苏轼刚到京城，张方平的儿子张邦恕来求他为其父写墓志铭。张方平是北宋重臣，在国家的内外政策方面提了许多建议，为政清廉刚正，“然至言天下伟人，则必以公为首”。晚年学习佛学、道学，“得佛老之妙”，病重弥留之际，面容“凛然如平生，有星陨于北墉。及亮，赤气自寝而升，里人望而惊焉”，当时是元佑六年十二月二日，享年85岁。在京城任尚书右垂的苏辙为张方平请求溢号，“诏有司议谧曰文定”。元佑七年八月九日，张方平的灵枢归葬于宋城县永安乡仁孝里。张方平最早发现了苏氏父子三人，并把他们推荐到京城，与三苏长期保持友好关系。在张方平归葬之际，苏轼饱含深情写了《张文定公墓志铭》，详细记录了张方平的一生。这篇墓志铭选材详略得当，运笔流畅自如。
苏轼进京后兼任卤簿使。这一年，皇帝亲到南郊祭祀，苏轼引导大驾人太庙，有贵戚乘车跟从，争道而不回避车仗和护卫。苏轼很气愤，就在车中向皇帝弹奏这件事。第二天，中使传达命令告诫有司，要求严整仪仗。
苏轼的幼子苏过随着父亲任兵部尚书，他也任职右承务郎。苏过字叔党，时号“小坡”，以一首《点绛唇》词享誉京城：
高柳蝉嘶。采菱歌断秋风起。晚云如髻，湖上山横翠。
帘卷西楼，过雨凉生袂。天如水，画阁十二，少个人同倚。
全词构思新颖，秀媚有致。它通过对初秋景物的描写，含蓄地表露了怀人之情，上阕写景：高柳蝉鸣，菱歌四起，晚云如髻，湖山横翠，一派清秋景色。下阕抒情：帘卷西楼，雨后生凉，独自倚栏，顿生怀人之情。
苏轼进京时间不长，又以端明殿学士、翰林侍读学士充礼部尚书，兼侍读。然而儿子们长大成为有用之人使他脸上表露出的欣喜之情还没有退去，他的继室王润之于进京后的第二年八月因病去世。享年46岁。王润之对丈夫体贴人微，把心思整个用在照料丈夫饮食起居上；苏轼在《后赤壁赋》中写道：“归而谋诸妇。妇曰：我有斗酒，藏之久矣。以待子不时之需。”，只这么几句话，就把王润之对困境中丈夫的一片真情表露了出来。苏轼对妻子的去世悲痛异常，他以后再也没有续娶正室。
王安石旧党不但在各地制造舆论攻击朝政，也想方设法通过各种途径挤人朝中任职。先是朝廷任命一个叫李清臣的人为吏部尚书，给事中范祖禹等几个不同意，封还了诏书。朝廷后来又要任命蒲宗孟为兵部尚书，苏辙坚决反对，上奏说：“前番任命李清臣，给谏纷然，争之未定。今又用宗孟，恐不便。”太皇太后问：“那么这些地方缺官怎么办？”苏辙说：“尚书网官已数年，何尝阐事？今日用此二人，正与去年用邓温伯无异。这三个人，并没有什么大恶，但他们过去与王硅、蔡确等人并进，他们的政见与今日圣政不合。现在尚书共缺四人，若一起用这四个人，使党类互进，恐怕朝廷从此就不安定了。”朝廷听从了苏辙的建议。
作为皇帝的师傅，苏轼对哲宗的思想变化了如指掌，为此忧心如焚。随着时间的推移，哲宗渐渐长大了，有了自己独立的思想意识，其刚惶自用听不进忠言的性格特点也暴露了出来。哲宗对神宗以法治国的政治策略很崇尚，对王安石的学说情有独钟，对熙宁、元丰时的旧臣很是同情。面对此种情形，苏轼与吕希哲、范相禹等几位大臣商议之后，把唐德宗时宰相陆蛰所作的奏议进献给哲宗，希望皇帝能从中有所感悟，学到正确的治世方法，避免政权动荡不安。为此，苏轼写了《乞校正陆蛰议上进札子》。陆蛰何等样人也？苏轼介绍道：“才本王佐，学为帝师。论深切于事情，言不离于道德。智如子房，而文则过；辩如贾谊，而术不疏”。陆赞所作的奏议在当时有什么作用？“德宗以苛刻为能，而赞谏之以忠厚；以猜疑为术，而赞劝之以推诚；好用兵，而货以消兵为先；德宗好聚财，而赞以散财为急。至于用人听言之法，治边驭将之方，罪己以收人心，改过以应天变，远小人以除民患，惜名器以待有功，如此之流，未易悉数”。很自然，苏轼这篇札子针对性很强，从以后的时局发展来看，他的担心不是多余的。
苏轼实在是太优秀了，他一回到京城，把当权的大臣比得没一点光彩，逼得众人联合起来要赶走他，正应了古人所说的“木秀于林，风必摧之”这句话。在许多人暗中支持下，谏官黄庆基向苏轼发了难，说他“公然指斥先帝时事”，并说他“妄用颖州官钱，失人尹真死罪，及强买姓曹人田等”。朝廷经过调查了解，“已察其奸，罢黜其人”。苏轼为了保持人格，在忍无可忍的情况下奋起反击，写了《辨黄庆基弹劫札子》，对黄庆基弹幼他的不实之词，一一进行了有理有据的反驳。苏轼对黄庆基所用的诬陷手法十分气愤，他指出“自熙宁、元丰间，为李定、舒宜辈所谗，及元佑以来，朱光庭、赵挺之、贾易之流，皆以诽谤之罪诬臣。前后相传，专用此术，朝廷上下，所共明知。然小人非此无以深人臣罪，故其计须至出此”。在说到“庆基所言臣强买常州宜兴姓曹人田地”这件事时，苏轼详细介绍了此事的来龙去脉，说是他当年任黄州团练副使时，“托亲识投状依条买得姓曹人一契田地”。后来这个姓曹的人找到苏轼赖账争地，转运司派官员来审理此案，姓曹人供认自己是没道理的胡搅蛮缠，以法把田地断给了苏轼。苏轼当了京官后，“憨见小民无知，意在得财”，“不欲与之计较曲直，故于招服断遣之后，却许姓曹人将原价收赎，仍亦申尚书省及碟本路施行”。由此可见，苏轼不与“小民”争利，其精神境界是高尚的。
由于受到黄庆基等人的打击排挤，苏轼再也无心做京官，上了《乞会稽》奏书，希望能在南方的青山绿水中去安度晚年。尽管他对政事厌倦有了归隐的打算，但他还是放不下国事，当蒋颖叔被任命为西河帅时，他马上写诗鼓励老友守牢西北边防：“使君九万击鹏鲲，肯为阳关一断魂。不用宽心九千里，安西都护国西门”。（《再送蒋颖叔帅西河二首》）
苏轼乞求出京的奏书呈上去后，他的心已飞向东南胜地：“梦境吴山却月廊，白梅庐桔觉犹香。会稽且作须臾看，从此归田策最良。”（《汉公乞诗复用前韵》）他想尽快能在西湖畔定居，与参寥等好友同享山水之乐：“逝将江海去，安此糜鹿姿。”（《次韵钱穆父会饮》）然而，朝廷迟迟不答复他的请求。
九月，朝廷命苏轼以端明殿学士兼翰林侍读学士……礼部尚书出知定州。在此以前，宋哲宗在高太后病重期间，开始起用变法派人士，显露出恢复新法的苗头。高太后刚去世，苏轼的任命就下来了。苏轼几次请求辞免，哲宗都不准。九月十四日，他与弟弟苏辙在东府雨中话别时，就预感到朝中形势将会逆转，以很沉重的心情写了一首《东府雨中别子由》诗：
庭下梧桐树，三年三见汝。前年适汝阴，见你鸣秋雨。去年秋雨时，我自广陵归。今年中山去，白首归无期。客去莫叹息，主人亦是客。对床定悠悠，夜雨空萧瑟。起折梧桐枝，赠你千里行，归来知健否？莫忘此时情。
苏轼元佑六年知颖州（汝阴），元佑七年知扬州（古名广陵），元佑八年又要去定州（古中山国）任职，故有“三年三见汝”之句。诗的格调十分悲伤，发出了“白首归无期”的哀叹；对手足之情恋恋不舍，对以后兄弟能否再次相会已没有十足的把握，只求两人记住分别时的情景。
十月，苏轼到达定州，但他仍关注着朝廷的变化，当听到乘间伺隙的小人进言“太皇太后不当改先帝之政，逐先帝之臣”时，忧心如焚，忙写《听政札子》呈送哲宗。在这篇札子中，苏轼以“久备讲读”的身份，对高太后的功绩进行了回顾：“神宗寝疾，已不能出号令。陛下年始十岁，太皇太后内定大策，拥立陛下，储位遂定……临朝九年，未尝少自娱乐，焦劳刻苦，以念生民……身当其怨而使陛下坐收肃清之功。”接下来，苏轼又颂扬了哲宗在高太后病重期间“躬亲药膳，衣不解带，忧瘁泣涕，形于颜色”的孝行，在高太后去世后“下诏发扬太皇太后盛德，推恩高氏”的表态，他希望哲宗行仁政，谨守已有法度，千万不要听信小人之言而轻易改变朝政，免得“陛下他日追悔无及”。这时的宋哲宗已不是“上虽恭默不言，闻公所论说，辄首肯喜之”（《亡兄子瞻端明墓志铭》）时的小孩子了，已具有自己主见，苏轼的话根本听不进去。
时任门下侍郎的苏辙此时十分谨慎，尽量避免卷人党派争斗的政治漩涡中去，只忧虑地注视着事态的发展变化。高太后在去世前10天左右，在病床旁接见了苏辙、范纯仁等6名进宫探病的大臣。高太后对大臣们说自己恐怕无法治愈疾病了，不可能长期看着你们几位大臣了，她只希望大臣们一如既往地尽力服侍皇帝。最后，太后当着皇帝的面对留下的两位重臣说了真心话：她死之后，皇帝必会启用一批新大臣，留在朝中会受到他们的捉弄。她语重心长地对这两位重臣说“我死之后，你们还是辞官归隐吧。”元枯八年（1093）九月三日，高太后驾崩。随后长期被贬的元丰旧党纷纷调回京城，担任起朝廷要职，大有山雨欲来风满楼之势。
宋哲宗在亲政后的第二年正月，告庙改元，以“绍圣”为年号，其意思是告知国人他要继承神宗的治国方略了。接下来，立即起用李清臣为中书舍人，邓润甫为尚书左丞。此两人得志后向皇帝进言，准备逐渐恢复熙宁、元丰时期的一些旧政。在朝廷举行的进士考试中，李清臣出策题，有意为王安石变法翻案而制造舆论。
苏辙忍耐不住了，他明知此时上谏皇帝阻止他恢复神宗时旧政是很不明智的，很容易惹祸上身，但他还是挺身站了出来，上谏皇帝说：“伏见御试策题，历诋近岁行事，有绍复熙宁、元丰之意。臣谓先帝以天纵之才，行大有为之志，其所设施，度越前古，盖有百世不可改者。在位近二十年，而终身不受尊号。裁损宗室，恩止祖免，减朝廷无穷之费……凡如此类，皆先帝之睿算，有利无害，而元佑以来，上下奉行，未尝失坠也。至于其他，事有失当，何世无之。父作之于前，子救之于后，前世相济，此则圣人之孝也。”
苏辙又列举了汉武帝、昭帝、光武及本朝先帝为政的一些得失劝哲宗“慎勿轻事改易”。他说：“若轻变九年已行之事，摧任累岁不用之人，人怀私忿，而以先帝为辞，大事去矣。”
哲宗看毕奏折，认为苏辙不该引用汉武帝的事来批评宋朝先帝，心里很不高兴，于这年三月将苏辙落职，以端明殿学士知汝州。苏辙心情平静地接受了这个现实，很快去了任所。
宋哲宗绍圣元年（1094）夏初，曾权倾一时的王安石变法的中坚人物章悴当上了宰相，其旧党纷纷进京任职：声名不佳的“双面人”吕惠卿回朝升了官，王安石当年的另一名亲信曾布也回朝担任要职，遭苏辙弹劫的蔡京也进人了朝廷权力中心。这些人围绕在哲宗周围，首先鼓动皇帝提出了“绍述”（即恢复祖先作风）的口号，决心推行神宗时的经济政策。为了进行疯狂的报复，他们使用各种手段使哲宗相信，元枯期间重用的大臣都与皇帝为敌，并与高太后串通在一起企图推翻哲宗的皇位。这位年轻的皇帝相信了章悴等人的说法。
在这里还不得不介绍林希其人。林希与苏轼曾是同僚又是好友，苏轼曾推荐过林希，罢杭州知州后林希为接任人。神宗时期朝廷要林希出使高丽，他怕形于色，表示不愿意去高丽，使神宗发了怒，贬其为地方官。章悼当了宰相后与同伙商议说：“元佑初年司马光为相时，用苏轼知制浩替皇帝起草诏书，所以能鼓动四方。现在我们在哪里能寻到这样的人才来使用呢？”有人说：“林希可以用。”章惊立即把林希找来，说了自己的想法，并且许诺事成后推荐他执政。林希因为久不得志，表示甘心为章停效劳，就留在京城做了中书舍人。以后朝廷中有关推明绍述，罢黜迫害元佑群臣，林希都参与了暗地里的策划商议。司马光、吕公着、吕大防、刘挚、苏轼、苏辙等几十个人的贬滴罢黜诏令，都是林希起草的，用词极其卑劣，至以“老奸擅国”这样的语言影射斥骂高太后，使知道的人无不愤慨叹息。然而，林希毕竟是个文人，他有时也觉得事情不妥，太过分了。有一天，林希起草毕诏书，把笔扔在地上说：“坏了名节了。”林希以后同曾布携起手来与章悖作对，被章悴驱逐出朝。
此时新上台的章悖等人已彻底抛弃了王安石变法的初衷，把打击“元佑党人”作为他们最大的目的，朝廷政局从此处于动荡之中。
