据史书记载，程咬金“少骁勇，善用马槊”（《旧唐书·程知节列传》）。隋朝末年，隋炀帝杨广统治残暴，骄奢荒淫，连年大兴土木，不断对外用兵，繁重的徭役、兵役使得田地荒芜，民不聊生，最终爆发了大规模的农民起义。起义后，义军相继发展到百余支之多，每支义军少则数百人多至10余万，但规模都不是很大，同时也没有政治目标，基本上是流动作战，四处抢掠。程咬金为此聚集乡里豪杰共保乡里，以备义军。
经过七个年头战争磨炼，农民起义军由小到大、由弱变强，逐渐克服地域观念，散而复聚，走向联合。至大业十三年左右，在全国范围内形成了三支强有力的起义军，即翟让、李密领导的瓦岗军，窦建德、刘黑闼领导的河北义军和杜伏威、辅公柘领导的江淮义军。到了此时，程咬金这种地方的自保势力已经无法维持下去，最后投奔了瓦岗军李密部。瓦岗军原为东郡韦城（今河南浚县东南）人翟让所创，曾多次粉碎隋王朝的进剿。大业十二年（616年），曾参加杨玄感起兵的隋贵族后裔李密来到瓦岗寨，李密长于谋略，使瓦岗军取得了一系列胜利，翟让遂主动推李密为主，上其号魏公。李密掌握大权之后，政治野心逐日暴露。为保住个人独揽大权，他拉拢程咬金、秦叔宝等新归附的人，以二人为“内军”骠骑。“内军”是李密从军中挑选的8000个“勇士尤异者”，隶属四位骠骑将，又分为左右两队，主要任务是保护李密。李密对内军十分满意，常说：“此八千人可当百万。”《旧唐书·程知节列传》此后程咬金改名为程知节，大业十三年（617年）十月，正在瓦岗军新老势力矛盾逐渐尖锐化之际，李密抢先下毒手，设计斩杀了翟让，独掌大权。
唐武德元年（618年）九月，隋洛阳守将王世充挑选精锐兵马2万余人，马2000余匹，屯兵通济渠（今河南孟县境内）南，在渠上架起三座桥，以便与瓦岗军决战。李密在邙山南麓摆阵迎战王世充，程知节领内马军，与李密安营在北邙山（今河南洛阳市北）上，单雄信则领外马军，安营在偃师城（今河南偃师东）北。王世充部队到达后，立即派出数百骑兵攻打单雄信。李密遂派程知节和裴行俨前去支援。裴行俨率先冲向敌阵，结果中流矢坠马。程知节前去营救，立杀数人，王世充军稍退，他乘机抱起裴行俨撤退。由于载了两个人，程知节的战马负担过重，被王世充军追上。程知节不忍将裴行俨丢下，结果被一槊刺中，“刺槊洞过”，程知节回身折断其槊，将执槊之敌斩于马下，王世充军不敢追赶，二人这才返回本军。此战，由于李密指挥不利，瓦岗军包括程知节和裴行俨在内，共十余员骁将遭受重创，实力大损。不久，李密战败降唐，瓦岗义军失败。
瓦岗军失败后，程知节和许多将领因走投无路，而降于王世充。王世充得到程知节后，接遇甚厚。虽然如此，但是二人皆不满王世充多诈。程知节曾对秦叔宝说：“世充器度浅狭，而多妄语，好为咒誓，乃巫师老妪耳，岂是拨乱主乎？”《旧唐书·程知节列传》秦叔宝亦有同感，于是两人开始找机会离开王世充。
武德二年（619年）闰二月十九日，王世充率部进犯唐朝谷州（治新安，今属河南），王世充任命程知节为将军，还任命秦叔宝为龙骧大将军。王世充与唐军交战于九曲（今河南宜阳西北）。程知节、秦叔宝、吴黑闼、牛进达等都带兵上阵，率几十个亲信骑马向西跑了一百来步，然后下马向王世充行礼，说道：“荷公接待，极欲报恩。公性猜贰，傍多扇惑，非仆托身之所，今谨奉辞。”《旧唐书·程知节列传》随即投奔唐军。王世充慑于二人的威名，不敢追逼。
二人归唐后，唐高祖李渊让他们跟随秦王李世民。李世民久闻二人之名，十分尊重他们，任命程知节为秦王府左三统军，秦叔宝则为马军总管。同李密一样，李世民也在全军中挑选了千余精锐骑兵，皆着黑衣黑甲，分左右队，由程知节、秦叔宝、尉迟敬德、翟长孙等骁将统领，号称玄甲队。每次冲锋陷阵，李世民都披上黑甲亲率玄甲队作为先锋，伺机进击，所向披靡，敌人畏惧。从此，程知节在李世民手下作战，程知节随李世民破宋金刚、窦建德、王世充，又任左一马军总管，每次作战都奋勇争先。因功封为宿国公。如武德四年（621年）正月，在洛阳外围作战中，行台仆射屈突通、赞皇公窦轨带兵巡营，猝与王世充军遭遇，交战不利，李世民即率玄甲队驰赴救援，大败王世充军，俘其骑将葛彦璋，斩俘6000余人，王世充逃回洛阳。到武德七年（624年），唐击败各割据势力和农民起义军，统一天下。
从太原起兵到统一全国过程中，李世民屡建奇勋，威望很高，并形成了以秦王府谋士和勇将为核心的实力雄厚的政治集团，程知节便是其中之一，对太子李建成构成严重威胁。李建成为保住太子地位及皇位继承权，与齐王李元吉结交，共同反对李世民。由于程知节是李世民的骨干，李建成便欲除之。武德七年，李建成向唐高祖进献谗言，程知节被外放任康州刺史。程知节对李世民说：“大王手臂今并翦除，身必不久。知节以死不去，愿速自全。”《旧唐书·程知节列传》此后两年间，史书上无程知节的记载，不过估计程知节并没离开秦王府。
武德九年六月，李建成在夜宴酒中下毒，致使李世民心中暴痛，吐血数升。时突厥郁射设率数万骑兵入塞，围攻乌城（今山西盂县西北）。李建成乘机推荐李元吉代李世民督诸军北征，李渊命其率右武卫大将军李艺等前去救援。李元吉奏请抽调秦王府勇将程知节、尉迟敬德、段志玄和秦叔宝等随军，以消弱李世民实力，然后乘机将其除掉。李世民得知李建成欲於为李元吉饯行时杀害他，遂与文臣武将商议，决定先发制人。四日清晨，李世民率程知节等伏兵玄武门内（长安太极宫北面正门），伏杀太子李建成、齐王李元吉，夺取了皇位继承权。初七，李渊立李世民为皇太子。十二日，李世民封赏功臣，程知节拜太子右卫率。七月，程知节迁右武卫大将军。八月初八，李渊退位。初九，李世民即皇帝位，是为唐太宗。十月，唐太宗大封功臣，程知节食实封七百户。
贞观中，程知节历任泸州（治泸川，今四川泸州市）都督，左领军大将军。与长孙无忌等人世袭刺史，改封卢国公，授普州刺史。
贞观十七年（643年）二月二十八日，唐太宗命人画二十四功臣图于凌烟阁，皆真人大小，程知节名列其中，位于第十九名。
同年，程知节转任左屯卫大将军，检校宫城北门驻军，加封为镇军大将军。
唐高宗永徽六年（655年），程知节迁左卫大将军。同年五月十四日，程知节授为葱山道行军大总管，讨伐西突厥沙钵罗可汗。
显庆元年（656年）正月，唐高宗至玄武门，为程知节饯行。八月初九，程知节进讨西突厥，在榆慕谷（今北疆）大败歌逻禄、处月二部，斩首千余级。副总管周智度进攻突骑施、处木昆等部，攻下咽城，斩首3万级。
十二月，程知节引军至鹰娑川（即今新疆焉耆都开河上游）遇西突厥2万骑，别部鼠尼施等2万骑余骑继至。前军总管苏定方率500精骑冲乱其阵脚，西突厥大败。唐军追击20余里，斩俘1500余人，缴获军资、马匹漫山遍野，不计其数。此时本应乘胜追击，但副大总管王文度嫉妒苏定方的战功，对程知节说：“虽云破贼，官军亦有死伤，盖决成败法耳，何为此事？自今正可结为方阵，辎重并纳腹中，四面布队，人马被甲，贼来即战，自保万全。无为轻脱，致有伤损。”（《旧唐书·苏定方列传》）又假传旨意，说程知节“恃勇轻敌，委文度为之节制。”《资治通鉴·卷第二百》程知节遂停止了追击，未能取得更大战果。
唐军由于连日征战，士卒终日跨马披甲结阵，不胜疲顿，战马也多瘦死，军无斗志。苏定方对程知节说：“本来讨贼，今乃自守，马饿兵疲，逢贼即败。怯懦如此，何功可立！又公为大将，阃外之事，不许自专，别遣军副，专其号令，理必不然。须囚絷文度，飞表奏之。”《旧唐书·苏定方列传》但程知节没有听从。
唐军进抵怛笃城（今哈萨克东南），数千胡人归附。王文度认为：“比我兵回，彼还作贼，不如尽杀，取其资财。”但苏定方反对道：“如此，自作贼耳，何成伐叛？”《旧唐书·苏定方列传》程知节受王文度的蛊惑，不顾苏定方的反对，下令屠城，抢掠城中的财物而去。全军只有苏定方一人一无所取。回京后，王文度谎言被拆穿，按罪当斩，靠贿赂才得以免官为民。程知节也因指挥不利而被免官为民。
不久，高宗念及旧功，又授予程知节为岐州（治雍县，今陕西凤翔）刺史。程知节以年事已高，请求退休，得到批准。
麟德二年（665年），程知节病逝。朝廷追赠骠骑大将军、益州大都督，陪葬昭陵。其子程处默，袭卢国公爵；程处亮，以功臣之子娶太宗女清河公主，授驸马都尉、左卫中郎将；少子程处弼，官至右金吾将军。
侯君集自幼“性矫饰，好矜夸，玩弓矢而不能成其艺，乃以武勇自称。”（《旧唐书·侯君集列传》）很早就成为秦王李世民的幕府，多次随军出征，历任左虞侯、车骑将军，封全椒县子。此后渐受恩遇，参预谋议。
侯君集母窦氏墓志（11张）由于秦王李世民从太原起兵到统一全国过程中，屡建奇勋，威望很高，并形成了以秦王府谋士和勇将为核心的实力雄厚的政治集团，对太子李建成构成严重威胁。李建成为保住太子地位及皇位继承权，与齐王李元吉结交，共同反对李世民。在此危急时刻，侯君集曾多次向李世民献计献策，成为李世民的骨干。武德九年（626年）六月四日清晨，李世民率侯君集、长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等发动玄武门（长安太极宫北面正门）政变，伏杀太子李建成、齐王李元吉。初七，唐高祖李渊立李世民为皇太子。
由于侯君集是玄武门事变的主要策划者之一，立有大功，所以李世民对其进行了重赏。七月初七，任命侯君集（时任左卫副率）为左卫将军。八月初八，李渊退位。初九，李世民即皇帝位，是为唐太宗。九月，又封侯君集为潞国公。十月，唐太宗大封功臣，再赐封侯君集食邑一千户。贞观四年（630年）十一月，侯君集又任兵部尚书，参议朝政。
自唐朝建国后，吐谷浑军多次袭扰唐西北边境。贞观八年（634年），吐谷浑伏允可汗依其臣天柱王之谋，进袭唐廓（治化隆，今青海化隆西南）、兰州，使唐通往西域的咽喉河西走廊受到威胁。六月，唐遣左骁卫大将军段志玄率军反击，追至青海湖后班师。十一月十九日，吐谷浑再次寇扰凉州（治姑臧，今甘肃武威）。唐太宗大为震怒，下决心大举征伐吐谷浑。十二月初三，起用已致仕的右仆射李靖为西海道行军大总管，以侯君集为积石道行军总管，礼部尚书任城郡王为鄯善道行军总李道宗，同时出征的还有凉州都督且末道行军总管李大亮、岷州都督赤水道行军总管李道彦、利州刺史盐泽道行军总管高甑生和归唐的东突厥契苾何力等军。
贞观九年（635年）三月，侯君集师次鄯州（治西都，今青海乐都）。闰四月初八，李道宗在库山（今青海湖东南）击败吐谷浑军。伏允烧尽野草，轻兵入碛。唐军诸将认为，“马无草，疲瘦，未可深入。”唯独侯君集认为：“不然。者段志玄军还，才及鄯州，虏已至其城下。盖虏犹完实，众为之用故也。今一败之后，鼠逃鸟散，斥候亦绝，君臣携离，父子相失，取之易于拾芥，此而不乘，后必悔之。”（《资治通鉴·卷第一百九十四》）李靖采纳了侯君集的意见，分兵两路追击，自率李大亮、薛万均等部由北路切断其通往祁连山的退路，并迂回至伏俟城；侯君集、李道宗等部由南路追截南逃的吐谷浑军。李靖一路进展顺利，二十三日在曼头山（今青海共和西南一带）、二十八日在牛心堆（今青海西宁西南）、接着又在赤水源（今青海兴海东南）接连获胜。侯君集和李道宗率南路唐军在沓无人烟地区行军2000余里，途经无水无草的破罗真谷（在今青海都兰东南一带）时，只能“人龀冰、马瞰雪”，于五月间在乌海（今青海苦海）追上伏允可汗，大破其众，俘其名王骁将。伏允可汗向西败走，准备渡突伦川（又称图伦碛，今新疆塔克拉玛干沙漠），投奔于阗。李靖部将契苾何力闻讯，率骁骑追上伏允可汗，伏允可汗侥幸脱逃，五月，在走投无路的绝境中自缢身亡。南路唐军继续进逾星宿川（即今青海黄河上源星宿海），至柏海（今青海鄂陵湖或扎陵湖）与李靖军胜利会师。伏允之子大宁王慕容顺斩天柱王，率部归唐，被封为甘豆可汗、西平郡王，吐谷浑成为唐朝属国，唐西北边境从此得到安定。此战，唐军采用侯君集提出的分进合击，穷追猛打等战法击败吐谷浑军，是战争胜利的根本原因。
吐谷浑甘豆可汗长时间在唐朝做人质，国内百姓皆不归附，竟被部下人杀死。其子燕王诺曷钵立为可汗。诺曷钵年幼，大臣们争权夺势，国内一片混乱。十二月，太宗诏令侯君集等领兵援助。并事先派使者宣谕劝解，如有不遵从诏令的，相机予以讨伐。此后，内乱遂平。
贞观十一年（637年），侯君集与长孙无忌等俱受世封，授君集陈州刺史，改封陈国公。
贞观十二年（638年），侯君集拜吏部尚书，进位光禄大夫。侯君集行伍出身，从未学文，担任吏部尚书后，开始认真读书。“典选举，定考课，出为将领，入参朝政，并有时誉。”（《旧唐书·侯君集列传》）
早在贞观八年时，吐蕃赞普（吐蕃君主的专用称号）松赞干布听说突厥及吐谷浑均娶唐朝公主，也遣人随唐使冯德遐入唐，多带金宝，奉表求婚，唐太宗李世民未许。使者回报说是吐谷浑王离间所致。松赞干布大怒，即发兵击败吐谷浑、党项、白兰诸羌。贞观十二年八月，吐蕃军号称20余万进屯唐松州（治嘉城，今四川松潘）西境，遣使进贡金帛，声称来迎娶公主。都督韩威匆忙率军出战，大败而归。羌族首领、唐阔州刺史别丛卧施、诺州刺史把利步利相继举州降蕃。二十七日，唐太宗即派侯君集为当弥道行军大总管，负责战事。二十九日，唐太宗又以右领军大将军执失思力为白兰道行军总管，左武卫将军牛进达为阔水道行军总管、右（一说左）领军将军刘兰为洮河道行军总管，率步骑兵5万人进击（参见松州之战）。九月初六，牛进达夜袭吐蕃军，迫其撤军。松赞干布遣使到长安谢罪，并再次请求通婚。太宗应允。贞观十五年（641年）正月，唐以文成公主嫁于松赞干布。
西域高昌国（都高昌城，今新疆吐鲁番东南高昌旧址）王麴文泰早在贞观四年就曾亲自到长安觐见唐太宗，贡献方物。后麴文泰依附西突厥，阻遏西域各国通过其境向唐入贡，并发兵袭扰内附的伊吾（都今新疆哈密）、焉耆（都员渠，今新疆焉耆西南）等国。由于高昌位于唐王朝通往西域各国的交通要道，地理位置重要，故唐太宗决心除掉这个障碍。贞观十三年（639年），唐太宗征召麴文泰入朝，麴文泰称疾不至。十二月初四，唐太宗诏令侯君集为交河道行军大总管，左屯卫大将军薛万均为副总管，率步骑数万及突厥、契苾之众征讨高昌（参见唐灭高昌之战）。
贞观十四年（640年）八月，麴文泰闻唐廷已起兵，遂对国人说：“唐国去此七千里，涉碛阔二千里，地无水草，冬风冻寒，夏风如焚。风之所吹，行人多死，当行百人不能得至，安能致大军乎？若顿兵于吾城下，二十日食必尽，自然鱼溃，乃接而虏之，何足忧也！”（《旧唐书·侯君集列传》）及唐军在熟悉当地地形的契苾何力引领下抵达碛口（似为今新疆轮台地区）时，麴文泰忧惧而死，其子麴智盛即位。
侯君集率兵进至柳谷（今新疆吐鲁番西北）时，探马禀报说文泰近日即将安葬，高昌国内人士都聚集在葬地。诸将闻听此报，请求趁机进行突袭。侯君集则认为：“不可，天子以高昌骄慢无礼，使吾恭行天罚，今袭人于墟墓之间，非问罪之师也。”（《旧唐书·侯君集列传》）于是擂鼓进军，进抵田地城（今新疆鄯善西南鲁克沁）。高昌固城自守，侯君集下书谕之，高昌守军也不回应。侯君集遂于清晨发动进攻。在出征前，唐太宗深道在远离中原作战，即无援军，又无后勤保障，所以必须速战速决，为此唐太宗征集了一些善于制造攻城器械的工匠从军。“君集遂刊木填隍，推撞车撞其睥睨，数丈颓穴，抛车石击其城中，其所当者无不糜碎，或张毡被，用障抛石，城上守陴者不复得立。”（《旧唐书·侯君集列传》）到了中午时便攻下田地城，俘男女7000余人。
侯君集随即命中郎将辛獠儿为前锋，于当夜直趋高昌城。麴智盛率军迎战，被击败后退保都城。唐军力继至，直抵其城下。麴智盛走投无路，便给君集来信说：“有罪于天子者，先王也。天罚所加，身已丧背。智盛袭位未几，不知所以愆阙，冀尚书哀怜。”侯君集答复道：“若能悔祸，宜束手军门。”（《旧唐书·侯君集列传》）但麴智盛仍坚守不出。侯君集遂命将士填堑攻城，又造高5丈可以俯瞰城内的巢车，对城内动静了如指掌。城内行人走动以及飞石所中目标，在巢车上的人都大声告知唐军，以至高昌人皆在屋中躲避飞石。奉命前来救援高昌的西突厥军畏惧唐军威势，也在可汗浮图城（今新疆吉木萨尔北破城子）投降。麴智盛见大势已去，被迫于八月初八开门出城投降。侯君集继续分兵略地，共攻下3郡、5县、22城，得户8046，人口3.77万，马4300匹，占地东西800里，南北500里。唐在其地置西州，在可汗浮图城置庭州。二十一日，又置安西都护府于交河城（今新疆吐鲁番西北雅尔湖村附近），留兵镇守，而后刻石纪功而还。此战，唐打通了去西域各国的通道，促进了和西方诸国的联系，同时也起到遏制西突厥的作用。
侯君集征讨高昌时，曾派人约焉耆（都员渠，今新疆焉耆西南）与他们合围高昌，焉耆国表示愿意听命。待到攻克高昌后，焉耆王到唐朝军队营地拜见侯君集，并请求归还曾经被高昌夺去的三座城池，侯君集禀报朝廷后，将三城连同高昌所掠的焉耆百姓如数归还。从而保持了两国之间的良好关系。
九月，侯君集带高昌王智盛及其贵族大臣还朝。至此，唐朝疆域“东极于海，西至焉耆，南尽林邑，北抵大漠，皆为州县，凡东西九千五百一十里，南北一万九百一十八里。”（《资治通鉴·卷第一百九十五》）
十二月初五，侯君集将高昌俘虏带到观德殿。唐太宗非常高兴，在朝中大摆宴席，三日才散。
侯君集灭高昌国时，由于没有奏请朝廷便自作主张委任官员，同时还私自掠夺大量的珍奇宝物、妇女，手下将士知道后，竞相偷盗，侯君集恐其事被发，不敢制止。此时有司以此事对其进行弹劾，唐太宗遂下诏将侯君集等人拿入狱中。中书侍郎岑文本认为功臣大将不可轻加屈辱，便上疏道：君集等或位居辅佐，或职惟爪牙，并蒙拔擢，受将帅之任，不能正身奉法，以报陛下之恩。举措肆情，罪负盈积，实宜绳之刑典，以肃朝伦。但高昌昏迷，人神共弃，在朝议者，以其地在遐荒，咸欲置之度外。唯陛下运独见之明，授决胜之略，君集等奉行圣算，遂得指期平殄。若论事实，并是陛下之功，君集等有道路之劳，未足称其勋力。而陛下天德弗宰，乃推功于将帅。露布初至，便降大恩，从征之人，皆沾涤荡。及其凯旋，特蒙曲宴，又对万国，加之重赏。内外文武，咸欣陛下赏不逾时。而不经旬日，并付大理，虽乃君集等自挂网罗，而在朝之人未知所犯，恐海内又疑陛下唯录其过，似遗其功。臣以下才，谬参近职，既有所见，不敢默然。臣闻古之人君，出师命将，克敌则获重赏，不克则受严刑。是以赏其有功也，虽贪残淫纵，必蒙青紫之宠；当其有罪也，虽勤躬洁己，不免鈇钺之诛。
故《周书》曰：‘记人之功，忘人之过，宜为君者也。’昔汉贰师将军李广利损五万之师，糜亿万之费，经四年之劳，唯获骏马三十匹。虽斩宛王之首，而贪不爱卒，罪恶甚多。武帝为万里征伐，不录其过，遂封广利海西侯，食邑八千户。又校尉陈汤矫诏兴师，虽斩郅支单于，而汤素贪盗，所收康居财物，事多不法，为司隶所系。汤乃上疏曰：‘与吏士共诛郅支，幸得擒灭。今司隶乃收系案验，是为郅支报仇也。’元帝赦其罪，封汤关内侯，赐黄金百斤。又晋龙骧将军王浚有平吴之功，而王浑等论浚违诏，不受节度，军人得孙皓宝物，并烧皓宫及船。浚上表曰：‘今年平吴，诚为大庆，于臣之身，更为咎累。’武帝赦而不推，拜辅国大将军，封襄阳侯，赐绢万匹。近隋新义郡公韩擒虎平陈之日，纵士卒暴乱叔宝宫内，文帝亦不问罪，虽不进爵，拜擒虎上柱国，赐物八千段。由斯观之，将帅之臣，廉慎者寡，贪求者众，是以黄石公《军势》曰：‘使智，使勇，使贪，使愚。故智者乐立其功，勇者好行其志，贪者邀趋其利，愚者不计其死。’是知前圣莫不收人之长，弃人之短，良为此也。臣又闻，夫天地之道，以覆载为先；帝王之德，以含弘为美。夫以区区汉武及历代诸帝，犹能宥广利等，况陛下天纵神武，振宏图以定六合，岂独正兹刑网，不行古人之事哉！伏惟圣怀，当自己有斟酌。臣今所以陈闻，非敢私君集等，庶以萤爝末光，增晖日月。倘陛下降雨露之泽，收雷电之威，录其微劳，忘其大过，使君集重升朝列，复预驱驰，虽非清贞之臣，犹是贪愚之将。斯则陛下圣德，虽屈法而德弥显；君集等愆过，虽蒙宥而过更彰。足使立功之士，因兹而皆劝；负罪之将，由斯而改节矣。（《旧唐书·侯君集列传》）
文中岑文本列举了几位名将的事迹，唐太宗看后，觉得岑文本言之有理，便开释了侯君集等人。侯君集本以为两番出征西域，战功卓著，应受嘉奖，结果却因贪污而被下狱，因此心中不平，虽然后来被释放，但心情郁闷，怏怏不乐，渐有反叛之心。
贞观十七年（643年）二月十二日，功臣张亮由原职太子詹事被调出朝廷，任洛州（治洛阳，今河南洛阳东北）都督。侯君集认为是受到了排挤，遂用言语相激道：“何为见排？”张亮回答说：“是公见排，更欲谁冤！”侯君集又说道：“我平一国，还触天子大嗔，何能抑排！”因而挽起袖子说道：“郁郁不可活，公能反乎？当与公反耳。”（《旧唐书·侯君集列传》）张亮马上将此事密报给唐太宗，唐太宗对张亮说：“卿与君集俱是功臣，君集独以语卿，无人闻见，若以属吏，君集必言无此。两人相证，事未可知。”（《旧唐书·侯君集列传》）唐太宗便将此事压下。
其实唐太宗对侯君集谋反之事早有察觉，起初，唐太宗让李靖教授侯君集兵法，侯君集对太宗说：“靖且反，兵之隐微，不以示臣。”唐太宗又问李靖，李靖说：“方中原无事，臣之所教，足以制四夷，而求尽臣术，此君集欲反耳。”（《新唐书·侯君集列传》）
后在平定高昌的庆功宴上，江夏王李道宗也曾对唐太宗说：“君集智小言大，举止不伦，以臣观之，必为戎首。”唐太宗问道：“何以知之？”李道宗回答：“见其恃有微功，深怀矜伐，耻在房玄龄、李靖之下。虽为吏部尚书，未满其志，非毁时贤，常有不平之语。”唐太宗说：“不可亿度，浪生猜贰。其功勋才用，无所不堪，朕岂惜重位？第未到耳。”（《旧唐书·李道宗列传》），对待侯君集应是一如既往。
二月二十八日，唐太宗命人画二十四功臣图于凌烟阁，皆真人大小，侯君集名列其中，位于第十七名。
时太子李承乾屡有过失，担心被废。李承乾得知东宫府千牛贺兰楚石为侯君集的女婿，又知侯君集对唐太宗一直有积怨，便多次让贺兰楚石带侯君集到东宫，向他询问自保之策，侯君集认为太子愚昧低能，便想乘机利用他，于是劝李承乾谋反，参与了李承乾的谋反集团。曾举起手来对太子说：“此好手，当为用之。”（《旧唐书·侯君集列传》）此外还派遣贺兰楚石对李承乾说：“魏王得爱，陛下若有诏召，愿毋轻入。”（《新唐书·侯君集列传》）李承乾非常赞同此言。用重礼贿赂侯君集以及左屯卫中郎将李安俨，让他们刺探唐太宗的心思，一有动静便告诉他。
侯君集自从参与此事后，为此事焦虑不安，常在睡梦之中突然跳起来，长时间地唉声叹气。其妻感到奇怪，便对他说：“公，国之大臣，何为乃尔？必当有故。若有不善之事，孤负国家，宜自归罪，首领可全。”（《新唐书·侯君集列传》）但侯君集此时已是箭在弦上，不得不发了。
四月初一，李承乾的行动被人告发，侯君集被下狱，此时贺兰楚石又告发他谋反的事。唐太宗召见侯君集说：“我不欲令刀笔吏辱公，故自鞫验耳。”侯君集起初不认罪。唐太宗便召见贺兰楚石详细陈述始末原委，又拿出与李承乾来往的书信启给他看，侯君集理屈词穷，只得服罪。侯君集依律当满门抄斩，但侯君集在战争年代战功卓著，一直是唐太宗的心腹大臣，所以唐太宗不想杀侯君集，便对文武百官求请道：“往者家国未安，君集实展其力，不忍置之于法。我将乞其性命，公卿其许我乎？”但大臣们都认为：“君集之罪，天地所不容，请诛之以明大法。”唐太宗只好对侯君集说：“与公长诀矣，而今而后，但见公遗像耳！”（《旧唐书·侯君集列传》）说罢，潸然泪下。侯君集也磕头表示服罪。
四月初六，侯君集因谋反被杀，并没收了他所有的家产。临刑前，侯君集从容不迫，对监斩官说：“君集岂反者乎，蹉跌至此！然尝为将，破灭二国，颇有微功。为言于陛下，乞令一子以守祭祀。”（《旧唐书·侯君集列传》）唐太宗闻之，特意开恩，留下了他的妻子和一个儿子，将他们迁到岭南（今广东钦山港）。
