毛泽东对林彪等人为争夺个人权力进行的阴谋活动有所觉察。后来他巡视南方时曾辛辣地批评他们说："一句就是一句，怎么能顶一万句。不设国家主席，我不当国家主席，我讲了六次，一次就算讲了一句吧，就是六万句，他们都不听嘛，半句也不顶，等于零。"8月25日上午，江青、张春桥、姚文元向毛泽东反映了林彪一伙要揪人的情况，毛泽东决定立即休会制止他们的宗派活动。8月25日下午，毛泽东召开政治局常委扩大会议，决定立即停止讨论林彪的讲话，收回华北组"第二号简报"，责令陈伯达检讨。8月31日，毛泽东写了《我的一点意见》，指出陈伯达搞的称天才的几段语录这个材料，"欺骗了不少同志"；严厉批评陈伯达"采取突然袭击，煽风点火，唯恐天下不乱，大有炸平庐山，停止地球转动之势"。毛泽东在这篇短文中，着重批判了陈伯达等人散布的"天才论"观点。他说："是英雄创造历史，还是奴隶们创造历史，人的知识才能也属于知识范畴，是先天就有的，还是后天才有的，是唯心论的先验论，还是唯物论的反映论，我们只能站在马列主义的立场上，而决不能跟陈伯达的谣言和诡辩混在一起。"毛泽东要求大家"不要上号称懂得马克思，而实际上根本不懂马克思那样一些人的当"。
毛泽东在《我的一点意见》中严厉批判了陈伯达，但对林彪仍采取保的方针。《意见》中还写了"我同林彪同志交换过意见，我们两人一致认为"等字句。全会按照毛泽东的意见，对陈伯达进行揭发批判，吴法宪也被迫做检讨。9月6日，全会恢复原定议程，基本上通过了《中华人民共和国宪法修改草案》，决定向全国人大常委会建议在适当的时候召开四届人大；批准国务院关于全国计划会议和1970年国民经济计划的报告；批准中央军委关于加强战备工作的报告。当天下午，九届二中全会闭幕。毛泽东在会上发表重要讲话。强调高级干部要认真看书学习，弄懂马克思主义；要加强团结。周恩来作了总结。会议宣布对陈伯达进行审查。
九届二中全会对于林彪集团的发展到覆亡是一个转折点。一是林彪妄想当国家主席，用"和平过渡"的办法篡权的阴谋活动遭到挫败。二是在同江青集团较量中，由于毛泽东明确支持江青等人，点名批判陈伯达，不同意林彪鼓吹的天才论，而使林彪集团遭到沉重打击。此后，不甘心失败的林彪集团，转而准备采取武装政变的方式，妄图用暴力夺取最高领导权，从而走上了加速覆灭的道路。
"批陈整风"运动与华北会议
"批陈整风"运动是针对1970年8、9月中共九届二中全会暴露出来的陈伯达问题及林彪集团的部分问题，在全党全国范围内开展的批判与教育运动，而华北会议则是其中的一次重要会议。
九届二中全会结束后，全党开展了"批陈整风"运动。首先是中央在一部分高级干部中口头传达了陈伯达的问题。1970年11月6日，中共中央发出《关于高级干部学习问题的通知》，传达了毛泽东在九届二中全会上关于党的干部都要挤时间读一些马列的书的指示。当时规定要学习的是马克思、恩格斯和列宁的6本著作和毛泽东的5篇著作。即：《共产党宣言》、《哥达纲领批判》、《法兰西内战》（选读）、《反杜林论》（选读）、《唯物主义和经验批判主义》（选读）、《国家与革命》（选读）。毛泽东的著作是：《实践论》、《矛盾论》、《关于正确处理人民内部矛盾的问题》、《在中国共产党全国宣传工作会议上的讲话》、《人的正确思想是从哪里来的？》。从当时领导意图看，学习马列6本书的目的主要是为了配合"批陈整风"，希望借此提高区别真假马列主义的能力。
11月16日，中共中央发出《关于传达陈伯达反党问题的指示》，一并转发了毛泽东的《我的一点意见》和附件陈伯达在庐山上搞的《恩格斯、列宁、毛主席关于称天才的语录》。文件指出：陈伯达在九届二中全会上进行了分裂党的阴谋活动，有反对党的"九大"路线，反马克思列宁主义、毛泽东思想的严重罪行，是假马克思主义者、野心家、阴谋家。陈伯达历史复杂，是个可疑分子，中央正在审查他的问题。文件号召全党、特别是了解他的情况和问题的同志，对陈伯达进行检举揭发。文件发至地、师级，每单位一份，由主要领导亲自传达。以后，传达的范围不断扩大，在全党全军有步骤地开展了批陈整风运动，对外称"批修整风"。
陈伯达在庐山九届二中全会上遭到毛泽东的当头棒喝，政治上已是被打倒了。按照当时的斗争惯例，剩下的就是列举罪状，揭发批判，全国全党声讨。1971年1月26日，中共中央发出《上乏党分子陈伯达的罪行材料》。材料对陈伯达从历史上的罪行到现实的反对毛主席革命路线的一系列罪行进行了揭露和批判。2月21日，中共中央发出《关于扩大传达反党分子陈伯达问题的通知》。4月29日，中共中央发出《关于把批陈整风运动推向纵深发展的通知》。向全体党员传达陈伯达的问题，把运动扩大到全国基层单位。与此同时，全国报刊上以"刘少奇一类政治骗子"的代名词，对陈伯达进行不点名的"革命大批判"。
然而，毛泽东并不在陈伯达问题上就事论事，也不是就此仅仅进行思想路线上的学习教育。他还有更为实际的政治目的，要借批陈的题目作林彪一伙的文章，削弱他们在"文化大革命"中膨胀起来的权势。毛泽东在1971年2月作的一个指示："开展批陈整风运动时，重点在批陈，其次才是整风"，点明了问题的关键所在。
毛泽东对林彪一伙采取的办法是"甩石头"（即写批示发下去）、"掺沙子"（往林彪控制的机构里派人）、"挖墙角"（瓦解林彪控制的军事力量）。毛泽东在一些文件上，加上批判陈伯达和批评黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏、邱会作的话，敲打他们，降低他们在军内和党内的政治影响和威信，这是"甩石头"。1970年10月14日，毛泽东在吴法宪的书面检讨上批示："作为一个共产党人，为什么这样缺乏正大光明的气概。由几个人发难，企图欺骗二百多个中央委员，有党以来没有见过。""办事组各同志（除个别同志如李德生外）忘记了九大通过的党章"，"又找什么天才问题，不过是一个借口"。毛泽东针对吴法宪检讨中"有人利用毛主席伟大的谦虚，贬低毛泽东思想"的话，批道："什么伟大的谦虚，在原则性问题上，从来没有客气过。"10月15日，毛泽东在叶群的检讨书上批示："爱吹不爱批，爱听小道消息，经不起风浪。"在叶群检讨到他们搞天才语录时，毛泽东批了"多年来不赞成读马列的同志们为何这时又向马列求救，题目又是所谓论天才，不是九大讨论过了吗？为何健忘若此？"毛泽东批判叶群一伙："不提九大，不提党章，也不听我的话，陈伯达一吹就上劲了，军委办事组好些同志都是如此。"1970年12月18日，毛泽东接见美国友人斯诺时说："‘四个伟大’（伟大导师，伟大领袖，伟大统帅，伟大舵手），讨嫌！"而"四个伟大"正是受到广泛宣传而尽人皆知的林彪的一个题词。说它"讨嫌"，显然是针对林彪而言的。1971年5月31日，经毛泽东批准，中央向全党转发了他与斯诺的谈话纪要。
在"批陈整风"中，华北会议是专门针对着林彪集团而召开的一次重要会议。1970年12月10日，驻河北保定的38军党委写了《关于检举揭发陈伯达反党罪行的报告》，送军委办事组并报中央。报告说，陈伯达反对毛泽东、林彪，不择手段地插手军队，搞宗派活动。毛泽东认为找到了"石头"，对报告作了重要批示：要北京军区党委开会，"讨论为何听任陈伯达乱说乱跑，他在北京军区没有职务，中央也没有委任他解决北京军区所属的军政问题，是何原因陈伯达成了北京军区及华北地区的太上皇？"陈伯达在军队中影响很小，他到军队去视察也不过是奉命行事。毛泽东对他活动的严重性估计如此之高，作出如此严厉的批评，显然包含着对军队，特别是对北京军区领导干部的不满和批评指责。
中央政治局于12月18日晚开会，传达和讨论了毛泽东的批示，决定由周恩来主持，于12月22日召开华北会议。到会的有北京军区机关和部队，河北、山西、内蒙等省军区负责人共340多人。1971年1月9日，被毛泽东批评为"不要学军委座谈会，开了一个月，还根本不批陈"的参加中央军委座谈会的143人，也被并入华北会议，进一步揭发批判陈伯达的罪行。同时，也揭发、批判了北京军区司令员郑维山、政委李雪峰的所谓"严重错误"（关于郑维山、李雪峰一事应属错案，十一届三中全会后中共中央已批发文件作了改正）。1971年1月24日，周恩来根据毛泽东的意见，代表中共中央在华北会议上讲话，系统揭露了陈伯达的罪行，并宣布中央关于改组北京军区的决定。免去郑维山和李雪峰的职务，任命李德生为北京军区司令员，谢富治任第一政委，纪登奎任第二政委。这在当时曾被称为"挖墙角"。
4月7日，根据毛泽东的意见，中共中央政治局候补委员、北京军区第二政委纪登奎、副总参谋长张才干参加军委办事组，对林彪集团把持的军委办事组"掺沙子"。这些措施，都是旨在削弱林彪集团的权势，表明毛泽东对林彪的信任，已从根本上发生了变化。
4月15日至29日，中共中央召开批陈整风汇报会。中央、地方和军队的负责人99人参加，正开军委座谈会的143人也参加了会议。会前，毛泽东让周恩来带着新任北京军区司令员李德生和黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作到北戴河看望林彪，想让林彪出来参加这次批陈整风汇报会。林彪只是说了些让黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作检讨的话，自己并不愿意参加会议。毛泽东听了他们回来的汇报，很不高兴，当面指着黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作十分严厉地说："你们已经到悬崖的边沿了！是跳下去、还是推下去、还是拉回来的问题。能不能拉回来全看你们自己了！"这些话实际上是针对林彪的。
批陈整风汇报会开了15天，前7天主要是讨论军委办事组黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏、邱会作5个人的书面检讨，进行批评和自我批评。后8天才是揭发陈伯达，交流各地批陈整风的经验。4月29日，周恩来代表党中央在批陈整风汇报会上作了总结发言，指出黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏、邱会作在政治上犯了方向路线错误，组织上犯了宗派主义的错误，站在反九大的陈伯达分裂路线上去了，希望他们按毛主席的教导，实践自己的声明，认真改正错误。
林彪集团被毛泽东"抓住不放"，在批陈整风中狼狈不堪，欲盖弥彰。林彪眼看自己的接班人地位岌岌可危，宗派势力濒于瓦解，决心铤而走险，策动武装政变，加速了自己的灭亡。
清查"五—六"分子运动
揪"五一六"反革命集团，是江青、康生等人在1967年8月11日讲话中提出来的。所谓"五一六"，最早是针对1967年由北京钢铁学院、外国语学院及几个中学里极少数反对周恩来的极左分子组织的所谓"首都五一六红卫兵团"。他们在1967年8月间进行秘密活动，散发攻击、诬蔑周恩来的传单，并将这些传单张贴在北京的一些繁华市区。但是，后来在林彪、"四人帮"的操纵下，清查"五一六"，不但是针对少数红卫兵，而且扩展到广大干部、群众，变成了一场政治运动，使数以百万计的无辜的人们在揪"五一六"反革命集团运动中，遭到不同程度的审查、打击和迫害。在这一运动中，林彪、江青一伙接过揪"五一六"反革命集团的口号，千方百计地混淆和转移清查目标，起了恶劣的作用。
5月，北京出现名为"首都五一六红卫兵团"的小组织，它的人数较少。6月、7月、8月3个月，这一组织张贴攻击周恩来的大字报，张贴在北京动物园门口、甘家口商场、西四丁字街等处。
发生两件严重事件。在军队开始"揪军内一小撮"，造反派夺外交部长陈毅的权，矛头指向周恩来，并发生火烧英国驻京代办处办公楼的严重外交事件。毛泽东认为，必须制止这股"极左思潮"，决定制止"揪军内一小撮"和反对周恩来的活动蔓延。在这种情况下，开始打击"首都五一六红卫兵团"。
8月11日至12日，中共中央文化革命小组召集北京市大专院校红代会、中学生红代会的代表开会，布置反击"五一六"的任务。8月中旬，"首都五一六红卫兵团"在北京钢铁学院的成员首先受到打击。8月18日，北京地质学院、北京师范大学、北京农业大学、北京钢铁学院等单位76个组织发表声明，表示要与"五一六红卫兵"斗争到底。8月26日，首都和全国在京群众组织1000多个单位，在北京钢铁学院召开"彻底砸烂反动组织首都‘五一六’黑匪兵团"大会。9月1日，在北京市革命委员会扩大会议上，"五一六"被指为以极"左"面貌出现的一个阴谋反动的反革命组织，它动摇以毛主席为首的党中央，把矛头对准军队，对准革命委员会。
8日，《人民日报》发表姚文元《评陶铸的两本书》。姚文以评陶铸的《理想·情操·精神生活》和《思想·感情·文采》两本书为名，罗织罪名，全面攻击诬陷陶铸。毛泽东在审阅姚文时，专门在其诬称陶铸煽动极左思潮的一节中，加了一段关于揪"五一六反革命集团"的一段话。
其实，在这之前，江青、康生、陈伯达等已多次提出要揪"五一六反革命集团"的问题，称"五一六兵团"是被坏人操纵的反革命组织。9月5日，江青等在一个大会上又一次提出揪"五一六反革命集团"的问题，说北京有一个反革命组织，叫"五一六"，是以极左的面貌出现的。9月23日，中共中央、国务院、中央军委、中央文革小组在批转《安徽"P派"和"G派"热烈拥护和贯彻执行康生、江青同志的"九五"指示》的通知中说："目前，一小撮反革命分子，正在玩弄阴谋，从右的方面或‘左’的方面，或同时从两方面来破坏以毛主席为首的无产阶级司令部，破坏人民解放军，破坏革命委员会这个新生事物，各个革命群众组织必须揭穿其罪恶阴谋。"从此以后，在全国范围内开展了批判和清查"五一六"分子的运动。
