酒，很早便与我们人类结下了不解之缘，谈到酿酒工业的历史，巴斯德还真有一份了不起的功劳呢。
酒是用粮食、水果等含淀粉或糖的物质经发酵制成的含乙醇的饮料。酒起源于中国，相传在五千多年前的黄帝时期我们的祖先就已经酿造出酒了。随着近代工业的发展，法国的酿酒工业日渐发达，当时主要是酿造葡萄酒和啤酒，可是也正是在19世纪，法国的酒商们遇到了一个举世公认的难题。酿造出的许多葡萄酒和啤酒味道变酸，根本不能饮用，整箱整箱的酒被商店退了回来，酿酒商们蒙受了重大损失，大批酒厂亏本倒闭。此时的巴斯德在法国科学界已初露头角，有了一定的知名度，于是有人推荐巴斯德来解决这个问题。
一天，几位酒商的代表专程来到了巴斯德的实验室，请求他帮助。巴斯德在仔细地听了代表的讲述后，心里开始思索。在这以前，他已经有了与甜菜汁酿造酒精打交道的经验，此次，他又想到了微生物，酒变酸会不会又是微生物在捣乱呢？他决定立即加以验证。
经过显微镜的观察，巴斯德得出了肯定性的结论，凡是在变酸的酒中，他都看到了他已熟悉的长棍状的微生物，也就是今天人们所说的乳酸菌，而在好酒中则没有发现乳酸菌。这样他不用亲口尝，便可很有把握地告诉酒商们，哪桶酒仍是好酒，而哪桶酒已经变酸，因为他只需从整桶的酒中取出一滴样品，放在显微镜下一看，就能加以鉴别。就这样，巴斯德终于用自己的聪明才智找到了酒变酸的元凶。
巴斯德的学识使酒商们大为叹服，但他们并不满足，因为他们的目的是想让巴斯德告诉他们，如何才能酿制出香气浓郁的好酒，而避免废品——酸酒的出现。自然这也是巴斯德接下去要解决的问题。
巴斯德实验室的灯光又开始彻夜通明。他想到了温度，只有高温能够杀灭微生物，而温度过高，除了杀死乳酸菌，还会杀死酵母菌，如何解决这一难题呢？一定要寻找一个合适的温度，既能杀灭乳酸菌，又能保证正常酵母菌的生长繁殖，巴斯德陷入了沉思。
时间一天天地过去，巴斯德的实验仍在紧张地进行，他试了不同的温度，来验证不同的微生物对温度的敏感程度和耐受性的差异。经过了无数次实验，理想的实验温度范围越来越缩小。这天早晨，巴斯德像往常一样，第一个来到了实验室，他打开了第一个瓶盖，一股酒香扑鼻而来，接着第二个、三个……他终于成功了。为了验证实验的准确性，他将所有的实验样品放在显微镜下检查，结果乳酸菌的含量完全符合要求。巴斯德的实验结果证明，适宜酵母菌生长繁殖，而不利于乳酸菌繁殖的温度条件是50曟～60曟。在这种温度下，能保证所酿出的酒全部是气味醇香的好酒。
消息传出后，酒商们欣喜若狂，纷纷赞扬巴斯德，说是巴斯德的微生物学挽救了法国的酿酒工业。为了永远让世人记住巴斯德在这方面的功绩，人们把这种方法称作“巴斯德消毒法”。
在解决法国酿酒工业所遇实际问题的同时，巴斯德还进行有关微生物发酵方面的理论研究。1860～1865年间，他向法国科学院提交了数篇关于酒精发酵和乳酸发酵方面的论文；1879年他还专门写了一本名叫《发酵的生理学》的书。他在书中讲述了酵母菌、发酵过程与氧和二氧化碳的关系等许多理论问题。难怪后世学者们说，巴斯德是现代工业微生物学和医学微生物学的奠基人。
