这一年十月，俄国侵略军借口保护正在修筑的中东铁路，调集十七万大军，兵分六路入侵中国东北。十月下旬，东北铁路沿线及主要城市，全部沦陷。在俄军侵略东北的整个过程中，有大约二十余万无辜的中国民众在侵略者的屠刀下丧生。十二月，东北人民自发组织的忠义军、义和团余部农民军及镇东军三支抗俄主力军，在吉林海龙实现联合，统称“忠义军”，联合后将士达两万余人。忠义军以“御俄寇、复国土”相号召，得到辽东百姓的积极支持，活跃在海龙、通化一带的高山密林中，打得俄国侵略军坐卧不宁。光绪二十七年（1901年）秋，忠义军抗俄斗争以失败告终。
十一月初三，俄国《火星报》创刊号上发表了列宁的《中国的战争》一文。列宁在这篇文章中猛烈抨击了俄国政府对中国的无耻侵略，揭露了俄国军队在中国领土上的野蛮行径。他的文章一开始就写道：“俄国正在结束对中国的战争：动员了好些军区，耗费了数亿卢布，派遣了几万名士兵到中国去，打了许多次仗，取得了一连串的胜利——的确，这些胜利与其说是战胜了敌人的正规军，不如说是战胜了中国的起义者，更不如说是战胜了手无寸铁的中国人。淹死和屠杀他们，不惜残杀妇孺，更不用说抢劫皇宫、住宅和商店了。”“沙皇政府在中国的政策是一种犯罪的政策。”他号召俄国人民识破沙皇政府制造民族仇恨、转嫁危机的阴谋，行动起来，“打碎战争强加在劳动人民身上的新的枷锁”。
这一年夏天，中国民主主义革命团体正气会改为自立会后，唐才常、林圭、秦力山等人加紧组筹自立军，以为武装“勤王”之旅。七月初一，唐才常邀集上海维新人士在张园开“中国国会”，到会者有容闳、严复、章太炎、毕永年等数百人。会上推容闳为会长，严复为副会长，唐自任总干事。国会宣布宗旨三条：一、保全中国自立之权，创造新自立国；二、决定不认满洲政府有统治清国之权；三、拥护光绪皇帝复辟。既反清又拥帝，宗旨存在着明显的自相矛盾，对此章太炎、毕永年表示反对，并劝唐才常与康有为、梁启超分手。而唐才常以经费赖保皇会提供为由，婉言拒绝。章太炎当场自剪发辫，宣布与之决裂。
七月二十七日，张之洞勾结汉口英国领事，破获自立军总机关，将唐才常等人逮捕并杀害，自立军起义“勤王”计划遂告彻底失败。
张之洞、刘坤一随即严厉镇压自立会会众，株连甚广，捕杀百余人，自立会亦告瓦解。
这一年闰八月十五日，根据孙中山在香港与兴中会员举行会议的决定，郑士良、黄福等在日本的台湾总督许以支援下发动惠州起义，首战告捷并连续获胜。不料台湾总督秉承新任内阁总理大臣伊藤博文旨意，背弃了先前的承诺，致使义军在清军进逼下陷入弹尽粮绝的境地，于二十九日败散。
闰八月下旬，兴中会会员史坚如、邓荫南等在广州得知惠州起义的消息，遂决定采取暗杀活动，刺杀两广总督德寿，给惠州起义以有力声援。史坚如等在总督府后挖地道通至德寿的卧室正面，埋置炸药。
但炸药爆炸后仅将德寿从床上震落在地，却未丧命。史坚如被清方逮捕，被捕后备受酷刑，坚贞不屈，于九月二十八日慷慨就义。孙中山闻其死讯后，称史坚如的牺牲“死节之烈，浩气英风，实足为后死者之模范”。史坚如谋刺两广总督德寿未遂后，德寿即悬赏购革命党领袖的首级，其中曾任兴中会会长的杨衢云首级赏价为白银三万两。惠州起义时，杨衢云负责接济饷械。起义失败后，杨留居香港，亦遭暗杀。
在这风云变幻的光绪二十六年（1900年），一在新加坡一在日本的维新派领袖康有为、梁启超，身居异域，心系故国，深切关注着危难中的故国和囚禁中的国君。遥望神州，怨愤填膺，壮志未酬，心潮难平，他们只能用诗表达一腔复杂的心情：
忧患弥天塞太空，树声争战起长风。
楼台寂寂无人到，廊外藤花开小红。
（康有为《槟榔屿督署秋风独坐杂作（二首之一）》）献身甘作万矢的，著论求为百世师。
誓起民权移旧俗，更研哲理牖新知。
十年以后当思我，举国犹狂欲语谁？
世界无穷愿无尽，海天寥廓立多时。
（梁启超《自励二首（其二）》）四人们印象中的光绪是一个柔弱、窝囊而又一事无成的皇帝，他不仅不是盛世之主，而且更是败国（实际上是亡国）之君，自然不值得歌颂，也没有编成电视剧的价值。然而，翻开清朝历史一看，光绪的锐意进取和立志改革精神，倒不由得令人肃然起敬——在大清历代皇帝中，有哪一个能像光绪那样面对世界，看清潮流，敢于进行政治体制的改革？康雍乾三代帝王在百余年间用人造烟火制造了满天晚霞，却拒绝从窗外透进一丝晨曦；他们因循守旧，不思革新，留下了鸦片战争的祸根。接着开始的嘉（庆）道（光）咸（丰）又一个三代帝王，仍然坚守祖制，重蹈覆辙，不仅把中国推入任凭西方列强宰割的绝境，而且把政权交给了一个遗患无穷的民族罪人，使她从此以太后的名义蹂躏中国近半个世纪。
如果不是慈禧这个亘古罕见的坏女人倒行逆施，1875年即位、1889年亲政的光绪皇帝还是有机会实行改革、振兴中国的。就在差不多的时候，1867年执政的日本明治天皇，即位之初即推翻了江户幕府的统治，大力推行有利于资本主义的维新改革。仅仅花了十余年时间，日本资本主义得到迅速发展，俨然成为东方霸主。这一异军突起的新军国主义强国，在东亚地区横行霸道，对外发动甲午战争、日俄战争，侵占台湾，吞并朝鲜，气焰嚣张到极点。而在明治天皇让日本搭上历史末班车追赶西方的同时，慈禧正快马加鞭地驾驭着清朝的破旧马车，走着历史的回头路。
在光绪三十四年（1908年）年孙中山领导的民主革命风起云涌、清王朝风雨飘摇的日子里，十月二十一日（1908年11月14日），病入膏肓的慈禧太后命太监把她抬到瀛台，抬到被她囚禁了十年之久的光绪皇帝床前。病体沉重的光绪和病体更加沉重的慈禧默默对视，在沉默的目光中维新派领袖向保守派首领做最后的无力抗争。就在同一日，慈禧硬撑着久病之躯突然召见军机大臣，宣称光绪病危，立即宣布由醇亲王即光绪的弟弟载沣之子、三岁的溥仪继承皇位。
当日酉时，三十八岁的光绪、这个被历史学家范文澜评为“满洲皇族中比较能接受新思想”、“颇想有所作为”的皇帝，在瀛台度过十年囚禁生活后于瀛台涵元殿突然“驾崩”。溥仪当即由父亲抱着朝见重病中的慈禧，承继光绪成为新的皇帝，定国号为“宣统”。
光绪死了，如同一片枯萎的落叶随着秋风飘扬而去。没有百姓为他流泪，没有文人为他悼念，尽管他想维新救国，尽管他曾备受折磨，但是他毕竟是一个满洲国的皇帝，他的一切努力的唯一目的也仅仅是为了守住他的祖业。远有清人入主，近有列强入侵，是当时的志士仁人所念念不忘的新仇旧恨，他们决不容许一位清朝皇帝复辟，也不容许他的祖业继续存在。一位年甫二十二岁的同盟会和光复会会员、诗人柳亚子，在光绪死的这一年，没有为这一维新皇帝献上悼词，却对满清王朝发出了檄文。他写的是一首志在推翻清廷、光复神州的《自题磨剑室诗词后》诗：
剑态箫声不可羁，已教终古负初期。
能为顽石方除恨，便作词人亦大痴。
但觉高歌动神鬼，不妨入世任妍媸。
只惭洛下书生咏，洒泪新亭又一时。
光绪三十四年十月二十二日（1908年11月15日），在光绪死后的第二天下午，他的“亲爸爸”与政敌慈禧也病死在中南海仪鸾殿。
消息公布后，立即在全国引起种种的怀疑和猜测，因为这对母子自戊戌政变后一直处于对立的微妙状态中，而且慈禧一直欲置光绪于死地而后快。现在两人几乎同时死去，年龄仅为慈禧之半的光绪又死于她之前，于是，后人对光绪之死产生了种种不同的说法：
一种说法是徐珂的《清稗类钞》所述，认为慈禧在病危时，不愿在她死后让光绪再掌朝政，派亲信去窥探光绪动静，得知光绪“竟有喜色”，大怒说：“我虽病，当不致先他死，他休痴想！”于是派人将光绪毒毙。下毒是中国古代宫廷斗争中惯用的手法。
另一种说法以德龄《瀛台泣血记》为代表，认为是慈禧的太监亲信李莲英平日狗仗人势，迫害光绪，害怕慈禧死后光绪再度上台会危及自身，因此瞒过慈禧，暗中毒死了光绪。
第三种说法则是康有为的公告与溥仪的《我的前半生》的看法，认为袁世凯在戊戌政变中出卖了光绪，当慈禧病危时，担心光绪重新上台，便以重金买通内监，借向光绪进药之机，暗中下毒，谋杀了光绪。
以上几种说法流传颇广，但均系猜测之词。据历史学家近年在故宫博物院中找到的清宫医案中，对光绪历年的病历与药方分析，认为光绪死亡纯属自身疾病加剧所致。光绪从小在慈禧的冷漠、威严与胁迫中长大，精神压抑，羸弱多病，特别是在戊戌政变中经受慈禧无情打击，被长期幽禁，精神濒临崩溃，身体急剧衰弱，年纪轻轻就患上多种严重疾病，据现代医学分析其病史，他的肺、肝、心等都有病，还有长期遗精史。光绪勉力支撑数年，到光绪三十四年（1908年）已病入膏肓，十月十八日即光绪死前四日的医案上写着：“此病不出四日，必出危险！”十九日御医们已感到束手无策，二十日，光绪“目睑微白而珠露”，危在旦夕了。二十一日进入弥留状态，“脉息如丝欲绝”，到此日夜间，光绪终于死亡。据此分析，光绪的直接死因，乃是心肺功能的慢性衰竭，合并急性感染而造成，属于正常死亡。
然而清宫病历医案就那么可靠么？阴险、残忍而又狡诈的专制统治者在权力斗争中，可以无所不用其极。他们大权在握，生杀予夺，任其所为，在刀剑相逼下，御医难道不能伪造或篡改病历医案么？在厚厚帷幕后面的重重阴谋，使清朝历史上出现了一个接一个帝、后的死因之谜，顺治、康熙、雍正、慈安太后、同治之死，都成为留给后人进行无休止地探讨与争论的历史疑案。
光绪之死是清史中飘过的最后一片疑云。
