吴觉农在茶人教育的思路上，是有着其传统中国优秀文化的强烈印记的。吴觉农的茶学教育思想，方法上颇具有循循善诱、博我以文、约我以礼的一整套方式。首先，他强调的是德才兼备，他特别强调一个有为青年的坚强的事业心和献身精神。他曾经说过：茶叶工作者既然献身茶业，就应该以身许茶，视茶业为第二生命。他自己就是以生许茶的典范，言传身教，终于培养起了一批学茶爱茶以身许茶的茶人。在为人为事上，他有着一些鲜明的特点，至今还让他们弟子们口口相传。总结起来，大约有那么几条：一是非以役人，乃役于人的服务精神。说起来这个精神还是他年轻的时候在日本留学期间受基督教文化影响时拿来为我们所用的。但吴觉农的精神文化背景很鲜明地带有儒家烙印。他特别强调身体力行。所以他才会在担任中华农学会总干事工作之时，热诚地对同人们服务。对过往会员无不热情接待，安排他们的膳食和代办车船厂票及接待等等。他的格言之一，就是“助人者人恒助之”，还有一句话是“我为人人，人人为我”，以后，他接受了马列主义的思想，又有了一句，那就是“全心全意为人民服务”。他的这种精神即贯穿一生，也言传身教于广大茶学界，成了茶人精神的精髓之一；
二是公私分明，廉洁奉公，反对浪费，热爱团体，热爱国家。吴觉农曾经说过：中国长期受家族制度和人治的习惯势力影响，种种事情便演变成团体和私人不份，或只顾自己，不爱护团体，并随便浪费，这简直就是一种罪恶。在这里吴觉农用了“罪恶”这样一种词，可见他对这种现象的深恶痛绝。
三是自奉惟俭，严以律已，宽以责人，助人为乐。四是提倡即知即行、动静兼顾的工作方法，五是公而忘私的奉献精神。
这些茶人人格的情操和理想，深深地影响了一代代茶人，成为中国茶人精神中的不可或缺的组成部分。
至于具体的茶学教育思想，吴觉农也形成了他自己的体系。一是他特别强调理论与实践的相结合。张堂恒直到晚年还记得当年吴觉农介绍他经合川到铜梁联系同学生产实习走的那条路，那正是“江姐”走的那条路啊。二是他曾经明确提出：学科不必多，但求实用，力求在技术上能独立操作，在组织上能全力指导。他尤其重视调查研究，直到晚年，在这一条上一直是身体力行，直到晚年。第三他强调重视传统文化的继承，也提倡吸取西方先进的科学技术，第四是从实际出发，采取多种形式，培养不同层次的专业人才。他曾经说过：人才的培养分为两种，一是推广人才，一是基本人才。他认为两类人才的培养方式不同，但对发展祖国茶叶事业来说，都是不可缺少的。
1941年吴觉农带领中国茶叶公司技术处的大批人员赴浙江衢州之后，复旦大学茶叶系（科）由胡浩川接任。继后，复旦大学茶叶系在太平洋战争爆发、出口完全停顿的情况下，于1943年起停止招生，到抗战胜利，复旦大学迁回上海时，又于1947年恢复招生。重庆复旦大学早期培养的学生为战后和新中国的茶叶开拓奠定了基础。自1940年至1946年，复旦大学茶学系共有毕业生45人，茶叶专修科毕业生131人，为建国后的11个高等院校建立茶叶专业教育提供了经验，近200名毕业学生，为新中国茶叶事业的奠基开拓，在教学、科研、生产、出口等各条战线上发挥了骨干作用。茶叶专业在高等学校创立，这是一个为千秋万代的事业，至今在国外的大学里，还没有一个这样的专门的学科。1949年以后，中国茶学教育有了蓬勃发展，设立茶叶学科的高等院校已有11所，颂在安徽、浙江、湖南、湖北、四川、福建、云南、广东、广西等省，为中国的茶叶事业提供了大量必不可少的人才。
抗战时期的复旦茶学系立即就成了左派和进步青年想往的地方。许多年以后，吴觉农的学生熊森还能记得他当初人生和事业的选择。1940年，已经在民国大学经济系就读的熊森在父亲的极力主张下，舍近求远去重庆复旦大学茶学系就读，冲得就是吴觉农的名声，从此却使他走上了一条茶业之路。
吴觉农专门为熊森就读的茶专班请来了一位名叫罗绳武的国文老师，不久后学生们就知道这是吴觉农为了掩护其地下共产党人的身份，把他从湖南营救出来，安排在大学里任教的。一九四零年在湖南做过地下工作的许鲁民因身份暴露被捕，也是经吴觉农通过多处关系营救出来的。那一段时间，常有中共地下党员和进步青年以种种方式掩蔽在吴觉农的学校和公司里。
正因为如此，他那种左派的风格越来越鲜明，也就越来越不被国民党当局所容。虽然他很想在系主任的位置上多为中国的茶学教育做一点工作，在当时的情况下，似乎也已经是很不可能的了。
也就在这时候，他不但受到官僚政客的打击和排挤，在政治上的处境也越来越险恶，他被国民党政府真正怀疑上了。
1940年冬天，在邹秉文向孔祥熙汇报工作的时候，孔祥熙突然说：中茶公司的协理吴觉农是共产党，你察觉没有。邹秉文听了心里一惊，连忙回答说：这不可能！孔祥熙说：你凭什么可以证明他不是共产党。邹秉文一拍胸脯：凭什么，凭我全家的身家性命来担保，吴觉农不是共产党。孔祥熙听他那么一说，这才压住不再追究。邹秉文回来后急忙找来吴觉农，严肃地问：老吴你到底是不是共产党，老朋友面前你要说实话。吴觉农先是一惊，继而大笑起来：共产党就那么好入吗？这个老孔也是太抬举我了。我即是有入共产党的心，也还不知道有没有这个资格呢。
没过多久，皖南事变发生，重庆的政治空气变得更加压抑。有一天，突然吴觉农接到了国民党特务头子徐恩曾的请柬，请他和钱俊瑞、冯和法一起参加他的专门设宴。钱俊瑞当时在重庆文化界是非常活跃的进步分子，和吴觉农关系密切。谁都知道，因为他常常就住在吴觉农的宿舍里写他的进步文章，他们三个人还常常在一起讨论时局。这一次特务头子宴请他们，不是鸿门宴还能是什么。果然，在宴席上，徐曾恩就开始了指桑骂槐，说：“有些人以抗战为名，搞反政府活动，我们的容忍是有限度的。”钱俊瑞当时已经是地下党员，他和冯和法都年轻，听了这样的话不免紧张，倒是吴觉农环顾左右而言他，应付了过去。
看样子吴觉农的确是给国民党怀疑上了。邹秉文是非常有正义感的一个人，帮助去打听了一下内幕，这才了解到，原来吴觉农的所作所为，让中茶公司那些妒贤忌能的人非常生气，因此他们千方百计地要搞垮他。而要搞垮他的最好办法就是说他是共产党。吴觉农当时在茶区搞了合作社运动，排除了中间商的插手，所以，趁吴觉农冒着生命危险在外奔波茶叶的统购统销时，那些即得利益者就给上面写起匿名信来。向国民党中央诬告，说吴觉农是在组织农民暴动，和共产党有联系。这就是孔祥熙怀疑他是共产党的真正背景。
孔祥熙徐曾恩其实也没有真正怀疑错，钱俊瑞本来就是地下党员，吴觉农和冯和法也都是视共产党为同道的人，所以他们的处境实在是危险。吴觉农是知道钱俊瑞的处境的，他立刻利用贸易委员会交通上的便利，送钱俊瑞从香港去新四军。
而他自己，在重庆经常参加进步活动，其中包括中华农学会、中苏友好协会以及争取民主宪政等社会活动和政治活动，在国民党政府眼里，中华农学会就是一个与当局很不合拍的组织。理事长梁希公开在共产党的杂志《群众》周刊上发表“振兴中国农业”的文章，他还同吴觉农商量决定要去延安，打算辞去中华农学会理事长的职务，改由邹秉文担任。他不管走到哪里，总是穿着草鞋，人称他草鞋精神。在他做了长途跋涉要去延安的准备之后，经地下党的耐心劝告，他才仍留在重庆。梁的这种表现自然引起了国民党的注意，与梁关系密切的吴觉农也自然一并注意在其中。
当时吴觉农最主要的行动是参加了中国共产党领导的秘密组织“民主革命同盟”（简称小民革，和“民革”、“民盟”均无直接关系）的活动。中国民主革命同盟，是中国共产党的一个外围组织，是在国民党统治区的一个革命政治团体，受周恩来的直接关注和领导。“民主革命同盟”于1941年春正式成立，王昆仑和许宝驹被选为主要负责人。参加该组织的很多是知名人士，有的身份是公开的共产党人，如王炳南、有的是秘密的共产党人，如王昆仑、闵刚侯、阎宝航、屈武及进步人士许宝驹、梁希、侯外庐、吴茂荪等。入盟时要履行宣誓手续，除了“愿为民主革命”替代“共产主义”之外，其余同入共产党誓词相同。盟员均有代号，主要的任务是做国民党上层的统战工作和政治、经济、军事等重要情况的收集。收集到的重要情况，通过盟内党员向中央反映。王昆仑、许宝驹、屈武都是国民党参政员，常在于右任、冯玉祥、孙科等周围做工作。一次王昆仑在参政会上谴责国民党政客祸国殃民，蒋介石不明底细，骂他是“假国民党，真共产党”。
这时许宝驹还是国民党的立法委员，经常从重庆到距北培一站地的歇马场去开会，吴觉农就常见到他。他们俩也是互相敬重许久，从许宝驹而言，他知道吴觉农是上海救国会的热心群众，中国农村经济研究会常务副理事长，中华农学会和科学工作者协会的实际负责人。而吴觉农则知道许宝驹是二十年代“浙江潮”杂志的主编，是有名的浙江才子。他们俩人同路往返几次以后，深感为民主知已，所以许宝驹就介绍吴觉农加入了“民主革命同盟”，吴觉农很快就成为该组织的重要成员，从此他自己也感觉在政治上豁然开朗，比在上海救国会时又前进了一大步。民主革命同盟分为政治、经济、文化、军事等小组，入盟后吴觉农常参加经济小组的活动，一直到他离开重庆。
