在长沙，由长沙临时大学第五次常委会推定，朱自清担任临大中文系教授会主席。由于战火尚远，长沙临时大学文学院所在地的环境也颇为清幽，师生逐渐安定下来了。柳无忌回忆说：“在市内买手杖一枝。步行，经南岳寺、图书馆、黄庭观、白龙潭，约一小时许而达圣经学院。又自校址上，石阶三百四十四级，拾级而登，汗流气喘，乃抵临大文学院教员宿舍，即圣经学院西人教员宿舍。为一小洋房，位在校址之巅，下望溪谷，仰视群山，四周尽是松树花草，堪称胜地。”也恰像冯友兰所说的那样：“在兵荒马乱之中，有这样一个地方可以读书，师生都很满意。”朱自清在临大开课讲授“宋诗”、“陶渊明”，与同事和学生们度过了一段短暂的宁静时光。
到1938年4月，长沙临时大学奉教育部电令，改组为国立西南联合大学，内部仍然保留清华、北大、南开三校建制。朱自清也出发前往云南，到昆明四百里外的边城蒙自去。这座中越边境的小城蒙自，在1889年中法战争后不久，曾经有法国、德国、希腊、美国、意大利等国在此设立机构，所以留下了一批空房子，正好可以作为联大文法学院的校舍。
在蒙自的教学和生活一经稳定，朱自清就着手将在远方的妻子陈竹隐和其中几个儿女接到身边来。在扬州，他的家中遭劫，损失甚大，这让他又愤怒，又担忧年迈的父母的生活；在云南，他目睹了日本飞机的空袭。“学校被毁（昆华师范学校）。死伤者甚多，中有少数学生。下午去昆师，见死者静卧，一厨子血肉模糊，状至惨。”幸而，其间也有好消息。1938年10月，朱自清接到长子迈先的来信，得知他平安，心中十分快慰。
同时，他也深感在战火纷飞的年代，很难将更多的精力集中在研究和写作上。于是，1939年春，他便两次请辞校务会议代表职。在日记中，朱自清写道：“自南迁以来，皆未能集注精力于研究工作，此乃极严重之现象。每日习于上午去学校办公，下午访友或买物，晚则参加宴会茶会；日日如此，如何是好！”他也警醒自己，必须以学术研究为重：“浪费精力于漫谈闲事，将损害余之研究工作。”
这一时期，朱自清依然坚持对“文言现代化，白话现代化”，以实现“文学的国语”。为此，他筹办了《国文月刊》，这一刊物由朱自清、浦江清、魏建功等任编委，宗旨在于促进国文教学，并且作为青年学子自修的资料。同时，他也写作了一系列的语文杂谈，又着力于分析当时中学语文教育的状况。他甚至旗帜鲜明地提出：“我们应该指导学生向学习白话文的路上走。这应是中文系的主要道路。研读古文只不过便利学生发掘古代文化遗产，不能当作中文系唯一的目标！”朱自清对于国文教育和白话现代化的态度，其实与他对于知识分子社会责任的认识是紧密关联的。他在致彭桂萼的信中曾经说道：“从前说‘开通民智’，现在说‘唤起民众’，这正是教育者的责任。在这抗战时期，教育者这种责任，尤其重大。可惜许多教育者忽略了这种责任。”
随着时局的越发严峻，朱自清的生活负担也日益增加。他在日记中，多次记录下了自己向学校或朋友借钱的事。他的家累本来就重，加上教师工资不能足额领取，物价又飞涨，几乎使得他的生活陷入了赤贫。1940年，朱自清就不得不让妻子陈竹隐带着乔森和思俞回到成都，租住三间小草房，艰苦度日。1941年3月，他的日记中更是出现了对于饥饿的描述：“过去从来没感到饿过，并常夸耀不知饥饿为何物。但是现在一到十二点腿也软了，手也颤了，眼睛发花，吃一点东西就行。这恐怕是吃两顿饭的原因。也是过多使用储存的精力的缘故吧。”他的身体状况也随之开始走下坡路：“出现复视，怕是老年的信号。但此症状可治。曾在油灯下工作几夜，光线摇曳不定，复视可能由此引起。”
漂泊的清苦岁月仍在继续。用沈从文的话来说，这段时期“大家的日子过得够寒伧”。1941年7月，清华大学文科研究所恢复。朱自清孤身一人，远离家眷，勉力维持着较为正常的教学、研究和生活。他住在城外，每周二下午进城教课，周五下午返回研究所，这样就能够较好地分配时间，尽量兼顾研究和教学。曾与他同住的何善周回忆说，在不上课的日子里，朱自清总是早起，做柔软体操、打扫室内外的卫生、整理图书室里自己的位置，然后一天之中，就很少离开座位，晚上还要坐到12点钟以后。这既是朱自清一贯自持、自控、珍重自己学术事业的明证，也是出于他总深感时间不足的紧迫感。在与友人的对话中，他谈到了清华同事、生物系教授吴蕴珍在昆明患胃溃疡，开刀不治身亡的事，感慨地说道：人生上寿百年也还嫌短，百年之内做不出多少事来。对于自己的身体状况，朱自清显然是较为敏感和在意的，他珍重时光，并不是因为想要更多地占有人世间的热闹与快乐，而是极希望在自己的一生中，在自己所看重的领域里有所付出和成就。
1943年9月，朱自清给俞平伯的信中说：“弟近来胃病大发，精力颇不如前。大约营养亦差也。肉食虽不致太缺，然已见肉心喜，思之可笑。离家半年，客中生涯亦不致太寂寞，但时思则不免耳。”到了1944年夏，陈竹隐与孩子们在成都都染了病，消息传到昆明，本来就一直思念妻儿的朱自清坐不住了，想到成都去，又苦于没有路费。最后，还是变卖了一个砚台、一幅字帖，又得到朋友们帮忙凑了些钱，才买了飞机票赴渝。在成都，他还见到了阔别三年的老朋友叶圣陶。他告诉叶圣陶说，自己打算在成都做个X光检查，以排除胃癌的可能性。而朱自清受病痛和困窘生活之折磨的容颜，也让叶圣陶不胜唏嘘：“佩弦胃病甚久，至今未愈，本为圆脸，今呈尖形，皮色亦苍老，鬓多白发。”正因如此，朱自清多个在成都的朋友都挽留他，燕大川大打算聘请他，陈竹隐也希望他能够与家人一起留在成都，但他始终舍不得与清华作别，于是又独自回到了昆明。回到昆明后，朱自清仍勤勤恳恳地在自己的岗位上工作着，为了贴补家用，他还到大绿水河私立五华中学去当中学教员。
在操劳之中，他的身体越来越坏。到了1945年夏天，他已然是一个重病人的模样了。“他忽然变得那等憔悴和萎弱，皮肤苍白松弛，眼睛也失去了光彩，穿着白色的西裤和衬衫，格外显出了瘦削劳疲之态。”（吴组缃语）
然而，来自各方的压力和打击，仍在进一步影响着他。日本人投降后，国内政治局面还是相当昏暗。1946年7月，朱自清的好友，清华大学的着名教授闻一多在昆明遇刺，此事让他悲愤不已。在随后的日子里，直到他生命的最后阶段，他都一直在为闻一多文集的出版而努力。
1946年10月，他携眷飞回北平，结束了战时颠沛流离的生活。飞机飞过北平城市的上空，第一次这样俯瞰这座美丽古都的朱自清也情不自禁地“重新爱起北平来了”：“那棋盘似的房屋，那点缀着的绿树，那紫禁城，那一片黄琉璃瓦，在晚秋的夕阳里，真美。”但是，经过战争浩劫的北平，到底不一样了，朱自清发现，“穷得没办法的人似乎也更多了”，他的太太陈竹隐和孩子甚至在晚归的路上遭遇了抢劫。尽管如此，朱自清对重归北平清华园的生活还是有着较为光明的期待，他急切地希望克服顽固的胃病，在来之不易的平稳里多做些事。1947年1月，他进入清华大学图书馆书库，“见藏书仍极丰富，此甚鼓励与刺激余研究工作之进行”。
在学术研究之外，在20世纪30年代中期以后，朱自清在写作上也奉献出了许多精品。他的文字曾经与精致华美、流利、诗意等形容词密不可分，但自《欧游杂记》后他的行文更见风骨，越加精干老道，其中的滋味也越加绵长。《伦敦杂记》（1943年由开明书店出版）、《标准与尺度》（1948年4月由文光书店印行）、《论雅俗共赏》（1948年由观察社出版）和《语文影及其他》（1985年由中国文联出版公司出版）几本书中，几乎每一篇都有着扎实的内容，很是可读。在这个人生阶段，他有感于战争年代里必须去除空话，所以在“杂谈”上着力甚多，谈动乱时代里人对道路的选择，论气节，论吃饭，探讨文学在当下的角色意义，剖析“书生的酸气”，也谈论说话的艺术……他保持了一贯的对于文字的修饰、语句的层次、语义、句式的重视，但又力求明确、平淡而隽永的实在感。1948年3月，他在《语文影及其他》自序里说，自己原来打算写两部书，一部谈“语言文字的意义”，“但是这些文章里不免夹带着玩世的气氛，后来渐渐不喜欢这种气氛了，就搁了笔”。另一部“站在‘一角’上冷眼看人生”，也沾着玩世的味儿。“时代越来越沉重，简直压得人喘不过气，那里还会再有什么闲情逸致呢！我计划的两部书终于都在半路上‘打住’了。这儿这本拼凑起来的小书，只算是留下的一段‘路影子’罢了。”其实，这样自持的态度，正是朱自清后期散文、杂文创作风格的有力推手。朱自清也正是在颠沛流离之中，在生活的夹缝里，把自己做人的品格、把厚实的学识、把对结构和句式的雕琢，把人生的智慧，把对这个世界深沉的爱与恨，化合、凝聚而成一篇篇言之有物、内有风骨的散文。说他这个阶段的散文其实达到了自己创作水平的高峰，并不为过。因此，有时人评论读他的文章如嚼橄榄，要细读、多读，于是越读越有味儿。杨振声在《朱自清先生与现代散文》中说：“他文如其人，风华是从朴素出来，幽默是从忠厚出来，腴厚是从平淡出来。”吴小如则评论说，朱自清总是善于“用冲淡夷旷的笔墨，能把顶笨重的事实或最繁复的理论，处分得异常轻盈生动”。二人的评价，都堪称精准。
1940年代中后期，外敌已经投降，国内的政治和社会局面却还没有实现和平。生于1898年的朱自清，从出生开始，就一直见证着我国的战乱、落后，和民众生活之多艰。随着日本人被赶出中国，一个崭新的、走向民主与富强的国家似乎可以想象、可以憧憬了，但终究还没有到来。在自己人生中的最后阶段，一向对政治事务保持距离的朱自清，也旗帜鲜明地表达着对于光明的渴望。在《什么是文学的“生路”》里，他就提出，希望知识分子不仅“去撞自己的丧钟”，而且要有足够的勇气重新抖擞起精神去做这个时代的人，去站在平民的立场上表现这个时代。又在《文学的标准与尺度》里谈道：“文学终于要配合上那新的‘民主’的尺度向前迈进的。”
作为文学家的朱自清，在书斋之外，也以自己的行动配合着“民主的尺度”。1947年2月，他毅然在《抗议北平当局任意逮捕人民宣言》上签字，谴责和抗议政府“以清查户口为名，发动空前捕人事件，使经济上已处水深火热之市民，更增恐惧”。宣言在报纸上发表的时候，朱自清的名字是第一个，国民党政府的特务也因此多次“光临”朱家。有好心的朋友告诉陈竹隐，朱自清在国民党的黑名单里排在首位。陈竹隐将消息转告给朱自清，他只是轻蔑地说：“不用管它。”妻子陈竹隐说：“怎么，你准备坐牢吗？”朱自清回应道：“坐就坐！”同年5月，他又在《为反内战运动告学生与政府书》上签名。
到了1948年，朱自清的胃病发展到了非常严重的阶段。他以“但得夕阳无限好，何须惆怅近黄昏”自勉，仍然以积极乐观的态度尽可能地多做研究、多写文章。而他的日记中，也开始更加频繁地出现对于胃病恶化的记录，如“坚持参加演讲会一小时，感到极度疲劳，几乎不能回来。返家后立即卧床”（6月1日）。他只能进食很少东西，稍微多吃一点，就呕吐不止。
尽管身染恶疾，朱自清肩膀上的担子依然很重，也仍然是一副“匆匆的旅人的颜色”。他的挚友叶圣陶说：“他近年来很有顾影亟亟的心情，在几次来信中都曾经提到，我想他恐怕自己的成绩太少，对于人群的贡献不太够的缘故。加上他的病，自己心中有数，就只盼成绩多一点好一点，能够工作就尽量工作。”教学、研究、编写闻一多文集和《开明新编高级国文读本》等，参加学生活动……然而，他对自己的要求还不止这些。在本职的事务以外，他也恪守着一个有气节的知识分子的操守。1948年春，朱自清决然地签名抗议美国扶植日本并拒绝领美援面粉宣言。在日记中，他慨然地写道：“此事每月需损失六百万法币，影响家中甚大，但余仍决定签名。因余等既反美扶日，自应直接由己身做起，此虽为精神上之抗议，但决不应逃避个人责任。”对于有着七个孩子需要养育，自己的病情又一天天严重的朱自清来说，以实际行动来坚持“有所不为”，正是他人格力量的最突出表现，同时也是他“狷介”性格最集中的表现——就像俞平伯所说的那样，“他的性格真应了老话，所谓，和而介，外圆而内方”。
这一年的8月6日凌晨，朱自清忽然呕吐不止，胃部剧痛，被送入医院，因为胃溃疡穿孔而做了手术。从这一天开始，朱自清就再也没有离开过医院。8月12日中午，这位文坛巨匠、优秀的国文教师和散文大家离开了人世。朱自清去世后，清华大学在民主广场贴出讣告，并降半旗志哀。8月16日，梅贻琦、冯友兰、汤用彤、俞平伯、朱光潜、沈从文等教授、学者、学生，五六百人在清华为朱自清举行了公祭。
