说他“性情逸荡，不喜读书，有膂力，好拳棒”。
17世纪上半叶，荷兰人已是西方海洋经济世界的“超级大国”，他们的军事和商业复合体“东印度公司”到处拦截葡萄牙、西班牙商船，攻占伊比利亚人的海外要塞、商馆，在日本平户建立商馆，在巴达维亚（今雅加达）建立大本营。1622年荷兰人占领澎湖，李旦居中斡旋，说服荷兰人退出，转移台湾。
郑芝龙从来都不是一个安分守己的人。
1624年1月底，他离开妻子和还没有出生的儿子，被李旦派到澎湖，担任荷兰人的通事。但荷兰人这时正与明军进行军事对峙，双方没有交往，中国商人也不可能与荷兰人交易，郑芝龙的通事派不上用场。
荷兰占领澎湖舰队司令雷约兹在1624年2月20日发给东印度公司总督德卡本特的信说：“等候好多时的帆船‘好望号’于1月21日由日本出航，月底到达此地。……我们接纳了来自日本的一名通事，虽然给予优厚待遇，但目前对我们没有什么用处。”
不过，荷兰人为了垄断对日贸易，指使一些中国船只在中国沿海掠夺，郑芝龙也是和荷兰人合作的海盗之一，为荷兰人执行在台湾海峡上截击前去马尼拉的中国帆船的海盗任务。后来担任荷兰第二任台湾长官的德韦特，这时正在澎湖服务，他在一封信中写道：“经过雷约兹司令的批准，我们每天都期望能够在这里集中二三十艘中国帆船，通事一官被派往北方去截击与俘获一些船只。”
同年夏秋之交，荷兰人在明军的压力下撤出澎湖，转移到台湾大员（今台南安平），在台湾建筑“热兰遮”和“赤嵌城”两个要塞，侵占了我国台湾的南部地区。同年荷兰、西班牙两个殖民主义国家为了争夺台湾的统治权，发生战争，荷兰得胜，独占了整个台湾。
在随荷兰人在大员（今台南安平）立定足跟以后不久，郑芝龙就奉荷兰人之命率领几艘中国帆船袭击前去马尼拉与西班牙人通商的中国船只，直到第二年的3月20日才回到大员。
1625年，郑芝龙离开荷兰人，开始亦商亦盗的海上生涯。
1625年4月底，他已经带着手下活跃在台湾海峡了。两个月后，身为日本长崎、平户侨领的李旦向宋克长官请领了出航许可证，在7月3日从大员起程回到平户，但一个多月后的8月12日，就在平户去世了。李旦死后，他在台湾的产业和事业都归郑芝龙所有，为郑芝龙合并当时台湾既有的其他武装势力以及从大陆招收新的势力到台创造了条件。
12月，众推郑芝龙为盟主，继统其业，树旗招兵，下设参谋、总监军、督运监守、左右谋士等，建立了初具规模的郑氏地方统治政权。郑芝龙自立门户后，从福建招来了众多部将。他将部下分为十八先锋，结为“十八芝”， 并从此改名为“芝龙”，而不再称“一官”。
郑芝龙继续拓垦大业，势力不断壮大，成为当时海上最大的武装集团。
当时也有这么一说：“凡我内地之虚实，了然于胸。加以岁月招徕，金钱所诱饵，聚艇数百，聚徒数万……礼贤而上（尚）士，劫富而施贫，来者不拒，而去者不追。”
1626年至1627年，闽南发生严重旱灾，遍野赤土，许多村落连草根树皮都被吃尽。郑芝龙利用此机会，自率船队袭击福建漳浦，劫掠金门、中左所（今厦门）和广东靖海、甲子等地，不久又回师福建，再犯厦门，袭铜山（东山），陷旧镇，击败金门游击卢毓英、福建总兵官俞咨皋的进剿。
这样，他纵横于东南海上，声势所向披靡，官兵疲于奔命，对他更是无可奈何。
奔袭中，郑芝龙等还招抚了泉州饥民数万人赴台拓垦，沿海饥民及无业者竞往投靠。这一仗郑芝龙打败官兵和许心素，使厦门从此成为郑氏的地盘，势力日益强盛，官兵不能敌，也代表着泉州帮势力的兴起。
明朝官方从海洋退缩，海商和海盗成为海上的统治者。郑芝龙海上势力的日益扩张强盛，引起明朝统治者的恐惧，多次派兵追剿，但均失败。明政府既无力剿灭郑芝龙，又为了利用这支海上势力与荷兰人抗衡，镇压其他“海盗”，只好对郑芝龙施行绥抚。
1627年，明廷起用曾经担任泉州知府的蔡善继任泉州巡海道，对郑芝龙进行招抚。郑芝龙率众到了泉州，见到了蔡善继。郑芝龙之弟郑芝虎、郑芝豹在会见后，认为朝廷没有诚意，于是鼓动郑芝龙等马上离开泉州，重新过起海上称雄的生活。
由于郑芝龙集团力量的大幅度发展，对荷兰殖民者也造成很大威胁，荷兰船只一在中国海露面，就为郑芝龙集团截获。
为此，1627年，还发生一场驻台荷军与郑军的战争，结果荷军败北。
朝廷招抚：海盗由“商”变“官”？
崇祯皇帝即位后，立即又于崇祯元年（1628年）七月招抚郑芝龙。
郑芝龙表示以“剪除夷寇、剿平诸盗”为己任，9月就抚于福建巡抚熊文灿，率部降明，诏授海防游击，任“五虎游击将军”，离开他多年经营的海上贸易根据地台湾，坐镇闽海。
而此时，郑芝龙有部众三万余人，船只千余艘。
到了1628年的时候，闽南又遭大旱，饥民甚众。郑芝龙在熊文灿支持下，再度招纳漳、泉灾民数万人，“人给银三两，三人给牛一头”，用海船运到台湾垦荒定居。
郑芝龙受明朝招抚后，原先与他一起出生入死的刘香心有不甘，继续其海上劫掠营生。
刘香与荷兰人勾结，在一段时间内对郑芝龙造成很大威胁。刘香势力在广东崛起后，台湾海峡又转趋不平静。新上任的福建巡抚邹维琏宣布恢复海禁，并力阻郑芝龙与在台湾的荷兰人私下通商。郑芝龙势欲扫除刘香。
而在此之前，原为郑芝龙旧部的李魁启和钟斌也先后叛离，但都遭到郑芝龙扫除，刘香成了他原先一起结伙的海寇中最后的对头，也是最难应付的一股势力。
1632年12月4日，郑芝龙与刘香的船队在福州附近遭遇，发生血战，从早上打到傍晚，双方各死伤近千人。郑芝龙弟弟郑芝虎在身上两处负伤的情况下，冲入敌阵，被刘香的人用四爪锚和铁链缠住，几乎不能脱身，后来是部下拼死救出。刘香本人则向南逃逸而去。
1633年7月，新任荷兰台湾长官普特曼斯为迫使明朝开放贸易，企图用武力强占大陆沿海，在刘香的帮助下，不宣而战，派出八艘战舰，对刚刚追剿刘香回到厦门没有戒备的郑芝龙部和明朝官兵发动突袭。
这次突袭击沉、烧毁和弄沉港内郑芝龙和明朝官兵的20几艘战船。这些船只是郑芝龙的精锐部队，也是当时中国最先进的海上武装船队，船上配备完善，架有16、20到36门大炮。明朝的厦门官员在驻军遭到荷兰人痛击后，采取息事宁人态度，找人与荷兰人疏通，表示愿意通知厦门、金门、烈屿、鼓浪屿及附近各岛的百姓送上25头牛、25只猪和100只鸡，希望荷兰人不要再伤害百姓，使他们可以继续安心耕种。
可是，9月，普特曼斯与刘香在台湾的大员汇合，准备再度进攻郑芝龙。福建巡抚邹维琏檄调诸将，大集舟师，也准备痛击荷兰侵略者。
此次，身任“五虎游击将军”的郑芝龙担任战斗前锋，实际负责运筹指挥这场战斗。郑芝龙舟渡漳州海澄，誓师出发。不久在澎湖的遭遇战中，焚毁荷船一艘，生擒荷将一名，溺死荷兵数百。10月22日，由郑芝龙带领，明军150艘左右的帆船（其中50艘为特大战船）在金门料罗湾追上荷兰大船九艘、刘香船50多艘。
郑芝龙报仇心切，奋勇当先，使用铁钩钩住敌船纵火焚烧战术，共焚毁荷兰快艇一艘，并捕获另一艘快艇。刘香临阵败逃，普特曼斯狼狈退回台湾。经此一役，郑芝龙声势大振，普特曼斯只好放弃与刘香勾结，改与郑芝龙修好，转而表达今后想在台湾而不是强势前往福建寻求对华贸易的意愿，由郑芝龙派船到台湾进行贸易。
郑芝龙也不愿长期树敌，因此在一位住在热兰遮城的同安商人林亨万居间协调下，双方同意进行贸易往来。于是福建商船开始驶抵台湾。东印度公司史料说：如果公司想存在下去，必须把一官这一根刺从公司脚下拔除。郑芝龙势力之大由此可以想见。
九死一生的刘香不满荷兰人又与郑芝龙修好，在1634年4月9日清晨天亮前，利用月亮被遮住，以部众600多人袭击大员（今台南安平）的荷兰人城堡热兰遮城，并且已经用云梯爬上了城墙。被荷兰哨兵发觉，经开枪和炮轰后，刘香率部众逃散而去。
数天后，这支海盗从高雄离开台湾，5月20日与郑芝龙在金门外洋遭遇，李旦之子李国助倒戈投降明军。1635年5月23日，郑芝龙在广东田尾洋击溃刘香海上武装集团，刘香引火自尽；但在此役，郑芝龙最心爱的胞弟郑芝虎不幸战死。
刘香死后，台湾海峡恢复安宁，原来害怕海贼伏击的中国商船开始源源驶向台湾。如1636年11月和12月，自大陆到台湾的船有33艘，次年8月达29艘，1638年6月更达31艘之多。
郑芝龙剪除群雄，并把海上力量纳入地方官府体制，取得制海权，合法掌控东西洋贸易制度的运作。1639年，日本锁国退出东亚海洋竞争；荷兰殖民者也不得已与郑氏达成海上航行与贸易协议，规定荷兰的对日本贸易，需经郑芝龙将中国特产运至台湾，转手之后，方由荷兰方面运往日本出售。郑芝龙遂成为东方海洋世界的唯一强权。
至此，东南海疆各股武装集团李魁奇、杨六、杨七、钟斌等均唯郑芝龙之命是从。
郑芝龙在扫清海上障碍之后，他利用泉州安平镇的航海和经商基地，打破官方的海禁，繁荣海市，武装船队旗帜鲜明，戈甲坚利，航行于中国沿海、台湾、澳门，另外还有日本、菲律宾等东南亚各地之间，充分利用自己的权势和财力，扩大海上贸易，几乎垄断了中国与海外诸国的贸易。
他以强大的武装力量和雄厚的资本在国际市场上同荷兰、日本、南洋各国商贸公司竞争角逐，是官商结合的代表人物。郑芝龙从事海外贸易，主要是同日本通商。据荷兰东印度公司记录：
崇祯四年（1631年）郑芝龙两艘商船从日本长崎载货物返航泉州安海。崇祯十二年（1639年）驶往长崎的郑芝龙商船多达数十艘。崇祯十三年（1640年）两艘郑芝龙商船满载黄白生丝及纱绫、绸缎等货物，运往日本。
另外还有记录称：从1641—1643年间，郑芝龙运载大量生丝、各类纺织品、黑白砂糖及麝香、土茯等药物，运往日本，颇受欢迎。
1641年夏，郑芝龙商船22艘由晋江县安平港直抵日本长崎，占当年开往日本的中国商船总数的22.68％，主要货物有生丝、纺织品、瓷器等。郑芝龙与葡萄牙人、西班牙人建立贸易关系。他运往日本的丝织物，有一部分是从澳门购进的，日本的货物也由他运到吕宋，转售西班牙。
郑芝龙极力发展海上贸易，经常满载丝绸、瓷器、铁器等货物，驶往柬埔寨、暹罗、占城、交趾、三佛齐、菲律宾、咬留巴（今雅加达）、马六甲等国贸易，换回苏木、胡椒、象牙、犀角等。
在短短几年内，他已经成为荷兰东印度公司在亚洲商业贸易的最强竞争对手。
在1644年，满洲人攻进北京，清王朝建立。郑芝龙选择为明朝效忠，他推举唐王朱聿键为明朝正统。唐王倚重郑芝龙的势力，还收其子郑成功为义子，郑成功也因此被称为“国姓爷”。郑氏家族成为明朝皇室的亲信，一时风光无限。
郑芝龙始终不愿放下自己的海上霸业，对恢复明朝统治并未全力支持。
唐王在1646年组织北伐，因为缺乏郑芝龙的后援，无法和富有经验的清朝军队抗衡，北伐失败，唐王被杀。郑芝龙开始和清朝统治者谈判。清政府承诺，如果郑芝龙归附，将被任命为福建和广东总督。
就这样，郑芝龙不顾儿子郑成功和其他下属的反对，他于1646年前往福州，宣布归顺清政府。他此后被清政府软禁在北京。
