虽然郑经趁“三藩之乱”如此进攻，康熙皇帝仍将他区别于三藩，指示杰书：“对郑经宜用抚。”
杰书遵旨，第一次派佥事道朱麟、庄庆祚去厦门劝降。可是，郑经知吴三桂、尚可喜尚未被平定，清军无暇顾及台湾，也缺乏可以渡过台湾海峡的水师，口出狂言：“不按朝鲜例，断不从议，我师枕戈待旦，欲向中原而共逐鹿，光复旧业。”和议未果。
康熙十六年（一六七七年），杰书再一次派兴化知府卞永誉、泉州知府张仲举，会同福建绅士黄志美、 吴公鸿等，重去劝降郑经。为求东南沿海安宁，以便清军集中力量对付吴三桂，杰书在未奏请康熙帝的情况下，不提削发登岸，只要求郑军退出金门、厦门，撤回台湾，两相息兵。郑经得寸进尺，要清廷让出漳州、泉州、惠州、潮州四个府，及福建沿海诸岛，并供给军饷，作为罢兵的条件。另外还凭借海洋之险与强劲舟师，攻占了海战要地海澄。
杰书奏报朝廷，康熙帝决定暂且把郑经搁在一边，继续分化招抚郑经的部属，削弱其力量，为最终统一台湾奠定基础，并书降旨云：“郑经虽无降意，其附逆兵民有革心向化者，康亲王仍宜招抚。”
为使这一战略方针付诸切实执行，康熙亲自遴选人才，于康熙十六年五月擢升屡立战功的姚启圣为福建总督，按察使吴兴祚为福建巡抚，杨捷为福建水陆提督总兵官，并郑重叮嘱：“此计非一日即能见效，须花费数年，尔等认真去做，功到自然成，收益不可限量。”为平定郑氏政权的割据势力做了人事上的大力准备。
姚启圣等遵圣旨走马上任后，添置炮台，严密封锁，断绝郑军粮饷。同时也展开了全面的招抚活动，采用了一系列与上不同的举措：一改前任怀疑郑氏集团中人在闽亲友附逆而肆意株连的政策，公告周知，勿以莫须有加害无辜，即使以前确曾附逆资逆的，只要洗心革面，忠于朝廷者，非但不予追究，技勇出众者还可给予任用，委以参将、游击、都司、守备等职。姚启圣还在漳州设立“招贤馆”，接纳台湾反正文武官员及军士，文官按原衔申报补官，武官一律保留原职。军士愿入伍者，即可编列领饷，要求归农者送回原籍安置，先前投城后逃去今又复来者，一视同仁，照样优待。派精干人员打入郑军内部，暗中联络鼓动郑军官兵弃暗投明。郑经不顾自身力量，趁“三藩之乱”反攻大陆，不但未获成功，反而损兵折将，财源枯竭，不得已而暴索横征，又裁减军饷，引起军民不满乃至反抗。
清朝在东南沿海实行海禁政策，沿海居民迁徙，不许下海。这是一把双刃剑，虽然限制并打击了郑经集团，但是同样不利于大陆沿海居民。
台岛军心民心皆不稳，士气涣散，纷纷起义降清，至康熙十九年（一六八零年）的两三年间，降清者多达13万人。
清军趁机出击，进攻盘据在厦门等地的郑军，连战连胜，海澄、厦门、金台等地很快得以收复。郑经丢失了全部外岛后，带着千余人狼狈地逃回台湾。台湾沿海岛屿重又回到清廷手中。
郑经被逐出福建沿海后，姚启圣奏请趁胜追击，攻取台湾，然而，福建水师提督万正色却不愿意，理由是：缺乏足以跨海东征的精锐水师，澎湖列岛又在郑经手中，进舶无所， 粮运不济，不可轻易进取。大臣们中也多数以水师兵力，军需接济等困难，主张暂缓攻台。
康熙充分听取臣下奏议后，下诏：“暂停进兵，令总督、巡抚等招抚贼寇，如有进取机宜，仍令明晰具奏。” 从这道诏令可知，康熙还是一心要和平统一，也不放弃武力解决，且辅之于行动：严饧万正色训练水师，从浙江、湖广地选调战船百艘，洋炮20门充实福建水师，令姚启圣安定地方，囤积军粮，以供战用。
郑经逃回台湾后，因连年征战劳累，加之丢城失地，损兵折将，心情抑郁，身体每况日下，康熙二十年（一六八一年）正月二十七日，郑经暴病归阴，按其生前安排，应由郑克塽继任延平郡王位。早在康熙平定三藩不久，割据台湾的郑氏家族发生内讧。起因是一六六二年郑成功病逝后，其子郑经立。一六八一年，郑经死后，其部将冯锡范等杀死了郑氏的继承人，改立郑经次子克塽继承延平王位。不少文武大臣跟着在这场权力斗争中遭殃，郑氏集团复又出现了严重混乱。由此争权引发的内讧耗尽了郑氏政权的内力，驱走了一批精熟水战的将军、都督、总兵等，并流失了大并不是的船舰器械装备，军事力量大大削弱。
康熙二十年（一六八一年），正是乘郑经病卒、其子郑克塽年幼初立和台湾本土出现内讧之际，清总督姚启圣认为这正是“天亡海逆之时也”，即与喇哈达及水陆各镇总兵秘商，联名向康熙上奏：“会合水陆官兵，审机乘便，直捣巢穴……台湾孤悬海外，处处皆险，统师远剿，时地难测，非臣等年敢擅定也。”康熙见奏，即下诏旨，令姚启圣等“宜乘机规定澎湖、台湾”，并训谕总督、巡抚、提督、将军等福建前线大员务必“同心合志，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆， 毋误事机。”大帝决定发兵统一台湾在此情况下，决心为了国家统一收复台湾。七月，康熙下诏“以施琅为福建水师提督，与将军总督等统舟师进取澎湖、台湾”。
但是此令一出，谁任水师提督直接指挥此次海战，又让康熙犯了难。因为原师提督万正色早在康熙十九年（一六八零年）四月就主张“沿海设戍，以因疆隅”，提出在海澄、厦门、浯屿、金门等滨海要冲之地遣兵三万，设镇分防，不时巡缉，即边海可安。持“台湾断不可取”的主张，若让此人继续担任水师提督，此次艰巨海战，取胜是不可能的。于是，康熙断然任命谙熟军事、才干优长、极富海战经验、海贼甚畏的施琅为水师提督。并下过指令给议政王大臣等：“原任右都督施琅，系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟悉彼处地理，海寇情形，可仍以右都督充福建水师提督总兵官，加太子太保，前往福建，到日即与将军、总督、巡抚、提督商酌，剋期统领舟师，进取澎湖、台湾，其万正色改为陆路提督。”施琅上任离京时，康熙即赐食并配鞍马一匹，还赐言：“尔至地方，当与文武各官同心协办，以靖海疆，海氛一日不靖，则民生一日不宁，当相机进取，以副朕委任之意。”（《康熙起居注》）施琅上任后，督造战船，训练水师，选拔将才，以全副精力准备征台。他主张以战逼和的方针，采取避免在台湾本岛作战，先取澎湖，逼降台湾的战略。
康熙二十二年（一六八三年）初即有不少澎湖军民归降朝廷。六月十四日（一六八三年七月八日）施琅率兵两万余人，乘战船二百余艘直逼澎湖。为便于指挥作战，每一艘战船的风帆上都写上了主将的名字。郑克塽则派勇敢善战的刘国轩守澎湖，率二百多艘战舰和近两万人的军队迎战。六月二十二日，施琅率清军强攻澎湖本岛，将水师兵分三路，以总兵陈蟒和董义为左右翼，各率战舰五十艘，分别进攻鸡笼屿和牛心湾，以作牵制；施琅自率战舰百余艘为中路直攻娘妈宫（今澎湖本岛西北角）。施郑两军展开激战，历时七昼夜。施琅右眼负伤，游击兰理中炮“腹破肠流出，为掬而纳诸腹，持匹练缚其创。理呼杀贼，麾兵进“（《清史稿》）卷二百六十一·兰理传）。清军奋勇大战，击毁郑军战舰一百九十艘，歼灭郑军主力一万二千余人，浮尸遍海，迫使郑军四千二百余人投降。澎湖大战，郑军大败。郑军主帅刘国轩见大势已去，狼狈地只带剩下战船三十一艘，残军数百人，狼狈逃回台湾本岛。台湾内部震动，刘国轩力主投降，康熙大帝乘胜降旨招降。七月十五日，台湾地方当局派人献上地图名册和投降书。八月十三日，施琅率清军登陆台湾岛。
澎湖战败，郑克塽等亦极为恐慌。施琅进行政治争取工作，对被俘的台湾兵将，优礼相待，赏给银米。八百名伤残者医治之后，释放回台，令他们宣示招抚之意，台湾民众“莫不解体归心，唯恐王师之不早来”（阮锡《海上见闻录》）。郑氏已无抵抗能力，于七月二十七日向清军奉表纳降，呈交延平王金印和户口土地册籍。康熙接受投降，优待郑氏，称：“尔等从前抗违之罪，全行赦免。仍从优叙录。”（《清圣祖实录》卷一百一十一）。郑氏人众都得已妥善安置。台湾遂告统一。
削平割据后，对台湾的管辖问题提至议事日程，不少大臣认为台湾乃弹丸之地，孤悬海外，宜迁其人，弃其地。但姚启圣、施琅等人坚决反对弃台。施琅因此还上疏康熙，直陈台湾地势地位，认为台是江、浙、闽、粤之左护要地，加上台湾人口密集，发迁徙令必至民众不满。另如不守台，又恐对之垂涎三尺的荷兰人卷土重来。康熙得此切实之陈言，断然决定留守台湾。
康熙二十三年（一六八四年），清廷在台湾始设一府即台湾府与台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省，置巡道一员分辖，总兵官一员，副将二员，兵八千。在澎湖设副将一员，兵二千，分为二营，每营各设游守千名左右官员。康熙任命参领杨文魁为第一任福建台湾总兵官，在杨文魁上任时，康熙还特意面谕：台湾远在海隅，新经底定，彼处新附兵丁，以及土人黑人种类不一，你到任之后，务期抚辑有方，宜用威者慑之以威，宜用恩者怀之以恩，总在兵民两便，使海外晏安……台湾以海洋为利薮，海舶商贩必多，尔须严饬，不得因以为利，致生事端。”自此，台湾结束了由郑成功起历经郑氏家族三代为期二十余年的偏安局面。在清朝中央政府的统一管理下，百官到任，编户籍，定赋税，通商贾，兴学校，台湾正式隶属于清朝政府管辖之下，康熙大帝终于实现了台湾与祖国大陆统一的盛世。台湾与大陆的关系亦更加密切，促进了台湾的开发，同时巩固了大清的海防。
§§§第三节 抵抗沙俄 刻不容缓
东北地区，本是大清的“龙兴之地”，皇太极时，即完成了松花江、黑龙江两江流域的统一，使之最入大清版图。而在清军入关定都北京后，广大的东北地区的满洲八旗将士家口和仆人大多从龙入关，广大的东北地区有土无人，成了不设防之地，给了沙皇俄国入侵以可乘之机。抵抗沙俄，刻不容缓！
沙皇俄国本是欧洲的一个国家，与中国并不接壤。但是自明朝万历十年（1582年），沙俄的哥萨克骑兵开始越过乌拉尔山进入了亚洲地区。五年后，他们建立了一座叫做“托博尔斯克”的城堡。成为了沙皇俄国在西伯利亚的扩张基地。明崇祯十六年，当明朝与皇太极统帅的八旗军队，在山海关外激战的时候，沙皇俄国的一直带有侦察小股部队，首次进入了黑龙江流域。顺治六年（一六五零年），沙皇俄国派出了一支七十人的部队，占领了清朝的雅克萨城。八年后，沙皇俄国的军队更是进一步占领了清朝设防空虚的尼布楚城。沙皇多次遣使来华，要求建立外交和通商关系，但因俄国侵占中国领土等问题而遭到清政府拒绝。
康熙二十年（一六八一年），历时八年的“三藩之乱”全部平定。从这时候起，康熙就着手全面加强东北边防，储备粮食，建筑仓库，增加运输船和战舰，设立驿站系统，开辟沟通辽河、松花江和黑龙江的交通干线，并在瑷珲、呼玛尔和额苏里等地建立木城，置兵屯守，以防止沙俄的进一步入侵进行军事上的反击准备。在此期间，康熙皇帝还派官到雅克萨，通过外交谈判手段与俄方交涉，但没有结果。
康熙二十一年（一六八二年） 春天，康熙皇帝还亲自出巡东北，视察盛京和吉林乌喇等地的军事防务，做好抗击沙俄侵略军的充分准备。
康熙二十四年（一六八五年）四月二十八日，康熙帝下令都统彭春、副都统郎坦、黑龙江将军萨布素、建义侯林兴珠等，统领满、蒙、汉、达斡尔人组成的军队两千余人，分水陆两路军进取雅克萨城。
康熙二十四年（一六八五年）五月三十日，清军自瑷珲出发，七月二十四日抵雅克萨城下，当即向俄将托尔布津发出分别用满、蒙、俄三种文字书写的通牒，命令他们立即从雅克萨城撤走。俄将托尔布津不从。七月二十六日清晨，俄军发起进攻。他们从上游乘筏赶到雅克萨增援，持兵器来犯，中国士兵“直跃上筏”，把他们全部歼灭。当晚清军开始攻城，一面“于城南进兵，设挡牌土垄，施放弓弩”，一面“潜进红衣炮于城北攻之”，并“于两翼设神威将军炮夹攻”。同时，彭春、郎谈等还在城东南江面密布战船，以防敌人从水上逃走。经过彻夜激战，沙俄侵略军死伤累累，力竭势穷。七月二十七日清晨，郎谈又下令在“城下三面积柴，将焚城”。托尔布津走投无路，出城到清营乞降。托尔布津撤出雅克萨城退到了尼布楚。
原本在当地各族部民的帮助下收复了雅克萨，可是雅克萨收复后，清军焚毁堡垒后没有派兵驻守即撤出了雅克萨城，退到了瑷珲等地。
俄军撤到尼布楚后，派人前来侦察雅克萨城，获悉清军已全部撤走。同年六月，托尔布津带领七百余人，携带大炮和弹药重新窜回雅克萨城。他们重建被毁的雅克萨城，四周围以方形土墙围住，宽四俄丈，高一俄丈半，上面架设大炮，城堡中修盖了火药库、军需仓库和粮仓。城外挖壕，壕外竖栅，直到江边。俄军的这一背信弃义的行为引起清廷的极度愤慨。康熙二十五年（一六八六年）三月，康熙皇帝命令清军再次讨伐。
康熙二十五年五月二十八日，黑龙江将军萨布素等率军两千余人，分水陆两路，又一次重重包围雅克萨城，再次发动自卫反击战，勒令沙俄侵略军投降，但托尔布津不答理。清军考虑到沙俄侵略者必死守雅克萨，等待援兵，且考虑隆冬结冰后，舰船行动、马匹粮秣等都会引发不便，于是在清军在城外“掘长堑，立土垒以围之”，断绝城中水源。俄军多次想冲出城外，企图夺围，都被清军逐回。清军又用大炮猛攻敌堡，致敌以重创。这一年九月，托尔布津被清军炮弹击中腿部毙命，改由杯敦代行指挥，继续顽固抵抗。不久，严冬来临，俄军困守孤城，饥寒交迫，加之坏血病流行，死者遍地。到一六八七年初，826名俄军仅仅剩下150人，到春天又减至66人，再也无力抵抗。当时还很贫弱的沙俄一时无力大规模用兵，不得不接受清朝提出的和平建议，决定同清政府谈判。康熙接受了俄国的议和请求。
康熙二十七年（一六八八年）五月，康熙皇帝派遣索额图前往外蒙古同沙俄谈判，沙俄暗中驱使噶尔丹进攻喀尔喀蒙古，因溃卒弥漫山谷，使团无法行进。经奏准，使团回京，并告俄方。由于当时出现了蒙古噶尔丹的这次严重威胁，康熙皇帝希望与沙俄迅速缔结和约，又指示可以把尼布楚让给俄国。
