在《西游记》研究中，各种主题说——如宗教寓意说、游戏说、矛盾说、转化说、反动说、人民斗争说、歌颂市民说、安天医国说、诛奸尚贤说等等，不一而足，各从不同的角度，提供了对文本的诠释。
本文将用叙事学的方法来剖析一下《西游记》的文本层次问题。《西游记》实是一个多重意指的寓言架构。
第一，表层结构。所谓表层结构，是直接浮于故事表层的、一望即知的，是故事直接明示的部分，不需要阐释者另作话语转换和意义重构的部分。《西游记》的表层结构就是这一取经过程、取经人的出身、经历、遭遇、结果等事件序列所构成的意义。取经之于取经人是一个自我贬降——接受考验——屡经磨难——达成正果——重返神界的历程。
《西游记》在成书的过程中受儒、释、道“三教合一”的思想影响，讲述一个从“放心”到“归心”、从“有心”到“无心”、从“多心”到“一心”的炼魔过程。从惠能创造“新禅宗”之后，佛教便与新儒家思想相结合了，一方面倡导“入世苦行”，另一方面吸收新儒家“教忠教孝”。道家思想的无处不在，更使作家在创作时无可回避。所以，取经之于取经人，既是一个灵魂救赎的过程，又是一个人格修炼的过程。
取经队伍一行四人及白龙马，都是神佛界的人物，皆因误犯禁令而被贬落人间，金禅子因无心听佛讲禅而被贬落凡尘成为玄奘，孙悟空则因大闹天宫而被压五行山下；猪八戒原为天蓬元帅，因酒后调戏嫦娥而遭贬，误投猪胎而成为猪；沙僧原为卷帘大将，因失手打破玻璃盏被贬流沙河；白龙马是西海龙王之子，因纵火烧了殿上明珠而触天怒，被贬鹰愁涧。后都经受菩萨“劝化”“戒行”而踏上西行之路。取经对他们而言，是“将功折罪”，“改邪归正”的灵魂救赎行为，“了悟真如”跳出“性海流沙”，达到“浑无挂碍”的超越之路。只有历经这样的磨难与提升，方能修成“正果”。取经又是人格修炼的必经之途。在灵魂救赎的同时达到了人格的修炼。所以这一修炼主要表现为苦志弘毅，去念正心，取经路上所遇九九八十一难就是苦行苦修以达“正果”所必然遭逢的磨难和痛苦。
西天取经在小说中被视为一项奉旨而行的神圣使命和普度众生的崇高事业。它虽是以宗教的形式出场，内里却与儒家的实践理性精神相通，演绎的是“士不可以不弘毅，任重而道远”的事业心、责任心、使命感、意志力。因此，西去途中八十一难的设置，使他们经受了性命攸关的生死考验，亦让他们经历意志磨炼的世俗考验，磨炼成心诚志坚、一心向佛之人。如第23回“三藏不忘本，四圣试禅心”，黎山老母与观音、普贤、文殊菩萨一行四众为考验取经人的意志力，变作母女四人，以金钱美色相诱。“三藏闻言，推聋装哑，瞑目宁心，寂然不答”，“好便似雷惊的孩子，雨淋的虾蟆”；孙悟空未进山庄就已见“半空祥云笼罩，瑞霭遮盈。情知定是佛仙点化”；沙僧自从跟定唐僧，也是一心一意；只有八戒“闻得这般富贵，这般美色，他却心痒难挠，坐在那椅子上，一似针戳屁股，左扭右扭的，忍耐不住”，最终因“淫心斋乱”神魂颠倒而受到惩罚。众菩萨以此告诫唐僧师徒“从此静心须改过，若生怠慢路途难”。
小说还专为孙悟空设置了一回净心除魔的内容，孙悟空一路虽有“紧箍”控制，但时有对如来的设难、唐僧的执拗、迂腐、好坏不辨的抱怨，在第62回“涤垢除心乃扫塔，缚魔归主乃修身”中让六耳猕猴与悟空难辨真假，打了师父，抢了文牒，变出师徒四人自去取经。说是妖魔，这又何尝不是悟空的心生积怨而隐藏的念头？最后，“九九数完魔来尽，三三行满道归根”（第98回），终于走完全程，乘“无底船”，跨凌云渡，丢弃臭皮囊，脱胎换骨，修成正果。这一路是“修心”“养性”的过程，通过这一过程，培养了自律意识，苦行精神，理性信仰和人格自觉，既符合佛教“明心见性”之旨，又符合道教“修心炼性”和儒家“存心养性”之学，最后摆脱私欲的限制，把灵魂引向“净土”。
第二，《西游记》的内容结构或是思想指向性，大致可总结出是对现实世界的批判与对理想世界的追求。鲁迅先生在《中国小说史略》中指出：《西游记》“讽刺揶揄则取当时世态，加以铺张描写”，“虽述变幻恍惚之事，亦每杂解颐之言，使神魔皆有人情，精魅亦通世故，而玩世不恭之意寓焉。”《西游记》的神魔世界是现实世界的反映，现实世界是基础，现实世界以另一种方式存在于神魔世界中。作者以调讽的叙事格调，给人以“但觉好玩”的阅读效果，神圣的取经大事也就被可能解读出特别的内容来。这种笔调实是透出作者对社会人生及传统观念的一种价值消解，是对现世的拒绝和对自我的认同，传递出作者对现世的不满和激愤的情绪。
吴承恩老困场屋，仕途不利，空有一腔报国志，到了做得个渔家翁。作者在政权体系边缘审视社会，固有的责任感和救世意识，借助唐僧取经故事表现出来。从作家对取经缘起的交代就能明显看出：
首先，如来佛张开眼看“那南赡部洲者，贪淫乐祸，多杀多争，正所谓口舌凶场，是非恶海”（第8回），佛祖慈悲为怀，欲传三藏真经与东土，又怕“那方众生愚蠢，毁谤真言，不识我法门之旨要，怠慢了瑜迦之正宗。”命菩萨去东土寻一个善信，教他苦历千山，询经万水，到西天求取真经，以“永传东土，劝化终生”（第8回）。在第98回小说又经如来之口再次指出南赡部洲，“只因天高地厚，物广人稠，多贪多杀，多淫多诳，多欺多诈；不遵佛教，不向善缘，不敬三光，不重五谷；不忠不孝，不仁不义，瞒心昧己，大斗小秤，谋害杀生，造下无边之孽，罪盈恶满，致有地狱之灾。所以永堕幽冥，受那许多碓捣磨舂之苦，变化畜类。有那许多披毛顶角之形，将身还债，将肉饲人，其永堕阿鼻，不得超升者，皆此之故也。虽有孔氏在彼立下仁义礼智之教，帝王相继，治有徒流绞斩之刑，其如愚昧不明，放纵无忌之辈何耶？我今有经三藏，可以超脱苦海，解释灾愆。”这里明白无误地指出，儒法虽在教化与治国方面有其作用，但在收拾人心上却需要佛法相助。
其次，唐王游地府时，被枉死城中无数因他而死的冤魂纠缠，难以脱身，答应返阳后做一“水陆大会”，超度亡灵。做此道场一是为政治救赎，二是要借佛教之义理而保江山之永固。但“小乘佛法”度不得亡者升天，必得西天拜取大乘三藏真经，如此方能“超亡者升天，能度难人脱苦，能修无量寿身，能作无来无去。”（第12回）有普度众生的情怀，就有需要拯救的灵魂。同时个体的行为就变成了政府行为，那么，唐僧的取经拜佛的诚心里自也包含了“忠君”的思想，不敢辜负君恩。这一原因的建构不仅表达了作者的道德关怀，而且表达了他的政治关怀。
众所周知，明中叶以来，随着商品经济的急遽发展，思想领域中禁欲主义的突破和传统价值的瓦解，人们仿佛一下子找不到了精神的立足点，无所依凭，人欲放纵，道德沦丧，贪淫乐祸、多欺多诈，出现了从未有过的文化失控，知识分子手足无措，处此社会的作者无疑也在寻找道德重建和思想整合的出路，唐僧取经故事也是试图以“三教合一”的思想内涵来为社会提供一种宗教信仰和终极关怀。因为道德的重建，必须要有一种宗教伦理来羁约人心，将人从现世利益的关怀中拯救出来，弥合传统断裂所造成的缝隙。
但现实不容回避，孙悟空一路所遇妖魔横生，所到国家国君无道，群臣不贤，稍微有点道行的妖魔都贪婪无度，争吃唐僧肉，可见其对所处社会的观照。在取经之前的大闹天宫中，天宫诸将也都是只会作揖施礼之辈，无半点善谏。佛祖之前也多是哼哈二将，阴曹地府也是讲关系畏权势——唐太宗因要与泾河龙王三曹对案，被捉回阴司，因遇魏徵旧识，又有魏徵书信，不仅被礼待，且被送还阳间，又多得阳寿二十年（第11回），将矛头直指传统的世俗观念和民间信仰，阿傩伽叶二尊者因为唐僧没有人事可送，便只给些无字经书，最后送上“金钵盂”方得经文。
再次，孙悟空一路所降之妖魔鬼怪竟个个有来头，有背景，霸占黑水河的鼍龙是西海龙王的外甥（第43回），金鼻白毛老鼠精，是托塔天王的干女儿（第83回），狮驼山的三怪大鹏是如来的母舅（第77回），金毛狮是观音的坐骑（第71回）等等，每当悟空历尽千辛调动各种关系要打杀妖怪时，便有各路有头脸的神仙来带走那妖怪，不是坐骑，就是有用之物，被包庇。这中间的叙述语言又多讽谑，建构中又多包含解构的成分。如普度众生的观音与悟空的调笑，八戒不失时机的投机耍滑。在这一过程中，涉及到“三教合一”的宗教伦理时，他的态度是严肃的，而面对现实感到无望时，又开始了玩世不恭的调讽之语，只有在对现实世界有着清醒而深刻的认识，对世俗人情和风俗习惯具有强烈的批判意识，才会有这种态度。
第三，在探究深层结构时，我们试图挖掘人性的开启与整合的内容。大闹天宫是表达作家对社会不满想要打破现有秩序的一种强烈愿望。众多研究者从社会政治学的角度指出这一情节隐含着“农民起义”的影子。关心政治是历代知识分子共有的情结，以致形成一种“政治无意识”，支配着作家的创作。这从他欲自封为“齐天大圣”的造反意象中，从“皇帝轮流做，明年到我家”的夺权意识，从对君主昏庸、群臣无能的政治指向中，从统治阶级采用的招安政策中，均可见出农民起义的原型。
从人类文化学的角度来看，这也是对父权制度的反叛，对外在权威的抗拒，对人类自由的追求，对人格独立的向住，对个体尊严的维护。所以让孙悟空是一个天生的石猴，是一个“自然”之子，这就意味着他未被传统父权文化的理性熏染。所以，他渴望自由，要求平等，要打破限制——空间和时间的限制，打破一切旧有的秩序。他漂洋过海找到师傅，回答师傅“一生无性”，“无父无母”，正说明他没有“文化”传承与习染，无父无母就可以无“礼”的约束。他之所以敢大闹天宫，和作为“父亲”象征的玉皇大帝作对，敢于大闹王母娘娘的蟠桃会，其原因正在于此。因此他的“大闹天宫”，正是对人类“童年”的展现，对“父亲”权威的拒斥，对文明规训的反抗。“天宫”在这里是“文明”的象征，“父权”制的隐喻。代表至高无上的父权的玉帝的工作就是扼制对他的权力构成挑战，对他的统治形成威胁，因此必然要发兵围剿，并请如来伸手将悟空压在“五行山下”。“五行”是秩序，“山”是权力，这“五行山”不仅要压制身体，更是压制其心——“五行山下定心猿”。玉皇大帝是“外在权威”的化身，如来佛祖则是“精神信仰”的象征，在培植人的观念和服从意识中，二者缺一不可，不过当外在权力毫无办法时，还需心理信仰来对其控制。所以要给孙悟空戴上紧箍咒，让他历经磨难达到“归心”。人类“童年”的欢乐就此失去。
然而随着历史的发展与文明的胜利，人类逐渐忘却了这种快乐，沉浸在这种权力的统治中。只有想象才能告诉我们可能存在的东西，孙悟空不仅是对政治伦理的反抗，而且是对人类文明异化与文化压抑的对抗。这一过程最终也是被规训和整合了。
猪八戒的形象在当代人眼里是师徒四人中最可亲的，一个重要原因就在于猪八戒身上体现出的多重人格及无意识区域的展开。猪八戒形象的塑造突破了明清小说塑造形象的类型化模式，突破了人物道德化、符号化的樊篱，以善意的讽刺，提示出人类内心世界的真实面目。
人性中自私甚至有点卑污的一面在道学家看来是要全力克服的，但在小说中却表现为一种人性中的自然本能。因此八戒身上的弱点非但不丑陋，反而增添了真实感，呈现出八戒独有的一份坦率真诚，使忘却本能被理性压制的人们看到自己的本真存在和客观形象，产生强烈的亲切感认同感。他的人性和动物性、利己思想和利他思想、个人主义和集体主义紧密交织，形成他贪财好色又淳朴直诚、憨厚蒙直又奸猾精细、意志薄弱又吃苦耐劳的性格，这里已不能用美、丑，好、坏等简单的价值判断。按照弗洛伊德的说法：八戒身上的动物性，代表“本我”，人性代表“自我”，神性则是“超我”部分。而最后，作家还要遵循了传统文化的要求，让他也成了神，摆脱了可爱无“礼”束缚的童年特征。
