恰在此时，黄巢为了稳固住自己的江山，正在长安调兵遣将，准备扩张地盘，占领荆、襄之地，控制南北水陆通道。黄巢命令手下第一勇将朱温进攻邓州，进而攻打荆、襄等地，又派出第二支部队，由尚让、林言率领，攻打凤翔。两路军马各选吉日良辰，鸣炮、祭旗，出发。黄巢仍旧留在宫中，继续过着梦想已久的帝王生活。
忽一日，有卫士来报，京城某书院墙上，写有一首诗，诗句之中暗讽大齐皇帝，其中两句为“昔时沐猴而冠人，今日又入长安城”。黄巢略通文墨，看到此句诗，勃然大怒，急忙派人招来翰林大学士裴渥速速入宫议事。不一时裴渥已到，听罢黄巢讲述之后，裴渥沉吟道：“以微臣看来，此诗实乃讽刺皇上。当年西楚霸王项羽进入咸阳之后，韩生劝道：关中地势险要，有山河屏障，土地肥沃，可以都霸。项羽听后不以为然，见到咸阳宫廷已经尽数烧毁，又想东归回到故里，就对韩生说道，富贵不归故乡，如衣锦夜行，谁人知之？韩生大失所望，私下对人说道，人云楚人沐猴而冠，果然。此话传到项羽耳中，相遇大怒之下，就将韩生抓来下令烹死……”裴渥说完此话，黄巢拍案而起，遂下旨，命令裴渥带领五千军士，全城搜查题诗之人。数日之后，裴渥带领众军士遍查长安城儒生而未得，大量书院被查封，长安城中无数儒生被抓入狱。
此时，长安城狱中所关儒生已过千人，题诗之人仍然杳无音讯，黄巢怒从心头起，下令抓捕全城读书识字之人，宁可错抓，也不可使作诗之人漏网。一时，长安三千多名儒生，尽皆被抓，唐朝官员子弟识字者也均在其内。数日后，搜查作诗之人仍旧未果。黄巢烦躁之下，下旨将三千多名读书人尽数处死。当日，三千余众被押赴刑场，长安百姓人人封门闭户，无人胆敢上街观看。当日，三千余名儒生与公卿子弟尽被捆绑押赴刑场，长安街道上络绎不绝，绵延数里。军士的呵斥声，鞭打声，众囚徒的哭骂声、哀求声，响彻云天。杀戮从清晨持续到午时，一批被杀之后，第二批即刻被押赴刑场。长安城中惨叫之声此起彼伏，满街头颅横飞，尸首横卧，血光遮天蔽日，浓烈的血腥之气久久笼罩在长安上空……
午时后，三千多人尽数被斩首，黄巢下旨命军士烧毁官员府库、书院，将儒生尸首一起烧掉。后有诗人韦庄不忍卒睹，作《秦妇吟》一诗曰：“内库烧为锦绣灰，天街踏尽公卿骨”。一时间，长安城中，家家戴孝，户户治丧，百姓人人敢怒而不敢言，栗栗危惧，惶惶不安，人人自危，心中均在想：大齐皇帝残暴凶狠之极，比大唐皇帝胜之百倍。百姓人人心中倒开始盼望大唐皇帝能够重新回来。现在的大齐皇帝比当大唐皇帝更加残忍、暴虐、狡诈、虚伪……
两个月后，长安皇宫收到前方传来的捷报，东南面行营都虞侯朱温已经攻陷邓州，控制住了荆、襄之地。黄巢闻讯大喜，传令重赏朱温军，然而形势却是喜忧参半远。在CD的唐僖宗为了早日收复长安，返回京师，再次诏令镇东、太原、代州等节度使发兵京师讨伐黄巢军。在唐僖宗和田令孜的诏令之下，大唐宰相、凤翔节度使郑畋已联合泾原、秦州、鄜延、夏州等节度使同盟起兵，传檄天下。
黄巢派出的另一支部队却讨伐并不顺利，尚让与林言数日攻打凤翔不克，只能驻军城外观望，寻找机会再行攻打。一日，探马来报，大唐宰相郑畋已接任凤翔军统领。尚让听闻郑畋率军到达凤翔，此刻正驻扎与龙尾破，大笑对林言道：“此乃天助我也，本相听闻郑畋乃一介书生，今唐朝皇帝命书生领兵，可见大唐天下气数已尽。如今凤翔城中部队阵前易帅，郑畋远道而来，劳师以远，趁其立足未稳，我等今夜奇袭其营帐，必定一举拿下，斩其首级。”林言大笑连称妙计，二人秘议已定，制定好行军偷袭的路线，各自准备。
当夜，尚让与林言带领三军，人衔枚，马裹蹄，乘着夜色前往郑畋处偷营。众军悄悄来到龙尾坡郑畋营外，只见营中一片漆黑，寂静非常，营外亦不见巡逻的士兵。军营周围，四下不见一人，营中虚插旗枪，大齐众军正自惊奇。尚让忽然惊觉，情知中计，想来偷营之事已经泄露风声，此地定有埋伏。尚让惊慌下令：众军调头，速速退军。正在此时，四面喊声震天，两支军从前后杀来，前方一支军是朔方节度使唐宏夫，后方一支军正是大唐宰相郑畋。齐军见状，立刻大乱，争相奔逃。尚让数次下令，众皆不听，齐军尽被冲散，人马自相践踏而死者无数。尚让不得已，与林言拼死杀出重围，速速向咸阳方向逃去。
齐军五万余人，一刻不敢停留，丢盔弃甲，逃出数里之后，尚让清点人马，已损兵数千，军器辎重丢失无数。齐军哀怨之声不断，尚让心中懊恼不已，却不敢再攻，一路奔向咸阳，心中寻思是何人走漏了消息。林言拍马赶上言道：“丞相，没想到郑畋这儒生竟然如此阴险狡诈、诡计多端。如今郑畋领大军于龙尾坡设伏，凤翔城必定空虚，只有少数军士守城。今偷营未成，何不乘此机会攻下凤翔，驻守等待援军？”尚让寻思一番，认为此话有理，遂下令众军调转马头，领兵直奔凤翔而去。
齐军行至城外，尚让远远望见凤翔城果真空虚，无人守卫，城门紧闭，城楼偃旗息鼓。尚让心中暗喜，虽然偷营中伏，如今攻下凤翔，不失为大功一件。倘若大军守住凤翔，则可以以此抵抗北上唐军。尚让正待下令攻进城中，突然后方炮响，杀声震天，一时间火把通明，距离大军约一里之外出现一支大军。不一刻，已冲至面前，为首一人正是郑畋手下将领宋文通。
尚让见此计不成，惊慌之下，无心再战，急令众军撤退。宋文通率军冲杀，一路追到咸阳，大齐军兵败如山倒，一路之上，被唐军杀死或者自相践踏而死者两万余众。尚让与林言带残兵意图退回咸阳，忽闻原降将夏绥节度使诸葛爽背叛大齐，率领部队已投降郑畋。此刻正与郑畋合兵一处追杀而来，尚让大怒，破口大骂，却不敢进驻咸阳，一路向长安方向撤退。
两日后，尚让部队已离宋文通追军百里之外，尚让寻思追军日内不至，于是驻扎休整。忽探马来报，前朔方节度使唐宏夫与前泾原节度使程宗楚率军前来，已收复咸阳，渡过渭水。尚让大惊之下，与林言商议：“倘我军再退，则长安危矣，不如以逸待劳，趁唐军立足未稳，将之击溃。”林言道：“首辅大人率军两万攻击唐军左翼，卑职率军攻击其右翼，可一战成功。”尚让命军三更造饭，五更出发，与唐军战于渭水之畔。驻守渭桥的唐军将领王处存收到讯息，轻骑赶来助阵，两军合并，尚让与林言部队大败。唐宏夫、王处存乘胜追击，直逼长安。
深夜，长安宫中，黄巢正坐在太极殿，一边饮酒，一边欣赏伶官命宫娥新排的舞曲。忽闻殿外一片嘈杂。禁军首领慌乱不已地跑进殿中，气喘吁吁地跪地启奏：“皇……皇上，唐……唐军已至长安城外，已开始攻城，驻城守军无法阻挡，不日将攻破城门”。黄巢闻言如惊天霹雳，手中酒杯不知觉地掉落地上。黄巢努力平静下来，言道：“命令众军坚守城门，朕即可亲自上阵督军！”禁军首领匆忙离去。黄巢召集亲兵卫队，简单收拾行装，狼狈不堪地仓皇逃出宫中。黄巢与众人行至街上，听到无数百姓大呼：“王师来了！”黄巢心中忍不住惊怒交加，一刻未敢停留逃出长安。
黄巢逃至石井时，天色未明，有军士来报：长安已被唐军占领，唐将程宗楚自延秋门攻入，唐宏夫自上阳门攻入，王处存自兴庆门攻入，守城军士除阵亡者，悉数降唐。黄巢闻讯忧闷不已，当夜众人离开石井，宿于灞上，黄巢连夜派出密探数人嵌入长安，探查唐军兵马动向。
长安城中，唐将王处存听闻百姓称黄巢已趁夜离去，遂选精兵五千，命令众人以白巾缠头，杀尽宫中守卫。长安已复，百姓欢呼塞路，纷纷迎接王师。然而众百姓却不知道一场新的噩梦已经开始。唐军入城后，即刻散乱，各自抢夺城中财物，争相霸占城中女子，宫女及百姓妻女被****者众多……唐宏夫、程宗楚部队亦于当夜入城，两军纷纷解甲休息片刻，一同掳掠长安财物，百姓因抗拒而被杀者无数。长安城中，血流满地，一片慌乱，众百姓纷纷逃离，扶老携幼，哀声呼号。长安城中无赖、流氓、地痞见此，亦纷纷头缠白巾冒充唐军，大肆抢夺财物。昔日繁华的京城陷入一片混乱，城外百里，哀鸿遍野。
