在中国共产党倡导的抗日民族统一战线大旗下，国共合作，国民政府西迁重庆表明坚决抗战的决心。1937年 11月，国民政府主席林森率文武官员，将国民政府迁至重庆。林森到达重庆朝天门，受到万人夹道欢迎。除重庆党、政、军首要之外，四川省政府特派保安处长王陵基，代表省主席刘湘恭候迎接。林森下榻在李子坝刘湘公馆，国民政府则设在大溪沟原四川省高职校的旧址，改修完毕后于 12月 1日开始办公，并向国外使节通报。《国民公报》、《商务日报》以通栏大标题载文欢迎林森和国民政府迁都重庆。
林森，又名子超，福建闽候人，生于 1868年，美国教会学校出身，一直追随孙中山取得推翻清廷的胜利。孙在南京成立临时政府，林被推选为临参院议长。
当时所谓“西山派”既“反蒋”又“反共”，把林森推上首席，还多次联名“反蒋”。其实林常在海外，他的老朋友古应芬几个人，未通知他就安上他的名字。他在政治上与人无争，总是老朋友说了算。在国民党一中全会上，他被选为中执委。孙中山病逝后，林被推主理孙之陵墓事。他从不介入党内派系斗争，加上在国民党内地位高，为各派所容，因而被选为国民政府主席。汪精卫为行政院长，蒋介石任军事委员会委员长。国府主席为国家元首，对内对外代表国家，但不负责行政实际责任，不兼其他官职。正因为他不问政治，无欲无为，垂拱而治，当上了终身主席。
林森入渝后，中央政府的大批机构，如军事委员会、五院各部和所有国防兵工企业及战时工业，大专院校等都先后到达重庆。除了机关和数十万人入渝外，大批的民营企业、学校及广大爱国同胞达百万以上，以各种交通工具像一股洪流涌进了重庆。
林森于 1939年就为自己写好遗嘱，处理好后事，将其多年积攒的俸禄作为奖学金，帮助穷困和优秀的学生。1939年 3月，国家号召“抗战献金”，身为国家元首的林森以身作则，将所珍藏的白狐裘一件，大金鼎一尊，大银鼎三座，名贵书籍百余件，班禅少年时戴过的金戒指四枚，连同现金若干率先捐献。
大事无为，小事忙碌，如慰问伤兵，祭祀革命先烈，视察迁渝工厂，还接见外国使节和接受国书，发布各种国防命令。业余时间他酷爱书画，古董玩器。晚年还好佛，素食，不杀生，生活检朴，不治私产。他发妻婚后三年死去，又无子嗣，独身不再娶。
西安事变后，何应钦等企图以武力解决张、杨，不顾蒋的安危。宋美龄、孔祥熙虽反对，但势单力薄。少发言的国府主席林森支持宋、孔，林提出“尽快派人到西安，沟通双方意见”。在即将发出进攻命令时，林森毕竟是国府主席，起了举足轻重的作用。林本是胡汉民系的人物，但这一次则站在宋美龄主和一边，挽救了大局，保证了蒋的安全，对此蒋念念不忘。林在国府主席位置上不管国事，象征式的国家元首，使蒋对他十分尊敬。蒋介石夫妇住在市中心区德兴里，在南岸黄山上还有躲空袭的别墅。1940年，他的左右在山洞建了一处花园式的别墅，消息传出，元老派们纷纷议论，喋喋不休，老蒋心里不悦，又不得不考虑影响。花园别墅建成，他邀林森去观看，林看后赞不绝口，蒋便乘机说：“主席喜欢那就太好了，这是我专为主席建的。”
一生谦逊的林森，这回却不再谦让了，立即表示“却之不恭”，搬去住下。这座别墅成了主席的官邸，称之为“林园”。
这位垂拱而治的元首，垂手得到了一座高贵的别墅，对蒋介石利用“军事第一”的专制独裁行为，不闻不问。因而有人说，老蒋是为了感激林森，才拱手送一座别墅的。
逃到南京的大汉奸汪精卫也搬出了“国民政府”，还打起林森为主席的招牌，扰乱视听。为此，林森发表演讲，痛斥汪卖国投敌的无耻行径。此外，他还在各节日发表演说，激励人民，号召国人抗战到底。他对前方将士广播说“在前方打仗的将士，要知道国家民族存亡的大任，已经放在你们肩上，应当仁不让……在游击区奋战的将士们，要知道游击的功用很大，不但争城夺地，于整个战局的影响也是很大的”。他还对海外广播，号召爱国华侨有力出力，有钱出钱，支援祖国抗战。
林森非常喜欢山洞那座花园官邸，常穿长衫、布鞋到歌乐山一带与一些文士名流吟诗论画。现在的歌乐山森林公园，还可以找到他遗留的墨迹。
1943年，林森从大溪沟国民政府回林园，坐车途中触柱受震动，下车时感到不适。5月 12日挪威公使呈递国书，他硬撑着去国民政府，忽然晕厥，掖扶回林园即卧榻不起，半身不遂，急救后稍苏醒，但口不能言。当时由文官长、参军长、主计长三人负责，组织重庆中、西医会诊。除了主治和几位西医外，还邀有名中医等参加诊治。有神医之称的张简斋多次切脉后，已认定林森“气数已尽”，乃私下对另一位中医郑曼青表示，认为该“准备后事”了。
国民党元老派人物，是支持蒋介石抗战，反对蒋介石独裁的。在元老们的影响下，张简斋、郑曼青出面说：“我们善医，并谙熟风水，均认为林园西角背靠大山，两水环抱，地势雄伟，是绝好的风水之地。建议林公可安息于此。”元老们的意思，是林森死后也不要把林园留给蒋介石。
林森卧病 70余天，于 8月 1日溘然长逝。
中央日报等数家报纸以头条消息发出“林森主席驾崩”，全版用粗黑线框以示哀悼。
蒋以行政院长代理国民政府主席，责令有关部门为林森举行了隆重的国葬礼。8月 7日―12日在市中心夫子池忠义堂举行公祭，由蒋介石率领文武百官前往告别，后由各机关、学校、民众团体分别前往致哀。灵柩葬于林园内，因此，人称“林墓”。
中共中央的唁电说：“国府主席林公领导抗战，功在国家，兹闻溘逝，痛悼同深。”
1981年，重庆市政府拨款兴工复修了“林墓”。台湾及海外华侨到重庆多往凭吊，并成为旅游景点之一。
