1939年1月，国民党五届五中全会召开，设立国防最高委员会。这是国民党抗战时期的最高领导决策机构，也是国民政府在摸索建立以蒋介石个人为中心的对党政军实行最高统治的最终形式。国防最高委员会委员长蒋介石“对于党政军一切事务，得不依平时程序，以命令为便宜之措施。”通过设立国防最高委员会，确立了蒋介石对党政军一元化领导的高度集权体制。这种体制既包含了抗日的战时政治体制的要求，也是国民党“建国”政治体制努力的方向。那就是以国民党一党、蒋介石一人为中心，实现独裁专制。并且在这次全会上还规定了实施《国民抗敌公约》的办法，其中规定：全国民人以保甲为单位，宣誓“服从最高领袖蒋委员长之领导，尽心尽力，报效国家”；宣誓后如违犯誓言，要“依法治罪”，以此严加控制人民的思想，行动，禁止人民的革命活动。
虽然以军事起家，并终生迷恋武力，但蒋介石并不愿以武人面目示人，统治欲极强的他，在政治风波场上摸打滚爬了十几年，对权术之道娴熟之极，他深知武力难以长久维持自己的地位，要服从还必须在武力外下功夫。他构建了自己的一套哲学——力行哲学，并自称这是对中山先生“知难行易”学术的“发扬引申”，与总理‘知难行易’的学术，不惟不相反，而且是相辅相行的。”十年内战期间，为了对抗中共及共产主义思想体系，蒋介石承继戴季陶的思路，极力把儒家仁义道德与三民主义揉和在一起，从孙中山的遗威和传统文化中为死亡的统治寻求依据。
国民党政权，具有军阀的特征，蒋介石要独裁，但各地方势力拥兵自重，造成他没有绝对权威。蒋采取纵横捭阖的手段，对地方势力又打又拉，但始终没有使之听命于自己，相反，时时寻机发难，逼他下野。为此，蒋曾愤恨地说，封建割据的实际，仍潜伏在形式的统一之下，当今中国的病源就是地方割据。在内外交困的时刻，蒋介石组织上加强专制独裁加强以对方民众控制的同时，不失时机地在其力行哲学中充实了民族主义精神，决定发动“国民精神总动运动”，以使思想意识的统一与权力的集中相一致。
在国民党五届五中全会上，蒋介石表示：“我们的精神绝对不要被敌人所协制，我们绝对不能受敌人的欺骗，我们一定要坚持抗战到底，不但使敌人过去速战速决的目的不能达到，而且使他们‘速和速结’的狡谋成为粉碎，这就是我们今日唯一的方略，这只是敌之失败，也就是我国胜利的基础。”
1939年1月11日，国民党中央执行委员会发表宣言称：“总理昔日讲述军人精神教育，痛切说明‘人类有精神之用，非专恃物资之体’，‘欲任非常之事业，必有赖非常之精神’”，提出“抗战精神之彻底振作，此实抗战建国胜利成功之最大保障，必须尽全力以实行者也”。
2月20日，蒋介石在国民参政会上提出《国民精神总动员纲领及其实施办法》。3月12日，蒋介石通电全国实施动员。据蒋报告，国民精神总动员是为“集中国民一切意识思维、智慧与精神力量，于一个方向而提高使用之”，使国民“每一分子皆能根据同一的道德观念，为同一的信仰而奋斗牺牲是也”。
2.国民精神的总动员
1939年3月，国民党在其国防最高委员会下设了精神总动员会，蒋介石亲自出任会长，并公布了《国民精神总动员纲领》和《精神总动员实施办法》。
（1938年5月，蒋介石发表“告全国国民书”）
《国民精神总动员纲领》称：“吾人回顾十八月以来奋斗之经过，而检讨其缺失，则物质条件之欠缺固甚明显，而精神条件之未备尤万居首要。”“所谓国民精神总动员者”，为“集中其一切意识思维智慧与精神力量于一个方向，而提高之”，它不仅为排除暴敌之侵略，“尤在于努力抗敌之中，树立战后建国之永久基础”。国民精神总动员的共同目标是：一、国家至上民族至上；二、军事第一胜利第一：二，意志集中力量集中。所谓国家至上民族至上，就是必须认定“国家民族之利益应高于一切”；所谓军事第一胜利第一，就是要求“国民一切之思想行为，均应绝对受国家民族军事利益之支配”，“竭其全部之智能与全中国精力，以求取军事之胜利”；所谓意志集中力量集中，就是“要求国民全体的思想，绝对统一集中于国家至上民族至上与军事第一胜利第一两义之下，不容其分歧与怀疑，不容作其它之空想空论。”
国民党在1939年5月1日正式开展全国国民精神总动员运动。蒋介石在重庆亲自主持首次会议并训词。会后，重庆万余人进行了火炬游行。此后国民精神总动员运动在各地开展起来。
强调精神力量的作用，尤其是精神力量高于物质力量，其实是中国近现代许多政治人物共同的特点。近代以来的中国正处在由封建王朝向近现代民族国家演变的过程中，组织性并不严密，孙中山称之为“一盘散沙”，本来就是靠精神文化联系在一起的。除了思维的历史延续，另一方面是由于物质力量的匮乏。蒋介石虽曾掌握中国大部分的财力资源，但在与日本的对比中，也同样深感力量薄弱。抗战爆发之后，蒋介石一直强调精神力量对抗战的意义，而“发动精神以配备物质，利用空间换取时间”更是其持久抗战的战略。他认为：“我们抵抗日本，先要攻击日本的侵略精神，如要攻击日本的侵略精神，就是先要具备我们的立国精神。”南京失陷时，他又发表公告，称“我之抗战，惟求三民主义之实现，与国民革命之完成；故凭藉不在武器军备，而在强毅不屈之革命精神，与坚忍不拔之民族意识”。在总结抗战前期经验教训的南岳军事会议上，蒋介石对此讲得更加直白：“我们现在要争取第二期抗战的胜利，达到最后的成功，我以为需要物质上的成分少而精神上的成分多，而且我们现在物质不如敌人，将来更感困难。如果我们要专凭物质来战胜敌人，必难成功；如果我们的士气和精神不强，纪律不好，虽有如何好的武器和优裕的物质，亦不相干。所以精神的修养和道德的提倡，乃是我们高级将领最大的责任。”
抗战爆发时中日力量之悬殊，蒋介石看在眼里，急在心里，当然地强调精神的作用，已经有了发动精神总动员的想法。1938年3月7日，蒋介石在武汉召集亲信开会，讨论有关发动精神总动员的步骤。会上提出：“我们在欲发动全国精神总动员，即应针对敌方的计划，确定目标，领导全国民众朝此目标努力，始能发生效果。”不过，一年以后蒋介石才正式发动这场运动，给他启发和压力的是日本先行一步发动精神总动员。
深陷中国战场的日本政府为调动其国民支持战争，缓解矛盾，在通过全国总动员法案的同时，发起国民精神总动员运动。在1938年12月5日的内阁会议上，决定组织“精神团体”，设立理事会和评议会，公推近卫为总裁，内务相末次信正副之，全体阁僚，贵族院、众议院的委员长，政党总裁及内阁参议等为顾问。当日，内阁还通过“国民精神总动员旨要说明书”，宣称：“此次运动目的，不惟宣传‘事变’意义，企图更集中‘物心两用’力量完成‘东亚建设’，包括国民各阶层皆在组织之内。”
日本的精神总动员运动，引起了当时中国国内舆论的广泛关注，报章书刊均有研究和评论，这对一直强调精神力量作用的蒋介石无疑是一种强烈的刺激。在这种刺激下，国民精神总动员开始从理论预想推向实际操作。
抗战之前的中国，四处弥漫着文化的绝望气氛。“三十年代是一个令人痛苦的年代，是一个民族自我谴责的无情时代”，一位作家悲叹道：“在中国，一切都落后于西欧”。全民族的抗战一度使国人精神振奋，但战场上的节节败退，以及党国要员散布悲观言论甚至公开投敌，使民众再次陷入迷茫。在这样的背景下，的确有必来一个精神总动员。
从国民精神总动员纲领到国民公约、誓词，始终都没有离开“抗日”、“救国”等字眼，这在汪精卫叛国投敌，引起抗战情绪动荡的情况下，对于坚定全国的抗战意志，增强国民党抗战力量，是有十分重大的意义的。正是由于它的主旨是为了坚持抗战，延安的中共领导人对此作了积极响应，号召全国民众拥护蒋委员长抗战到底，反对一切汉奸卖国贼，动员一切力量，争取抗战胜利。
然而，蒋的这一举动是在其1939年前后连续推出加强个人独裁措施，而国共关系发生逆转的情况下发生的，这就决定了国民精神总动员运动的多重性质。
蒋介石在联共抗日的同时，他也念念不忘要“剿灭”共产党及其领导的人民武装。抗战以来，，随着共产党军事力量的壮大，国民党在华北敌占区的政治日益失控，共产党的影响已经表现出向南推进的趋势。在军事限制的同时，鉴于统一战线的存在，蒋介石更注重从政治思想方面限制其发展，使之逐渐失去在群众中的影响。精神总动员的主要内容就是宣扬民族主义，蒋介石从中看到削弱共产党思想影响的机会。他欲借民族主义来宣扬中国古代固有的文化道德，从根本上否定中国共产党及共产主义思想体系在中国存在的合理性。
在蒋介石看来，中国近代史上，中国遭受侵略是由于传统主流文化精神的丧失和西方文化的冲击。他认为：“如今一般人不讲究固有的好道德，视为陈腐的东西……所以几十年来，弄得人欲模流，四维灭绝”。“如此国家，当然要被外国人侵略压迫”。他所指的“西方文化”除了资产阶级文化外，还包括五四以后在中国广泛传播的马克思主义列宁思想。所以，这次运动还有它消极的一面。把儒学的“仁”与三民主义、复兴民族与强化党治糅合在一起，借民族固有精神在民族危亡的紧要关头的特殊感召力来强化其集权统治，这正是蒋介石这位政治老手的高明之处。
三、经略西南
（1939年10月，蒋介石兼任四川省主席）
1.打开四川大门
在抗日战争时期，国民政府的实际控制区是西南各省。西南各省原不在中央政府的直接控制之下，在1935年追击中国工农红军时蒋介石虽然极力想把中央势力渗透进去，但没有根本消除地方的割据状态。这时，他利用抗战的时机，在西南地区再度大张旗鼓地统一军政，力图完全控制西南各省。
消除地方割据，增强中央对地方的控制力，是历代政府孜孜以求不懈努力的目标。在频频遭受外敌侵略，备受丧权辱国之煎熬的近代中国，统一与集中的愿望和要求更强烈更迫切。蒋介石在三十年初推行“攘外必先安内”的政策，就是以这种历史愿望和要求为背景的。他的失误在于固守党派之争、信仰之别，在“安内”方面采取了僵化的排除，消灭异己的力量的态度。
日本利用中国内部纷争之机，加紧“蚕食”中国。“攘安”论调，终于被中共“求同存异”的“抗日民族统一战线”口号击退。居于中国最高统治地位的蒋介石对日本“蚕食”中国的举动早有顾虑，随着日本亡华意图日渐明显，对于“攘外”和“安内”他也做了新的思考，似乎已经意识到强加一个硬性的先后次序是不妥当的。1935年他开始更多地考虑对日作战的问题，虽然不乏悲观陈辞，对内对外的态度确实已经发生了变化。
西安事变后，舆论普遍认为蒋介石屈于民意被迫抗战，这实在是缺乏对他的深入了解。当许多人认为蒋介石被迫放弃了“攘安”之论的时候，他却作了以退为进的规划。在蒋介石的思考中，抗日实际上已经把“安内”与“攘外”统一起来，事实也表明联合抗战的方针比“攘外必先安内”的方针更灵活，因为以深得人心的抗日为旗号，“安内”的措施实施得更顺利，连排除异已也能名正言顺的进行。
（刘湘）
西南包括四川、西康、云南、贵州四省。抗战期间，贵州几乎完全为蒋介石所控制，西康在四川军阀刘文辉的统治下，云南则在龙云的控制下。所以，西南问题的中心在于四川、云南两省。蒋介石想乘抗战之机，使中央势力深入川、滇，结束这些地区多年来的半独立状态。
四川在抗战时是国民党统治的政治、经济、文化中心。当时四川有六千多万人口，是兵源的基地；重庆又是国民政府的陪都；抗战爆发后沿海许多企业内迁四川，又建了不少新的小型工厂；四川每年粮食产量比西南任何一省都多得多。所以，四川自然是西南问题的重中之重。
抗战爆发前，刘湘在蒋介石的卵翼下打击了四川其他军阀，成了四川的统治者。蒋介石在追击红军时，不断向四川扩张。在四川统治权问题上，刘湘同蒋介石之间的矛盾日益加深。两广事变时刘湘密令所部军队在夜间向成都、重庆两地集结，准备策应李宗仁。西安事变时，刘又有同样的举动，直到蒋被扣的第五天，都没有发表声明支持蒋，不但如此，他甚至还劝张学良要毫不犹豫地把蒋干掉。当时，刘湘还想乘机恢复四川行政和财政的独立。但时局变化太快，就在刘湘准备大显身手的时候，西安事变就和平解决了。此时，蒋介石的部队正大举进攻陕西杨虎城部队。为自卫计，川军在重庆一带布防，阻止蒋介石部队的进犯。但是，刘湘的一切活动，都瞒不过蒋介石的耳目。
在张学良、杨虎城的兵谏下，蒋介石已经同意联共抗日，一场大规模对日作战即将到来。从两次事变中，蒋介石看清了刘湘并不真心拥护自己。为了有一个安定的大后方，他越发觉得必须一劳永逸地解决四川问题，即使引起武装对抗也在所不惜。
蒋介石蓄意要从根本上消除刘湘割据四川独立为王的状态，1937年春，蒋介石提出要缩编四川军队，又提出要军民分治，刘湘主军，由蒋介石派人任四川省主席，刘湘坚决抵制。但在中央政府的优势兵力面前，刘湘最终屈服，同意将所有军队都转归国民政府军委会直接指挥，川军的财政开支转归蒋的重庆行营负责，一切军事设施也由国民政府接管。同时蒋决定召开整军会议改编川军。
7月初，川康整军会议由何应钦主持在重庆召开。矛头主要是指向刘湘，对其他军阀（二十军杨森、二十四军刘文辉、二十八军邓锡侯、二十九军孙震及四川边防军李家钰）是能吃则吃，能削则削。当时刘湘是省主席兼四川善后督办（后改为川康绥靖主任），各派军阀对他独揽大权都十分不满，但慑于刘湘的实力，表面不得不唯唯诺诺以示遵从，而思想深处则有强烈的反感。蒋介石就利用这一点，纵横捭阖，终于使会议通过了有关川军的三项决议：各军缩减1/5；团长以上军官由中央直接委派；军饷每月由军政部派员点名发放。至此，川军的人事权和财政权都被收归中央统一掌管。
这一阶段，刘湘对蒋介石还是比较强硬的，刘湘说过这样的话：“我如果要干的话（指川军要反蒋）就是天也要打它一个洞。”不过，刘湘终于没有行动，在民族危机加重的关头，一切以民族大义为重，任何私怨都可以也应该捐弃。
