我国自十三世纪以后一直到明代，均采用元代郭守敬之《授时历》，由于时日渐长，误差不断增大。利玛窦看到中国历法存在着严重的不足，开始着手制定新历法。明朝末年，中国士大夫徐光启、李之藻，采用西方科学方法，修正中国历法，聘请传教士熊三拔、庞迪我、邓玉函、汤若望等参加，编成规模宏大的《崇祯历书》。1644年，清军定鼎中原后，汤若望即向清朝政府提出修改历法建议。顺治元年（1644年）八月初一，当天有日食，清廷令大学士冯铨同汤若望携窥远镜等仪器，率局监官生，前往观象台测验，其初亏、食甚、复圆时间与方位，与西洋新法一一吻合，而大统历等都出现了误差。汤若望因此被清朝政府所信任。顺治二年（1645年），清廷决定采用西法，在全国颁布汤若望制定的《时宪历》，汤若望也被任命为钦天监监正。
《时宪历》依据丹麦天文学家第谷、布拉赫的天体运行论，采用欧洲几何学的计算系统，将一周天分为三百六十度，改百进位制为六十进位制，同时采用中国赤道坐标，以太阳在赤道上的实际移动位置为标准来计算节气，更加符合太阳运动的实际规律，因而比较精确。而中国传统历法，坚持“天圆地方”说，不但在理论上落后，而且又没有近代数学与几何学的知识。误差极多，很不准确。但新法的实行，引起朝中顽固派的不满。顺治亲政后，与汤若望来往频繁。据统计，仅顺治十三、十四两年（1656、1657年）间，顺治帝拜访汤若望达24次之多。顺治十四年（1657年）二月初一，清廷下令在宣武门内汤若望所建立的天主教堂前为汤若望立碑，赞他“事神尽虔，事君尽职”。这使得顽固派更为不满。
顺治末年，钦天监的吴明烜和新安卫官生杨光先先后上疏，弹劾汤若望的历法不准确。但在实测时，西洋历法确实比传统历法更符合天体的运动，而汤若望又得到顺治帝的支持，因此，汤、杨双方并未形成很激烈的冲突。
顺治十八年（1661年），世祖福临在养心殿病逝，遗诏皇三子玄烨为皇太子，并命鳌拜等四大臣辅佐政事。鳌拜对西法持排斥态度，杨光先遂再次上疏弹劾汤若望，双方冲突激烈起来。杨光先首先发表《避邪论》，对汤若望及基督教进行攻击，认为宇宙起于二元，对上帝造物说大加批驳。
康熙三年（1664年）初，汤若望的助手，传教士利类恩、安文思和中国教徒、钦天监历科官员李祖白合著《天学传概》一书，以李祖白名义刊行，宣扬中国的人种和文化都是自西方传来的，引起杨光先等人更激烈的反对。杨光先又写作了《不得已》对之进行反驳。利类恩、安文思等也不甘示弱，再写《不得已辩》。一场笔战在双方间爆发了。此时的矛盾已不再单是传统历法与西洋历法谁优谁劣的学术问题，而是由此而引出的政治问题在其中占了主导。康熙三年（1664年）七月二十六，杨光先向礼部上《请诛邪教疏》，指斥汤若望妖言惑众，与中国传统伦理道德相悖；并借历法以藏身，刺探朝廷机密；在历法书上添印依西洋新法五字，意欲奉西洋为正朔，阴谋不轨，危害国家。并进《摘谬论》《选择议》二篇，指出新法十谬并指正荣亲王安葬日期之误。杨光先的奏疏获得了鳌拜的支持。八月初七，礼部开始审讯传教士，十一日方告结束，结果是，将汤若望革职废衔，与其他人员一起交刑部议处。
康熙四年（1665年）二月底、三月初，经刑部和议政王大臣会议共同会审，西洋新法被认定有错。其选择荣亲王葬期，不用正五行，反用洪范五行，山向年月俱犯杀忌。事关重大，因拟决汤若望及钦天监官吏李祖白等凌迟处死，利类恩、安文思等传教士皆杖刑一百并流放充军。汤、杨一案引起了清最高统治者孝庄太皇太后的关注。当辅政大臣将汤若望罪案向孝庄太皇太后奏禀时，太皇太后大为不悦，责备辅臣：汤若望一向得到先帝的信任，为何必置之于死地！遂命速行立即放了汤若望等。传教士们幸免于死，但李祖白等5位中国官员仍被处以斩刑。八月，杨光先被任命为钦天监监正。十月，下令汤若望迁出馆所，由杨光先进住。
康熙五年（1666年）七月十五，汤若望在北京逝世，终年74岁。汤、杨一案以杨光先胜利而结束，然而历法之争并未到此结束。杨光先虽任钦天监，但他极力否定西法，且其历算知识缺乏，使得钦天监内的工作陷入混乱之中。传统历法大统历有很多错误，必须加以订正，但吴明烜与杨光先都无法完成此工作。
康熙七年（1668年），江南上奏收集到元代郭守敬的天文仪器。因杨光先曾经请求用律管、葭草、柜黍制作仪器，以恢复失传一千二百多年的候气之法，康熙便命杨光先再议具奏。十一月，杨光先奏称：律管用法失传日久，能候气之人尚未寻访到，并推托因身染风疾，不能管理钦天监，引起康熙不满。十二月，传教士南怀仁上疏弹劾钦天监监副吴明烜所修历法：康熙八年（1669年）闰十二月，应为康熙九年（1670年）正月，又有一年两次春分，两次秋分等错误。康熙遂命大学士图海、李烜等官员28人同南怀仁、吴明恒等同到观象台，对历法进行测算。测验结果：立春、雨水、太阳、火星、木星与南怀仁所指逐款皆符，与吴明烜所称没有一项相符。康熙八年（1669年）二月初七，对钦天监事由议政王大臣会议讨论。议出结果认为杨光先身为钦天监监正，对历法的错误不能修正，又袒护吴明烜，排斥西洋历法，以为必不能用。杨光先应革职处分，并交由刑部从重议罪。康熙念其年老，且又在与传教士笔战中维护了大清国的尊严，遂只革去其职务，免交刑部，妻子、儿女亦免流徙。三月十七，南怀仁被任命为钦天监监副，并根据南怀仁的要求，对天象台仪器进行改造。八月十一，应南怀仁等要求，清廷为汤若望、李祖白等平反昭雪，恢复汤若望“通微教师”称号。历经顺、康两朝的历法之争到此才告结束。
