毕达哥拉斯提出灵魂轮回说，这种宗教思想很多学者认为来源于奥尔斐斯教教义。他认为，灵魂是不朽的，人活着的时候，灵魂被囚禁在肉体中，人死后，灵魂获得自由，可以轮回转世，可以转变为别的人，也可以转为别的生物。“为了使灵魂净化，使死后灵魂脱离轮回之苦，得以超升，他们就定出了许多清规戒律，如不食肉，不食豆子，不朝太阳小便，不践踏剪下来的指甲或头发，房子里不许有燕子，不要用剑（铁）拨火，起床后要把被单扯平，毋使人看得出有人在上面睡过，等等”。这些规定带有图腾和巫术禁忌的影子，具有浓厚的神秘色彩。毕达哥拉斯派还非常重视体育和音乐，认为它们也有净化灵魂的作用。体育既能强身健体，还能节欲清心，净化灵魂；音乐的主要功能就是净化心灵。一些成员还对医学、生理学、数学、天文学等进行研究，他们研究自然科学的目的仍然是净化灵魂。
由于毕达哥拉斯派重视音乐的净化作用，在研究音乐的过程中，发现音乐和数有着密切关系，进而对数的作用无限夸大，把它说成万物的始基和本原，认为万物都是对数的模仿，数的法则统领万物。对此，亚里士多德曾说：“由于他们在数目中间见到了各种各类和谐的特性与比例，而一切其他事物就其整个本性来说都是以数目为范型的，数目本身则先于自然中的一切其他事物，所以他们从这一切进行推论，认为数目的元素就是万物的元素，认为整个的天是一个和谐，一个数目。”“这些哲学家显然是把数目看成本原，把它既看作存在物的质料因，又拿来描写存在物的性质和状态”。数何以成了万物的本原，又是如何产生万物的？毕达哥拉斯认为：“万物的本原是一。从一产生出二，二是从属于一的不定的质料，一则是原因。从完满的一与不定的二中产生出各种数目；从数产生出点；从点产生出线；从线产生出面；从面产生出体；从体产生出感觉所及的一切形体，产生出四种元素：水，火，土，气。这四种元素以各种不同的方式互相转化，于是创造出有生命的、精神的、球形的世界。”凡是数都以“一”为基础，一是点，代表第一原则，最高本原，等同于“理性、灵魂”；二是线，表示运动、变化，可用于变化中的“意见”，所以又称为“不定的二”；三是三角形，用来给“和谐”、“全体”下定义，表示“长、宽、高”三个向度，是第一个完满之数；四为体，土为立方体，火为四面体，气为八面体，水为24面体。具有“正义”、“神圣”之意，是“永恒流动的自然的根源”；五为婚姻，五是奇数（雄）与偶数（雌）的结合，意喻“婚姻”；六表示“和谐”与“完全”，代表等级；七表示“机会”、“定时”和“智慧”，指一周七天，太阳在天体中的位置以及带来的季节变化，智慧女神雅典娜；八为“友谊”和“爱情”，八是谐音的象征，八个为一组的物体均和谐；九为“强大”与“正义”，代表海洋之神俄刻阿诺和普罗米修斯；十是“完满”、“完美”和“完善”，表示“伟大”和“全能”，“使一切事物成为完满和实现了一切事物。”为了对十的崇拜，他认为天体也是十个，即水星、金星、火星、木星、土星、恒星、太阳、月亮、地球、对地，“对地”则是臆造的第十个天体。
毕达哥拉斯从“一”中发现奇与偶、有限与无限的关系，对辩证法的发展做出了贡献。在对生活认识的基础上，提出“黄金分割”的理论，发现数与和谐有紧密关系，这种思想与宗教、神话的幻想相联系，具有神秘色彩。运用数字推理，开启数学与神学的结合，后来成为基督教哲学的特征之一。罗素说：“有一个只能显示于理智而不能显示于感官的永恒世界，全部的这一观念都是从毕达哥拉斯那里得来的。如果不是他，基督徒便不会认为基督就是道；如果不是他，神学家就不会追求上帝存在与灵魂不朽的逻辑证明。”灵魂不灭，数字推理对基督教哲学产生了深远影响。
苏格拉底（约前469～前399年）大约在公元前469年出生于雅典，父亲是雕刻匠，母亲是助产婆。他致力于哲学和社会活动，在伯罗奔尼撒战争中，曾三次出征。在他的一生中，希腊奴隶主阶级内部斗争激烈，他被当局判为死刑，罪名是破坏宗教和败坏青年人的思想，他拒绝利用机会逃生，公元前399年在狱中饮毒酒而死。
苏格拉底没有著作流传下来，有关他的学说主要来自色诺芬的回忆录和柏拉图的对话集。他相信灵魂不灭，希望人死后灵魂能够转世。他认为，自然界和人类都是神创造的，人的理性不能认识神所创造的东西。神给人创造了灵魂，这使人优越于其他动物，让人认识到神的存在和事物的秩序。神拥有绝对的权力统治世界，人只能领会神的意志。人是无知的，知识只能从神而来。真正的知识与善密切相关，他把伦理学说建立在知识论上，一个人有了知识，就不会作恶，而无知就会产生邪恶。他认为知识来源于神。人的灵魂一旦脱离了肉体，就能与神合一，达到不朽。苏格拉底善于通过“辩证法”把每一个人意识中的思想启发出来，他的“辩证法”就是“精神助产术”，通常采用问答的方法，通过诘难，让对方陷于矛盾中，承认自己无知，并不断修正意见，最终形成真理。他说：“美德和真正的幸福是一致的，如果一个人不节制、勇敢、聪明和正直，就不会幸福。”这种观点对基督教伦理的形成具有启示作用。
柏拉图（约前427～前347年）出身于雅典贵族家庭，他的父母都是名门之后。由于家庭出身和社会关系，从小就厌恶民主制，力图恢复贵族奴隶主政权。这种政治态度与苏格拉底的影响有关，他跟随苏格拉底学习达8年之久，公元前399年，苏格拉底被雅典民主政体判处死刑，这件事使他更加痛恨民主制。苏格拉底死后，他投奔欧克里德，进一步接受爱利亚派的学说，到非洲学习数学，后到意大利南部结识毕达哥拉斯派门人，吸收一些毕达哥拉斯派的哲学思想，即把数看成万物的始基和灵魂转世的神秘主义说法。公元前387年，在雅典创办“学园”，学生来自四面八方，学习哲学、数学、天文学、物理学等科目，柏拉图在“学园”中一边著述，一边讲学，前后达41年。在此期间，曾两次去意大利宣传他的政治主张，以期实现自己的政治理想，但以失败告终。
柏拉图的哲学在理念观、回忆说、灵魂不灭和世界等级模式等方面影响着基督教。柏拉图认为，理式是独立于物质世界和人类意识之外的客观存在，它是永恒不变的，个别事物有生有灭。个别事物都是对理式的模仿，是理式的影子，有些事物则难以找到相对应的理式，如污泥、秽物等。但他又认为理式塑造万物，万物一定有相应的理式。理式世界真实、完善，现象世界不真实、不完善，并且虚幻多变。
人如何通过感官和知觉认识一般真理，柏拉图认为，这不过是回忆灵魂在前世的经历，知识来源于回忆。人的灵魂先于肉体而存在，它在进入肉体前，居于理式世界中。当灵魂依附于肉体，投到人世生活时，理式知识暂时被遗忘，在人世事物的刺激下，被遗忘的知识逐渐被回忆起来，对事物的认识过程就是回忆的过程。有关知识来源于回忆，柏拉图有过很深入地阐述。他说：“如果是我们在出世前获得了知识，出世时把它丢了，后来又通过使用各种感觉官能重新得到了原来具有的知识，那么，我们称为学习的这个过程，实际上不就是恢复我们固有的知识吗？我们把它称为回忆对不对呢？完全对……那些所谓学习的人后来只不过在回忆，而学习只不过是回忆。”他又说，“既然心灵是不死的，并且已经投生了好多次，既然它已经看到了阳间和阴间的一切东西，因此它获得了所有一切事物的知识。因此人的灵魂能够把它以前所得到的关于美德以及其他事物的知识回忆起来，是不足为奇的。因为既然一切东西都是血脉相通的，而灵魂也已经学会了一切，因此就没有理由说我们不能够通过对于一件事情的记忆——这个记忆我们称为学习——来发现一切其他的事物，……因为一切研究，一切学习都只不过是回忆罢了。”在柏拉图看来，人们获得的知识并不是别人传授的，主要是通过回忆得来的，人们的教育只能起引导作用。柏拉图认为灵魂是不朽的，灵魂虽然寄居在肉体中，但它的本质是努力向上的，一旦脱离肉体，它就要飞升到神的世界。飞升到所能达到的境界，取决于努力和修行的程度，如果十分努力，修行深，就能达到最高境界，与神相交，灵魂得以升华；反之，如果留恋感官世界，灵魂就会禁锢在肉体中。物质世界的繁华不过是过眼云烟，使灵魂从中解脱才是人生的最终目的。
柏拉图从理式学说出发，勾画了一整套“世界等级模式”，世界由理式世界和现象世界组成，理式世界是现象世界的本质。在神秘而不可见的最高神之下是世界的创造者，又称造物主或次神，造物主以理式世界为蓝图，以善的理念作指导，把各种理念的模样加入混沌的物质中，使之成为一个秩序井然的现象世界。造物主首先创造人的理性灵魂，在所创造的一切生物中，人是万物之灵，次神创造人的灵魂的非理性部分和身体，还创造动物。灵魂也是有等级的，造物主之下是天体灵魂，其次是人的灵魂，动物灵魂是最低等级的。人类灵魂又分为理性、意志和欲望，决定着人类灵魂的上升或沉沦。柏拉图把理想国的人分为三等，第一等是凭智慧管理国家的哲学家，故有“哲学王”之说，“哲学王”是金子创造出来的，级别最高；第二等是凭勇敢保卫国家的武士；第三等是从事手工业、商业和农业的“自由民”，他们服从统治。柏拉图强调神的单一性和永恒性，以及至善观和灵魂得救等思想，为基督教神学所吸收。梯利说：“基督教力图使它的教义被有教养的罗马人所理解和接受时，柏拉图的体系乃成为它的思想宝库。它的唯心主义、目的论、以一套理念为世界模型的思想、二元论、神秘论、对物质和感官世界的轻蔑、伦理的国家、灵魂不死的论证和人类堕落的学说，所有这些以及许多其他论点，对于希望表明这种新信仰是合乎理性的人来说，是受欢迎的礼品。”柏拉图的理论在古罗马以及中世纪都产生过深刻的影响。
与基督教关系密切的哲学思想还有古希腊晚期和罗马时期的斯多亚学派、犹太—希腊哲学派和新柏拉图主义。
公元前338年，希腊北方的马其顿王菲力二世征服希腊各邦，亚历山大继承王位后，于公元前334年开始远征，在12年中，凭借强大的军事力量，建立了地跨欧亚非三大洲的帝国。亚历山大死后，帝国一分为三，最后被罗马征服。亚历山大的东征，不仅促进这些地区社会历史的演变，而且对东西方学术文化的交流和发展起到了推动作用。亚历山大既想用武力征服世界，也想用希腊文明改造世界。据说他在征战中建立了70多个希腊式城市，希腊的神庙、剧场、文学艺术、哲学等遍布各地，希腊文明与当地政治、思想文化融合在一起，历史上把公元前334年到公元前30年这一时期，称为希腊化时期。罗马凭借强大的军事力量创建了横跨欧亚非三大洲的帝国，在征战中，不断吸收希腊的先进文化，从照搬向借鉴乃至创作过渡，罗马人在武力和政治上征服了希腊，希腊却在文化上征服了罗马，可以说，罗马成为希腊文化的直接继承者。正如W.C.丹皮尔所说：“两代以后，到公元前1世纪，罗马人就征服了全世界，但是希腊的学术也征服了罗马人。”罗马人在希腊文明的基础上建立了自己的文明。
斯多亚学派产生于希腊化时期，它是一个存在时间很长，流传很广的哲学学派。芝诺是其创始人和早期代表，据说他早年随父经商，大约在公元前315年至前313年间来到雅典，阅读了色诺芬和柏拉图等人的著作，对苏格拉底十分推崇。还学习过赫拉克利特、亚里士多德等人的作品。大约在公元前300年，在雅典建立自己的哲学学派。晚期斯多亚学派又称罗马斯多亚学派，以塞涅卡、爱比客泰德和马可·奥勒留·安东尼为代表。斯多亚学派在说明万物的产生时，把火看作原始的基质，加以唯心主义的发挥。他们认为，上帝是原始的火，具有创造力，它渗透到充满惰性的性质料中去发挥作用，从而生成宇宙万物。上帝与世界的关系，犹如人的灵魂与肉体的关系，谁也离不开谁。上帝是万物的本原和世界的主宰。他们接受了赫拉克利特的循环论思想，引出世界性大火的循环理论。由大火理论和轮回学说，又引出了宿命论，他们认为，世间的一切事物都是绝对地被必然性所支配，这种必然性就是命运，天命是上帝的意志，上帝决定宇宙万物，人作为宇宙体系的一部分，应该自觉服从命运，用理性指导生活，克制情欲，从而达到善的境界。世界上的一切都是事先安排好的，人们只能逆来顺受，听天由命。这种思想就是要人们敬畏神，绝对地服从神，在生活上忍让克制，安分守己。他们不主张人沉迷于快乐、烦恼、恐惧和欲望等情绪中，倡导禁欲，要达到不动心、没有激情的理想境界，顺应自然生活。他们认为，人人都是上帝的儿女，彼此都是兄弟，人与人之间应该互相友爱，都是“世界的公民”。斯多亚学派的“世界末日”、“最后审判”、宿命论和禁欲主义、要求人们忍让宽恕的思想都被基督教所吸收，成为基督教思想体系的部分。
犹太—希腊哲学派主要活动在亚历山大里亚，亚历山大里亚是马其顿王亚历山大在征战的过程中，以自己名字命名的埃及城市，从希腊化时期起，就成为世界著名的科学文化城，希腊哲学在这里得到广泛传播，同时也接触了东方宗教，特别是犹太教。犹太—希腊哲学派可以说就是希腊唯心主义哲学和东方宗教教义相结合的产物。最早将犹太教和希腊哲学结合的是逍遥学派的犹太人阿里斯托布鲁斯，他认为希腊哲学家的观点和犹太教义是一致的，希腊人在犹太教经典中汲取营养，同时，他又将希腊哲学用来解释犹太经典。这一学派最著名的代表是斐洛，他出生在亚历山大里亚的犹太教家庭，熟悉希腊文学和哲学，他采用当时通用的比喻法，用希腊哲学对犹太经典作寓言式的解释，他认为希腊哲学源于犹太经典，上帝是绝对超验的存在物，是万物的基础和源泉，他至尊、至善、至美。他把希腊哲学中的世界灵魂和理式概念改造成逻各斯，上帝通过逻各斯的中介，从混沌的质料中创造世界万物，人的有限理性无法认识和理解上帝，也无法用语言形容，只能相信他的存在。人要从肉体的邪恶中拯救自己，就必须沉思默想、断绝情欲，依靠上帝的启示，才能使心灵与神相通，达到神人合一，这也是人生的最高境界。
