据史籍记载，崇祯皇帝开始曾听说洪承畴被俘后，“义不受辱，骂贼不屈”，已被清军“碎体而亡”，因此准备对洪承畴举行隆重的祭祀之礼，设祭十六坛，并“建祠都城外”，与死难的巡抚丘民仰等并列，崇祯帝还准备亲临奠祭。不久传来洪承畴降清的消息，崇祯帝感到非常沮丧，祭祀之礼也立刻停止了。
五月，皇太极召见洪承畴及诸降将于崇政殿。洪承畴跪大清门外奏言：“臣为明将，兵十三万，由松山援锦州，曾经数战，冒犯军威，圣驾一至而兵败。臣坐困松山，糗粮磬绝，人皆相食，城破被擒，自分应死，蒙皇上矜怜，不杀而恩养之。今令朝见，臣自知罪重，不敢遽入。”皇太极说：“承畴言诚是。彼时与我军交战，各为其主，朕岂介意。朕之击败十三万明兵，得松山、锦州诸城，皆天也。天道好生，善养人者，斯合天道，朕故恩沾及尔。尔但念朕抚育之恩，当尽力以事朕。”洪承畴等乃入朝见，命上殿坐，赐茶。
皇太极虽积极劝降了洪承畴，但皇太极在世的时候，洪承畴并未得到重用，只是使他隶镶黄旗汉军，而生活上对他优厚罢了。
六、剿抚并用，平定江南
崇祯十七年（1644），即清世祖顺治元年三月，李自成率起义军进入北京，崇祯帝自缢于煤山，宣告了明朝的灭亡。这一消息到了四月清睿亲王多尔衮才得知。这一突如其来的变化，引起清领导集团的极大重视。多尔衮立即召集会议，征询意见，以便采取相应对策。洪承畴因陈进兵策，其内容为：“我大清兵力十分强大，是天下无敌之师。首先应该遣官宣布号令，明确此次行动的目的在于扫除乱逆。清兵所到之处，不杀人民，不焚庐舍，不掠财物。并宣告各府州县及其官吏，凡开门迎降或为内应，而立大功者，破格封赏，法立令行，此是最紧要的事。”接着，他又根据多年围剿农民军的经历进一步分析说：“从以往的情况来看，李自成军的战术是，遇弱则攻，遇强则走。现在他听说我军赶到，必然向西逃遁。因而我军应从蓟州、密云一路疾行，赶在李自成军的前面。李自成军若退跑，我军就以轻骑追杀；如果他们仍旧占据京城进行抗拒，那么更容易为我军所破。关于入山海关的路线，我认为山海关一带道路险隘，我大清兵不便走北道，恐李自成埋伏有精兵强将以待我军。”他还献计说：“我军应该改骑兵为步兵，使兵行于前而马跟在后，等到进入边境，道路宽畅，步兵就又成了骑兵。兵到北京后，应该连营城外，以阻断西面各路援兵的到来。城中守兵孤立，便可一战而胜。”洪承畴的意见，深受清军统帅多尔衮赞许。
清军入关攻明，洪承畴时刻不离多尔衮左右，他所献种种谋策，大抵为多尔衮采用。此后，洪承畴的地位便渐趋重要。
山海关大战，清军取得胜利。多尔衮在此期间向明朝军民发布的出师告示，就是根据洪承畴的上述主张起草的。在这个告示里，不仅把清军说成是救国救民的仁义之师，而且号召汉族地主阶级与满族贵族联合起来共同镇压农民军。这个告示，在促进北方汉族地主阶级和明朝官僚与满族贵族联合方面起了十分重要的作用。
清朝定鼎北京后，洪承畴奉旨仍以太子太保、兵部尚书兼都察院右副都御史原衔，同内院官佐理机务，不久便成为秘书院大学士。为了健全政府机构和完善各项制度，洪承畴曾与冯铨等共同上书睿亲王多尔衮，要求恢复明朝内阁制，题奏皆下内阁拟旨，下分六科，抄发各部院。这样做，如有什么问题，大学士们就可以有所指陈，六科也可据此摘参，从而起到防微杜渐的作用。九月，顺治帝由盛京到达北京，洪承畴与冯铨、谢陞等奏请皇上，制定郊庙乐章，把汉族王朝的一些礼乐制度，介绍给新王朝。
在用人制度方面，洪承畴一方面利用自己与明朝官员的旧关系，向新朝推荐了很多人才；另一方面，他还建议由九卿科道会推督、抚、提镇官员，并实行“保荐连坐法”，要求荐举人对所保举的官员负责，以便造成官僚集团的清正廉洁。
由于满族人关后，形势发生了巨大的变化，洪承畴从满族皇帝的利益出发，建议顺治皇帝像金世宗完颜雍和元世祖忽必烈那样，“习汉文，晓汉语”。“博综典籍，勤于文学”，以儒学为师，学习汉族地主阶级丰富的统治经验。洪承畴在顺治皇帝面前表现的忠心，使得他先后两次在京佐理机务，“应诏，条奏甚多，咸蒙谕允。又特疏荐举人才，皆蒙录用。”顺治帝对洪承畴所奏，可行即行，即使不可行，从来也不责备，这样也就使洪承畴敢于大胆直言。
顺治二年（16145），豫亲王多铎率师南下。五月，南明福王政权忻城伯赵之龙、大学士王铎、礼部尚书钱谦益等三十一人以城迎降。这时江南人民的反清斗争也如火如荼地发展起来。清廷为了镇压江南人民的抗清斗争，争取得到江南地主阶级对清政权的支持，决定派洪承畴去江南“安抚”。多尔衮说：“我见他做得来，诸王亦荐他好，故令他南去。”闰六月癸巳，即“命洪承畴以原官总督军务，招抚江南各省，铸‘招抚南方总督军务大学士’印，赐敕便宜行事”，驻江宁。洪承畴到任后，首先疏列降顺之明朝南京翰林、科道卿寺部属等一百四十九人，请令赴部录用，安定了部分前朝官员的思想。
就当时江南的形势而言，是相当严峻的。一方面，南京虽然在五月间被清军占领，但是到六月间，因剃发令的重申，促使民族矛盾进一步激化，江南各地掀起了更大的抗清斗争的浪潮。另外一方面，明朝宗室藩王及其后裔，在明文臣武将及“遗民”的簇拥下称王称帝，并出兵与清军作战，企图抗清复明，给清的统一战争带来极大困难。作为故明汉族大臣的洪承畴，精通儒家“治国平天下”之道，深深懂得汉族人民的心理。他认为，江南人心未定的原因。主要是明朝宗室称王称帝，惑乱人心。因此要达到招抚江南各省的目的，必须采取剿抚并用的策略。所以洪承畴到达江南后，一方面用“抚”的方法安定了宁国、徽州和江西南昌、南康、九江、瑞州、抚州、饶州、临江、吉安、广信、建昌、袁州诸府，又用“剿”的方法攻破绩溪、婺源等地。
在绩溪城破、南明福王朱由崧的左佥都金声被俘后，洪承畴曾问金声是否认识自己。金声故意说不认识。洪承畴急忙说：“我就是洪亨九。”金声听罢，大声怒斥道：“咄！洪亨九受先帝厚恩，官至阁部，英勇而死。先帝曾恸哭辍朝，御制祝版，赐祭十六坛，予谥荫子，是我大明忠臣。你是什么人，敢冒亨九。”洪承畴被斥得无地自容。
顺治三年（1646）正月，洪承畴查知江宁有人叛应朱谊石等反清复明势力，便在距城五十里的西沟池捕杀内应万德华等五十余人，又闭城搜捕五十余人，并鞫实郭世彦、尤踞等三十一人杀之。不久，朱谊石等合众两万来攻，为清兵所败。
在这段时期，洪承畴以剿抚并用的策略，为清政府在江南地区的统治奠定了基础。洪承畴亦以汉族军民的鲜血，换来了清朝最高统治者对他的赏识和信任。这期问，洪承畴曾疏请还京，清统治者则“以江南未大定，不允”，同时“赐其妻白金百，貂皮二百”，以资奖励。
在江南期间，也发生了几起对洪承畴极为不利的事。明朝给事中陈子龙家居华亭，潜结太湖反清力量，遥附朱以海。洪承畴遣章京索布图往捕，子龙投水死。四年四月，驻防江宁总管巴山等奏，柘林游击陈际可擒获谍者谢尧文得鲁王朱以海敕封洪承畴国公，江宁巡抚土国宝为侯；又得鲁王将黄斌卿与承畴、国宝书，有伏为内应杀巴、张二将，则江南不足定语。顺治帝奖巴山、张大猷等“严察乱萌”，命与洪承畴会鞫谍者。别敕慰谕承畴、国宝说：“朕益知贼计真同儿戏，因卿等皆我朝得力大臣，故反问以图阴陷，朕岂堕此小人之计耶！”洪承畴免遭一次灾难。
十月，又发生了一件事。当时有个僧人叫函可，是故明尚书韩日缵的儿子，出家已经多年了。韩日缵是洪承畴会试的房师，有师生之谊。南明弘光元年（1645），即顺治二年春，函可从广东来江宁印刷藏经，正赶上明清之际的江南战乱，因而久住江宁未返。现在江南已基本平定了，道路也通了，函可便找洪承畴请授给印牌以便出城回广东。但城门守卫在盘查函可时，却从他携带的物品中发现有南明福王答其大臣阮大铖的书稿，书稿文字有触犯避忌的地方；又有《变纪》一书，内容干预时事。事发，洪承畴自知此事非同小可，便上书引咎自责，并说明事情缘委，最后说：“臣与函可世谊，应避嫌，不敢参与此事的处理，谨将所查获的书帖牌文封送内院。”顺治皇帝下旨部议。诸大臣经过认真研究议定：洪承畴徇情，私给印牌，应予革职处分。但顺治帝却以“承畴奉使江南，功绩可嘉”，而予以宽宥。
通过以上事件，洪承畴也知道了自己处境的艰险及个人对清的作用。他想暂时离开官场，静心观察。不久，洪承畴得到父亲卒于福建的噩耗，洪承畴于是上书说“江南湖海诸寇俱已削平，又闻父丧，请解任守制”。顺治帝同意了他的请求，同时命他假满，即回内院任事。另调宣大总督马国柱为江南、江西、河南总督。
从顺治元年清兵人关，到四年江南基本安定，洪承畴以他的谋略和军事才能，为清的统一和清政权的巩固作出了贡献。
