与西方某些舆论宣传相反，纳赛尔并不是一个反犹太主义者，他对犹太人在二战中受到的残酷迫害寄予了深深的同情。他表示：“我本人从来不是一个反犹太主义者，一个有头脑的埃及人是不会这样做的。后来我敌视以色列的行动完全是由于以色列作为一个国家的所作所为激发出来的。”有言曰：“己所不欲，勿施于人。”以色列人不该将自己不愿受的苦难转移给巴勒斯坦的阿拉伯人。纳赛尔敌视以色列的原因有三：一是上百万的巴勒斯坦人被赶出家园，沦为难民。二是以色列阻隔了埃及同亚洲阿拉伯国家的联系，埃及同叙利亚1958年组成的联盟遭到失败，地理上的分裂不能不是重要原因。三是纳赛尔认为以色列是美国在中东的扩张工具。西奈战争至1967年6月战争这段时间内，阿以关系处于不平稳的维持现状时期，大的冲突没有，小的摩擦不断。纳赛尔既不想打一场大战，夺回中东战争失去的领土，也无意追求彻底的和平，因为除非以色列作出重大让步，就不能对和平抱有幻想。纳赛尔将主要精力放在埃及自身建设、“阿拉伯革命”及后来的“阿拉伯共存”上，当然还有令他头痛的也门内战。他认为：如果阿拉伯民族不实现自身的解放、团结和富强就不可能真正战胜由美帝支持的以色列。和以色列达成某种协议以贯彻联合国关于巴勒斯坦问题的决议是纳赛尔这一时期对以色列的基本政策。
阿以新冲突爆发的原因同约旦河水相关，约旦河发源于约旦、叙利亚、黎巴嫩和以色列的小溪。上游和太巴列湖位于以色列境内，下游则由约旦控制。随着犹太移民不断涌入以色列，以国内人口激增至200万，本来就紧张的水资源问题紧迫起来。1959年秋，以色列单方面提出论定约旦河水流向的计划，引起阿拉伯国家不满。10月、11月阿拉伯联盟两次就约旦河问题研究对策。纳赛尔主张通过谈判，协商解决水量分配问题。他拒绝了激进的叙利亚复兴党人要求武力阻止以色列实行约旦河改道计划的建议，解释说：“除非我能打一场对抗我们敌人的和它所能得到的一切支援的战争并确保获得胜利，否则我不同意发动战争。”在国际调解无效下，阿拉伯国家也提出了自己的改道计划。约旦河问题不仅成了经济利益问题，而且成为政治意志的较量，阿以双方相互威胁要对对方的单方面行动发动军事打击。1960年初，以色列对位于非军事区内的塔瓦菲克村实施大规模空袭，进行挑衅。此外，以色列已经建成的核反应堆为中东局势加入了新的不安定因素。
在很长一段时期，纳赛尔对以色列都采取着克制态度，在阿拉伯领导人中，他可能是最愿意同以色列和平解决争端的国家。而且，纳赛尔更关心阿拉伯内部问题，阿以关系则位置较次。针对以色列准备在1964年开始实施改道计划的单方面行动，1964年1月13日，阿拉伯领导人举行第一次首脑会谈。他们原则上决定不对以色列进行军事打击，而着手研究自己的河水改道计划。同时决定正式承认“巴勒斯坦实体”，建立一个由埃及将军阿梅尔领导的阿拉伯联合军事指挥部，结束彼此间的敌对宣传，实现和平共处。
1964年6月，巴勒斯坦国民会议在耶路撒冷召开。大会公布了国家宪章，宣称“巴勒斯坦人有权在解放自己的祖国之后决定自己的命运。”9月，在第二次阿拉伯国家首脑会议上，各国领导人同意建立巴勒斯坦解放组织和巴勒斯坦解放军。但是阿拉伯内部的重重矛盾决定了它们的合作是有限的。只有叙利亚和埃及给予了巴解组织和巴解放军很大的支持，而且两国目的还各不相同。埃及思想保守，希望用巴解组织约束军事冒险；叙利亚态度激进，主张坚决打击以色列，输出革命，还怂恿巴解摆脱埃及控制。
纳赛尔的谨慎政策遭到了突尼斯的猛烈抨击。布尔吉巴说：“在阿拉伯各国的历史上从未出现过目前这种四分五裂的状况；在埃及自行承担起团结阿拉伯国家这一神圣使命之前，阿拉伯国家从未如此相互残杀过。……在法老的精神召唤下，埃及试图为自己的产品寻找生存空间并为自己谋求国际上的重要地位以便从东西方获得更多的援助。”1964年初，纳赛尔的阿拉伯和平共处政策彻底失败，他重新采取了阿拉伯革命路线，表示：“我们将和其他阿拉伯革命力量共同努力，摒弃传统的方式，以一种革命的方式解放巴勒斯坦。”
1966年10月起，叙以边界冲突升级。法塔赫部队利用叙利亚的军事基地频繁出击以色列，11月4日，纳赛尔断然决定同叙利亚建立新的防御联盟，以遏制以色列的大规模进攻。11月13日，以色列突袭约旦，目的是警告约旦不要加入埃叙联盟。12月7日，阿拉伯防务理事会在开罗开会。纳赛尔同意约旦军事援助的请求，但当他要求约旦同意埃、叙、伊三国军队驻扎约旦时，侯赛因拒绝了，阿拉伯国家在关键时刻缺少合作精神的弱点又暴露出来。诚如纳赛尔所言，一个阿拉伯国家害怕另一个阿拉伯国家的军队通过自己的领土，这导致了“阿拉伯联合指挥部无法行动。如果我们此刻连防御都无法做到，又何谈发动进攻呢？”
1967年4月7日，叙以两国发生大规模武装冲突，起因是以色列单方面开垦非军事区土地。双方动用了坦克、飞机、大炮等重武器，战争阴云笼罩中东。10日，纳赛尔访问大马士革，双方保证对以色列可能采取的进一步军事行动进行联合反击。
然而，局势突然平静了下来。直至5月10日，苏联驻以大使馆获取了一份“绝密情报”，表明：以军在靠近叙利亚的边境上集中了11到13个旅的兵力，5月17日准备发动对叙的总攻势。与此同时，在东地中海巡逻的苏联舰艇也截获了一个内容相同的无线电报。苏联立即将此情报透露给埃及、叙利亚等阿拉伯国家，建议埃及增兵西奈。纳赛尔立即作出强硬反应，命令埃军于14日开进西奈半岛，同时要求驻扎在那里达10年之久的联合国紧急部队撤退。15日，纳赛尔发布全国动员令和集结武装部队令，宣布全国进入最高戒备状态，进一步加强西奈兵力，声援叙利亚。16日，埃及外交部正式向各国驻开罗大使表示：如果以色列进攻叙利亚，埃及将进攻以色列。埃及军民严阵以待，可到了17日，边境平静得很，以色列的大规模进攻并未发生。原来这是以色列特意设下的圈套，它用泄露假情报和虚构无线电报的狡猾手段，造成了以军进攻迫在眉睫的假象，迫使埃叙两国大规模调动军队，向国际社会造成了埃叙两国挑起事端的印象，进而给以军采取“相应的”对策提供了借口。果然，以色列宣布，一个星期以来，驻在西奈半岛的埃及军队从3.5万人猛增到8.5万人，并有飞机大炮支援，为应付以南部边境地区的严重局势，以色列已经作了部分动员。
纳赛尔陷入两难境地。退却就等于投降，埃及在阿拉伯世界的领导威信就会一落千丈；进取则意味着让联合国紧急部队撤走，进而封锁蒂朗海峡，埃以矛盾必将达到战争边缘。纳赛尔权衡多时，决定斗争到底。5月18日，埃军开始接管联合国紧急部队在西奈的哨所。纳赛尔此时还想作一些缓解努力，他未立刻派兵占领西奈重镇沙姆沙伊赫，也未立即禁止以色列船只通过蒂朗海峡。但以色列已加快了备战步伐。5月19日，以色列下达局部动员令并向前线增兵，三天内集结了5个师的兵力。万不得已，埃及于21日进驻沙姆沙伊赫，22日封锁亚喀巴湾，禁止以色列船只和为以色列运送战略物资的外国船只通过。对于封锁亚喀巴湾，纳赛尔说：“它是我们埃及的领海。无论在任何情况下，我们都不会允许以色列的旗帜通过它。犹太人发出了战争威胁，我们告诉他们：欢迎你们，我们已经做好了战争准备。我们的军队和全体人民已经做好了准备。无论如何我们也不会放弃属于我们的任何权利。这片海洋是属于我们的。”
对于埃军接管沙姆沙伊赫的行动，纳赛尔这样解释：“采取这一行动意味着我们将与以色列打一场全面的战争。这不是一个单独孤立的行动……如果以色列对叙利亚或埃及发动进攻，那么和以色列的战斗就将是一场全面战争……我们的基本目标将是摧毁以色列，要是在五年甚至三年以前，我很可能不会谈这件事。在1956年已过去大约11年的今天，我谈起了这件事，因为我有信心。我知道埃及拥有什么样的力量，叙利亚拥有什么样的力量。我还知道其他国家（例如伊拉克）已将自己的部队派住叙利亚；阿尔及利亚也将派出军队；科威特也愿意派出军队，它们将派出装甲兵和步兵。这就是阿拉伯力量。这是一度曾处于绝望状态的阿拉伯民族的真正复兴。”
5月28日，纳赛尔在开罗的一次记者招待会上讲：“我们已经重新获得了在1956年前曾属于我们的权利……我们等待着以色利采取下步行动。无论它是以暴力还是非暴力方式来对我们行使自己的主权作出答复，我们都已做好准备……如果以色列选择战争，那么它将受到欢迎。”
第二天，纳赛尔又雄心勃勃地提到了恢复1948年状态的问题，即实现以巴分治。
“现在，我们正在恢复1956年的态势。这是问题的物质方面。在我看来，这一问题的物质方面是次要的，而精神方面才是最为重要的。它包括阿拉伯民族的复兴，巴勒斯坦问题的再现以及每一个阿拉伯人，每一个巴勒斯坦人信心的恢复。在此基础上，如果我们能够恢复1956年以前的状况，真主肯定会帮助我们并敦促我们恢复1948年的状况。”
“我们现在准备同以色列对抗。我们现在准备完全解决巴勒斯坦问题。现在我们要解决的问题不是封锁亚喀巴湾、蒂朗海峡或联合国紧急部队撤离，而是巴勒斯坦人民的权利。1948年在巴勒斯坦发生的是以美英勾结进行的一场侵略。”
直到此时，纳赛尔依然明确表示并不打算首先进攻以色列。
在埃及封锁亚喀巴湾后，5月23日，以色列总理埃什科尔宣布此种行动为“侵略行动”，以色列有权采取必要措施，来保证其船队不受妨碍地自由通过蒂朗海峡。以色列军方开始敦促政府立即授权采取军事行动。
5月30日，约旦国王侯赛因突然和宿敌纳赛尔在开罗签定了共同防御条约。该条约将约旦军队置于埃及军官的指挥下，并允许埃军进驻约旦。
以色列的威胁促成了阿拉伯国家新的联合，而阿拉伯的联合也导致了以色列内部各派意见的一致。6月1日，一个象征着以色列全国团结的新政府成立。强硬派达扬将军担任国防部长。正如纳赛尔所言，封锁亚喀巴湾使战争的可能性上升为80%，而这次以色列政局的变动已使战争的可能性达到了100%。
1967年6月5日清晨，以色列空军倾巢出动，对埃及、约旦、叙利亚等阿拉伯国家发动了大规模突然袭击。从早晨7点45分到10点35分这不到3个小时的时间内，以军飞机以间隔不到10分钟的密度起飞，分17批连续不断地向开罗、苏伊士运河区、西奈半岛等十几个要害部位的埃及机场、导弹基地轮番轰炸。仅第一天，埃及能够使用的340架飞机就有286架被炸毁，阿拉伯国家共损失374架飞机，还有许多雷达设施和导弹基地。由于机场遭到严重破坏，剩下的飞机也无法起飞。
在首次空袭后半小时（此时埃及最高统帅部正飞往西奈视察），以军地面部队5个师凭借空军掩护，用坦克和装甲车为先导，向加沙、阿里什、阿布奥格拉等战略要地大举入侵。埃军虽奋起抵抗，但挡不住以军凶猛、机动的进攻。在占领上述要塞后，以军分三路向西进犯苏伊士运河：北路攻打法塔腊；中部直指伊斯梅利亚；南部进攻苏伊士城和陶菲克港。7日，以军已攻占西奈半岛最南端的战略重地沙姆沙伊赫，西奈全部失陷。西路以军已抵达运河，并动用飞机对失去空中保护的埃军狂轰乱炸，苏伊士城竟有80%的建筑被摧毁。埃及不得不封锁苏伊士运河。以军掌握了对埃战争的绝对优势。
约旦在反击以色列进攻时，一开始就指挥不利，节节败退。7日，以军已经占领整个约旦河西岸和耶路撒冷城。在取得对约作战的优势后，以军向叙利亚发动了全面进攻。10日晚，以军占领了整个戈兰高地，并控制了通往大马士革的主要公路和阿拉伯产油国通往黎巴嫩的输油管道。
“六·五战争”又称“六无战争”，短短几天，埃、约、叙三国就丧失了6.5万多平方公里的土地，100万阿拉伯人和巴勒斯坦人被沦为难民。此一役，埃军死亡1.1万多人，伤3万多人，被俘5500人；约军死、伤6800人；叙军死、伤3000人。以军则只损失了809人。
从实力上看，阿拉伯国家占有一定优势，若没有美国对以色列的支持和苏联的出卖，决不会输得如此之快、之惨。美国不仅向以色列提供了大批先进的武器装备，而且派飞机保护以色列领空，干扰埃及雷达系统，截取埃及军事情报。美国总统约翰逊承认，“六·五”战争的整个计划是在美国国防部制订的。苏联出于同美国争霸的需要，怂恿埃及向以色列先发动进攻。但战争一起，它害怕同美国正面相撞，把同埃及“站在一起，并将不允许任何国家进行干预的”诺言置之脑后，拒绝向埃及提供军事援助。苏联甚至还镇压了阿拉伯留苏学生反对美以侵略的示威游行。在短短六天内，美苏领导人利用“无价之宝”——热线通话20余次，勾勾搭搭。他们炮制的停火协议及安理会第二四二号决议，不问战争性质，企图压迫阿拉伯国家承认被占领土的现状。纳赛尔这一次痛苦地感到他被大国愚弄了。
1967年6月9日，即埃及被迫接受停火的第二天晚上，纳赛尔在共和国宫的办公室内发表电视讲话。他看上去形容憔悴、神情沮丧。纳赛尔难以抑制住内心的焦虑和苦闷，他哽咽着宣布将“承担（战争失败的）全部责任”，放弃一切政府事务并不再发挥任何政治作用，而回到群众中去，以一个普通公民的身份尽自己的义务。他沉痛地表示：“如果人民判我有罪，并把我绞死在解放广场，我认为他们是有权这样做的。”
纳赛尔告别性地总结了埃及革命及建设取得的伟大成就。他说：“革命导致了英帝国主义的撤退和埃及的独立。革命确定了埃及的阿拉伯特点，这就是同帝国主义在阿拉伯划分势力范围的政策作斗争。革命使阿拉伯的生活方式发生了深刻变化，它确定了由人民来掌管他们的资源和产品。革命使我们得到了苏伊士运河，并且为埃及的工业建设，为建筑高坝，将荒漠变成绿洲奠定了基础。革命使水利灌溉网遍及北尼罗河河谷，并在长期的期待之后开发了石油资源。”
“比这一切更为重要的是，革命使工人阶级在政治活动中获得了领导地位。”
纳赛尔还说：“帝国主义势力想象阿卜杜勒·纳赛尔是它们的敌人。我要清楚地告诉它们，它们的敌人不是纳赛尔，而是整个阿拉伯民族。”
纳赛尔最后号召埃及全国人民团结起来，鼓励道：“这是行动的时刻，而不是悲哀的时刻。”
纳赛尔告别演说发表之后，全世界的报纸都已开始准备为他政治生涯的结束作“讣告”。
