其余时间，徐黼谢绝一切世务，专心读书，对徐阶的学业，也严加督导。所以守孝三年，徐阶的学业突飞猛进。
三年制满，徐黼被朝廷安排到宁都（今江西宁都）上任。徐阶就在当年，经府院考试合格，成了秀才，进入县学深造。
在当时考中秀才可是件大喜事。因为这秀才又叫廪膳生，可以吃皇粮。一般情况下，国家提供给秀才的福利是一天一升米，足够两个人的口粮，生活中必需的鱼肉油盐等物，也由国家提供。可见当了秀才，就吃穿不愁，可安心攻读。人们所谓的穷秀才一说，不是说秀才穷，而是说秀才不上进，光吃政府的供给，又没有其他收入，一来二去，娶妻生子，一天一升米就不够了，日子就穷了。如果秀才成绩优秀，可被推荐到京师国子监（国立大学）去读书。被推荐到国子监的秀才，叫贡生，即地方学校向国家“贡献”的高才生。在国子监修业合格可安排工作，走上仕途，徐阶的父亲走的就是贡生这条路。此外，也可通过乡试、会试，或中个举人，或及第进士，那前途就更光明了。徐阶小小年纪，已是秀才，他的生活由国家承担起来，减轻了家庭的负担，岂不是大喜事。
可徐阶志不在此，他要走的人生路径早已规划定当——是由秀才而举人，由举人而进士，走上仕途，光大门楣，报效国家。
且说华亭县学就在府衙东南徐家桥之东，松江府学之边，玉带河之北，尊贤坊之内。这里原系华亭人徐进义的私塾，孝宗弘治三年（公元1490年），华亭知县汪宣把它扩建为县学，内有聚奎亭、崇文阁、讲堂。华亭一县的莘莘学子，就终日坐在这里求学。教谕王文昌，是平谷（今属河北）人，举人出身，是个饱学之士。但是徐阶还是小有腹诽，因为王文昌只是教读，开始时自己读两句，让学生们读两句，到后来就干脆让学生们摇头晃脑地朗读，谁的声音较低，就要受责。王文昌根本不作讲解，还振振有词，说“书读百遍，其义自见”。
徐阶就这样，每天从德丰桥家门出来，过谷阳桥往徐家桥，过玉带河绕过五神庙进入尊贤坊放学以后则原路返回。三桥一河一庙一坊周而复始。
转眼徐阶到了十六岁。
一天午餐之后，徐阶与同窗顾中立、王白谷散步到兴圣牌坊北边的池边。那里碧波涟漪，垂柳拂水，倒也安静，三人就议论起了《神童诗》。王白谷率先说：这神童诗》据说是宋代瑾县人汪洙所作其人九岁能做诗，后官至观文殿大学士足为吾辈楷模。顾中立望着水中的倒影，思索着。徐阶则先是点头首肯，然后脱口而出：“好学诚可为楷模，事业上就说不得了。”顾中立把视线从池水上移来，王白谷则半张着嘴，直望着徐阶。
徐阶接着说：“说起知识，汪洙肯定是装满了一肚皮，所以要用时思之即来。见孔庙破败，即能口占一诗：‘颜回夜夜观星象，夫子朝朝雨打头。多少公卿从此出，何人肯把俸钱修。’而县令召见他时，讥他‘你的衣衫好短，我还没见过短衣衫的神童’。他又能应声一诗云：‘神童衫子短，袖大惹春风。未去朝天子，先来谒相公。’可见知识多而才思敏。”这时顾中立插进来说：“既如此肯定汪洙，又为何评他‘事业上未必’呢？官拜观文殿大学士，难道还不算成就？”
徐阶哈哈一笑道：“学弟只知其一而不知其余。”徐阶比顾中立年长一岁，居然卖起老来。紧接着，徐阶说出了一番惊天的狂言。
徐阶说：“依我之见，知识与学问不是一回事，知识多多益善，但没有学问，就像那地基打得扎实而上面没有高耸的建筑一样，还是无用。”
顾中立说：“有些意思，但还是不太明了，何为知识，何为学问？”
王白谷从旁言道：“你说得太绕了，直白点不行吗？”
徐阶说：“直白点就是说知识是材料，学问是功夫，比如家家有厨房，放有各色的菜，这种种的菜就是知识，当然品种多多益善。学问呢？就是烹调的功夫。只有功夫到家，烹调出来的菜肴才能令人食指大动。老子不是说治大国若烹小鲜吗？管理国家，首讲学问。”
“说到汪洙，正因知识多，所以应对便捷，正因学问缺乏，所以难以为大宋王朝树大德业，建大功勋。吾辈求学，不仅求知识，更应求学问。孔圣人一部《论语》，讲授的就是做人的学问，做事的学问。‘太上立德，其次立功，其次立言’，这应该是吾辈的追求。”徐阶正思索如何再展开，讲得更明白点，却听得兴贤坊那边，传来了击掌声。
掌声过后，款款走来两人。一位是华亭县学教谕王文昌，身材不高，瘦削，长须飘动。另一位却是个大人物，华亭县令张仲贤，太原人氏，进士出身。见两人缓缓走来，他们不免感到意外，尤其徐阶，刚才的狂言不知是否被两人听见，这王文昌不就是轻视讲求的吗？
看来三人的担心完全多余，因为来的两位脸上都挂着笑容。立定以后，王文昌把三位学子一一介绍给张知县。而张知县呢，双臂交叉抱在胸前，连说：“好，好。”继而又对徐阶说：“继续讲，继续讲。”
这下徐阶蒙了，连忙说：“适才信口胡言，让二位大人见笑了，还望大人赐教。”王文昌看了看县太爷，意思是让县太爷训示。张仲贤依旧笑眯眯，对眼前的三个学生打量又打量，直看得三个少年局促不安起来，然后说：“读书不是目的，而是为了求知；求知不是目的，而是为了致用。这致用，就靠学问。这学问又分内外，内则修身，外则致用。”
说完，又问：“听懂了么？”三人垂手齐说：“谢大人教诲，听懂了。”不料张仲贤说：“听懂了，讲讲看。”王白谷率先说：“大人的意思，是不是讲勤读书，先学会做人，然后学会处事？”张知县嘉许地点点头，目光转向顾中立。顾中立说：“大人的意思，弟子认为讲的是读好书，内圣外王。”张仲贤点头说：“有点意思。”又把目光转向徐阶，徐阶见两位同窗讲了，县太爷不仅没批评，还给予肯定，便大着胆子说：“我明白大人的训示，大人是期许我们读书求知求学问，修身齐家治国平天下。”
说完，忐忑不安地等候训示。
听完徐阶的回答，张仲贤依然笑眯眯。突然，他提了一个怪问题：“如果风云际会，条件成熟，你们可以成为苏东坡、王临川，可以成为李白、郭子仪，可以成为姜子牙、比干，你们如何选择？”
这是一个石破天惊的大胆假设，是经书上完全没有现成答案的问题。三位学子想了想，王白谷率先回答：“学生愿效法苏东坡、李白。”顾中立说：“学生愿为郭子仪、姜子牙。”徐阶最后表态：“愿效王安石。”
张知县双手抱胸对王文昌说：“文昌兄，你有这样的学生，可喜可贺，孺子可教啊。”王文昌嘿嘿一笑，做了个“请”的姿势说：“各人头上一方天，天阴天晴靠运气，天大天小靠自己，到时候看他们各人的造化吧。卑职和大人还有话说呢。”徐阶三人垂手喊了声：“送大人！”
眼看这二位长者说说笑笑向聚奎亭走去。
且说张、王二人，走过聚奎亭，一拐，拐进了教谕房。室内一桌两椅，桌上文房四宝，窗外树影婆娑。看来这教谕房既是教谕办公的去处，又是县学图书处，一壁橱里一格一格放着学生名册表、成绩表、文章；另一面壁橱上则全是书籍。因是午间，县学工役都休息去了，王文昌亲自动手，泡了一壶茶。张知县笑说：“文昌兄，此处无外人，坐下说话。”王文昌说：“谢大人。”坐下以后，张知县说：“请文昌兄继续讲你的怪事。”
王文昌双手端起茶盏，向张知县做了个请的姿势，待张知县也端起茶盏，自己就抿了一口，说：“就在前天此时，卑职伏案假寐，居然做了个梦。梦见五位神仙，走到跟前，对卑职说：‘这几年小神遇到了一件难事，寝食不安，思来想去，只有来求老先生解厄了。’卑职一想，不好。莫非五神庙香火不旺，来向卑职打秋风了？谁知不然。那神仙道：‘小神的庙就在贵县学左近，近几年老先生的三个学生，早晚两次都从小神庙前经过，闹得小神不安。’卑职说：‘莫非尊神让这三个学生绕道？’那神仙笑说：‘那倒未必，只求老先生在路旁小神的庙前，筑一短墙，充作照壁便可。’说罢卑职就醒了。”
张知县深感好奇，便问：“左近好像没有庙啊？那五神又是何人？”
王文昌回答：“昨天卑职去左近踏勘了一番，左近只有一座庙，那就是玉带河左岸道旁的五神庙。昨天放学之前，卑职赶到五神庙不远处遥望，回家走过五神庙并在庙旁停留谈话的，就是刚才大人邂逅到的那三个秀才。至于五神，又称五圣，传说是追随太祖打天下阵亡的将士，人数太多，祭不过来，太祖就命把这些亡灵按五个一组，设五神庙，命江南地方祭之，所以南方这类小庙特多。”
张知县沉思片刻，说道：“子不语怪力乱神，我们读书人可不能妄信。不过这三个秀才，倒是孺子可教。将来能成大器，也未可知。那倒是国家之福，你我之荣了。如果王兄你信，本县也不反对，明天王兄差几个工役，去五神庙前砌个照壁吧。资费么，到时我拨过来就是。”说完又补了一句：“此事轻易勿对他人言讲，以免贻笑大方。”王文昌连声应允。
王文昌又问沉思中的知县：“依大人看，刚才那三个秀才，优劣如何？”
张知县说：“本县也只能说个大概，据三人的回答，造化都有一些。那姓王的秀才，文学上可能有成，比较爽直，爽直就不免轻率；顾呢，领会得也不错，恐怕能建功立业。只是那姓徐的秀才，好像比较审慎，沉得住气，思定而后言，颇为厚重。王安石推行变法以图强，要不是反对阵营太强大，司马光上台全面复辟，宋室当可一变积贫积弱的局面。此子愿效王安石，前程岂可限量？王兄不妨继续观察，因材施教，或许能为大明王朝造就出栋梁之才。”
寒窗苦读思人生竟如何倭寇袭扰知桑梓疾苦深
为了不辜负祖父厚望，徐阶连年寒窗苦读。他以先贤焦伯诚为榜样，勉励自己。说起焦伯诚，可是松江府内尽人皆知的人物。洪武年间，他隐居在广富林，昼夜读书。往往夜里读书至子时，然后入睡，卯时不到，又起床苦读，以至于相邻的农家，不用听公鸡啼晓，只须听到焦伯诚朗朗书声又起，就纷纷起床，准备早餐，然后下地干活了。焦伯诚苦读的名声传开，受到知县的表彰，得到知府的嘉许，直到上达太祖朱元璋。当时朱元璋刚登上皇位不久，百废待兴，人才奇缺，心想焦伯诚这样的人物，正好可树个榜样，鼓励全国的学子，勤勉读书，为国效力。于是朱元璋便下旨征召焦伯诚到南京，亲自接见，并安排焦伯诚参与主持礼部会试的工作。这是何等的荣耀！一介布衣，参与礼部会试的主持，这可是旷古未有之事！可是焦伯诚志在隐居，所以主持会试完毕，就想回到松江，继续他的隐居生活。太祖皇帝呢，让焦伯诚主持会试，目的是来个轰动效应，把“天子重英豪”的诗句，化为具体。目的既达，也就做个顺水人情，把焦伯诚放还广富林了。这样一来，焦伯诚的苦读佳话不胫而走，在全国的读书人之间传遍。焦伯诚就成了徐阶心中的楷模。
随着年龄的增长，徐阶越来越发觉前贤的有些文章、教诲，不能全盘接受，而应独具隻眼，有所取舍。教谕王文昌自从发生五神庙事之后，对徐阶等三人督促更严，同时也鼓励学生讲讲自己的心得，相互切磋，所以探讨之风，在华亭县学里也渐渐形成，而徐阶也渐渐崭露头角。
一天，王文昌讲解《孟子尽心下》之《尽信书，则不如无书》篇时，让学生们各自发表见解。多数学生的意见是，书本上的东西不能全信，认为“尽信书”的“书”是广义的书籍，“不如无书”的“书”自然也是广义的书籍，但徐阶不同意。他站起来说：“尽信书的‘书’专指《尚书》这本书，‘不如无书’的‘书’是泛指所有的书。”徐阶这么一说，引起了哄堂大笑。徐阶不慌不忙说：“孟子在‘尽信书，则不如无书’之后，紧接着说‘吾于《武成》，取其二三策而已矣’。《武成》是《尚书》中的篇目。可见前一‘书’指的就是《尚书》，说的就是《尚书》的记载不能全信。对《武成》，我只相信其中的二三页记载。”
“徐阶之见，自相矛盾了。既然前一‘书’指的是《尚书》，那么后一‘书’也应指《尚书》。应理解为‘尽相信《尚书》，不如没有《尚书》’。”同窗中一位衣着十分光鲜的同学反唇相讥了。
这时顾中立讲开了。他说：“徐阶的见解完全正确。《尚书》先贤们列为经典，经典也不可全信，那么其他书籍可想而知。就是这个意思。”
争论时王文昌只是聆听，突然冷不丁冒出一个问题，而且单挑徐阶。王文昌说：“既然后一‘书’指的是所有书籍，你能举例说明否？”
徐阶应声道：“《史记》载秦将白起夜坑赵卒四十万，就不可尽信。我华亭县人口三十六万余，谁有这能耐一夜之间坑杀乎？不免夸张了吧。”
县学展开的这场学术探讨，王文昌教谕没有下结论。只是说对前贤的著作要敬重，没有确凿的证据，不要轻易推翻。但独立思考是应有的读书方法，自然也应提倡。
此后，县学的这场争论，传开了，传讹了，不仅县学，就连松江府学的学子也听说了，许多学子愤愤不平，一致看法是徐阶急于出人头地，标新立异，毁谤前贤，太狂妄了。要求严惩徐阶，以正学风。徐阶承受着巨大的舆论压力。
