南宋政府从建立之日起，就一直面对着对富庶江南虎视眈眈的金朝和蒙古的威胁。随着宰相韩侂胄组织的北伐的失败和“嘉定和议”的签定，南宋政府增加了向金贡奉的银绢，对南宋政府来说，这无疑是雪上加霜，国和益加衰弱。而宋慈所任职的赣州却是贫瘠地区，加之朝廷的层层盘剥，百姓们生活在水深火热之中，被逼无奈的农民发动了多次起义。因宋慈在平定“三峒贼”饥民暴动中有功，被朝廷授予“舍人”称号。安抚使郑性之慕其有拨乱反治才，延入幕府参预军事，多所赞助。任期届满，江西提出点刑狱使叶宰聘宋慈为慕僚。绍定四年（1231），得福建路招捕使陈韡推荐，宋慈得任长汀县令。
宋慈居官清廉刚正，体恤民情，不畏权豪，决事果断。他在长汀县莅任之初，了解到当地的食盐由福州经闽江运来，历时一年，中间环节盘剥严重，盐价过高，百姓不胜负担。于是经过考察多方咨询后，改从潮洲沿韩江、汀江而至长汀，往返仅用3个月，大大节省运费，官府将盐廉价出售，百姓无不讴歌载道。
端平三年（1236），同知枢密使魏了翁聘宋慈为幕僚。理宗嘉熙元年（1237），他任职邵武军（今属福建），仅及周年，民有余念。次年，浙西饥荒，宋慈奉诏入境，叹曰：“强宗巨室，始去籍以避赋，终闭粜以邀利，吾当其谋尔。”于是实行“济粜法”，他建议把地方居民按贫富分为五等户。这五等户中最富有者出存粮的一半用来捐献，另一半按官定价格出售；较富有者的存粮只卖不捐；中等不卖也不捐；次贫者按其所需数量，官府救济一半，自己购买一半；赤贫者全量救济，并减免租税。朝廷采纳了宋慈的建议，颁布了法令，富户不敢违命，从而使百姓、贫者得以度过荒年。这得到了理宗的高度评价，“分忧中外之臣”，并赠“朝议大夫”的称号。宋慈死后，皇帝理宗为表彰他的功绩，曾为宋慈御书墓门 “慈字惠父，宋公之墓”， 凭吊宋慈功绩卓著的一生。
在他为官的20余年间，本着理学家审慎治学的精神，戮力以赴，颇有治绩，很受民众的爱戴。他抱着“事莫重于人命”的信念，凡决狱理刑，始终“以民命为重”， “于狱案”采取“审之又审，不敢萌一毫慢易之心”的严肃态度。发现吏仵奸巧欺侮，则亟予驳正；若疑信未决，必反复深思，决不率然而行。深入查访，听讼清明，决事刚果，雪冤禁暴，不畏权势，积累了丰富的检验经验。尽管宋慈任上都做过哪些事，在皇家典册、秘府要籍里可考资料不多，但其躬身从事仵作检验的事迹仍有零星见于记载。
嘉熙三年（1239），宋慈53岁，任广东提点刑狱（掌管刑法狱讼的官吏）。在这以前，那里的官吏多不作为，积留大量狱案。他一到任，便着手处理大批悬案、积案，调查现场，验证材料。史称他“下条约，立期程，阅八月，决辟二百余”。宋慈办案严肃认真，执法如山，而且不畏权贵，决事果断，经8个月的检查，处决了一批犯人，昭雪了一批屈打成招的冤命案，解决了一大批疑案、积案，铁面无情地惩处了一些贪赃枉法的基层执法狱吏。他这种“雪冤禁暴”的事迹，在百姓中赢得了好名声，群众颂之为“清官”。从此，声名大震，时人称他“以民命为重”、“听讼清明，决事刚果”，“声望与辛（弃疾）、王二公相颉颃焉”。
嘉熙四年（1240）移任江西堤点刑狱，为赣民作主，严办违法的盐贩，使道路畅通，秩序安定，民心大服。淳佑元年（1241），宋慈知常州军事。淳佑五年（1245），转任常州知州，议重修《毗陵志》，开始编辑洗冤录资料。任满，转任广西提点刑狱，巡行各部，雪冤禁暴，虽偏僻恶溺处所，亦必亲往视察。淳佑七年（1247），任直秘阁、湖南提点刑狱使。淳佑九年，拔知广州、广东经略安抚使。
宋慈为官清廉，生活朴实，一生无其他嗜好，唯爱收藏异书名帖，喜金石刻。晚年更加谦虚谨慎，爱惜人才，虽是后生晚辈，凡有一技之长，皆提拔引荐。他年老有病在身，一切公务，犹亲自审察，一丝不苟，慎之又慎。宋慈虽然40岁时才踏上仕途，但在20多年的官宦生涯中，却曾4次担任南宋省一级的司法官——提刑。长期的专业工作，使他积累了丰富的法医检验经验。认真审慎的实践，使他认识到“狱情之失，多起于发端之差；定验之误，皆原于历试之浅”，于是博采近世所传诸书如《内恕录》、《折狱龟鉴》等数家，荟萃厘正，参以自己的实际经验，于1247年任湖南提点刑狱时，完成了《洗冤集录》的编篡工作，并刊于湖南宪治，供省内检验官吏参考，以指导狱事的检验，达到“洗冤泽物”的目的。此书一经问世就成为当时和后世刑狱官员的必备之书，几乎被“奉为金科玉律”，其权威性甚至超过封建朝廷颁布的有关法律。
淳佑八年（1248），宋慈任宝谟阁直学士，奉命巡回四路，掌管刑狱。听讼清明，决事果断。翌年，升任焕章阁直学士、广州知州与广东经略安抚使。一日，他忽患头晕病，仍然参加祭孔典礼。从此委顿不起。同年三月初七逝世于广州官寓，享年64岁。于次年七月十五日，归葬建阳县崇雒里（今崇雒乡）建阳宋氏祖居地昌茂村。
宋慈的生平在《宋史》中并无记载，而是从南宋诗人刘克庄为其撰写的墓志铭中得来的。宋慈因守父孝闲居建阳老家时，刘克庄与其结下了深厚的友谊。30年后，刘克庄惊闻宋慈逝世的消息后，悲痛欲绝，为其写下《宋经略.墓志铭》。在墓志铭中赞他“奉使四路，皆司臬事，听讼清明，决事刚果，抚善良甚恩，临豪滑甚威，属部官吏以至穷闾委巷，深山幽谷之民，咸若有一宋提刑之临其前。”
宋慈是我国法医学先驱，他抽丝剥茧，断案释疑，对当时传世的尸伤检验著作加以综合、核定和提炼，并结合自己的经验篡写的《洗冤集录》。这是世界历史上第一部法医学专著，宋慈也因此被界内公认为法医鼻祖。
《洗冤集录》是集宋慈以前外表尸体检验经验之大成的著作。他认为“狱情之失，多起于发端之差，定验之误。”因此对尸体现象进行了大量的观察和归纳。其中有不少结论是符合近代法医学原理的。作者提出不能轻信口供，认为“告状切不可信，须是详细检验，务要从实“，对疑难案件尤要“须是多方体访，务令参会归一，切不可凭一二人口说，便以为信”。他还提出检验官必须亲临现场，亲自填写的尸体检验原则。
《洗冤集录》现存最早的版本是元刻本《宋提刑洗冤集录》。内容自“条令”起，至“验状说”终，全书分为5卷，13条，7万字，主要包括检官的工作规范；尸伤的症状和检验；应急抢救措施；各种机械性窒息死；各种钝器损伤；各种锐器损伤；交通事故损伤；高温致死；中暑；病死、疾死等等，涉及内科、外科、妇科、儿科等众多领域，与现代法医学的范畴大致相同。
在《洗冤集录》中，宋慈向我们展现了我国古人的聪明才智和奇妙的法医知识。
在周星驰那部经典的《九品芝麻官》中，就呈出现了一段滴血认亲的场景。而在《洗冤集录》中，就记载了用滴血法作为直系亲属亲权的鉴定方法。即是将父母与子女的血液和在一起，视能否融合来鉴定有否亲属关系。或将子女的血液滴在骸骨上，如果是亲生的，则血入骨，非则否。这种方法实际效果并不确实，因为子女的血型虽受父母的影响，然并不都是相同的。但此法包含有血清检验法的萌芽。
精炼平实的《洗冤集录》，化腐朽为神奇，演化出了很多不可思议的古代刑侦手段。在某种特定的状况下，一个男人是失足落水还是死后抛尸，取来他的头骨就能得到答案。将头骨弄干净，放在盆中，用热水从头顶浇灌，如果盆中有泥沙，证明落水时曾挣扎呼吸，泥沙进入五官内，又在热水的冲洗下进入盆底。如果盆中没有泥沙，往往是死后抛尸，因为被害人呼吸已停，气息已止，所以泥沙不入。一个人死于意外还是他杀，在检官的抽丝剥茧中会冲破重重迷雾，而《洗冤集录》就是检官手中的武器。
《洗冤集录》中记录了一些刑事案例和检验手段，虽然有的是知其然不知其所以然，但当时的确是非常有效的检验手段，令人拍案叫绝。在书中记载了一个晒镰刀的故事，一位男子被人杀死，浑身有伤十余处，都是镰刀斫伤。检官发现财物无损、衣物俱在，断定这是一桩仇杀案。经过调查探访，检官锁定了嫌疑犯。他让附近居民交出家中所有的镰刀，分别排列地上，总共有七八十把镰刀。当时正值盛夏，苍蝇聚集在其中一把镰刀上，停留不去，检官揪出了这把镰刀的主人。检官说，苍蝇嗜血，这把镰刀杀人后血腥气仍在，导致苍蝇聚集，而其他镰刀则无此状况，可以推断这把镰刀的主人曾经杀人的事实。在证据面前，杀人者低头认罪。
《洗冤集录》还记录了蒸骨验伤的方法，把一具尸骨洗净，用细麻绳串好，按次序摆放到竹席之上。挖出一个长5尺、宽3尺、深2尺的地窖，里面堆放柴炭，将地窖四壁烧红，除去炭火，泼入好酒二升、酸醋五升，乘着地窖里升起的热气，把尸骨抬放到地窖中，盖上草垫，大约一个时辰以后，取出尸骨，放在明亮处，迎着太阳撑开一把红油伞，进行尸骨的检验，“若骨上有被打处，即有红色微荫，骨断处其接续两头各有血晕色。再以有痕骨照日看，红则是生前被打分明。骨上若无血荫，踪有损折乃死后痕”，死者生前的死因就在红油伞下展现。现代科学证明了，红油伞吸收了阳光的部分射线，使当时的检官看到了他想看的事实。
《洗冤集录》不仅是我国，也是世界法医学史上最优秀的文化遗产之一。1247年，当西方社会还处在中世纪茫茫黑暗时，中国就出版了世界上第一部法医学专著《洗冤集录》。《洗冤集录》比意大利人图纳图？菲德利写出的《医生的报告》早了整整350年，相继被翻译成朝鲜、日本、英、法、德、俄等多国文字，至今仍然具有相当的指导作用和实用价值，直到目前，许多国家仍在研究它。其影响非常深远，在中、外医药学史、法医学史、科技史上留下光辉的一页。其中贯穿着“不听陈言只听天”的求实求真的科学精神，至今仍然熠熠闪光，值得发扬光大。
南宋末战乱频仍、兵祸连接，宋慈的事迹和身世逐渐模糊，但《洗冤集录》却时时提醒人们，历史上曾经有一个兢兢业业的大宋提刑官，历史上曾经有一个重证据实的理性年代，人文大宋得到了世界的推崇。 宋慈也成为人们心目中的中国福尔摩斯。
