崇祯元年，陕西饥荒，延绥缺乏粮饷，固原士兵抢劫州府的库房。白水的起义军王二，府谷的起义军王嘉胤，宜川的起义军王左挂、飞山虎、大红狼等，同时一齐起事。有个叫高迎祥的安塞人是李自成的舅舅，与饥民王大梁聚众响应他们。迎祥自称“闯王”，大梁自称“大梁王”。崇祯二年之春，皇帝任命杨鹤为三边总督，缉捕他们。参政刘应遇出击斩杀了王二、王大梁，参政洪承畴打败王左挂，起义军逐渐感到恐惧。恰巧京都因事戒严，山西巡抚耿如杞救援王朝的部队哗变后向西开拔，延绥总兵吴自勉、甘肃巡抚梅之焕的勤王部队也溃散了，延绥巡抚张梦鲸被活活气死，洪承畴接替他，召用前总兵杜文焕督率延绥、固原的部队，命他因利乘便，相机剿伐。
崇祯三年，王左挂，王子顺、苗美等屡次战败，乞求投降。而王嘉胤在延安、庆阳之间抢掠，杨鹤招抚他们，不肯听从，竟从神木渡过黄河进犯山西。这时，秦地所征收的赋税有的叫“新饷”，有的叫“均输”，有的叫“间架”，名目日益增多，官吏借机作恶，谋取私利，百姓非常困苦。根据给事中刘懋的主张，削减了驿站，山、陕地区仰仗驿站吃饭的游民，无处觅食，就都追随起义军，起义军转而多起来。兵部郎中李继贞上书皇帝说：“延安的民众闹饥荒，将要全去参加起义军了，请用十万两库银来赈济他们。”皇帝不采纳。这时王嘉胤已攻克黄甫川、清水、木瓜三座城堡，攻陷府谷、河曲。又有神一元、不沾泥、可天飞、郝临庵、红军友、点灯子、李老柴、混天猴及独行狼等，到处蜂拥而起，有的劫掠秦地，有的向东入晋，攻占城堡，残害人命。官军东西奔驰追击他们，有的投降有的战死，一会儿被消灭了，一会儿又兴旺起来。延安的张献忠也聚众盘据八个寨子，号称“八大王”。
崇祯四年，孤山副将曹文诏在河曲打败起义军，王嘉胤逃走。随后，他又从岳阳突然进犯泽州、潞州，被他的左右随从杀死，同伙一致推举外号叫“紫金梁”的王自用当首领。王自用联合老回回、曹操、八金钢、扫地王、射塌天、阎正虎、满天星、破甲锥、邢红狼、上天龙、蝎子块、过天星、混世王等及高迎祥、张献忠共36营，20余万人，聚集在山西。李自成于是同侄子李过一道去追随高迎祥，与张献忠等会合，号称“闯将”，还没有什么名望。杨鹤因招抚起义军无成效被朝廷逮捕，洪承畴接替杨鹤，张福臻接替洪承畴，监督曹文诏、杨嘉谟等将领清剿起义军，所到之处都打了胜仗，陕西地区略为安定了。然而山西的起义军却十分兴旺，他们在宁乡、石楼、稷山、闻喜、河津之间抢掠。
崇祯五年，起义军分路四面出击，接连攻陷大宁、隰州、泽州、寿阳等州县，整个山西都震动了。于是罢免了山西巡抚宋统殷，派许鼎臣接替他，许鼎臣与宣大总督张宗衡分别督率各部将领。宗衡督率虎大威、贺人龙、左良玉等部8000人，驻守平阳，负责平阳、泽州、潞州等41个州县的防务。鼎臣督率张应昌、颇希牧、艾万年等部7000人，驻守汾州，负责汾州、太原、沁州、辽州等38个州县的防务。起义军也转移到磨盘山，把部众分为三路：阎正虎占据交城、文水，窥伺太原；邢红狼、天上龙占据吴城，窥伺汾州；王自用、张献忠突袭沁州、武乡，攻破辽州。
崇祯六年春天，明朝军队共同进兵，奋力出击。王自用害怕，就向前锦衣佥事张道浚乞降。条约还没有商定，阳和的军队袭击了王自用。起义军发怒，毁约离去。恰巧总兵官曹文诏率领陕西的官军来到，会同猛如虎、虎大威、颇希牧、艾万年、张应昌等将领联合进剿，多次战斗都大胜，先后杀了混世王、满天星、姬关锁、翻山动、掌世王、显道神等人，打败了自用、献忠、老回回、蝎子块、扫地王等起义军。这以后，自用又被四川将领邓王巳射死。山西的三支强大的起义军部队尽败。
当初，起义军攻破泽州时，分出一部分人，向南越过太行山，劫掠了济源、清化、修武等地，围攻怀庆。官军追击他们，他们就逃走了。另外的起义军又窜入西山，在顺德、真定间大肆劫掠。大名道卢象升奋力作战打退了起义军。起义军从邢台摩天岭西边下山，到达武安，打败总兵左良玉，黄河以北三府几乎全遭焚烧抢掠。潞王向皇帝上书告急，并请求保卫凤阳、泗州的皇家陵墓寝庙。皇帝下令特派总兵倪宠、王朴率领京城的守卫部队6000人，与众将领一道进剿。起义军听到这一消息后，想从河内奔向太行山。曹文诏截击了他们，于是不敢前进。在山西战败的起义军，也逃往黄河以北汇合，高迎祥、李自成、张献忠、曹操、老回回等都到了。京城的官军在后面紧逼，左良玉、汤九州等部在前面扼守，连续在青店、石冈、石坡、牛尾、柳泉、猛虎村交战，多次打败起义军。起义军想逃跑，被黄河拦阻，处境极为困难。起义军一向害怕曹文诏、张道浚，道浚先因事犯罪被谪贬戍边，曹文诏转战秦、晋及黄河以北地区，遇到起义军就打大胜仗，御史再次弹劾他骄狂傲慢，被调到大同去当总兵。起义军于是诈称投降，监军太监杨进朝相信他们，替他们上奏朝廷。恰巧天气寒冷，黄河河面结冰，起义军突然从毛家寨策马径直渡过黄河。河南各部官军没有扼守黄河的，起义军就连续攻陷渑池、伊阳、卢氏三县。河南巡抚玄默率领各将官以强大兵力对付他们，起义军逃入卢氏山中，由小道迳自奔向内乡，劫掠郧阳，又分兵劫掠南阳、汝宁，攻入枣阳、当阳，侵逼湖广。巡抚唐晖聚集兵士守卫辖区。起义军进犯归州、巴东、夷陵等地，攻破夔州，进攻广元，逼近四川，所到之处纷纷告急。
崇祯七年春天，朝廷特别设置了山西、陕西、河南、湖广、四川总督，专门办理讨伐事宜，派延绥巡抚陈奇瑜担任此职，派卢象升安抚管理郧阳，因为奇瑜曾在延水关打败起义军，颇有威名，而象升经历战阵通晓军事。于是奇瑜从均州入湖广，与象升一起进军，部队驻扎在乌林关，杀死起义军几千人。起义军逃奔汉南，奇瑜认为湖广不值得担心，就领兵向西进击。
当初，流贼从渑池渡黄河时，高迎祥部最强大，李自成隶属于他。等入河南后，自成和侄子李过联合李牟、俞彬、白广恩、李双喜、顾君恩、高杰等独自建立一支军队。李过、高杰善于作战，顾君恩擅长谋划。等到陈奇瑜的军队追来时，张献忠等奔往商、雒地区，李自成等在兴安的车箱峡陷入困境。赶巧两个月大雨，战马缺乏草料大多饿死，弓箭都脱落散架。自成采用君恩的计策，贿赂奇瑜身边的人，假装要投降。奇瑜思想上轻视他们，就答应了，发文书晓谕各将领约束兵士不要追杀他们，所过州县准备好干粮递送给他们。他们刚刚过了栈道，立即大声喧嚷，杀遍了经过的七个州县。而且略阳的几万起义军也来会合，起义军的势力更加扩大。奇瑜获罪被革职，而李自成的名声远扬。
接着，洪承畴接替陈奇瑜的职务，李乔任陕西巡抚，吴甡任山西巡抚。大学士温体仁对吴甡说：“起义军只不过是轻微的祸害，不用担心。”不久，西宁官军哗变，洪承畴刚刚接受命令向东进发，听说兵变后急速返回。高迎祥、李自成于是进入巩昌、平凉、临洮、风翔各府的几十个州县。打败贺人龙、张大礼的军队，杀了固原道的陆梦龙。围困陇州四十多天，洪承畴发文书命总兵左光先与贺人龙合力进击，大败起义军。恰逢朝廷也命令豫、楚、晋、蜀的驻军分四路进入陕西，高迎祥、李自成于是逃入终南山。随即向东出击，攻陷了陈州、灵宝、汜水、荥阳。听说左良玉将要来到，就把军营转移到梅山、溱水之间。部分起义军攻占了上蔡，烧了汝宁的外城。朝廷就命令洪承畴出潼关追赶起义军，与山东巡抚朱大典合力进击，起义军察觉。
崇祯八年正月起义军在荥阳会师。老回回、曹操、革里眼、左金王、改世王、射塌天、横天王、混10万、过天星、九条龙、顺天王及迎祥、献忠共13家72营，共同商量抵御敌人的办法，未作出决定。李自成献计说：“一人都要奋战，何况我们多达10万人呢！官军没有办法对付我们。应当分兵数路，各定进攻的方向，成败听凭天意。”大家都说：“同意。”于是议定革里眼、左金王抵挡四川、湖广的官军，横天王、混10万抵挡陕西的官军，曹操、过天星扼守黄河，高迎祥、张献忠及李自成等夺取东部地区，老回回、九条龙往来接应，配合作战。因陕西的官军精锐，所以增派了射塌天、改世王。所攻占的城镇，获得的男女玉帛一律均分。大家都按照李自成提出的办法去做。
以前，南京兵部尚书吕维祺担心他们向南方进犯，请求加强凤阳先帝陵墓寝殿的防卫，朝廷没给答复。等到高迎祥、张献忠率部东下，江北兵力单薄，固始、霍丘便都失守。起义军焚烧寿州，攻陷颖州，知州尹梦鳌、州判赵士宽战死，前任尚书张鹤鸣被杀。乘胜攻陷凤阳，焚烧皇陵，留守署正朱国相等人都战死了。此事上报朝廷后，皇帝穿着白色衣服痛哭，派官员到太庙祭告。逮捕漕运都御史杨一鹏，将他斩首示众，派朱大典接替他，大力征集军队以讨伐起义军。起义军就在旗帜上用大字写着“古元真龙皇帝”，众乐合奏，开怀畅饮。李自成向张献忠要看守皇陵的官署中擅长鼓吹乐的小太监，张献忠不给。自成发怒，同高迎祥一道西奔归德，与曹操、过天星会合，再次进入陕西。张献忠独自去了庐州。
洪承畴此时正赶到汝州，命令左良玉、汤九州、尤世威、徐来朝、陈永福、邓王巳、张应昌诸将分别扼守湖广、河南、郧阳各个关口险要之处，征召曹文诏任中军。文诏还没有到任，邓王巳就因军队叛乱而丧命。迎祥、自成从终南山出来，在富平、宁州大肆劫掠。老回回、献忠、曹操、蝎子块、过天星等，听说洪承畴出潼关，先后都跑到陕西，焚烧抢掠西安、平凉、凤翔各郡。洪承畴急忙回师援救，分派各将士攻老回回等，命令副总兵刘成功、艾万年在宁州攻打迎祥、自成。艾万年中埋伏战死，曹文诏发怒，再次进攻，也中埋伏战死了。起义军乘胜夺取地盘，杀人放火，火光照射到西安城里。洪承畴在泾阳、三原之间奋力抵御，决死战斗，起义军不能通过。献忠、老回回等从另一条路转攻朱阳关，守关将领徐来臣在军队溃败后死去，尤世威中箭逃跑。于是起义军都出了潼关，分为13营向东进犯，而迎祥、自成则率部单独留在陕西。
这时卢象升已改任湖广巡抚，总揽直隶、河南、山东、四川、湖广等地军务。皇帝命令洪承畴督率关中诸军，卢象升督率关外诸军。起义军的部队也分开活动，高迎祥掠取武功、扶风以西地区，李自成掠取富平、固州以东地区。洪承畴派将领追击李自成，获小胜，进驻醴泉。高杰和自成妻子邢氏私通，怕被诛杀，就挟持邢氏前来投降。洪承畴亲自追击李自成，在渭南、临潼激战，自成大败向东逃跑。迎祥也屡次战败，就向东越过华阴南面的原野，翻过山岭，同李自成一起出了朱阳关，与张献忠会合。冬季十一月，群贼迫近阌乡，左良玉、祖宽抵挡不住，于是起义军攻陷了陕州，进而攻打雒阳。河南巡抚陈必谦督促左良玉、祖宽援救雒阳，张献忠撤往嵩县、汝州。迎祥、自成撤往偃师、巩县，夺取鲁山、叶县，攻占光州，卢象升在确山打败了他们。
崇祯九年春天，高迎祥、李自成攻打庐州，未能攻下。攻破了含山、和州，杀了知州黎弘业及居于本籍的御史马如蛟等人。又攻打滁州，知州刘大巩、太仆卿李觉斯坚守州城，没能攻下。卢象升亲自督率祖宽、罗岱、杨世恩等将领前来援救，双方在朱龙桥交战，起义军大败，尸体充塞河道，河水因此断流。起义军向北攻打寿州，前任御史方震孺坚决守卫。转而向西，进入归德，边将祖大乐打败了他们。逃往密县、登封，前任总兵汤九州战死。起义军又分路进犯南阳、裕州，陈必谦援救南阳，卢象升援救裕州，命令祖大乐等攻打他们，几乎把高迎祥、李自成的精锐部队杀尽。起义军重新分兵再次进入陕西，高迎祥从郧阳、襄阳奔向兴安、汉中，李自成从南山越过商、雒，奔往延绥，进犯巩昌北部地区。左光先、曹变蛟各将领打败了他，自成逃到环县。不久，官军在罗家山失败，人马器械全部丧失，总兵官俞冲霄被抓获。李自成的势力再次兴起，进军围攻绥德，想东渡黄河，山西的官军挡住了他。又向西夺取米脂，喊来知县边大绶，说道：“这是我的故乡，不许虐待我的父老乡亲！”留给他钱，叫他修建文庙。准备袭击榆林，黄河水暴涨，很多起义军被淹死，于是改变进军路线，从韩城向西去。
当时卢象升及祖大乐、祖宽等都入京救援去了。孙传庭新任陕西巡抚，决心要剿灭起义军。秋季7月，在盩厔擒获高迎祥，押往京城到宫门前献俘，被肢解而死。于是起义军就共同推举李自成为闯王。这个月，进犯了阶州、徽州。不久，从汘干州、陇州出发，进犯凤翔，渡过渭河。
崇祯十年，进犯泾阳、三原。蝎子块、过天星都来会合。孙传庭督率曹变蛟连续作战7天，都取得胜利，蝎子块投降。李自成与过天星逃往秦州。进入四川，攻陷宁羌，击破七盘关，占领广元，总兵官侯良柱战死，于是接连攻陷了昭化、剑州、梓潼、江油、黎雅、青川等州县。剑州知州徐尚卿、吏目李英俊、昭化知县王时化、郫县主簿张应奇、金堂典史潘梦科等都被杀死。进攻成都，7天没有攻下，巡抚王维章因犯躲避盗贼罪被惩治。
崇祯十一年春天，官军在梓潼打败起义军，李自成逃往白水，粮食已耗尽。洪承畴、孙传庭在潼关原野合力进击，大败起义军。李自成丧失了全部人马，只同刘宗敏，田见秀等18人骑马突围，逃到商、洛山中躲起来。这一年，张献忠投降朝廷，李自成的势力更加衰弱。洪承畴改任蓟辽总督，孙使庭改任保定总督。孙传庭托病推辞，被逮捕入狱。这两个人离去，李自成稍稍得以安定。总理熊文灿正主张招抚，有探子报告说自成死了，他就更加松懈了。
崇祯十二年夏天，张献忠在谷城造反。李自成非常高兴，出山招回部众，部众又大量聚集。陕西总督郑崇俭派兵包围他们，下令说“包围敌军一定要留缺口”。李自成就从缺口逃走，突破武关，去依附张献忠。张献忠想算计他，李自成发觉后逃走了。杨嗣昌在夷陵督率部队，发文书叫他投降，李自成谎言相欺。官军把李自成围困在巴西、鱼复的群山里，李自成的处境非常困难，想上吊自杀，被养子李双喜劝住。起义军大多出山投降。有个叫刘宗敏的人，是蓝田的铁匠，最勇猛，他也想投降。李自成同他走入一座乡野林间的神祠，望着他叹气说：“有人说我应当做皇帝，何不去占卜一下，如果不吉利，你就砍下我的头去投降吧！”刘宗敏答应了，占卜了三次都吉利。刘宗敏回去，杀了他的两个妻子，对李自成说：“我誓死跟随您了！”军队里的壮士听说后，也有许多人杀了妻子愿意追随的。李自成于是把辎重全部烧掉，率领轻装的骑兵由郧阳、均州奔向河南。河南正闹大旱，一斛谷贵至一万钱，饥民跟随李自成的有好几万人。于是自成率众从南阳出发，攻打宜阳，杀了知县唐启泰。攻打永宁，杀了知县武大烈，还残害了万安王朱采钅轻。攻打偃师，知县徐日泰殉难。当时是崇祯十三年十二月。
