玄奘去世，唐高宗闻讯哭泣，为之罢朝数日，多次说：“朕失国宝矣！”
玉华山庄严肃穆，送别旷世高僧。
玉华寺作为玄奘法师译经和圆寂的地方，作为佛教法相宗的祖庭，在佛教史上占有重要的一席，为海内外佛教徒所关注。
自从翻译完《大般若经》之后，玄奘愈来愈感到病体不支，自知寿命将尽，便告诉门人说：“我来玉华寺，为的就是翻译《大般若经》，现今译事已结束，我的生涯也当尽了。如果我死了，你们为我送终，后事一定要从俭办理。可以用苇席装裹我的遗体，选择深山僻静处，简单安放就行了，不要让我的不净身骨靠近宫殿寺院。因为我的身体不干净，所以应当屏放在幽远的地方。”门徒们听了法师的遗言，个个哀哽，掩面拭泪，都以柔言宽慰说：“师父气力还可以，容颜尚好，为什么要说这些不祥之言，令我们伤心不已！”玄奘平静地说：“这个只有我自己清楚，你们怎么会明白呢？”
麟德元年（664年）正月初一，这一天正是4年前《大般若经》开译的日子。想到大功已成，玄奘格外高兴，精神也显得特别好，便翻译《咒五首经》一卷。正月初三，玉华寺众僧见玄奘体力恢复，还以为法师果真康复，都很欢悦，便殷切启请玄奘再能译一部巨典《大宝积经》。法师见大家的积极性很高，喜悦之下，即答应试一试。可是，仅仅译了几行，就感觉不舒服，只好慢慢合上梵文经本，有气无力地告诉众人说：“此经部轴也很大，与《大般若经》相近，玄奘自量气力不足，不能再承担这一浩大的工程了。”接着又说：“看来我的寿期已到，大限是不会远了。现在，我只想去芝兰谷礼拜并俱胝佛像。”众僧面面相觑，无不潸然伤情。于是，只好搀扶着法师向芝兰谷缓缓走去，玄奘礼佛完毕后，就回到住处肃成院，每天只是讲经传道，不再从事译经工作。
正月初八，有一位高昌籍的弟子玄觉，夜间梦见一座高大庄严的佛塔突然崩塌，惊醒之后不知主何凶吉，就去问玄奘。玄奘说：“这个不关你的事，是我辞世的预兆。”
正月初九傍晚，玄奘在肃成院房后跨越一小水渠时，不慎失足跌倒，擦破小腿皮肤，遂被抬回寝室治疗，看似伤势并不严重，但从此后玄奘病势愈重，气息微弱，沉沉昏睡，时有谶语梦话。
正月十六日，玄奘从梦幻中醒来，向守护在身边的玉华寺寺主慧德法师述说梦中备受佛神欢迎款待景况，又叫随身高僧嘉尚抄录他一生所译全部经论的目录，以及他敬造的俱胝佛像、弥勒佛像各一千帧素像等。嘉尚抄录完毕逐项念给他听，玄奘听罢，闭目合掌，自感欣慰，便告诉门人说：“我的无常期已到，很想舍弃一切，请让有缘与会者一起前来吧！”于是，玄奘将自己的衣物资财，慷慨分赠给周围的人，还叮咛众人要广造佛像，大宏圣教。
正月二十三日，玄奘设斋供众，将生前所有财物布施一空，然后请画师兼塑工的宋法智于嘉寿殿竖起菩提像，把骨架搭好。他对所有在场的弟子说：“我这毒身我已经厌恶了。我在世间应该做的事也已经做完了。既然不能久住尘世，希望用所修的福慧回施众生。我发愿，能跟大家一起上生到弥勒菩萨身边去侍奉他。等弥勒菩萨下生时，随他下生，广做佛事，以成就无上菩提。”
二月三日，玉华寺检校翻经使人许玄备上奏朝廷云：“法师因损足得病。”二月四日深夜，瞻病僧明藏禅师见玄奘闭目默然合掌良久，随后以右手缓缓支着面颊，左手放在左腿上，两腿微屈，向右侧身而卧，一动不动。弟子光问：“法师您是不是已决定得生到弥勒佛净土？”
“得生！”这是玄奘留下的最后两个字。
此后，玄奘便不饮不食，祥怡寂然。明藏禅师轻轻拈取新棉细丝，小心翼翼地停置在玄奘鼻下仔细观察，几乎看不出一丝动静。
二月五日半夜，玄奘安然告辞人间，圆寂于玉华寺肃成院，终年64岁。
二月七日，坊州刺史窦师伦表奏玄奘噩耗，高宗闻讯为之罢朝迭声恸叹：“朕失国宝矣！”言罢呜咽，百官流涕。第二天他又对群臣说：“多么痛惜啊！朕国内失法师一人，释众摧梁四民无导师矣！此何异于苦海方阔而舟楫邃沉暗室犹昏而灯炬顿灭啊！”说着又悲叹不已。
二月十六日高宗下敕：“窦师伦所奏，玉华寺玄奘法师已亡，其翻经之事且停。已翻成者准旧例官为抄写；自余未翻者总付慈恩寺守掌勿令损失。其法师弟子及同翻经先非玉华寺僧者，宜放回本寺。”
三月十五日高宗又敕：“玉华寺故大德玄奘葬日宜听京城僧尼造幢盖送至墓所。”
从此，《咒五首经》成为玄奘一生翻译佛经的绝笔，玉华山成了玄奘圆寂的圣地。玄奘因玉华山而成就功业，玉华山因玄奘而成为佛教名山。
