在此情况下，《人民文学》的主编随即换成张天翼，修改、签发《组织部新来的青年人》的副主编秦兆阳虽暂时未被撤换，但已成众矢之的，不得不在文学期刊编辑工作会议上公开作检讨。然而，检讨也无济于事，刘白羽坐镇《人民文学》编辑部会议，要秦兆阳拟定《人民文学》贯彻“放”的方针的革新方案。在秦兆阳提出的“清醒的放”或“在放中求清醒”的方案连遭十来天的批评后，他愤然离岗，请假去了北戴河。
5月9日，《人民日报》以《〈人民文学〉编辑部对〈组织部新来的青年人〉原稿的修改情况》为题，将此事公诸于众。此后不久，形势急转直下，反右斗争的规模大步升级，不识时务的秦兆阳接连给作协党组书记邵荃麟写了两封信，不仅对通知他回京参加运动予以拒绝，而且提议撤销他的“党组成员”的名义，改由张天翼或葛洛同志参加。其理由是：“决定我参加党组，原是有代表《人民文学》的意思。现在我既是脱离了编辑工作，就失去了这种代表性。”更为严重的是，他明确表示，不愿介入丁玲、陈企霞与周扬、刘白羽之间的“互相明争暗斗”，说“我个人在这一斗争中不属于任何一派，我对任何一派都有意见，如果不是为了党的利益，我是不会提出这些意见的。”正如秦兆阳后来所说，万万没有想到，这两封信“种下了极大的祸根”，在对丁玲、冯雪峰、陈企霞的揭发批判告一段落之后，从1958年1月到7月25日，作协对他的批判持续进行了6个月。
这期间，有两篇批判文章尤为引人注目。一篇是中宣部文艺处处长林默涵发表在1958年5月3日《人民日报》上的《现实主义，还是修正主义？》，认为《现实主义--广阔的道路》“在反对教条主义的幌子下，攻击文学上的马克思主义的根本原则”，是“一个系统的修正主义的文艺纲领”，“不仅是为了反对社会主义文学，而且是为了反对社会主义制度”，作者秦兆阳是这一时期“大风浪中出现的一个最有系统的文艺理论上的修正主义者”。另一篇是后来成为“四人帮”笔杆子的姚文元所写1958年第3期《文学研究》的《驳秦兆阳为资产阶级政治服务的理论》（1958年第3期《文学研究》），竟然说“秦兆阳的‘理论’和国际修正主义者是一只裤筒里的货色”，“他实际上是国际修正主义的‘传声筒’，帝国主义在文艺领域的代理人”……这场喧嚣一时的大批判，以刘白羽在作协党组扩大会议上做总结性的发言《秦兆阳的破产》（《人民文学》1958年第9期）而告“胜利结束”。毋庸置疑，被刘白羽义愤填膺地称作为：“彻头彻尾的现代修正主义者”的秦兆阳，就被开除党籍，戴上了右派分子的帽子，发配到外地劳动改造去了。
中国作协是反右运动的重灾区。据韦君宜回忆：“刘白羽本人是作家，但是那一阵他在作家协会表现真厉害。在作家协会的一次全体大会上，他作报告说：‘中国作家协会藏垢纳污，等于一个国民党的省政府！’……他手下最得力的是一班女将，当时编制在作协的一班作家们，一听说她们，真是闻风丧胆。我记得那一次开全体会，由其中一位主持会议，她宣读划罗烽、白朗为右派的决定，那声音刚脆，森冷瘆人。简直使人觉得那声音本身就有杀伤力，每一句话就是一把刀。真可怕！还有一位，用纤手指着一个老编辑，说：‘就是要狠狠地整你！’那模样至今仍在我眼前。她们几位，都是只有中学程度（大约是初中）的干部，参加革命却都很早。在革命的学校里饱受党领导一切的教育，然后出来就在作家们中间做党的工作，俨然变成党的化身。”（《思痛录》第52页，北京十月文艺出版社1998年出版）运动结束时，被划为右派分子的，果真就多达30人。他们是：丁玲、陈企霞、罗烽、白朗、艾青、李又然、陈明、张松如、黎辛、秦兆阳、戈扬、唐因、唐达成、侯敏泽、罗仙洲、马敏行、萧乾、汤浩、李清泉、杜黎均、高光启、唐祁、张凤珠、黄沙、卢盛法（费枝）、李兴华、杨觉、俞林、杨犁、何寿亭。舒群、徐刚、古立高、韦君宜、葛洛、菡子、黄秋耘等作家虽没有被划成右派，但却受到了批判和处分。这37人中，大都是作协所属刊物的负责人和编辑，全国各地受他们牵连而被打成右派分子的作者就难计其数了。
我在采访江晓天时，问萧也牧为什么被错划成了右派，他就是这样回答的：“那年我到中央高级党校学习去了，学习完回来，我的两个副手都戴上了右派分子帽子。我问编辑室的同事，他们都说吴小武在鸣放中没有反党言论。主要是秦兆阳在作协被打成了右派，他为萧也牧修改并签发《“百花齐放，百家争鸣”有感》的事被揭发出来，印成材料广为散发，这就成了把小武也划为右派的证据了。”
萧也牧被开除党籍、划为右派时，秦兆阳已离开北京。据秦兆阳回忆，“从此我们就再也没有来往。一直到相隔20余年以后的1970年，我才知道他也在1959年被补划为右派，而且在十年浩劫中遭受了非常惨酷的不幸。1956年发表的、经我作过修改的那篇《有感》，是不是他被错划的原因之一呢？我一直有这种猜测。并有负疚之感。我所知道的，只是《对萧也牧……〈有感〉一文的修改情况》，在1958年成了批判我的材料之一，被编印在一本《秦兆阳言论》中，在一定范围内加以散发。”“为了让今天的读者明白真相，也为了纪念萧也牧同志”，他特意在《忆萧也牧》一文中节录了一段《修改情况》：
原文：“我认为……这一次批评确实给我带来了不少好处，也使大家得到了益处……”秦改为：“从我自己的切身经验来看，过去那次批评一方面固然给了我很大的教益（这是我一直到今天还十分感激的）；另一方面却又因批评文章有不够完全妥当之处，而对我和读者产生了一些副作用……”原文：“以上所说的……对我……的批评，多少有点用‘一棍子打死’的办法来对待一个好人。这种批评所引起的种种事情，所形成的一种空气，确实是很可怕的。”秦改为：“以上所说的……批评，我以为多少有点对待敌人的一棍子打死的味道。这主要倒不在于……给被批评者的刺激，主要的是它所产生的更广泛更深刻的后果，使被批评者再也不能复活，并且给其他作者造成一种无形的威胁。”
在萧的原稿中谈到自己出去作组搞活动时不敢用萧也牧的名字，秦在后面加了一段描写：“甚至我到某些机关去办事情，会客单上填写的是我的真名（吴小武）而不是萧也牧，不知怎么竟也有入知道，窗户外面竟会出现许多好奇的：合有轻蔑神气的眼睛，和‘萧也牧，萧也牧’的声音。只有一个人坏到了成为‘癞皮狗’和‘敌对阶级’时，人们才决不会原谅和信任他。”
下面秦还删掉了一段，内容是：组织上要肖写英雄罗盛教的事迹，但又不准他去朝鲜前线收集材科，而是派别人去代劳。
在公布这一“也许也算得上是历史上的一件小小的‘史实’”后，秦兆阳作了几点说明：我的修改在于强调批评所引起的社会效果，但并未减弱萧也牧“诚恳接受”的态度，相反地有所加强--是为了“站住脚跟”好提出建议。二、最后的那段“描写”并非我的臆造，而是萧也牧当时对我“举例言之”的。三、不准他去朝鲜前线的一段其所以删去，是考虑到也许会引起他所在单位的反感而对他不利。
四、即使是读一下上述的节文，也可以看出萧也牧是诚恳地想用自己的现身说法来促进“双百”方针更好的得到贯彻。我认为，我和他都是倒霉在这一类的诚恳和认真上。
是啊，他俩都是衷心拥护党中央、毛主席提出的“百花齐放、百家争鸣”的方针，诚诚恳恳、认认真真发表自己的意见，期望为繁荣社会主义的文学创作事业作出一点贡献的，哪会想到天有不测风云，被打成了反党反社会主义的右派分子，从此就天各一方、受尽磨难呢？
如今回过头来看，我们很难说究竟是萧也牧拖累了秦兆阳，还是秦兆阳株连了萧也牧，而实质是：从秦兆阳在《人民文学上》编发《我们夫妇之间》那天起，他就与萧也牧结下了不解之缘，成了一对命运与共的患难弟兄。
