12月8日，何应钦、白崇禧发出“齐电”，声明“军令法纪之尊严，必须坚决维持”，责令新四军要“幡然悔悟，放弃规外之行动”，并再次强令将黄河以南的八路军新四军“悉数调赴河北”。
此前，国民党中央广播电台还故意播发新四军北移消息，暗示日军封锁长江江面，加紧“扫荡”苏南。12月9日，蒋介石在得知驻沪日军军部参谋长樱井赴宁同西尾寿造商定了进袭新四军计划后，密令顾祝同对皖南新四军只准其由江南原地北渡，妥为部署并准备将其解决。
同日，蒋介石公然发布“展期限新四军北移”的手令：
前令第十八集团军及新四军各部限期开到黄河以北作战，兹再分别地区、宽展时期。凡在长江以南之新四军，全部限本年十二月三十一日开到长江以北地区，明年一月三十日以前开到黄河以北地区作战，现在黄河以南之第十八集团军所有部队，限本年十二月三十一日止开到黄河以北地区、希即遵照何白参谋正副总长十月皓电所示之作战地境内共同作战，恪尽职守，毋得再误，此令！
蒋中正十二月九日
10日，蒋介石又密令顾祝同对江南新四军“按照前定计划，妥为部署，并准备如发现江北匪伪竟敢进攻兴化或至期限（本年十二月三十一日止）该军仍不遵命北渡，应立即限期解决，勿再宽容。”
（途经茂林镇的新四军）
蒋介石的手令实际上是下了发动皖南事变的动员令。
在接到“皓电”的第二天，第三战区司令长官顾祝同就指令部队对奉命北移新四军皖南部队“作堵击的准备”。到了1940年年底，国民党歼灭皖南新四军的军事部署已基本完成。但电发出后，毛泽东一度对形势做出了较为乐观的估计。为了加强政治斗争的筹码，曾提出新四军在皖南再拖一两个月，而不立即北移的主张。面对作为最后通牒的齐电和国民党的围歼部署，毛泽东逐渐改变了对形势的乐观估计，命令皖南新四军迅速北移。12月中下旬，毛泽东连连致电项英，要求皖南部队务须迅速渡江，并且作好应付突然事变的一切准备。
遗憾的是，项英的目光始终盯在天目山、黄山、四明山一带。他甚至希望在那里重新恢复当时的中央苏区。为了实现这个“三山”计划，项英虽未同任何人进行过论证和探讨，却一直在暗中作必要准备，他把众多的主力部队和军政干部留在身边，不愿意撤出去，不顾中共中央与叶挺的一再催促迟迟不做出北撤或东撤的决定，用意也在于此。令人痛心的是，正是由于他沉迷于构建他的“三山计划”占据东南半壁河山的迷梦，一再迟滞了队伍的转移，而让国民党军队布下了天罗地网，从而丧失了化险为夷的有利时机。
4.震惊中外的皖南事变
1941年1月3日，蒋介石致电叶挺，强令新四军从皖南就地北渡，在无为附近地区集结，尔后沿巢县，定远、怀远、涡河以东睢州之线，北渡黄河。
1941年1月4日，新四军军部及所属部队共9000余人，在叶挺、项英率领下，踏上了北上征途。6日行至茂林时，突然遭到国民党军队顾祝同、上官云相所部七个师八万余人的袭击。新四军被迫还击，血战七昼夜，因寡不敌众，弹尽粮绝，大部壮烈牺牲，军长叶挺被俘，副军长项英遇害。这就是震惊中外的皖南事变。
事变发生后，国民党封锁消息，妄图掩盖事实真相。可是，近万条人命岂是几句敷衍话所能了事的。
皖南事变发生，使得在抗战大局下的国共合作关系面临破裂的危险。如何善其后，便成为国共两党，也是全国政治的焦点。
皖南军事行动顺利得手，是出乎蒋介石意料的。此时，他对何应钦、白崇禧等军事领导人力主乘机取消新四军番号的建议，便一扫从前对“剿匪”作战计划的犹疑态度，变得明朗起来，而且一个月前美英两国刚刚宣布向中国提供大笔援助贷款，因此，对各方反应也颇为自信，估计除苏联可能反应强烈外，“此事对内、对外与对敌国皆可以生有效而良好之反响也”。显然是一番乐观气象。
（皖南事变中，突围出来的新四军一部）
在这种气象下，蒋介石很轻易地接受了军委会讨论的结论：宣布新四军为“叛军”，撤销新四军番号，将叶挺革职并交付军法审判。1月17日晚，国民政府军事委员会通令和国民政府军各委员会负责人谈论发表，次日刊于报端。
这个通令和谈话，把皖南事变引发的国共两党间的紧张关系，推向了又一个高峰，显示出蒋介石这时确有不怕分裂和打内战的思想准备。蒋介石把这次事变与“中山舰事变”等同看待。他在1月30日的日记上说：“解决新四军案，撤销其番号，此为国民革命过程中之大事，其性质或甚于民国十五年三日二十日，中山舰事件也。”
皖南事变的发生在中共中央的预料之内，其结果却远远出于中共中央意外之外。新四军军部在皖南全军覆没，使毛泽东和中共中央其他负责人极为愤怒。共产党对蒋介石制造皖南事变的阴谋和暴行进行了针锋相对的斗争。《新华日报》报道皖南事变消息，受到国民党新闻机关的蛮横扣压，在1月18日的报上开了“天窗”，周恩来在“天窗”上题词：“为江南死难者致哀！”“千古奇冤，江南一叶；同室操戈，相煎何急！”周恩来还亲自到重庆街头卖过这份报纸，以示抗议。
（皖南事变后周恩来在《新华日报》发表的题辞）
1941年1月20日，中共中央军事委员会发布了重整新四军军部的命令，任命陈毅为代理军长，刘少奇为政治委员。同日毛泽东致电周恩来、彭德怀、刘少奇，指出：“目前我们在政治上取猛烈攻势，而在军事上暂时还只能取守势，唯须作攻势的积极准备。”22日，中共向国民党提出十二条解决时局的根本办法。其主要内容是要求国民党停止反共，宣布自己完全错了，惩办祸首何应钦、顾祝同、上官云相，实行民主政治。
皖南事变的真相被披露后，国内外舆论均对国民党进行指责，对共产党抱以同情和支持。沦陷区上海各人民团体发表通电，呼吁停止内战。在香港的进步人士宋庆龄、何香凝、彭泽民等，致电蒋介石和国民党中央，要求撤销“剿共”部署，保护抗日力量和抗日党派。香港的许多大学教授联名致电蒋介石、呼吁停止内战，加强团结。海外华侨也纷纷发表通电、文章，反对民族分裂，反对反共内战。在国际上，苏联提出，如果蒋介石不停地反共，苏联将不再支援国民党政府的武装、贸易和军事人员。出乎蒋介石意料的是，英美等国也不赞成国共分裂、中国内战。
在内外责难接踵而至的处境下，蒋介石被迫力图缩小事件的影响范围。1月27日，蒋介石在发表“中央纪念周”讲话中表示：“政府此次制裁新四军，既然完全为整肃军纪、当然不牵涉其他问题，这次处置新四军，纯然为制裁违抗命令危害抗战的军队，对于其他遵守命令努力抗战的军队，因毫无关联，也绝无什么政治性质。现在抗战期间，凡遵守抗战建国纲领之一切个人团体和党派，政府绝对尊重，其应有人身自由与独立之人格，而予以法律之保障。只要不是利用武装军队抗拒法令的行为，即使有牵涉法律的问题，政府亦当根据法律正当手段来处置。”
蒋介石的讲话，尽管仍在责难新四军“违抗命令危害抗战”，但事实上也被迫表明不再进行反共军事摩擦的态度。正当蒋介石等制造同室操戈、豆萁相煎的民族悲剧的时候，日军集中了五个师团以上的兵力，于1月下旬分数路包围汤恩伯、何柱国、李仙洲、李品仙的军队于平汉路以东，开始发动豫南战役。日军的这个军事行动打乱了蒋介石的反共部署，也给正在酝酿斗争策略转变的中共以重大影响。随着蒋用于包围陕甘宁边区中央军的部分东调增援，华中地区国民党军队处境困难，毛泽东进一步判断，国民党反共军事进攻已经终结，因而其“剿共计划已经根本打破了”，“内战已可避免”，国共两党“已开始有了妥协的基础”。
3月6日，蒋介石在国民参政会上发表的演说虽然仍大弹其“军令”“政令”必须“统一”，但已不得不表示保证“以后决无剿共的军事”。此外，共产党参政员为抗议国民党制造的皖南事变，拒绝出席这次会议，但其他党派代表仍选举董必武为参政会常驻会员。蒋介石并约周恩来来谈话，表示许多具体问题（如释放被扣的人，继续给八路军发饷及减轻对《新华日报》压迫等）可以提前解决，这实际上是蒋介石被迫退让。至此，国民党内顽固势力制造的第二次反共摩擦被击退了。
皖南事变在日军无休止的攻势中虽然有了一个令双方都能基本接受的善后处理，但是它已经给抗日民族统一战线留下一道永远无法弥合的裂痕。统一战线之所以没有完全破裂，起决定作用的还是“一个民族敌人深入国土”这一事实。随着抗日战争形势逐渐的好转，国共之间的斗争将更频繁。
蒋介石在皖南对新四军从背后捅了一刀，但是皖南军事上的胜利却远远不能弥补事变造成的政治上的失利。中国共产党坚决贯彻执行“有理、有利、有节”的斗争原则，获得了全国人民的同情和支持，博得了国际舆论的声援。国民党蒋介石破坏团结，破坏抗战的行径遭到了全国上下的一致反对，也促进了对蒋介石抱幻想的人们的觉醒。中间党派意识到联合团结的重要性，3月份发起成立了中国民主政团同盟。民主政团同盟成立后，为宣传抗战、民主，反对妥协、独裁，为平衡国共两党的政治势力，调解两党关系，做出了不懈的努力。中间力量开始向中共靠拢，也表明了国民党地位的降低和共产党地位的提高，是两党力量对比发生变化的关键。
三、中国命运之争
（蒋介石阅读《中国之命运》一书）
1.中国，命运之船向何方？
1943年是世界反法西斯战争发生重大变化的一年。在欧洲战场，以斯大林格勒保卫战的胜利为转折点，法西斯力量节节败退。英美联军占领意大利南部，墨索里尼倒台，希特勒德国陷于孤立。太平洋战场，日本继中途岛海战失败后，已完全丧失了战略主动权，只是由于美英“先欧后亚”的全球战略，日本才得以苟延残喘。
蒋介石一直密切关注着国际局势的发展变化。盟国胜利的曙光初现，他就察觉到了。善于把握时机，贯彻自己政治意图的他，开始把思考的重心移向国内。是的，国内也发生了很大的变化，应该好好的审视一下了。
在国民政府和蒋介石的努力争取下，1943年1月11日，中美、中英签订新约，废除了两国在华特权。随后，中国又与比利时、挪威、加拿大、瑞典、荷兰、法国、瑞士、丹麦、葡萄牙等国签订了类似的条约。这样，百年来资本帝国主义强加给中国的不平等条约在形式上废除了。
日本战败只是迟早的事情，由此，蒋介石已经不认为外患是当务之急。当时中共领导的革命力量和抗日根据地已经渡过了难关，得到恢复和发展。这使得蒋介石火热的心头又生发了一丝寒意。“星星之火，可以燎原！”当毛泽东还在被他留学苏联的同志们讥讽、冷落的时候，蒋介石就已经意识到这个人是一个可怕的对手。蒋介石毫不怀疑毛泽东在农村点燃的就是燎原星火，从他上台的那一刻起，就不断地加紧了对红军的围剿，即使日本占领了东北，外敌打进了家门，他也不放弃“安内”的方针。蒋介石最头痛的其实并不是日本，而是毛泽东领导的革命力量。
在1941年初，会见苏联军事顾问崔可夫时，蒋介石就隐约表达了自己对两个对手的看法。蒋介石在回答崔可夫的提问时说：“日本不可能战胜中国！中国根本不可能战败。战争对中国只不过是生病。而一切病都会好的……而对崔可夫“疾病会导致死亡”的尖锐反驳，蒋介石斩钉截铁地声称，他“不认为疾病会导致死亡。死亡并不是疾病。没有病也会死。”蒋介石的这番话意味深长。
对于蒋介石来说，对日抗战并非完全是身不由己、被迫而行的选择，在他的谋略中，借抗日一并解决国内问题是不言自明的内容。国共政治理念的分歧则是国内问题的核心，蒋介石以“溶共”为关涉自己生死之事，任何一个可以利用的时机他都是不会放过的。1943年，国际国内的变化给他提供了太多的时机，第三次反共逆流也应运而生。
1月，美英等国相继放弃在华特权，废除对华不平等条约，重定新约。这是中国近代史的一件大事，反映了中国人民的意愿，符合国家民族的利益，因而得到了全国人民的拥护和支持。以重庆为中心的国民党统治区和以延安为中心的各敌后抗日民主根据地的人民都展开了声势浩大的庆祝活动。蒋介石的幕僚们在其中发现了巨大的宣传价值，乘机把庆祝平等新约的产生变成了对国民党及蒋介石的无限吹捧，以图借此兴奋剂的神力把一落千丈的国民党声望迅速提高起来，把蒋介石作为一国领袖的崇高地位烘托出来。
国统区庆祝活动所宣传的中心内容是，国民党“一贯光荣伟大”，蒋介石是“当之无愧的唯一民族领袖”，全国只有绝对以国民党为中心，完全听从蒋介石的安排，才能有抗日战争的最后胜利。国民党中央的一些人物也都按这一基调发表谈话，大讲国民党领导的“英明”，蒋介石的“伟大”。
三青团于1月20日发表《告全国青年书》称“感佩盟邦，更应自强；血汗换来，允宜宝贵；顾全历史，益励将来；感戴领袖，永矢忠贞；锻炼励志，担负艰巨”。
国民党中央则于1月16日公布了一份所谓50年来的外交奋斗史，论证废除不平等条约是孙中山的未竟之业，宣扬唯有中国国民党50年如一日为实现这一目标而奋斗不息，始有今日。并以此为据，宣称只有国民党才是领导中国抗日的唯一政党，全国要绝对服从它的总裁蒋介石等等。
就是在这种大背景之下，中国战区的最高统帅开始思考起中国命运的航向来了。1943年3月，正中书局出版发行了一本由蒋介石署名的书——《中国之命运》。这本书在两个月的时间内，印刷了130次，发行了130万册以上。《中国之命运》——书共分8章，21节，约10万字。
（第一章）是中华民族的成长与发达。在本章中指出中华民族固有的德性是忠孝仁爱信义和平，中国的立国之纲是礼义廉耻四维，此即中华民族的文化核心。
（第二章）是国耻的由来和革命的起源。他指出清朝入驻中国之后，以落后异族统洽中国，中国的民族思想就渐渐消灭了；清代残酷的杀戮和奴化政策是清朝时代中国落后的根本原因。然后，分析各个不平等条约的危害性和辛亥革命之成败。
（第三章）是不平等条约影响之深刻化。列举出了不等条约的十一种危害。
（第四章）是由北伐到抗战。为其反共辩解，认为中共党人违背了加入国民党时的信条，宣传共产主义，发动工农，因而共产主义要反，中共是“封建割据”；为其不抵抗政策辩护；鼓吹三民主义高于一切，包含共产主义，并提出“没有中国国民党就没有革命”。
