元明宗至顺三年（1332年），天禧寺住持弘教大师广演重修过玄奘法师顶骨塔。明太祖洪武十九年（1386年），寺僧守仁及居士黄福灯等将玄奘顶骨由长干寺（即天禧寺、后更名大报恩寺）东岗，迁至南岗建三藏塔安葬。明永乐十年（1412年），明成祖皇帝朱棣圣旨，在玄奘墓前建三藏殿。在明天启七年（1627年）刊印的《金陵梵刹志》报恩寺全图中，明确画出三藏塔的位置，形状为复钵式石塔。清康熙三年（1664年），大报恩寺全面维修，三藏殿及玄奘顶骨塔也得到维修。清咸丰六年（1856年），大报恩寺遭受兵火，毁于一旦。从此，玄奘顶骨在南京“失踪”了。
1942年11月初，驻防在南京的日本军队，在大报恩寺三藏殿遗址后建造“稻禾神社”，挖地基时挖出一个石函，记载玄奘顶骨辗转迁葬的经过。
当时，日军严密封锁消息，企图将顶骨盗回日本。直到次年2月3日，汪伪《民国日报》首次披露了玄奘顶骨出土。其后《中报》《中央广播电台》等媒体又相继报导了发现玄奘顶骨的消息，一时舆论大哗，南京市民也街谈巷议。
迫于舆论，日本军方出了一个由谷田阅次署名的《三藏塔遗址之发掘报告》。据该《报告》称，在塔基直下深约3.5米处，发现一石椁。石椁内围为59厘米乘以78厘米长方形，深约57厘米。在石椁内藏有51厘米乘以51厘米，高30厘米的石函。石函两侧刻有文字，一面为：
大唐三藏大遍觉法师玄奘法师项骨早因黄巢发掘今长干演化大师可政于长安传得于此葬之天圣丁卯二月五日同缘弟子唐文遇第文德文庆弟子张霭
另一面为：
奘法师顶骨初在天禧寺之东岗大明洪武十九年受菩萨戒弟子黄福灯瞽宝迁于寺之南岗三塔之上是岁丙冬十月传教比丘守仁谨志
石函内有一薄铜匣（方16厘米，高5.5厘米），内藏连耳部之头骨一部分。同时出土的还有一些金、银、铜、瓷器。
从此，玄奘顶骨舍利面世。
由于玄奘法师的名声显著，各地均想迎请供奉。1943年12月28日，玄奘顶骨舍利在“分送典礼”被分成三份，南京汪精卫政府、北京、日本各得一份。
留在北京的这一部分顶骨，在解放前后又分做四份供奉：一份留北京，解放后供奉在广济寺，“文革”中遗失；一份送广州六榕寺，“文革”中遗失；一份送天津大悲院，后经周总理同意，由达赖喇嘛代表我国政府赠送给印度总理尼赫鲁，现安放在印度那烂陀寺的纪念堂中；一份送成都，现供奉在文殊院。
被日本请回的那份玄奘顶骨舍利，先是安奉在东京增芝上寺，后被移转到琦玉县的慈恩寺，1947年，日本佛教界在慈恩寺建塔供奉玄奘三藏舍利，1949年塔成并举行纳骨仪式。1955年，台湾中国佛教会向日本提出请求，将这份舍利分出一份，迎请到台湾供养。同年11月下旬，分出的玄奘舍利迎请至台，被供奉在台北日月潭玄奘寺。
后来，在日本的玄奘顶骨舍利又分了一份送给日本奈良新建的三藏院。
1997年，台湾佛教界创办了玄奘大学的前身——玄奘人文学院，创办人了中法师向灵谷寺提出请求，希望能分赠一颗舍利供奉。经中国佛教协会会长赵朴初等人的奔走，国务院批准，从灵谷寺保存的玄奘舍利中，分得一颗长2.8厘米，宽1.79厘米，厚1.42厘米，重2.886克的舍利给玄奘大学。
2000年11月21日，为纪念玄奘诞辰1400周年，西安大慈恩寺从南京灵谷寺迎请玄奘法师顶骨舍利安奉在新建的玄奘三藏院大遍觉堂。
如今被供奉在世界上九个地方，即：南京玄奘寺、南京灵谷寺、成都文殊院、西安大慈恩寺、台北玄奘寺、新竹玄奘大学、日本琦玉县慈恩寺、日本奈良三藏院、印度那烂陀。
南京玄奘寺1943年底，汪伪政府在南京九华山上建了一座砖塔，供奉玄奘顶骨舍利，得名三藏塔。1944年10月10日，四面五层的唐式砖塔建成，并进行了顶骨入塔仪式。此建塔至今，玄奘顶骨就一直留在三藏塔下。
南京灵谷寺灵谷寺地处紫金山东南麓，为明代佛教三大寺院之一。紫金山早在六朝时就已是佛教圣地，梁武帝时，其周围大小寺院已达70多所。到了明代，这些寺院历经沧桑，大部分被毁，只有南麓独龙岗一带的蒋山寺、定林寺、宋熙寺等少数几座保存完好。灵谷寺前身就是处于独龙岗的开善寺，南朝梁天监十三年（514年）梁武帝为埋葬宝志和尚，在独龙岗建开善精舍和志公塔。唐代改称宝公院，北宋大中祥符年间，改称太平兴国禅寺，明初改为蒋山寺。朱元津为建明孝陵，命人选中独龙岗这块风水宝地，于是就下令将这一带包括蒋山寺在内的所有寺院都迁往紫金山东麓，合为一寺。因为灵谷寺的地形是“左群山右峻岭”之间的一片谷地，所以命名为“灵谷寺”。灵谷寺初建时，规模宏大，殿宇林立，佛塔矗立，从山门到大殿，长2.5公里，占地约500亩，僧人千余人。难怪朱元津将它看成杰作，并御笔题额“第一禅林”。可惜后来因遭兵火劫难，只有无梁殿得以幸存。到清同治年间重修灵谷寺，规模已远不如当年，然而红墙黄瓦、松翠林茂、鸟语花香、环境幽静，仍不失“灵谷深秋”的佳景。
建国后，留在南京的一份玄奘顶骨舍利先后由毗卢寺、栖霞寺、市文管会供奉保存。1963年为举行玄奘法师圆寂1300年纪念法会，曾将顶骨奉迎至栖霞寺。1973年，南京灵谷寺修复开放，经有关部门批准，该寺将这份顶骨从文管会请回供奉，寺内专设“玄奘法师纪念堂”，纪念堂正中心设十三层密檐楠木塔，玄奘法师灵骨即安奉于此中，被誉为该寺密藏的镇寺之宝。为了供奉世界佛教圣物玄奘顶骨舍利，灵谷寺从2003年10月起动工，于2005年3月17日竣工，新建仿唐建筑风格的玄奘院，并于3月18日在灵谷寺内隆重举行了落成庆典法会。
成都文殊院成都文殊院位于成都市西北角，是川西著名的佛教寺院。它的前身是唐代的妙圆塔院，宋时改称“信相寺”。后毁于兵灾。传说清代有人夜见红光出现，官府派人探视，见红光中有文殊菩萨像，便于康熙三十六年（1697年）集资重建庙宇，称文殊院。
康熙帝御笔“空林”二字，钦赐“敕赐空林”御印一方。康熙帝墨迹至今仍存院内。文殊院坐北朝南，建筑面积11600平方米。天王殿、三大士殿、大雄殿、说法堂、藏经楼庄严肃穆，古朴宏敞，为典型的清代建筑。两旁配以禅、观、客、斋、戒和念佛堂、职事房，形成一个封闭的四合院。两相对峙的三檐式钟鼓楼，钟楼里悬有4500多公斤的铜铸大钟一口。观音大士像为青铜铸造，可称雕塑精品。护法神韦驮像，为清道光九年（1829年）第七代方丈本圆用青铜翻砂而成，工艺精细，童颜神态，体现了“童子相貌，将军威仪”的风度。还有一尊列为“空林八观之一”的缅甸玉佛，是该院僧人性鳞和尚于民国十一年（1922年）历尽艰辛，步行募化到缅甸请回的。
另外，院内还有大小300余尊佛像，无论是石刻、铜铁铸造，还是木雕泥塑，均具有文物艺术价值。文殊院还珍藏有许多珍贵文物和佛经、文献上万册，如该院僧人先宗等3人于每日清晨刺舌取血书写的“舌血经书”；明神宗的田妃绣的千佛袈裟；清杨遇春长女以自己头发绣制的水月观音。
1943年2月23日，中日双方隆重举行了玄奘法师灵骨移交与奉迎仪式。当时，由日本驻华大使生光葵代表日方移交，中国方面当时由（汪精卫政权）外交部长褚民谊代表中方接收。当时主持分配灵骨的白隆平是四川西充人，在分配灵骨时留下一份，抗战胜利后，将留下这份带回四川送给成都近慈寺的能海法师，保存于近慈寺。
1952初，能海赴五台山广济茅蓬安居讲学。玄奘顶骨舍利由僧人永光负责保存。1962年，能海赴京参加佛教代表大会，会中获悉近慈寺老喇嘛病重，即飞回蓉城探望，住三周并举行传法仪式，由永光住持近慈寺，玄奘顶骨舍利亦由永光法师负责保管。
文革前，近慈寺被成都继电器厂征用，玄奘顶骨舍利由市文化部门派来的干部钟鼎文先生交文化部门保存。后因玄奘曾于大慈寺之律院受戒之故，移交成都大慈寺供奉。文革初期再转交文殊院保存至今。
西安大慈恩寺安奉在玄奘三藏院大遍觉堂内的这粒顶骨舍利重7.61克、长39.6毫米、宽18.8毫米、高21.4毫米。
一代法师的英灵，在阔别1300多年之后，终于回到了他呕心沥血的译经之地。
位于大雁塔北面的玄奘三藏院，是当前规模最大的玄奘纪念馆，殿内壁面布满玄奘法师生平事迹巨幅壁画，为铜刻、木雕和石雕，是当前规模最大的玄奘纪念馆。联合国教科文组参观后，将玄奘三藏院誉为当代的敦煌。
台湾玄奘寺玄奘寺台湾南投县日月潭畔。1955年，在台湾的“中国佛教会”向日本提出迎取玄奘顶骨的要求，日本“三藏瞻仰会”会长仓持秀峰会同有关佛教界人员，决定“接受”此要求。1955年11月25日，仓持秀峰等5人奉拇指甲大小的一块玄奘顶骨赴台，受到台湾佛教界及官员的国宾级欢迎。这块顶骨供奉在为此专门建造的日月潭畔的玄奘寺慈恩塔内。
台湾玄奘大学玄奘大学位于台湾新竹市香山区，成立于1997年。原名玄奘人文社会学院，2004年改名为玄奘大学，下设人文学院、社会科学学院、管理学院、法律学院、资风格。
日本奈良市药师寺药师寺位于奈良市西京町，是日本法相宗的大本山，为奈良7大寺之一。
据记载，公元680年，天武天皇为了祈求皇后病体早日康复，在藤原京建造了以药师如来为本尊的寺院。寺院尚未完成，天武天皇却不幸去世，继位的持统天皇、文武天皇继续建造寺院，大约于698年建造完成。其后由于都城迁至平城京，寺院于718年迁至现在的地点。昭和中期，借着白凤伽蓝复兴之机，从1976年的金堂复兴开始，开始重建昔日的伽蓝。1991年，作为新殿堂的玄奘三藏院伽蓝建造完成。
药师寺不仅以伽蓝闻名，还藏有被称为可代表白凤时代佛像双璧的药师三尊像和圣观世音菩萨立像，以及日本最古老的佛足石（由唐代王玄策自印度摩揭陀国临摹佛足石后带回大唐，置于长安善光寺中，由一位遣唐使摹写下来后带回到日本）等很多文物。
印度那烂陀玄奘纪念堂那烂陀玄奘纪念堂位于印度北部比哈尔邦，于2007年2月12日落成，为中印两国联手修建。
早在50多年前，中印两国总理周恩来和尼赫鲁就共同倡导修建玄奘纪念堂。由于历史原因，纪念堂开工不久便停建，历经两国政府近年来的不懈努力，半个世纪前的倡议终于变成了现实。
作为展示中印传统友谊和中国文化的窗口，修复完善后的纪念堂每个细节都充分突显了中国特色。线条优美的大殿飞檐，仪态飘逸的敦煌飞天等艺术元素，无一不展示着中国传统建筑与装饰艺术的优美与雄浑。大殿内，一尊玄奘铜制坐像立在堂前，像是在迎接后人的到来。后面是汉白玉弥勒经辩图大型浮雕，大殿四周悬挂着玄奘生平铜雕壁画，铜制敦煌飞天壁画，显得灿烂辉煌。大殿外悬挂着赵朴初先生的手迹——玄奘纪念堂牌匾和西安大慈恩寺提供的抱柱楹联；庭院中塑立了汉白玉玄奘纪念碑、仿制的《大唐三藏圣教序》古碑和玄奘纪念堂缘起碑，以及和平钟亭。建筑的严整和精致，让人们体味到当年寺院建筑的辉煌和气势。
