在刘智的著作中，他从本体论、宇宙起源论和认识论的角度，具体描述了“复归”问题。他认为“真”为宇宙之本原，又为人生之归宿；万有演化的进程谓之“降”，认识并复归于本原，谓之“升”。这一降一升反映了大化循环，尽终返始，复命归根，返本还原。刘智有关复归的必然性、具体道路、目的、载体等等的论述，无不表明复归本身是“真”在一个封闭的圆圈中的自我显化。这是“真”从自我到非我，再返回自我的过程。他为了形象地说明“复归”的全过程，在《天方性理》中绘制了六十幅总图和分图，让人“观图以会意，观文以释经”。并从“真一”的“一念之动”的偶然性，从真一、数一、体一三者关系，从真一可衍化为万物，及从先天性理，后天形器的升降来复等多种角度阐述了复归的必然性。
刘智的复归思想可概括为：“真”由隐而显，由静而动，通过自显和外化，演变为宇宙万有，并赋予人们以尽终返始的使命，从而与“真”再次结合。他的这一理论框架，一方面是以中世纪伊斯兰神秘主义学者的“存在单一论”为哲学基础，另一方面，在表述思想时，使用的概念则是中国儒家的语言，其“复归”思想与中国传统的“天人合一”“天人感应”观念颇为相似。
7.朴素辩证法思想
在刘智的《天方性理》一书中，表示品级、时间、空间的概念，经常成对的出现，如大世界与小世界、天与人、先天与后天，性与理，体与用，有形与无形、升与降等等。就这些成对概念的出现而言，它们是由“一化而二”的，即由比它们高一级的一个概念分化而来的。就它们的归宿，又都要再回到比它们高一级的概念，即“合二为一”。然而并非一切概念都只能一化而二，也有一些是能一化而三的，如真体化为真一、数一、体一，真一分体、用、为三品，数一分初命、代理、为圣三品，人体分身体、心体、性体三品；世界分真理的世界，天地的世界，人极的世界等等。还有的概念可以一化为四、一化为七、一化为九，甚至一化为万等。总之从一个概念可以派生出几个概念，从真宰这个概念可以派生出一切概念。
同时，刘智也有“小中见大、大中见小”，大小是相对的思想。如“小非小也，小之中有至大”，“天地万物无一定之大小也，彼大于此，则此小，彼小于此，则此又觉其大矣”。他还举寓于真一中的微尘式的一念之动而逐渐显出广大的世界为例，要人们对“小”切不可小观。
刘智还提出了微小之物也是可分的宝贵思想，如说：“天下之物即至小如尘沙芥子亦必有内，有内则可以入乎其中而破之。”此外，刘智在《天方性理》中还不太确切地表述了相反相成的思想，如说：“凡物过于全美便非全美，纯阳之中伏一阴是其纯阳之量未全也，然若无此一阴之伏则尽之日阴何以生，是阳之不全正，所以成其全也。”、
刘智的哲学体系是唯心主义的，但在具体阐述天地万物和人的形成过程时，又尽量利用中外哲学及有关科学，包含了一定的科学内容。他在讲述大世界中的后天（即现实的物质世界）时，认为后天是从元气开始的，如说：“首判阳阴，阳舒阴敛，变为水火。水火相搏，爰生气土。气火外发，为天为星。土水内积，为地为海。高卑既定，庶类中生。造化流行，至土而止。流尽则返，返与水合，而生金石。金与火合，而生草木。木与气合，而生活类。活与理合，而人生焉。气火水土，谓之四元。金木活类，谓之三子。四元三子，谓之七行。七行分布，万汇生成。殊行别类，异质分宗。理随气化，各赋所生。大化循环，尽终返始。故惟人生，独秉元精，妙合元真。理象既生，造化成矣。”这段话形象地表述了天地万物及人从元气开始一步一步的形成过程。
8.《天方性理》对大脑研究的贡献
燕国材与朱永新两位学者撰文认为《天方性理》是刘智的一部重要哲学和心理学著作，在这本书中，刘智融合了程朱的心性学说，伊斯兰宗教教义，佛教道教的绝色去欲、清心净身、尽性归真理论，以及阿拉伯医学的解剖知识、中医的经络学说和西方的自然科学知识，对于“大世界”（字宙或物质世界）和“小世界”（心理或精神世界）的产生、发展以及“分合之妙理、浑化之精义”作了详尽阐发。我们认为，《天方性理》中心与理思想的基本倾向是唯心主义的，但是如果去掉其唯心主义的理论前提，其中也有不少朴素唯物主义的内容，而最有价值的是它对于大脑的研究。刘智关于大脑总觉作用的学说，在内容上已基本包括了一百余年以后清代名医王清任在《医林改错》中提出的“灵机记性不在心在脑”的脑髓说，堪称我国古代心理思想史上的一朵奇葩。
9.《内外体窍图说》与大脑总觉作用的思想
《天方性理》分本经和图传。本经一卷，约两千字；图传五卷，类似周敦颐《太极图说》的写法，约三万字。刘智对大脑的研究主要见于图传第三卷。在第三卷中，他论述了心理器官及其功能的产生和发展历程，并且在《内外体窍图说》篇中明确提出了大脑总觉作用的思想。
刘智把《内外体窍图》列于篇首，形象地表明了心理活动与各种器官的关系，进而详细地加以说明。他写道：夫一身之体窍皆藏府之所关合，而其最有关合于周身之体窍者，惟脑。盖藏府之所关合者，不过各有所司，而脑则总司其所关合者也。脑者，心之灵气与身之精气相为缔结而化焉者，其为用也，纳有形于无形，通无形于有形，是为百脉之总原，而百体之知觉运动皆欶焉（《天方性理·图传》，卷三）。
在这里，刘智提出了大脑总觉作用的生理基础问题。他认为，人的各种感觉和脏腑器官，都不过是“各有所司”，具有各自特殊的心理功能。但大脑却能够“总司其所关合者，具有统摄各个器官的总觉作用”。具体地说，大脑的总觉作用表现在两个方面：一是纳有形于无形。二是通无形于有形。
何谓“纳有形于无形”？刘智写道：“凡目之所曾视、耳之所曾听、心之所曾知，脑皆收纳于舍而藏于其内，是其所为能纳也。”（《天方性理·图传》，卷三）可见，所谓“纳有形于无形”，就是把人们看见过的、听到过的、感知过的东西，贮存藏纳于大脑之中。这是大脑总觉作用的一个方面。
何谓“通无形于有形”？刘智写道：“盖脑之中寓有总觉之德也，其筋络自脑而通于目，则目得其总觉之力而能视；其筋络通至于耳，则耳得其总觉之力而能听；其筋络通至于口鼻，则口鼻得其总觉之力而口知味，鼻知臭。故肝开窍于目，而其目之所以能视者，脑之力也；肾开窍于耳，而其耳之所以能听音，脑之力也；脾开窍于口，肺开窍于鼻，而其口之所以能知味，鼻之所以能知臭者，脑之力也。其筋络自脑而通至于周身，则通身得其总觉之力而手能持，足能行，百体皆知痛痒。即心为灵明之府，而亦不能不有资于脑。脑得其养而心之灵明加倍，脑失其养而心之志气亦昏，是之谓通无形于有形也。”（《天方性理·图传》，卷三）可见，所谓“通无形于有形”，就是指大脑的经络与视觉、听觉、嗅觉和动觉等感觉运动器官相通，它们之间具有某种神经通道，从而使这些感觉运动器官具有相应的心理功能。如果没有大脑的“总觉之力”，人们就不可能有视觉、听觉、味觉、嗅觉乃至手足的运动、痛痒的感觉。这是大脑总觉作用的另一方面。
在中国心理思想史上，像刘智这样明确地揭示人的感官活动和感知心理的生理基础，提出大脑“总觉之力”的概念，可能还是第一次。一百多年后，清代名医王清任才从病理心理的角度谈到这个问题：“两耳通脑，所听之声归于脑，脑气虚，脑缩小，脑气与耳窍之气不接，故耳虚聋；耳窍通脑之道路中，若有阻滞，故耳实聋。两目即脑汁所生，两目系如线，所见之物归于脑”（《医林改错·脑髓说》）。可见，刘智关于大脑总觉作用的思想，对于我国古代的脑髓说是一个突出的贡献。
10.《知觉显著图说》与大脑功能定位的思想
刘智在《天方性理》一书中把人的知觉能力分为十种，即寓于外的视觉、听觉、味觉、嗅觉、触觉和寓于内的总觉、想、虑、断、记等。寓于外的五种知觉“寄之于耳目口鼻肢体”，是五宫的机能，寓于内的五种知觉“位总不离于脑”，是大脑的功能（《天方性理·图传》，卷三）。
在图传第三卷《知觉显著图说》篇中，刘智具体论述了大脑五种知觉功能的定义及其在脑中的定位。刘智写道：
总觉者，总统内外一切知觉而百体皆资之以觉者，其位寓于脑前。想者，于其已得之故，而追想之以应总觉之用也，其位次于总觉之后。虑者，即其所想而审度其是非可否也，其位寓于脑中。断者，灵明果决而直断其所虑之宜然者也，其位次于虑后。记者，于凡内外之一切所见所闻所知所觉者而含藏之不失也，其位寓于脑后（《天方性理·图传》，卷三）。
刘智《天方性理》提出的大脑功能定位思想虽然还比较粗糙，但他明确提出总觉、回忆、思虑、判断、识记等心理活动在大脑中有相应的部位，在中国古代心理思想史上可能是“前无古人，后无来者”的。叶奕乾在《心理生理机制研究的某些进展》一文中认为：在世界心理科学的历史上，刘智的大脑功能定位思想，较19世纪奥地利医生加尔（Gall）的大脑皮层机能定位观点要早二百年左右，它应该载入中国和世界心理学的史册。
我们认为，刘智所以能正确说明大脑的总觉作用和功能定位，是与他积极吸取前人“脑髓说”中有价值的东西，尤其是阿拉伯医学的大脑解剖知识分不开的。诚如清源黑氏在《内外体窍图说》篇后所说：“通身表里皆关系乎脑，则治人者当先知脑，故天方医有脑科，诸家不知也。”（《天方性理·图传》，卷三）
11.刘智哲学思想的历史地位
刘智是一位为弘扬和传播伊斯兰宗教哲学而毕生奋斗的回族思想家。正是凭借对伊斯兰哲理孜孜不倦的追求，这个普通的金陵穆斯林一跃而成为全体回族所崇敬的学问大师。在刘智的思想体系中，柏拉图哲学的“理念”，程朱哲学的“理”，阿拉伯哲学的“四行”说，中国的阴阳“五行”，古代闪族的“七天”，中国和欧洲传说中的“九天”，新柏拉图主义的“流溢说”，周敦颐的“太极图”，毕达哥拉斯的数学“四”，中国传统文化中所盛行的“三”，伊斯兰教的“信主独一”，苏非主义的“神人合一”，以及佛教与道教的绝色去欲、清心净身、尽性归真等等都有所反映，并融汇在一个体系之中。这一方面说明了刘智的博学，另一方面也反映了刘智哲学思想的渊源。从伊斯兰教的角度看，这是具有程朱理学色彩的伊斯兰哲学；从哲学的角度看，则是伊斯兰教化的程朱理学。因此，刘智用伊斯兰教的哲学思想丰富了中国传统哲学思想，同时他又用儒家语言思想重新系统地解释了伊斯兰教义及其所蕴涵的哲学思想，完整地构造了中国伊斯兰宗教哲学的思想体系，从而把中国伊斯兰文化推进到了一个更加完善、更加系统的新的历史发展阶段，成为中国伊斯兰教哲学思想的集大成者。同时他也是中国传统文化的传承者和开拓者。他的《天方典礼》一书，成为唯一收入《四库全书》书目的中国伊斯兰文化方面的著述。
刘智的宗教哲学思想在回族中有很大影响，被尊为“先哲”“先贤”，其著作被广泛翻印、流传。甘肃临潭的回族西道堂教派将其著作奉为经典，并积极宣传。鉴于刘智对中国思想史有重大贡献，江苏省人民政府已将南京的刘智墓列为省级重点文物保护单位。
四、马注的“八赞”哲学
1.马注的身世、生平及著述
马注，字文炳，号仲修，经名郁速馥（也写作优素福），别号烟波钓叟，晚年又号指南老人。明崇祯十三年（1640年）出生于云南保山，为名门显族之后，据说是元咸阳王赛典赤·赡思丁的十五世孙。经过元明两朝，马注支系家族自其三十六世祖马文明开始使用汉姓。
马注幼年时与其兄一同师从当地举人张虚白先生，因其聪颖、智慧而深得老师喜爱。马注7岁时其父去世，祖父对他甚是怜爱，不久随着其祖父的去世，家道也随之败落。母亲吴氏带着他们弟兄两个靠耕织谋生，生活十分艰辛。但马注一直都坚持苦读诗书，16岁考中秀才。20岁时写下《隆中吟》（《郁速馥传》）。清顺治十四年（1657年）经大学士扶纲推荐在南明永历内阁先后担任中书和锦衣侍御之职。期间，其母也去世了。清顺治十六年（1659年），永历政权覆灭后，他隐居教书。此时马注阅读了很多有关道家学说的书籍，著有《樗樵录》，借以抒发对南明之亡怀悠悠余恨的心境。康熙四年（1665年），马注26岁，游学于昆明西北的武定，仍以教书为业。他在那里结识了滇中名士何星文，在何星文的指导下，他的文章与学问都有所精进，教授的弟子也越来越多。这时他的治学兴趣逐渐地转向了经世之学，并著作了《经权集》。可惜上述两部文集都没有流传下来。从《经权集》的主要内容来看，马注的思想又发生了一些转变，他的思想的转变使得他更加关注时局的发展变化。
